MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 plasmid pHH400

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015944	CTTCA	2	10	1350	1359	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015944	CAATC	2	10	2210	2219	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_015944	CCAAA	2	10	15773	15782	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015944	CAGTA	2	10	20071	20080	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015944	CCGCG	2	10	24438	24447	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015944	CGTGT	2	10	24808	24817	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015944	AGCTG	2	10	38257	38266	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015944	CTTAC	2	10	49310	49319	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015944	CCACA	2	10	56714	56723	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_015944	CGTAT	2	10	62425	62434	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015944	TACCG	2	10	68170	68179	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015944	TCGGC	2	10	71695	71704	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015944	TTTGT	2	10	80691	80700	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015944	ATAAG	2	10	87942	87951	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015944	TCGTC	2	10	96562	96571	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015944	GTAGC	2	10	98347	98356	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015944	TCGTT	2	10	98375	98384	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015944	GTTCA	2	10	114948	114957	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015944	GACCC	2	10	155135	155144	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_015944	CGACC	2	10	155185	155194	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_015944	ACAGT	2	10	156334	156343	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015944	TATTC	2	10	157341	157350	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015944	CGGGG	2	10	164988	164997	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015944	GGAGT	2	10	171983	171992	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015944	TATAA	2	10	198162	198171	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015944	ACGTC	2	10	200771	200780	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015944	TATTG	2	10	230275	230284	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015944	GTAGT	2	10	247854	247863	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015944	AGCCG	2	10	266617	266626	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015944	AACAG	2	10	318134	318143	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015944	TCAGT	2	10	334304	334313	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015944	GACAG	2	10	343489	343498	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015944	GACGG	2	10	379726	379735	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015944	GAGTG	2	10	389494	389503	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015944	TCGAA	2	10	391969	391978	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015944	CACCC	2	10	395510	395519	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
37	NC_015944	TTCGT	2	10	396951	396960	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015944	ATATC	2	10	398932	398941	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015944	TACTG	2	10	402085	402094	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015944	CCCAC	2	10	405357	405366	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
41	NC_015944	CTAGA	2	10	405545	405554	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015944	GTGGG	2	10	405703	405712	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.