MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 plasmid pHH400

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015944	GGATAC	2	12	795	806	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209943
2	NC_015944	CATCGA	2	12	1941	1952	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209944
3	NC_015944	CAACTT	2	12	5588	5599	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344209947
4	NC_015944	AACGGT	2	12	7881	7892	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209948
5	NC_015944	AATCGG	2	12	8330	8341	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209948
6	NC_015944	CCGATA	2	12	15141	15152	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209954
7	NC_015944	ACGCCA	2	12	22120	22131	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344209960
8	NC_015944	TCGCCG	2	12	22494	22505	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209961
9	NC_015944	TCCGGC	2	12	23278	23289	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209962
10	NC_015944	ACCGAG	2	12	28210	28221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209964
11	NC_015944	GACGGT	2	12	31179	31190	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209968
12	NC_015944	GTTCGC	2	12	33287	33298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209969
13	NC_015944	TAATCG	2	12	35029	35040	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344209970
14	NC_015944	CCACGG	2	12	39264	39275	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344209974
15	NC_015944	GACGTC	2	12	42628	42639	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209976
16	NC_015944	CGATGG	2	12	43633	43644	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209977
17	NC_015944	GAGATC	2	12	45080	45091	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209977
18	NC_015944	CGCATC	2	12	55169	55180	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209983
19	NC_015944	CATCCC	2	12	55663	55674	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	344209983
20	NC_015944	GGCACG	2	12	64548	64559	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209993
21	NC_015944	CGACGC	2	12	65974	65985	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344209995
22	NC_015944	TCGGCG	2	12	66168	66179	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344209995
23	NC_015944	CGATGA	2	12	67746	67757	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209995
24	NC_015944	CGAAGC	2	12	70480	70491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209997
25	NC_015944	GTGCCG	2	12	74168	74179	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210003
26	NC_015944	TTCGAC	2	12	74188	74199	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210003
27	NC_015944	ATGCCG	2	12	75359	75370	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210005
28	NC_015944	GCCGAC	2	12	75602	75613	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344210005
29	NC_015944	GTCGAC	2	12	76624	76635	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210007
30	NC_015944	GTAGTC	2	12	77125	77136	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344210007
31	NC_015944	GGCTCG	2	12	78241	78252	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210009
32	NC_015944	CCAGTC	2	12	78375	78386	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210009
33	NC_015944	GTAATC	2	12	79021	79032	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344210011
34	NC_015944	CGTCGA	2	12	80388	80399	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210012
35	NC_015944	GGCGCG	2	12	83478	83489	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344210017
36	NC_015944	CTCGAA	2	12	83822	83833	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210017
37	NC_015944	CGTCCT	2	12	86347	86358	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344210020
38	NC_015944	GGTCGT	2	12	86552	86563	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210020
39	NC_015944	GTGGAT	2	12	86648	86659	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	344210020
40	NC_015944	TCGGCG	2	12	90901	90912	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210024
41	NC_015944	CGAGGA	2	12	91082	91093	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	344210024
42	NC_015944	CCTGCT	2	12	92059	92070	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344210025
43	NC_015944	CCTGCT	2	12	92766	92777	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344210026
44	NC_015944	CTACGA	2	12	95094	95105	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210028
45	NC_015944	GCACCG	2	12	107279	107290	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344210043
46	NC_015944	GAGGCG	2	12	112018	112029	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	344210048
47	NC_015944	TCGAAC	2	12	112845	112856	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210049
48	NC_015944	AATCGG	2	12	112885	112896	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210049
49	NC_015944	CATCGG	2	12	113221	113232	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210049
50	NC_015944	TCCTCG	2	12	113856	113867	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344210049
51	NC_015944	GGAGCC	2	12	114373	114384	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210050
52	NC_015944	ACGTCG	2	12	115765	115776	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210051
53	NC_015944	GTCCTC	2	12	120657	120668	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344210057
54	NC_015944	ATCGAG	2	12	126124	126135	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210062
55	NC_015944	ACTTCG	2	12	126401	126412	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210062
56	NC_015944	GTCGGC	2	12	128228	128239	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210063
57	NC_015944	GATGAG	2	12	133510	133521	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	344210070
