MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome II

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015943	TAGACG	2	12	1049	1060	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209486
2	NC_015943	AGCGGG	2	12	1443	1454	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	344209487
3	NC_015943	GGCCGA	2	12	1543	1554	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209487
4	NC_015943	ACTCTG	2	12	6082	6093	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209490
5	NC_015943	GGAGCA	2	12	18232	18243	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	344209501
6	NC_015943	ATCGGG	2	12	18852	18863	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209502
7	NC_015943	AAGCCG	2	12	20428	20439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209506
8	NC_015943	TCCGGA	2	12	31158	31169	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209518
9	NC_015943	TGAGTC	2	12	31301	31312	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344209518
10	NC_015943	AAATTA	2	12	31923	31934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	344209518
11	NC_015943	ACCGTC	2	12	40019	40030	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209527
12	NC_015943	AGTATC	2	12	53211	53222	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344209547
13	NC_015943	GCAAAG	2	12	54137	54148	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	344209548
14	NC_015943	CGCATT	2	12	57656	57667	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209551
15	NC_015943	CCTCTT	2	12	58440	58451	0 %	50 %	0 %	50 %	344209551
16	NC_015943	CTCATC	2	12	60560	60571	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	344209552
17	NC_015943	TCAGGG	2	12	62221	62232	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209553
18	NC_015943	TACGAC	2	12	66722	66733	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209559
19	NC_015943	CGGAGA	2	12	85610	85621	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	344209578
20	NC_015943	GATCTG	2	12	88785	88796	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344209581
21	NC_015943	CGTCGA	2	12	93001	93012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209585
22	NC_015943	TCGAGA	2	12	98833	98844	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209595
23	NC_015943	CTGACG	2	12	104241	104252	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209603
24	NC_015943	GACTCA	2	12	109405	109416	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209608
25	NC_015943	TCGATC	2	12	114466	114477	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209617
26	NC_015943	ACCGGC	2	12	121549	121560	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344209629
27	NC_015943	TCGACG	2	12	122051	122062	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209630
28	NC_015943	GACGGG	2	12	126053	126064	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	344209634
29	NC_015943	CAGATC	2	12	130910	130921	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209637
30	NC_015943	GTCTCC	2	12	134697	134708	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344209641
31	NC_015943	TCTTCG	2	12	144338	144349	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	344209649
32	NC_015943	CCGGTT	2	12	146128	146139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209650
33	NC_015943	CCCTTT	2	12	147844	147855	0 %	50 %	0 %	50 %	344209651
34	NC_015943	GATATC	2	12	148708	148719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344209653
35	NC_015943	GTTTGA	2	12	156444	156455	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	344209660
36	NC_015943	AGACGG	2	12	156836	156847	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	344209660
37	NC_015943	TTCATC	2	12	157455	157466	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	344209661
38	NC_015943	TGAGAC	2	12	159175	159186	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209662
39	NC_015943	ACAGTT	2	12	161791	161802	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344209663
40	NC_015943	CGGAAC	2	12	165089	165100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209666
41	NC_015943	TGTGTA	2	12	178765	178776	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	344209679
42	NC_015943	GACTCG	2	12	186149	186160	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209684
43	NC_015943	TCGACG	2	12	192306	192317	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209692
44	NC_015943	CCGAAA	2	12	202725	202736	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	344209704
45	NC_015943	GCACCG	2	12	204683	204694	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344209705
46	NC_015943	CCGACA	2	12	214241	214252	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344209713
47	NC_015943	GCAACC	2	12	219303	219314	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344209718
48	NC_015943	CTGAAG	2	12	224558	224569	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209721
49	NC_015943	TGACTT	2	12	226006	226017	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	344209723
50	NC_015943	ATCGCC	2	12	239788	239799	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209736
51	NC_015943	CCGACT	2	12	250778	250789	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209743
52	NC_015943	TCAACC	2	12	251018	251029	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	344209743
53	NC_015943	CAGAAA	2	12	260538	260549	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	344209753
54	NC_015943	GTTTCC	2	12	269377	269388	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	344209764
55	NC_015943	CGATCC	2	12	269998	270009	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209764
56	NC_015943	CGGCTC	2	12	270461	270472	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209764
57	NC_015943	TTCCGT	2	12	274275	274286	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	344209769
58	NC_015943	CTCACG	2	12	277411	277422	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209770
59	NC_015943	CCGGCT	2	12	277557	277568	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209770
60	NC_015943	TCGCTC	2	12	289317	289328	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344209779
61	NC_015943	AGGTGC	2	12	296126	296137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209787
62	NC_015943	CTGGAA	2	12	298665	298676	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209790
63	NC_015943	GACCTC	2	12	301650	301661	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209792
64	NC_015943	GTCGCG	2	12	302639	302650	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344209793
65	NC_015943	GAGACA	2	12	306320	306331	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	344209796
66	NC_015943	CGACAC	2	12	307584	307595	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344209797
