MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus ferrivorans SS3 chromosome

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015942	GCGCC	2	10	10857	10866	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_015942	TCCTG	2	10	28824	28833	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_015942	CAGCT	2	10	47342	47351	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015942	GCGCG	2	10	52566	52575	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015942	CTTCA	2	10	53582	53591	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015942	TTAGC	2	10	54327	54336	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015942	CCGGG	2	10	54749	54758	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015942	CCAGC	2	10	74533	74542	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_015942	CGGGC	2	10	83341	83350	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015942	TCTGC	2	10	105054	105063	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015942	GTTTG	2	10	111075	111084	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015942	CAAAA	2	10	139654	139663	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015942	CCACG	2	10	141416	141425	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_015942	TGAGG	2	10	146083	146092	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015942	GCGCC	2	10	153592	153601	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
16	NC_015942	TCTGA	2	10	158413	158422	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015942	TTACG	2	10	162231	162240	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015942	TACTT	2	10	165817	165826	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015942	TGCGG	2	10	173258	173267	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015942	CGATG	2	10	190666	190675	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015942	GAGCA	2	10	217945	217954	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015942	TGGCA	2	10	222126	222135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015942	CTGCC	2	10	222930	222939	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_015942	TAAAT	2	10	224393	224402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015942	TTGCT	2	10	225006	225015	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015942	TGCTG	2	10	234319	234328	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015942	GAGAT	2	10	246230	246239	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015942	CAGTG	2	10	264203	264212	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015942	GTTAT	2	10	277344	277353	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015942	GGACC	2	10	284703	284712	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015942	CTATG	2	10	300294	300303	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015942	ATACA	2	10	300413	300422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015942	AGACT	2	10	302703	302712	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015942	ACTGC	2	10	312135	312144	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015942	GGATG	2	10	316497	316506	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015942	GAGAG	2	10	353955	353964	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015942	CTGAC	2	10	361334	361343	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015942	AGCGC	2	10	375227	375236	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015942	CGCCC	2	10	375541	375550	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
40	NC_015942	CGTCT	2	10	400707	400716	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015942	GACCA	2	10	402717	402726	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015942	TGTGG	2	10	405199	405208	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015942	TTGTT	2	10	415860	415869	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015942	AGGCT	2	10	421992	422001	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015942	GCCAG	2	10	433265	433274	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015942	CTGCC	2	10	459677	459686	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_015942	GATCA	2	10	459777	459786	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015942	AGATG	2	10	460700	460709	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015942	CTGCC	2	10	463352	463361	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_015942	GATCA	2	10	474290	474299	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015942	TTCTT	2	10	474786	474795	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015942	TCCAT	2	10	478280	478289	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015942	TCGCC	2	10	496250	496259	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_015942	CAGAC	2	10	500988	500997	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015942	TGCCT	2	10	522567	522576	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015942	ATTGT	2	10	532869	532878	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015942	GGGGC	2	10	543332	543341	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015942	AGGGC	2	10	545103	545112	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015942	GGTTG	2	10	550386	550395	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015942	TCTGG	2	10	590476	590485	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015942	CAAGT	2	10	610475	610484	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015942	GCAAT	2	10	614095	614104	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015942	TCACC	2	10	614157	614166	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_015942	GTGTT	2	10	627775	627784	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015942	ATGTA	2	10	635167	635176	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015942	GCGTT	2	10	673775	673784	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015942	GGCAT	2	10	673980	673989	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015942	CATGG	2	10	678446	678455	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015942	GCCAA	2	10	697493	697502	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_015942	GGGGC	2	10	706504	706513	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015942	ATAAA	2	10	709877	709886	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015942	GCAGA	2	10	713225	713234	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015942	TAGGG	2	10	714826	714835	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015942	CCCCA	2	10	715008	715017	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
