MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 plasmid pHH400

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015944	TACA	2	8	3965	3972	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015944	CTGT	2	8	8810	8817	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_015944	TGTT	2	8	14259	14266	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015944	GAGC	2	8	14377	14384	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015944	GATA	2	8	15720	15727	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015944	TGAG	2	8	18660	18667	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015944	AACT	2	8	23807	23814	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015944	GGCG	2	8	24101	24108	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_015944	TCTA	2	8	24595	24602	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015944	TTAA	2	8	24765	24772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015944	ACAA	2	8	24981	24988	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015944	GCTG	2	8	25045	25052	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015944	AGCA	2	8	25238	25245	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015944	CGGG	2	8	35917	35924	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015944	CTAT	2	8	37862	37869	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015944	AGTA	2	8	37903	37910	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015944	GACC	2	8	38313	38320	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015944	TACA	2	8	46943	46950	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_015944	GGGT	2	8	49257	49264	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015944	GTGG	2	8	51129	51136	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015944	GTAA	2	8	51255	51262	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015944	GTCA	2	8	51286	51293	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015944	TTTA	2	8	63847	63854	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015944	CTGT	2	8	64803	64810	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_015944	TGCG	2	8	64822	64829	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_015944	CCAG	2	8	69702	69709	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_015944	GTGC	2	8	71122	71129	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015944	GCAC	2	8	72209	72216	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015944	TCGC	2	8	72780	72787	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_015944	TAAA	2	8	74656	74663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015944	AGCT	2	8	75649	75656	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015944	ATCG	2	8	77776	77783	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015944	TGGG	2	8	80033	80040	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015944	GGCC	2	8	80823	80830	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015944	GCAA	2	8	93128	93135	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015944	CAGC	2	8	95464	95471	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015944	ATGA	2	8	96578	96585	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015944	CAGT	2	8	96601	96608	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_015944	TCAA	2	8	96854	96861	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015944	TTCC	2	8	96895	96902	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015944	CTGC	2	8	120218	120225	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_015944	GTGC	2	8	121082	121089	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015944	GACG	2	8	121113	121120	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015944	CGCT	2	8	121346	121353	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015944	ATAC	2	8	121405	121412	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_015944	TATT	2	8	121437	121444	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015944	TCGC	2	8	122424	122431	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015944	TCAG	2	8	123519	123526	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015944	ACGG	2	8	124996	125003	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015944	GCAG	2	8	129683	129690	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015944	TTCC	2	8	129769	129776	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015944	TATT	2	8	130915	130922	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015944	AACA	2	8	130967	130974	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015944	CCCT	2	8	130991	130998	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
55	NC_015944	CCCG	2	8	132375	132382	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
56	NC_015944	GCGG	2	8	133853	133860	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015944	TGGT	2	8	137991	137998	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015944	CTCG	3	12	138030	138041	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015944	CGGT	2	8	138244	138251	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015944	ACTC	2	8	139078	139085	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_015944	CTAT	2	8	143337	143344	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015944	TATC	2	8	144913	144920	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015944	TCGG	2	8	150293	150300	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015944	GCGA	2	8	151549	151556	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_015944	ATAA	2	8	156444	156451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015944	ACTG	2	8	157508	157515	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015944	TCCA	2	8	157745	157752	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015944	GCAG	2	8	162036	162043	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015944	TTAT	2	8	162074	162081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015944	GTTT	2	8	166154	166161	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015944	AGCC	2	8	170562	170569	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015944	ACAG	2	8	170710	170717	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015944	TCTG	2	8	171947	171954	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015944	TCGG	2	8	172403	172410	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015944	CCAC	2	8	172411	172418	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_015944	TAAC	2	8	172455	172462	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_015944	CAAA	2	8	178571	178578	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015944	CGGA	2	8	181381	181388	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015944	CCGG	2	8	190171	190178	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015944	GTTA	2	8	190225	190232	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015944	