67	NC_015943	TCGCCG	2	12	313487	313498	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209800
68	NC_015943	ACGATG	2	12	313513	313524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209800
69	NC_015943	ATGACA	2	12	313910	313921	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	344209801
70	NC_015943	GACATC	2	12	319371	319382	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209805
71	NC_015943	GGTCAG	2	12	321333	321344	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209807
72	NC_015943	CGAGCG	2	12	321759	321770	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209807
73	NC_015943	GAAAGC	2	12	322979	322990	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	344209808
74	NC_015943	GACCCG	2	12	323419	323430	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344209809
75	NC_015943	TCGATG	2	12	324957	324968	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344209810
76	NC_015943	TGATTC	2	12	330895	330906	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	344209815
77	NC_015943	CTGTTC	2	12	331386	331397	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	344209815
78	NC_015943	CTCATC	2	12	331897	331908	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	344209816
79	NC_015943	ATCGAT	2	12	334279	334290	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	344209818
80	NC_015943	GACTCT	2	12	336010	336021	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209819
81	NC_015943	GCGAGC	2	12	341889	341900	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209824
82	NC_015943	CACCGA	2	12	342310	342321	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	344209824
83	NC_015943	GTCGAT	2	12	342341	342352	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344209824
84	NC_015943	CACGAG	2	12	342587	342598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	344209824
85	NC_015943	CTCGAA	2	12	343906	343917	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209825
86	NC_015943	CGTAGT	2	12	345010	345021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344209826
87	NC_015943	TCAACG	2	12	351954	351965	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209832
88	NC_015943	GTCCCG	2	12	352401	352412	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209833
89	NC_015943	TCGCAC	2	12	352696	352707	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209833
90	NC_015943	CGAACT	2	12	356078	356089	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	344209835
91	NC_015943	CGCGTT	2	12	356905	356916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209837
92	NC_015943	GATGGT	2	12	358570	358581	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	344209838
93	NC_015943	TGGCCG	2	12	361490	361501	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344209843
94	NC_015943	CGGCGA	2	12	362645	362656	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209845
95	NC_015943	CTCGTC	2	12	366653	366664	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344209850
96	NC_015943	CGGCCC	2	12	369735	369746	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	344209851
97	NC_015943	ATCGTC	2	12	373878	373889	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209854
98	NC_015943	TCGTAG	2	12	375350	375361	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	344209855
99	NC_015943	GCGATG	2	12	380440	380451	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209859
100	NC_015943	CGACGG	2	12	380942	380953	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209859
101	NC_015943	AGCGAG	2	12	383008	383019	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	344209860
102	NC_015943	TCGACG	2	12	385963	385974	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209862
103	NC_015943	CCGCGA	2	12	386590	386601	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	344209863
104	NC_015943	AGCGCG	2	12	387063	387074	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209863
105	NC_015943	GTAGCA	2	12	389015	389026	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	344209865
106	NC_015943	TCCCGG	2	12	391583	391594	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209867
107	NC_015943	CGACGG	2	12	392872	392883	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	344209868
108	NC_015943	CGAGGT	2	12	396456	396467	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209871
109	NC_015943	TGCGGT	2	12	406557	406568	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	344209878
110	NC_015943	GATCTC	2	12	408204	408215	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209878
111	NC_015943	ACCGTC	2	12	426905	426916	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209888
112	NC_015943	TCGACC	2	12	427400	427411	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209888
113	NC_015943	GTCTCG	2	12	429290	429301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	344209890
114	NC_015943	GCCGTC	2	12	430510	430521	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	344209892
115	NC_015943	CAGTTC	2	12	430672	430683	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209892
116	NC_015943	TCCACG	2	12	432422	432433	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209894
117	NC_015943	TCGGCG	2	12	434114	434125	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344209894
118	NC_015943	CGATCC	2	12	445460	445471	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209904
119	NC_015943	TATCGC	2	12	447353	447364	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209906
120	NC_015943	ACTTCG	2	12	448564	448575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	344209907
121	NC_015943	CTCTCG	2	12	450206	450217	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344209908
122	NC_015943	GGCGTC	2	12	453447	453458	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	344209908
123	NC_015943	TGTGGA	2	12	454968	454979	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	344209911
124	NC_015943	CCGCGG	2	12	460931	460942	0 %	0 %	50 %	50 %	344209917
125	NC_015943	CCATAA	2	12	463287	463298	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	344209918
126	NC_015943	CCTGCT	2	12	469183	469194	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344209922
127	NC_015943	GAAGTA	2	12	469972	469983	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	344209923
128	NC_015943	CGTCTC	2	12	483467	483478	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	344209938
129	NC_015943	ACGGGT	2	12	483716	483727	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	344209938
130	NC_015943	GCTGCA	2	12	484713	484724	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	344209938
131	NC_015943	CCGTCA	2	12	486965	486976	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	344209940

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.