MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula hispanica ATCC 33960 chromosome II

Total Repeats: 290

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015943	TCTG	2	8	3603	3610	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015943	ATGG	2	8	5336	5343	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015943	GAAT	2	8	5564	5571	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015943	AAAT	2	8	7725	7732	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015943	GTCC	2	8	8275	8282	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015943	GGAC	2	8	9479	9486	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_015943	CGAG	2	8	9873	9880	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015943	CCCG	2	8	10098	10105	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
9	NC_015943	GAAC	2	8	11148	11155	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015943	CAAC	2	8	12408	12415	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015943	TAGG	2	8	12836	12843	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015943	GGTT	2	8	13385	13392	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015943	AACC	2	8	14871	14878	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015943	CAGA	2	8	17521	17528	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015943	AGGT	2	8	17655	17662	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015943	CTGG	2	8	20288	20295	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015943	GCAT	2	8	27928	27935	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015943	TGAA	2	8	28093	28100	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015943	TGAC	3	12	28101	28112	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_015943	TCTG	2	8	28345	28352	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015943	CTGG	2	8	28719	28726	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015943	CAGG	2	8	29101	29108	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015943	CACT	2	8	29192	29199	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015943	GCGA	2	8	32690	32697	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_015943	GTGG	2	8	32709	32716	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015943	ATAC	2	8	37645	37652	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015943	CGTT	2	8	39254	39261	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015943	GGGT	2	8	40998	41005	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015943	GAAG	2	8	41279	41286	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015943	CCGG	2	8	41693	41700	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015943	GACT	2	8	42003	42010	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015943	GTCG	2	8	43577	43584	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015943	GATA	2	8	44287	44294	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015943	AGAT	2	8	46611	46618	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015943	AATC	2	8	47082	47089	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015943	ATCT	2	8	54717	54724	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015943	GAAA	2	8	57198	57205	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015943	CAGT	2	8	57247	57254	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_015943	GCTG	2	8	57367	57374	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015943	GAAT	2	8	57408	57415	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015943	TGCC	2	8	61046	61053	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_015943	CTGA	2	8	61168	61175	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015943	TTCA	2	8	61571	61578	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015943	CCAC	2	8	61678	61685	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
45	NC_015943	ACTG	2	8	63548	63555	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_015943	CAGT	2	8	64093	64100	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015943	GGCG	2	8	64130	64137	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015943	CGCT	2	8	65621	65628	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_015943	AGCG	2	8	65696	65703	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015943	GAGG	2	8	65761	65768	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015943	GACT	2	8	65838	65845	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_015943	ACGC	2	8	66067	66074	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015943	CGGC	2	8	66111	66118	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_015943	CCGC	2	8	66259	66266	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
55	NC_015943	GCGG	2	8	67774	67781	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
56	NC_015943	GGGT	2	8	67919	67926	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015943	CTCG	2	8	67990	67997	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015943	GTTT	2	8	70064	70071	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015943	CGAT	2	8	70225	70232	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015943	TGCG	2	8	71155	71162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015943	GTCC	2	8	71218	71225	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_015943	GGTG	2	8	71920	71927	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015943	GGCA	2	8	72247	72254	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015943	GATA	2	8	72969	72976	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015943	GCAG	2	8	74814	74821	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015943	GACA	2	8	75001	75008	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015943	AGTC	2	8	75013	75020	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015943	GGCT	2	8	75441	75448	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015943	GGCG	2	8	75690	75697	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015943	AGCG	2	8	75871	75878	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015943	TCTT	2	8	78130	78137	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015943	CTAG	2	8	78139	78146	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015943	GGAT	2	8	78351	78358	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015943	TGCC	2	8	78360	78367	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_015943	GACG	2	8	82991	82998	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015943	CCAG	2	8	84065	84072	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015943	CATC	2	8	84375	84382	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015943	TGTT	2	8	84730	84737	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015943	TGAC	2	8	85585	85592	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015943	CTAT	2	8	87976	87983	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015943	CAAT	2	8	88094	88101	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015943	ATCA	2	8	89863	89870	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015943	GCTG	2	8	97821	97828	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015943	AGTA	2	8	97841	97848	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015943	AGCT	2	8	98068	98075	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_015943	AGCA	2	8	99900	99907	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015943	TCGT	2	8	100985	100992	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015943	GATT	2	8	102555	102562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015943	ACCG	2	8	103024	103031	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015943	ACCC	2	8	103331	103338	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_015943	TGGG	2	8	105175	105182	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015943	GACA	2	8	105697	105704	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_015943	AGGA	2	8	108373	108380	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015943	TGCT	2	8	113405	113412	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_015943	GTAG	2	8	115205	115212	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015943	AATC	2	8	115659	115666	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015943	TCCC	2	8	116212	116219	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_015943	AGTC	2	8	117168	117175	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015943	ACCT	2	8	117273	117280	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015943	GATT	2	8	118990	118997	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015943	AGTT	2	8	122870	122877	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015943	GAGT	2	8	123289	123296	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015943	TTAA	2	8	123302	123309	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015943	ACCG	2	8	128516	128523	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015943	CTGA	2	8	131308	131315	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_015943	CCAG	2	8	132291	132298	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015943	CGGT	2	8	132341	132348	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015943	GAAT	2	8	134843	134850	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015943	ACCC	2	8	134941	134948	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_015943	TGGG	2	8	135157	135164	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015943	CTCA	2	8	135338	135345	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015943	CGGT	2	8	135656	135663	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_015943	CCAG	2	8	136072	136079	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015943	GCCG	2	8	136587	136594	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_015943	AAGC	2	8	136737	136744	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015943	CTGG	2	8	145515	145522	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_015943	GCCA	2	8	145546	145553	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_015943	GACT	2	8	149250	149257	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015943	TGAC	2	8	149466	149473	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015943	TCGT	2	8	149809	149816	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_015943	TATT	2	8	150725	150732	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015943	TGAA	2	8	153188	153195	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015943	GCAA	2	8	153442	153449	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015943	GGCG	2	8	165923	165930	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015943	CACG	2	8	166127	166134	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_015943	CACG	2	8	166143	166150	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_015943	CTCG	2	8	166216	166223	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_015943	AGCC	2	8	166644	166651	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_015943	TGTC	2	8	167084	167091	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_015943	CCTG	2	8	167270	167277	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_015943	GCTG	2	8	169355	169362	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015943	ACCA	2	8	169689	169696	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_015943	CGTA	2	8	171272	171279	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_015943	GCCG	2	8	171579	171586	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_015943	AGCG	2	8	172046	172053	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_015943	CCAG	2	8	172093	172100	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015943	TACT	2	8	172725	172732	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_015943	AAAC	2	8	172762	172769	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_015943	CTCG	2	8	173122	173129	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_015943	AGTG	2	8	174551	174558	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015943	GAAT	2	8	175404	175411	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015943	GAAT	2	8	175797	175804	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015943	ACTC	2	8	177926	177933	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_015943	TGAG	2	8	181928	181935	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015943	TCAG	2	8	182033	182040	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_015943	AGAA	2	8	183198	183205	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015943	TGAG	2	8	183242	183249	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015943	GAAC	2	8	183387	183394	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_015943	AGAT	2	8	183488	183495	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015943	GTCA	2	8	188702	188709	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_015943	ACGC	2	8	188748	188755	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_015943	GCCT	2	8	191717	191724	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_015943	GCCA	2	8	192099	192106	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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156	NC_015943	ACGA	2	8	195662	195669	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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164	NC_015943	GGAT	2	8	202067	202074	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.