MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome II

Total Repeats: 81

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015943	TGTAC	2	10	3560	3569	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015943	ATCGA	2	10	5029	5038	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015943	CTCCC	2	10	8555	8564	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_015943	GAAAA	2	10	10862	10871	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015943	GATCC	2	10	17695	17704	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015943	CCCCG	2	10	30312	30321	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
7	NC_015943	ATTTT	2	10	33179	33188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015943	ACAGC	2	10	44615	44624	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015943	GCGGT	2	10	46454	46463	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015943	ATTCG	2	10	46541	46550	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015943	GACTC	2	10	61090	61099	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015943	AGACC	2	10	63493	63502	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015943	GAGTC	2	10	65729	65738	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015943	GGCAG	2	10	66450	66459	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015943	GCGCT	2	10	68021	68030	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015943	GTTGA	2	10	73249	73258	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015943	GCGCT	2	10	75636	75645	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015943	GTGAG	2	10	76039	76048	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015943	TCCCC	2	10	77949	77958	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_015943	ACATA	2	10	84438	84447	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015943	TTAGT	2	10	84661	84670	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015943	CTGAA	2	10	88335	88344	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015943	TTAAA	2	10	88390	88399	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015943	CATGA	2	10	89775	89784	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015943	CGCTT	2	10	95148	95157	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015943	TACAG	2	10	95160	95169	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015943	AACCA	2	10	101375	101384	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015943	TGTCT	2	10	103003	103012	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015943	TCAGG	2	10	108503	108512	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015943	GGTAC	2	10	109778	109787	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015943	GAGTG	2	10	115186	115195	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015943	GACGA	2	10	135048	135057	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015943	AAAGA	2	10	135346	135355	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015943	CAGAT	2	10	136644	136653	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015943	GGTTG	2	10	145645	145654	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015943	GGCGA	2	10	149329	149338	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015943	ATTTC	2	10	152213	152222	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015943	CTCAC	2	10	166048	166057	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_015943	ACCAC	2	10	166267	166276	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_015943	AGCGC	2	10	166451	166460	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015943	AGGAC	2	10	166490	166499	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015943	GAGCG	2	10	169591	169600	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015943	CTGCC	2	10	171238	171247	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_015943	GATCG	2	10	174579	174588	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015943	CGAAT	2	10	176929	176938	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015943	AGTGT	2	10	181821	181830	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015943	GAAGC	2	10	181978	181987	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015943	TAAGA	2	10	183800	183809	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015943	CACAC	2	10	183839	183848	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_015943	AGTAG	2	10	183877	183886	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015943	TCGAT	2	10	220089	220098	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015943	TACGA	2	10	222113	222122	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015943	CCTGT	2	10	225301	225310	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015943	ACAAT	2	10	229194	229203	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015943	ATTCA	2	10	244298	244307	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015943	TATTG	2	10	254519	254528	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015943	GCTGT	2	10	260083	260092	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015943	CCCAT	2	10	262916	262925	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_015943	GTTTA	2	10	285413	285422	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015943	TGTAG	2	10	292416	292425	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015943	TCGTT	2	10	298304	298313	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015943	GCAGG	2	10	303764	303773	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015943	AAGTA	2	10	303915	303924	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015943	TCCGA	2	10	311087	311096	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015943	CTATG	2	10	334778	334787	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015943	TTCGT	2	10	337520	337529	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015943	AATAG	2	10	339234	339243	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015943	TGTGC	2	10	364178	364187	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015943	TATTT	2	10	372923	372932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015943	CGCTC	2	10	383174	383183	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_015943	CCCCA	2	10	384670	384679	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
72	NC_015943	CCCCA	2	10	384782	384791	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
73	NC_015943	GTGGG	2	10	385105	385114	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015943	TCGAC	2	10	385198	385207	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015943	TCGCG	2	10	387491	387500	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015943	ATATC	2	10	463641	463650	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015943	GCGTT	2	10	466455	466464	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015943	CAGTG	2	10	471811	471820	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015943	ATCGT	2	10	477072	477081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015943	GACCA	2	10	484940	484949	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015943	GAGCA	2	10	488464	488473	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.