MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 plasmid pHH400

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015944	GGAAG	2	10	930	939	40 %	0 %	60 %	0 %	344209943
2	NC_015944	AGCGA	2	10	1210	1219	40 %	0 %	40 %	20 %	344209943
3	NC_015944	GATTG	2	10	6216	6225	20 %	40 %	40 %	0 %	344209948
4	NC_015944	AGCAC	2	10	6473	6482	40 %	0 %	20 %	40 %	344209948
5	NC_015944	ATGGG	2	10	7026	7035	20 %	20 %	60 %	0 %	344209948
6	NC_015944	CATCA	2	10	9073	9082	40 %	20 %	0 %	40 %	344209949
7	NC_015944	ACGTT	2	10	11231	11240	20 %	40 %	20 %	20 %	344209951
8	NC_015944	GGACG	2	10	13357	13366	20 %	0 %	60 %	20 %	344209953
9	NC_015944	AACCG	2	10	16704	16713	40 %	0 %	20 %	40 %	344209955
10	NC_015944	TCGAC	2	10	18219	18228	20 %	20 %	20 %	40 %	344209956
11	NC_015944	TCGAG	2	10	18552	18561	20 %	20 %	40 %	20 %	344209956
12	NC_015944	GAAAG	2	10	20379	20388	60 %	0 %	40 %	0 %	344209959
13	NC_015944	TCGAC	2	10	21391	21400	20 %	20 %	20 %	40 %	344209960
14	NC_015944	AGTGG	2	10	22001	22010	20 %	20 %	60 %	0 %	344209960
15	NC_015944	ACGCG	2	10	22890	22899	20 %	0 %	40 %	40 %	344209961
16	NC_015944	GCATT	2	10	26963	26972	20 %	40 %	20 %	20 %	344209964
17	NC_015944	ATCGG	2	10	27265	27274	20 %	20 %	40 %	20 %	344209964
18	NC_015944	CGTCG	2	10	30941	30950	0 %	20 %	40 %	40 %	344209968
19	NC_015944	CGTCC	2	10	31824	31833	0 %	20 %	20 %	60 %	344209968
20	NC_015944	CCGAC	2	10	32361	32370	20 %	0 %	20 %	60 %	344209968
21	NC_015944	GTCGA	2	10	35385	35394	20 %	20 %	40 %	20 %	344209970
22	NC_015944	GTTCC	2	10	38058	38067	0 %	40 %	20 %	40 %	344209973
23	NC_015944	ACGGA	2	10	38171	38180	40 %	0 %	40 %	20 %	344209973
24	NC_015944	TCCAC	2	10	38605	38614	20 %	20 %	0 %	60 %	344209974
25	NC_015944	GACGG	2	10	39100	39109	20 %	0 %	60 %	20 %	344209974
26	NC_015944	TTCGG	2	10	39292	39301	0 %	40 %	40 %	20 %	344209974
27	NC_015944	GGACG	2	10	41098	41107	20 %	0 %	60 %	20 %	344209974
28	NC_015944	TGACG	2	10	42006	42015	20 %	20 %	40 %	20 %	344209976
29	NC_015944	CGAGA	2	10	42127	42136	40 %	0 %	40 %	20 %	344209976
30	NC_015944	TCCCG	2	10	46778	46787	0 %	20 %	20 %	60 %	344209977
31	NC_015944	TGCTG	2	10	47246	47255	0 %	40 %	40 %	20 %	344209978
32	NC_015944	ACTGC	2	10	48815	48824	20 %	20 %	20 %	40 %	344209978
33	NC_015944	GCTGG	2	10	48918	48927	0 %	20 %	60 %	20 %	344209978
34	NC_015944	AATCG	2	10	52176	52185	40 %	20 %	20 %	20 %	344209980
35	NC_015944	GTCCG	2	10	57201	57210	0 %	20 %	40 %	40 %	344209984
36	NC_015944	GCGAC	2	10	61297	61306	20 %	0 %	40 %	40 %	344209988
37	NC_015944	GGTGA	2	10	61503	61512	20 %	20 %	60 %	0 %	344209989
38	NC_015944	GAACG	2	10	66896	66905	40 %	0 %	40 %	20 %	344209995
39	NC_015944	CGACG	2	10	68858	68867	20 %	0 %	40 %	40 %	344209996
40	NC_015944	CAGCG	2	10	69176	69185	20 %	0 %	40 %	40 %	344209996
41	NC_015944	TCACG	2	10	69517	69526	20 %	20 %	20 %	40 %	344209996
42	NC_015944	TCCGT	2	10	71511	71520	0 %	40 %	20 %	40 %	344209999
43	NC_015944	ACACG	2	10	73087	73096	40 %	0 %	20 %	40 %	344210002