75	NC_015942	CTGCC	2	10	732919	732928	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_015942	TGCAT	2	10	737655	737664	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015942	CTGCC	2	10	755639	755648	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_015942	AGTGC	2	10	763431	763440	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015942	CTTTG	2	10	789203	789212	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015942	GAATA	2	10	792949	792958	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015942	TAATT	2	10	797305	797314	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015942	ATGAC	2	10	811696	811705	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015942	GATCA	2	10	819334	819343	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015942	GGGCC	2	10	831314	831323	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015942	GTCCG	2	10	832625	832634	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_015942	GTCTG	2	10	842293	842302	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015942	TCATC	2	10	855797	855806	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_015942	CGCAG	2	10	876731	876740	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015942	CATTT	2	10	883059	883068	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015942	AATTG	2	10	885609	885618	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015942	CGGGT	2	10	901116	901125	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015942	TTTCC	2	10	901456	901465	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_015942	GAAAA	2	10	903432	903441	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015942	TCGCC	2	10	911184	911193	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_015942	GATCA	2	10	914260	914269	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015942	CCGAC	2	10	917036	917045	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_015942	CTGCC	2	10	927903	927912	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_015942	TTCCC	2	10	945566	945575	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_015942	GAGCA	2	10	949510	949519	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015942	CTGCC	2	10	950772	950781	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
101	NC_015942	CAAAG	2	10	983842	983851	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015942	CCGGA	2	10	1023414	1023423	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015942	TATAA	2	10	1040086	1040095	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015942	CGCAA	2	10	1040278	1040287	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015942	CTCCA	2	10	1079686	1079695	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_015942	AGGGT	2	10	1087085	1087094	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015942	CGCTG	2	10	1093233	1093242	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015942	ATTGG	2	10	1110513	1110522	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015942	AGAAT	2	10	1118535	1118544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015942	CCGGG	2	10	1132712	1132721	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_015942	AGGCG	2	10	1157745	1157754	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015942	GGCGC	2	10	1162978	1162987	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_015942	CCCCG	2	10	1163035	1163044	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
114	NC_015942	TTTGC	2	10	1197511	1197520	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015942	TATAT	3	15	1200991	1201005	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015942	ACCTT	2	10	1202484	1202493	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015942	TGCCC	2	10	1202551	1202560	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
118	NC_015942	GTGCT	2	10	1225775	1225784	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015942	GCGCT	2	10	1230180	1230189	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015942	CGCTC	2	10	1231253	1231262	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_015942	TTGGC	2	10	1258670	1258679	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015942	AATAA	2	10	1264400	1264409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015942	TCCTG	2	10	1321179	1321188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_015942	TTGGA	2	10	1336948	1336957	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015942	TGGTG	2	10	1351370	1351379	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015942	CTTTT	2	10	1370995	1371004	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015942	GTAAG	2	10	1383263	1383272	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015942	TGGAA	2	10	1385217	1385226	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015942	GGGAG	2	10	1404695	1404704	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015942	CCGCC	2	10	1414204	1414213	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
131	NC_015942	ATTCC	2	10	1464897	1464906	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_015942	CACCT	2	10	1465432	1465441	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_015942	TTAAC	2	10	1467433	1467442	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015942	CGTAA	2	10	1467503	1467512	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015942	GTCGT	2	10	1476067	1476076	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015942	CACAT	2	10	1481604	1481613	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_015942	TTCCG	2	10	1484760	1484769	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_015942	CTGCC	2	10	1484936	1484945	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_015942	CACAG	2	10	1486302	1486311	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015942	CTGCG	2	10	1498823	1498832	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_015942	GATTT	2	10	1502108	1502117	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015942	GAAGC	2	10	1503198	1503207	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015942	CAAGT	2	10	1503579	1503588	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015942	GGCTT	2	10	1504839	1504848	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015942	AATAA	2	10	1506506	1506515	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015942	TTCCC	2	10	1531978	1531987	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
