MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pseudopneumoniae IS7493 chromosome

Total Repeats: 387

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015875	TGAAA	2	10	2974	2983	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015875	AAATG	2	10	14929	14938	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015875	GCAAG	2	10	17338	17347	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015875	TTTTG	2	10	29403	29412	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015875	AAAGG	2	10	30167	30176	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015875	TCTTG	2	10	31215	31224	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015875	GGATG	2	10	31820	31829	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015875	TTGGT	2	10	31861	31870	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015875	TTGGT	2	10	32101	32110	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015875	ATTCA	2	10	38831	38840	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015875	AGGTA	2	10	39326	39335	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015875	TGATT	2	10	40076	40085	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015875	ATGGT	2	10	47697	47706	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015875	GAAAG	2	10	56924	56933	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015875	CTTTT	2	10	66009	66018	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015875	TAAAA	2	10	74320	74329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015875	GACTC	2	10	74540	74549	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015875	AGATT	2	10	88184	88193	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015875	GAAAA	2	10	90370	90379	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015875	ATTTA	2	10	90444	90453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015875	ATTTA	2	10	90570	90579	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015875	TAAAA	2	10	91825	91834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015875	AAAAG	2	10	94800	94809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015875	GGCTA	2	10	98798	98807	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015875	TTTCT	2	10	104093	104102	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015875	AGAGG	2	10	106619	106628	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015875	TTTAT	2	10	127322	127331	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015875	ATTCA	2	10	133241	133250	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015875	TCTTA	2	10	137646	137655	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015875	GAAAG	2	10	139221	139230	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015875	TAGAA	2	10	139996	140005	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015875	GCGGT	2	10	140461	140470	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015875	TTGAT	2	10	150377	150386	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015875	ATAAA	2	10	150660	150669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015875	TTTTG	2	10	157971	157980	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015875	AAATT	2	10	158631	158640	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015875	GGATT	2	10	173738	173747	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015875	AGAAA	2	10	176650	176659	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015875	AAATG	2	10	177639	177648	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015875	ATAAA	2	10	185695	185704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015875	TATCT	2	10	188761	188770	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015875	TTCAG	2	10	192086	192095	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015875	ATGGG	2	10	192912	192921	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015875	AAAAT	2	10	194675	194684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015875	CATTT	2	10	203008	203017	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015875	AGAAA	2	10	203025	203034	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015875	TCCTT	2	10	203080	203089	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015875	ATCTT	2	10	210121	210130	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015875	ATGAC	2	10	210611	210620	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015875	AAAAG	2	10	211202	211211	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015875	TAATT	2	10	236424	236433	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015875	TTCCT	2	10	244871	244880	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015875	AAAGG	2	10	246278	246287	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015875	TGAAA	2	10	255234	255243	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015875	ATTTG	2	10	255333	255342	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015875	CCCTG	2	10	264104	264113	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015875	TCATT	2	10	269886	269895	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015875	AAGGA	2	10	296842	296851	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015875	GTTCA	2	10	298511	298520	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015875	AAAAT	2	10	302318	302327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015875	ATCGA	2	10	303066	303075	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015875	ATTCT	2	10	314017	314026	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015875	GATAA	2	10	314594	314603	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015875	TAGAA	2	10	316556	316565	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015875	CTTTT	2	10	321568	321577	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015875	CTTAA	2	10	323690	323699	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015875	AAAGT	2	10	332530	332539	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015875	AAGAC	2	10	349159	349168	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015875	GATTT	2	10	351476	351485	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015875	TCAAT	2	10	351677	351686	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015875	AATAG	2	10	353317	353326	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015875	GAAAA	2	10	359978	359987	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015875	AGGGA	2	10	360294	360303	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015875	TATCA	2	10	360406	360415	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015875	TGATA	2	10	362611	362620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015875	ACTAA	2	10	369136	369145	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015875	ATTTT	2	10	370224	370233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015875	ATAAA	3	15	379353	379367	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015875	CATAA	2	10	386620	386629	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015875	TTTGT	2	10	412584	412593	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015875	ACTAA	2	10	413925	413934	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015875	AAAAT	2	10	414417	414426	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015875	GAAAT	2	10	431215	431224	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015875	GAATT	2	10	431589	431598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015875	ATTTT	2	10	431620	431629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015875	AAAAT	2	10	431664	431673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015875	GTTTT	2	10	432622	432631	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015875	TAATT	2	10	434195	434204	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015875	TATTT	2	10	434234	434243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015875	ATCAA	2	10	445086	445095	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015875	AAATA	2	10	470415	470424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015875	TAAAA	2	10	470554	470563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015875	AACAA	2	10	488040	488049	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015875	TGTTT	2	10	488071	488080	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015875	AGGAA	2	10	497608	497617	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015875	AAATA	2	10	504848	504857	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015875	AGAAA	2	10	504869	504878	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015875	TAGGA	2	10	513983	513992	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015875	AAATT	2	10	514076	514085	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015875	CAGGG	2	10	517458	517467	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015875	TTGTC	2	10	517520	517529	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015875	ATATT	2	10	521930	521939	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015875	AAAGG	2	10	522032	522041	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015875	ATTAG	2	10	523445	523454	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015875	ATTTC	2	10	524260	524269	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015875	TGAAA	2	10	527832	527841	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015875	ATACT	2	10	528007	528016	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015875	CTATT	2	10	529902	529911	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015875	AATAA	2	10	535245	535254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015875	CTTTT	2	10	536851	536860	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_015875	TAAAA	2	10	536864	536873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015875	TGTTT	2	10	539736	539745	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015875	TTTTA	2	10	543521	543530	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015875	ATTTT	2	10	555984	555993	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015875	ATAAA	2	10	558964	558973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015875	TTTTA	2	10	559115	559124	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015875	TTTAT	2	10	563356	563365	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015875	AGGAA	2	10	565435	565444	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015875	AAGGC	2	10	570076	570085	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015875	TAGTA	2	10	592253	592262	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015875	CATTT	2	10	593706	593715	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015875	TTGTC	2	10	595615	595624	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015875	ATTTT	2	10	610987	610996	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015875	CTTAG	2	10	620730	620739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015875	TTTAC	2	10	629443	629452	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015875	ATATA	2	10	633549	633558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015875	GAAAA	2	10	673776	673785	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015875	GTTAT	2	10	673815	673824	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015875	GCTTG	2	10	684993	685002	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015875	TTTAT	2	10	691205	691214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015875	TAATA	3	15	695321	695335	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015875	AAATG	2	10	696358	696367	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015875	CTTTT	2	10	701534	701543	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015875	AAATA	2	10	708044	708053	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015875	TAGAA	2	10	711226	711235	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015875	CTATC	2	10	717421	717430	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_015875	AGGGG	2	10	717514	717523	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015875	AATGA	2	10	729068	729077	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015875	ATGGA	2	10	738349	738358	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015875	TTTGG	2	10	747889	747898	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015875	ATAAA	2	10	751807	751816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015875	AAAAG	2	10	754938	754947	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015875	TAAAA	2	10	759516	759525	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015875	GGAAA	2	10	764494	764503	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015875	TAAAA	2	10	775318	775327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015875	AACAA	2	10	777460	777469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_015875	TATAG	2	10	793663	793672	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015875	CAAGA	2	10	799590	799599	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_015875	AAATA	2	10	816763	816772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015875	TATTT	2	10	836712	836721	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_015875	TTTAG	2	10	914881	914890	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_015875	ATTTC	2	10	960527	960536	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.