44	NC_015944	GTCGC	2	10	73808	73817	0 %	20 %	40 %	40 %	344210003
45	NC_015944	GAGCG	2	10	79686	79695	20 %	0 %	60 %	20 %	344210011
46	NC_015944	ACAGC	2	10	82429	82438	40 %	0 %	20 %	40 %	344210015
47	NC_015944	TCGTC	2	10	84408	84417	0 %	40 %	20 %	40 %	344210018
48	NC_015944	CCGAC	2	10	85046	85055	20 %	0 %	20 %	60 %	344210019
49	NC_015944	GAGTC	2	10	85539	85548	20 %	20 %	40 %	20 %	344210020
50	NC_015944	GGCGA	2	10	90372	90381	20 %	0 %	60 %	20 %	344210024
51	NC_015944	CGACC	2	10	91208	91217	20 %	0 %	20 %	60 %	344210024
52	NC_015944	GTGAG	2	10	91489	91498	20 %	20 %	60 %	0 %	344210024
53	NC_015944	ACGAC	2	10	92342	92351	40 %	0 %	20 %	40 %	344210026
54	NC_015944	TGCGT	2	10	95510	95519	0 %	40 %	40 %	20 %	344210029
55	NC_015944	TTGGA	2	10	97383	97392	20 %	40 %	40 %	0 %	344210031
56	NC_015944	CGGCA	2	10	99486	99495	20 %	0 %	40 %	40 %	344210033
57	NC_015944	CGAGT	2	10	99926	99935	20 %	20 %	40 %	20 %	344210034
58	NC_015944	TACGA	2	10	103247	103256	40 %	20 %	20 %	20 %	344210039
59	NC_015944	CGCGT	2	10	104498	104507	0 %	20 %	40 %	40 %	344210040
60	NC_015944	CGCGG	2	10	106674	106683	0 %	0 %	60 %	40 %	344210042
61	NC_015944	ATCGA	2	10	107120	107129	40 %	20 %	20 %	20 %	344210043
62	NC_015944	CAGGA	2	10	108359	108368	40 %	0 %	40 %	20 %	344210044
63	NC_015944	TCGAT	2	10	108453	108462	20 %	40 %	20 %	20 %	344210044
64	NC_015944	CCGCC	2	10	108952	108961	0 %	0 %	20 %	80 %	344210044
65	NC_015944	TGAAC	2	10	110863	110872	40 %	20 %	20 %	20 %	344210047
66	NC_015944	ACCGG	2	10	111096	111105	20 %	0 %	40 %	40 %	344210047
67	NC_015944	TTCCT	2	10	113339	113348	0 %	60 %	0 %	40 %	344210049
68	NC_015944	CACAC	2	10	113818	113827	40 %	0 %	0 %	60 %	344210049
69	NC_015944	TCCGC	2	10	114192	114201	0 %	20 %	20 %	60 %	344210050
70	NC_015944	CGAAC	2	10	115863	115872	40 %	0 %	20 %	40 %	344210051
71	NC_015944	TGCAG	2	10	119956	119965	20 %	20 %	40 %	20 %	344210056
72	NC_015944	GTGTC	2	10	120503	120512	0 %	40 %	40 %	20 %	344210057
73	NC_015944	CGAAA	2	10	122041	122050	60 %	0 %	20 %	20 %	344210058
74	NC_015944	GATCC	2	10	122993	123002	20 %	20 %	20 %	40 %	344210059
75	NC_015944	CCGCC	2	10	124524	124533	0 %	0 %	20 %	80 %	344210060
76	NC_015944	CAGAC	2	10	124886	124895	40 %	0 %	20 %	40 %	344210060
77	NC_015944	GAGCG	2	10	125110	125119	20 %	0 %	60 %	20 %	344210061
78	NC_015944	ACCGA	2	10	127013	127022	40 %	0 %	20 %	40 %	344210063
79	NC_015944	GTGAC	2	10	127122	127131	20 %	20 %	40 %	20 %	344210063
80	NC_015944	CGCTC	2	10	127580	127589	0 %	20 %	20 %	60 %	344210063
81	NC_015944	CTGGC	2	10	127964	127973	0 %	20 %	40 %	40 %	344210063
82	NC_015944	CCGAA	2	10	129015	129024	40 %	0 %	20 %	40 %	344210065
83	NC_015944	TCGAT	2	10	130811	130820	20 %	40 %	20 %	20 %	344210067
84	NC_015944	ACCGA	2	10	131081	131090	40 %	0 %	20 %	40 %	344210068
85	NC_015944	GTCGG	2	10	131590	131599	0 %	20 %	60 %	20 %	344210069
86	NC_015944	CTCGT	2	10	132029	132038	0 %	40 %	20 %	40 %	344210069