147	NC_015942	AAGCA	2	10	1539726	1539735	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_015942	AACGG	2	10	1539896	1539905	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_015942	ATTTC	2	10	1564120	1564129	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_015942	CAGCA	2	10	1568224	1568233	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_015942	CGGCA	2	10	1602055	1602064	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
152	NC_015942	AAAAT	2	10	1611430	1611439	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_015942	CCGTT	2	10	1630517	1630526	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_015942	GTGCC	2	10	1646180	1646189	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_015942	AGGGC	2	10	1704834	1704843	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
156	NC_015942	ATGGT	2	10	1711859	1711868	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015942	ACAGA	2	10	1722108	1722117	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_015942	CTCGT	2	10	1725118	1725127	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_015942	GGGTA	3	15	1726308	1726322	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015942	ATTTG	2	10	1739380	1739389	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015942	GATGC	2	10	1791513	1791522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_015942	TATCC	2	10	1821349	1821358	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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164	NC_015942	CAAGA	2	10	1833612	1833621	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
165	NC_015942	TACAT	2	10	1835573	1835582	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_015942	GCCCT	2	10	1840887	1840896	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
167	NC_015942	GGCAT	2	10	1845739	1845748	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_015942	CCCAT	2	10	1872770	1872779	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
170	NC_015942	CCATA	2	10	1873137	1873146	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_015942	GAAAA	3	15	1884691	1884705	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_015942	GAAAA	2	10	1884717	1884726	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_015942	ATATA	2	10	1887384	1887393	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_015942	ATCCA	2	10	1893717	1893726	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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179	NC_015942	TTTTC	3	15	1913824	1913838	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
180	NC_015942	GTTTT	3	15	1915420	1915434	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
181	NC_015942	TCTGC	2	10	1915577	1915586	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_015942	CACAA	2	10	1917787	1917796	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
183	NC_015942	TCCCA	2	10	1946494	1946503	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
184	NC_015942	CAAAA	2	10	1955778	1955787	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_015942	CCATA	2	10	2086900	2086909	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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249	NC_015942	CTTTT	2	10	2851092	2851101	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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251	NC_015942	GGGGT	2	10	2934299	2934308	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
252	NC_015942	CTAGT	2	10	2991412	2991421	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_015942	TAAAA	2	10	3007595	3007604	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_015942	CTGGT	2	10	3020554	3020563	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
255	NC_015942	GAAGG	2	10	3020602	3020611	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
256	NC_015942	TTGAC	2	10	3022205	3022214	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
257	NC_015942	CGACT	2	10	3022416	3022425	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
258	NC_015942	CCTTC	2	10	3023586	3023595	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
259	NC_015942	CACGA	2	10	3024437	3024446	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
260	NC_015942	CTCTT	2	10	3025286	3025295	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
261	NC_015942	CCGGA	2	10	3025617	3025626	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
262	NC_015942	ATTGC	2	10	3029479	3029488	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
263	NC_015942	TGACA	2	10	3059006	3059015	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
264	NC_015942	TGCAA	2	10	3074020	3074029	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
265	NC_015942	ATATA	2	10	3074137	3074146	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_015942	TCAAA	2	10	3079720	3079729	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
267	NC_015942	CGCCC	2	10	3086890	3086899	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
268	NC_015942	TTCGC	2	10	3094652	3094661	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
269	NC_015942	TGCAA	2	10	3094899	3094908	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
270	NC_015942	AGCAG	2	10	3095077	3095086	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
271	NC_015942	CATGC	2	10	3097276	3097285	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
272	NC_015942	ATGGC	2	10	3097300	3097309	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
273	NC_015942	AGTAA	2	10	3101302	3101311	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
274	NC_015942	TGGCA	2	10	3102403	3102412	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
275	NC_015942	TTTTC	2	10	3154956	3154965	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
276	NC_015942	GACCA	5	25	3165186	3165210	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
277	NC_015942	TTAAG	2	10	3192026	3192035	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.