58	NC_015944	TCAGTC	2	12	136743	136754	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210073
59	NC_015944	GACCCG	2	12	141576	141587	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344210077
60	NC_015944	CTGACG	2	12	142768	142779	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210077
61	NC_015944	TTGAAC	2	12	146777	146788	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344210080
62	NC_015944	CGCGGC	2	12	146818	146829	0 %	0 %	50 %	50 %	344210080
63	NC_015944	GTCGAA	2	12	150700	150711	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210084
64	NC_015944	CGGTGT	2	12	162397	162408	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210093
65	NC_015944	GTGTCG	2	12	164652	164663	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210094
66	NC_015944	GTCGAG	2	12	166000	166011	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344210095
67	NC_015944	CGACGG	2	12	167106	167117	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210096
68	NC_015944	ACGGCC	2	12	169879	169890	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344210098
69	NC_015944	ACGCGA	2	12	169987	169998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344210098
70	NC_015944	ACCGAT	2	12	171674	171685	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210099
71	NC_015944	GATTCA	2	12	179469	179480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344210105
72	NC_015944	ACGGGT	2	12	185870	185881	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344210110
73	NC_015944	CGTCAC	2	12	187837	187848	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210111
74	NC_015944	ACTGTC	2	12	188393	188404	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210111
75	NC_015944	AGGCCG	2	12	191746	191757	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210115
76	NC_015944	GAGGAA	2	12	192405	192416	50 %	0 %	50 %	0 %	344210115
77	NC_015944	ACGCCG	2	12	193500	193511	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344210116
78	NC_015944	GCGGTC	2	12	193890	193901	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210117
79	NC_015944	CGCGAG	2	12	196591	196602	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210119
80	NC_015944	TCGCCG	2	12	198641	198652	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344210121
81	NC_015944	CGAGGG	2	12	198963	198974	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	344210121
82	NC_015944	TCGACG	2	12	202843	202854	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210123
83	NC_015944	CGAACT	2	12	203357	203368	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210123
84	NC_015944	GGCGAC	2	12	204689	204700	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210125
85	NC_015944	AGCGCA	2	12	215547	215558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344210135
86	NC_015944	TCGGCG	2	12	218946	218957	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210137
87	NC_015944	GCTGCG	2	12	223365	223376	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210139
88	NC_015944	GTCGGT	2	12	225813	225824	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210141
89	NC_015944	GCCATC	2	12	237387	237398	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210154
90	NC_015944	CGCCCG	2	12	238520	238531	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344210154
91	NC_015944	GTTCCT	2	12	239543	239554	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	344210155
92	NC_015944	GGTGTC	2	12	242898	242909	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210159
93	NC_015944	ACCTGA	2	12	243259	243270	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210159
94	NC_015944	TGTCGG	2	12	244537	244548	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210161
95	NC_015944	CGTCAT	2	12	245505	245516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210162
96	NC_015944	TCTGTG	2	12	248677	248688	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	344210164
97	NC_015944	AACAGA	2	12	253850	253861	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	344210169
98	NC_015944	CGGCCG	2	12	254094	254105	0 %	0 %	50 %	50 %	344210169
99	NC_015944	AACTTC	2	12	261527	261538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	344210175
100	NC_015944	GCGACC	2	12	266426	266437	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344210179
101	NC_015944	CGGCGT	2	12	267101	267112	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210180
102	NC_015944	CCTCGA	2	12	267347	267358	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210180
103	NC_015944	GTCAGC	2	12	268161	268172	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210180
104	NC_015944	ACGACC	2	12	271962	271973	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344210184
105	NC_015944	CGAGGC	2	12	271996	272007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210184
106	NC_015944	CTCGAT	2	12	272349	272360	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210185
107	NC_015944	GCGCTG	2	12	275512	275523	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210189
108	NC_015944	GATGGC	2	12	285336	285347	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344210200
109	NC_015944	GGCACT	2	12	286122	286133	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210200
110	NC_015944	ACGCGA	2	12	286196	286207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344210200
111	NC_015944	GGTCGC	2	12	287729	287740	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210202
112	NC_015944	CGGCCT	2	12	288477	288488	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344210203
113	NC_015944	GCCGAT	2	12	289329	289340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210204
114	NC_015944	CGACGG	2	12	289536	289547	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210204
115	NC_015944	CGATAC	2	12	289577	289588	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210204