87	NC_015944	TCATT	2	10	134361	134370	20 %	60 %	0 %	20 %	344210071
88	NC_015944	GAGCC	2	10	135018	135027	20 %	0 %	40 %	40 %	344210072
89	NC_015944	TCGGT	2	10	135566	135575	0 %	40 %	40 %	20 %	344210072
90	NC_015944	CCGCC	2	10	136600	136609	0 %	0 %	20 %	80 %	344210073
91	NC_015944	AACGT	2	10	136701	136710	40 %	20 %	20 %	20 %	344210073
92	NC_015944	CAGCC	2	10	137574	137583	20 %	0 %	20 %	60 %	344210074
93	NC_015944	TCGCC	2	10	137864	137873	0 %	20 %	20 %	60 %	344210074
94	NC_015944	ACTGC	2	10	138664	138673	20 %	20 %	20 %	40 %	344210075
95	NC_015944	AACAC	2	10	142456	142465	60 %	0 %	0 %	40 %	344210077
96	NC_015944	GCGCC	2	10	142628	142637	0 %	0 %	40 %	60 %	344210077
97	NC_015944	GAGCG	2	10	143546	143555	20 %	0 %	60 %	20 %	344210078
98	NC_015944	GCCGC	2	10	143808	143817	0 %	0 %	40 %	60 %	344210078
99	NC_015944	ACCCG	2	10	144307	144316	20 %	0 %	20 %	60 %	344210078
100	NC_015944	CGACG	2	10	156611	156620	20 %	0 %	40 %	40 %	344210089
101	NC_015944	ACGAG	2	10	158266	158275	40 %	0 %	40 %	20 %	344210090
102	NC_015944	GGACA	2	10	160593	160602	40 %	0 %	40 %	20 %	344210092
103	NC_015944	CACCG	2	10	161141	161150	20 %	0 %	20 %	60 %	344210092
104	NC_015944	CGACA	2	10	161168	161177	40 %	0 %	20 %	40 %	344210092
105	NC_015944	CGAGC	2	10	161534	161543	20 %	0 %	40 %	40 %	344210092
106	NC_015944	CCGTC	2	10	164184	164193	0 %	20 %	20 %	60 %	344210094
107	NC_015944	CAGTC	2	10	165472	165481	20 %	20 %	20 %	40 %	344210095
108	NC_015944	TCTGT	2	10	167352	167361	0 %	60 %	20 %	20 %	344210096
109	NC_015944	CTTGC	2	10	168099	168108	0 %	40 %	20 %	40 %	344210097
110	NC_015944	AACCG	2	10	170102	170111	40 %	0 %	20 %	40 %	344210098
111	NC_015944	CATCG	2	10	173320	173329	20 %	20 %	20 %	40 %	344210101
112	NC_015944	CCTGG	2	10	174512	174521	0 %	20 %	40 %	40 %	344210102
113	NC_015944	GCTGT	2	10	175200	175209	0 %	40 %	40 %	20 %	344210102
114	NC_015944	AGATG	2	10	177293	177302	40 %	20 %	40 %	0 %	344210103
115	NC_015944	CGACA	2	10	178217	178226	40 %	0 %	20 %	40 %	344210104
116	NC_015944	CGAAC	2	10	179700	179709	40 %	0 %	20 %	40 %	344210105
117	NC_015944	ACCGA	2	10	183229	183238	40 %	0 %	20 %	40 %	344210108
118	NC_015944	ACGAT	2	10	183345	183354	40 %	20 %	20 %	20 %	344210108
119	NC_015944	ACCAG	2	10	183669	183678	40 %	0 %	20 %	40 %	344210108
120	NC_015944	CGGAA	2	10	185245	185254	40 %	0 %	40 %	20 %	344210109
121	NC_015944	AAACG	2	10	186913	186922	60 %	0 %	20 %	20 %	344210111
122	NC_015944	ACTGT	2	10	187225	187234	20 %	40 %	20 %	20 %	344210111
123	NC_015944	TTCGA	2	10	187312	187321	20 %	40 %	20 %	20 %	344210111
124	NC_015944	AGGCA	2	10	187675	187684	40 %	0 %	40 %	20 %	344210111
125	NC_015944	GATGA	2	10	188593	188602	40 %	20 %	40 %	0 %	344210111
126	NC_015944	GTTCG	2	10	188766	188775	0 %	40 %	40 %	20 %	344210112
127	NC_015944	CGAAG	2	10	189380	189389	40 %	0 %	40 %	20 %	344210112
128	NC_015944	GTTCG	2	10	189779	189788	0 %	40 %	40 %	20 %	344210112
129	NC_015944	GTTCG	2	10	193118	193127	0 %	40 %	40 %	20 %	344210115