AACC	2	8	191136	191143	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015944	TCAC	2	8	198129	198136	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015944	ACGG	2	8	200944	200951	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015944	CGGC	2	8	206139	206146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015944	CTCG	2	8	214819	214826	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_015944	GCTG	2	8	215006	215013	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015944	TATT	2	8	215053	215060	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015944	GTAG	2	8	219788	219795	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015944	CCCA	2	8	225131	225138	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_015944	TACT	2	8	226046	226053	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015944	GTCC	2	8	226054	226061	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015944	GGTG	2	8	226294	226301	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015944	GGGA	2	8	227774	227781	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015944	GTCC	2	8	228475	228482	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015944	CGCC	2	8	230810	230817	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
96	NC_015944	TCAG	2	8	233179	233186	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015944	ACTA	2	8	233497	233504	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015944	TTCG	2	8	233522	233529	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015944	GCGG	2	8	233880	233887	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
100	NC_015944	CGTA	2	8	235183	235190	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_015944	CCGG	2	8	244965	244972	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_015944	CAGG	2	8	246183	246190	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015944	TGGT	2	8	250310	250317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015944	GGTT	2	8	263060	263067	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015944	CGAC	2	8	264219	264226	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_015944	ATCC	2	8	264308	264315	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015944	GCTG	2	8	269181	269188	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015944	AGCG	2	8	270906	270913	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015944	AACG	2	8	272181	272188	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015944	ACTA	2	8	274193	274200	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015944	AACC	2	8	281193	281200	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015944	TCAC	2	8	281586	281593	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015944	AGCG	2	8	286610	286617	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_015944	GGCA	2	8	287132	287139	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015944	CGGA	2	8	291057	291064	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015944	ACAG	2	8	291667	291674	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_015944	GACC	2	8	292494	292501	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_015944	CGGA	2	8	292604	292611	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015944	GATG	2	8	304535	304542	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015944	GTCG	2	8	306078	306085	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_015944	ACCC	2	8	308037	308044	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
122	NC_015944	CGAC	2	8	308174	308181	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_015944	TCGG	2	8	308243	308250	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015944	TTCT	2	8	308322	308329	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015944	GATG	2	8	313073	313080	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015944	CCGT	2	8	313160	313167	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_015944	GGTG	2	8	316369	316376	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015944	GAGG	2	8	317563	317570	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015944	TCGA	2	8	320023	320030	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_015944	CAGC	3	12	320302	320313	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_015944	TCCA	2	8	332798	332805	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_015944	CAAT	2	8	335508	335515	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_015944	CATA	2	8	338786	338793	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_015944	CGAG	2	8	343475	343482	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015944	CTGC	2	8	358335	358342	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_015944	TCCA	2	8	358566	358573	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015944	ATTT	2	8	362631	362638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015944	TATT	2	8	362639	362646	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015944	CTGA	2	8	363453	363460	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_015944	TTAG	2	8	364012	364019	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015944	GTAA	2	8	364698	364705	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015944	ATTG	2	8	366235	366242	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015944	CCAG	2	8	368128	368135	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_015944	AACA	2	8	369432	369439	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_015944	GACA	2	8	371096	371103	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_015944	AATC	2	8	371109	371116	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_015944	GTTT	2	8	371759	371766	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015944	CCCT	2	8	386044	386051	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
149	NC_015944	TGAA	2	8	386155	386162	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015944	CCAT	2	8	387541	387548	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_015944	AGGT	2	8	391744	391751	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015944	GCTG	2	8	393021	393028	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_015944	TACA	2	8	395239	395246	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
154	NC_015944	TTCG	2	8	396660	396667	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
155	NC_015944	GATT	2	8	396874	396881	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015944	ACCG	2	8	402099	402106	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_015944	GATA	2	8	403981	403988	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015944	TAGA	2	8	405472	405479	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015944	TATG	2	8	405782	405789	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015944	TTCC	2	8	405790	405797	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.