116	NC_015944	CGACGG	2	12	291532	291543	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210206
117	NC_015944	TGATGG	2	12	292900	292911	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	344210209
118	NC_015944	GACGCG	2	12	293241	293252	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210209
119	NC_015944	GTCGGC	2	12	293890	293901	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210210
120	NC_015944	AGTCGT	2	12	294408	294419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344210210
121	NC_015944	ACCACG	2	12	295071	295082	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344210211
122	NC_015944	AGTCGA	2	12	295143	295154	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210211
123	NC_015944	GTTCAC	2	12	297857	297868	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210213
124	NC_015944	CGATAT	2	12	298261	298272	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344210213
125	NC_015944	CATCGT	2	12	298334	298345	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210213
126	NC_015944	CTGGAA	2	12	302437	302448	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210216
127	NC_015944	GAACTC	2	12	306012	306023	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344210218
128	NC_015944	CACGTC	2	12	306468	306479	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210219
129	NC_015944	TCCGTC	2	12	309544	309555	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344210221
130	NC_015944	GAGTTG	2	12	310784	310795	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	344210222
131	NC_015944	CGTCGG	2	12	312424	312435	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210224
132	NC_015944	GCGTCC	2	12	313302	313313	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344210225
133	NC_015944	CGTGTC	2	12	313424	313435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344210225
134	NC_015944	GACTGT	2	12	315111	315122	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344210226
135	NC_015944	CCATGC	2	12	317379	317390	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210229
136	NC_015944	GACCGG	2	12	317936	317947	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210230
137	NC_015944	CCCAGT	2	12	318915	318926	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210231
138	NC_015944	GACTCC	2	12	322043	322054	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210234
139	NC_015944	GTCGGT	2	12	322672	322683	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210235
140	NC_015944	GATTTC	2	12	324022	324033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	344210236
141	NC_015944	GAGCGG	2	12	325818	325829	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	344210237
142	NC_015944	CGGACG	2	12	326095	326106	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210237
143	NC_015944	CCACGA	2	12	327315	327326	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344210238
144	NC_015944	TCGCGT	2	12	330343	330354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344210241
145	NC_015944	TCGGCC	2	12	331102	331113	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344210242
146	NC_015944	GTTCAC	2	12	332336	332347	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210242
147	NC_015944	ATCCCG	2	12	332407	332418	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344210242
148	NC_015944	GCCGCT	2	12	340576	340587	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344210248
149	NC_015944	CGACTG	2	12	343420	343431	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344210251
150	NC_015944	GATGCA	2	12	344496	344507	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210252
151	NC_015944	ACGAGG	2	12	347931	347942	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	344210256
152	NC_015944	AGTTCG	2	12	349672	349683	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344210258
153	NC_015944	CTGGGT	2	12	349996	350007	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344210259
154	NC_015944	ACGACA	2	12	350107	350118	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	344210259
155	NC_015944	GCGTCG	2	12	351936	351947	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344210262
156	NC_015944	GCCTCC	2	12	354364	354375	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	344210264
157	NC_015944	GAGTTC	2	12	356133	356144	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344210266
158	NC_015944	ACAACG	2	12	365576	365587	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	344210273
159	NC_015944	TGGCCC	2	12	371004	371015	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344210278
160	NC_015944	GAGTCG	2	12	371614	371625	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344210279
161	NC_015944	CCCTCT	2	12	378852	378863	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	344210284
162	NC_015944	GAGTAC	2	12	381225	381236	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210286
163	NC_015944	TCCGAT	2	12	382026	382037	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344210286
164	NC_015944	AGGATA	2	12	382456	382467	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	344210286
165	NC_015944	GCGAAC	2	12	385638	385649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344210288
166	NC_015944	TCTGGC	2	12	390995	391006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344210292
167	NC_015944	CGGCAG	2	12	393942	393953	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344210295
168	NC_015944	CGGGGC	2	12	397527	397538	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	344210297
169	NC_015944	TGGTCA	2	12	400854	400865	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344210300
170	NC_015944	GATGCA	2	12	402171	402182	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344210302

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.