130	NC_015944	CCGAC	2	10	193229	193238	20 %	0 %	20 %	60 %	344210115
131	NC_015944	CCGAA	2	10	196733	196742	40 %	0 %	20 %	40 %	344210119
132	NC_015944	ACGAG	2	10	196817	196826	40 %	0 %	40 %	20 %	344210119
133	NC_015944	GTTCC	2	10	197964	197973	0 %	40 %	20 %	40 %	344210120
134	NC_015944	GTCAG	2	10	198764	198773	20 %	20 %	40 %	20 %	344210121
135	NC_015944	GGACG	2	10	204294	204303	20 %	0 %	60 %	20 %	344210124
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177	NC_015944	GTTCA	2	10	265621	265630	20 %	40 %	20 %	20 %	344210178
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244	NC_015944	TCAGT	2	10	357521	357530	20 %	40 %	20 %	20 %	344210266
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247	NC_015944	TGGGG	2	10	367015	367024	0 %	20 %	80 %	0 %	344210275
248	NC_015944	CTCGT	2	10	370184	370193	0 %	40 %	20 %	40 %	344210278
249	NC_015944	GTATC	2	10	370877	370886	20 %	40 %	20 %	20 %	344210278
250	NC_015944	AGGCG	2	10	372997	373006	20 %	0 %	60 %	20 %	344210280
251	NC_015944	GCCAG	2	10	373627	373636	20 %	0 %	40 %	40 %	344210280
252	NC_015944	TCGCG	2	10	374119	374128	0 %	20 %	40 %	40 %	344210280
253	NC_015944	TCGAT	2	10	377271	377280	20 %	40 %	20 %	20 %	344210283
254	NC_015944	CAGAA	2	10	378009	378018	60 %	0 %	20 %	20 %	344210283
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256	NC_015944	TCTGC	2	10	380624	380633	0 %	40 %	20 %	40 %	344210285
257	NC_015944	GAACC	2	10	381407	381416	40 %	0 %	20 %	40 %	344210286
258	NC_015944	GGAAC	2	10	384475	384484	40 %	0 %	40 %	20 %	344210288
259	NC_015944	ATCTG	2	10	384534	384543	20 %	40 %	20 %	20 %	344210288
260	NC_015944	GACTC	2	10	384882	384891	20 %	20 %	20 %	40 %	344210288
261	NC_015944	TGTCG	2	10	386389	386398	0 %	40 %	40 %	20 %	344210289
262	NC_015944	TCGCC	2	10	386686	386695	0 %	20 %	20 %	60 %	344210289
263	NC_015944	GTTTC	2	10	387044	387053	0 %	60 %	20 %	20 %	344210289
264	NC_015944	GATTC	2	10	389911	389920	20 %	40 %	20 %	20 %	344210292
265	NC_015944	CGAAC	2	10	390386	390395	40 %	0 %	20 %	40 %	344210292
266	NC_015944	TCGTT	2	10	390707	390716	0 %	60 %	20 %	20 %	344210292
267	NC_015944	ACGTC	2	10	391310	391319	20 %	20 %	20 %	40 %	344210292
268	NC_015944	TTGTT	2	10	391347	391356	0 %	80 %	20 %	0 %	344210292
269	NC_015944	GCAGT	2	10	396245	396254	20 %	20 %	40 %	20 %	344210296
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271	NC_015944	CGAAC	2	10	402449	402458	40 %	0 %	20 %	40 %	344210302
272	NC_015944	ACAGC	2	10	402504	402513	40 %	0 %	20 %	40 %	344210302
273	NC_015944	CCCGT	2	10	402680	402689	0 %	20 %	20 %	60 %	344210302
274	NC_015944	ATCGA	2	10	402847	402856	40 %	20 %	20 %	20 %	344210302
275	NC_015944	AGGTC	2	10	403277	403286	20 %	20 %	40 %	20 %	344210303
276	NC_015944	CCAGT	2	10	403290	403299	20 %	20 %	20 %	40 %	344210303
277	NC_015944	CGGGG	2	10	403471	403480	0 %	0 %	80 %	20 %	344210303

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.