MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Megasphaera elsdenii DSM 20460

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015873	TTTAAA	2	12	55959	55970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015873	TTTAAA	2	12	118082	118093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015873	TTTTTA	2	12	186182	186193	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015873	TCGCTT	2	12	209959	209970	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015873	GGACGG	2	12	234681	234692	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015873	TAAAAA	2	12	265854	265865	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015873	TTTAAA	2	12	268493	268504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015873	ATGAAT	2	12	280860	280871	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015873	TTTAAA	2	12	300307	300318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015873	ATAATT	2	12	304135	304146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015873	AAATAC	2	12	355258	355269	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015873	ATTTAT	2	12	357309	357320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015873	TTGATG	2	12	367870	367881	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015873	ATATTT	2	12	408436	408447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015873	TTTAAA	2	12	439458	439469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015873	TCGCTT	2	12	473555	473566	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015873	TTTAAA	2	12	486764	486775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015873	ATATTT	2	12	500716	500727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015873	ATATGA	2	12	500828	500839	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015873	AATTAT	2	12	504698	504709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015873	CCATCC	2	12	508644	508655	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_015873	TTTAAA	2	12	526751	526762	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015873	TCGCTT	2	12	531824	531835	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015873	TTTAAA	2	12	540245	540256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015873	GAAAAG	2	12	548492	548503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015873	AATAAA	2	12	601958	601969	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015873	TTGTAG	2	12	633265	633276	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015873	AAATAA	2	12	633543	633554	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015873	TTTAAA	2	12	650646	650657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015873	AAGCGA	2	12	685949	685960	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015873	TTTAAA	2	12	724420	724431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015873	AGTTTG	2	12	732846	732857	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015873	TCTGAG	2	12	732874	732885	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015873	TTTAAA	2	12	743725	743736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015873	GTTGTA	2	12	753626	753637	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015873	TTTAAA	2	12	760836	760847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015873	TTTAAA	2	12	862822	862833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015873	TGTATT	2	12	879291	879302	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015873	ATCAAA	2	12	941443	941454	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015873	TGATAT	2	12	943349	943360	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015873	ATGAAT	2	12	946054	946065	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015873	TCAGAT	2	12	965100	965111	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015873	GCATCG	2	12	977856	977867	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015873	GAAAGA	2	12	991425	991436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015873	AAGCGA	2	12	1031899	1031910	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015873	ATTTGA	2	12	1058872	1058883	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015873	TGGCCG	2	12	1096122	1096133	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015873	CTCAAA	2	12	1118055	1118066	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015873	TTTAAA	2	12	1137037	1137048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015873	TTTATA	2	12	1155324	1155335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015873	TTTAAA	2	12	1173302	1173313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015873	TTTTCC	2	12	1185619	1185630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015873	TTTAAA	2	12	1191248	1191259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015873	TTTAAA	2	12	1198780	1198791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015873	TTTAAA	2	12	1200804	1200815	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015873	CAAAGA	2	12	1330279	1330290	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015873	GAATGG	2	12	1333810	1333821	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015873	GCTCGT	2	12	1353482	1353493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015873	TCTCTT	2	12	1371417	1371428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015873	AAGCGA	2	12	1394591	1394602	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015873	CATAAT	2	12	1451968	1451979	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015873	TTTAAA	2	12	1472953	1472964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015873	AAGGAA	2	12	1475844	1475855	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015873	AAACTA	2	12	1504026	1504037	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015873	TTATCA	2	12	1547892	1547903	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015873	TATTCT	2	12	1569662	1569673	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015873	GCCCAT	2	12	1612327	1612338	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015873	TTTAAA	2	12	1645657	1645668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015873	TTTAAA	2	12	1685655	1685666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015873	CGGCAG	2	12	1711340	1711351	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015873	GTTTAA	2	12	1757939	1757950	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015873	ATTGAA	2	12	1759756	1759767	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015873	GAAAGG	2	12	1771083	1771094	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015873	TGATTA	2	12	1800774	1800785	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015873	TTTAAA	2	12	1835639	1835650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015873	CACTTT	2	12	1853665	1853676	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015873	ATCGTT	2	12	1869241	1869252	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015873	AAAAGA	2	12	1937788	1937799	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015873	ATGCCT	2	12	1963813	1963824	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015873	TCTAAT	2	12	2005178	2005189	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015873	TTTAAA	2	12	2039929	2039940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015873	CAGCCT	2	12	2059897	2059908	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015873	GTTTGT	2	12	2078539	2078550	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015873	TTCCGT	2	12	2108399	2108410	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015873	CAGAAT	2	12	2116345	2116356	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015873	CGTTTG	2	12	2130772	2130783	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_015873	ATTTTT	2	12	2130872	2130883	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015873	TCGTCC	2	12	2191279	2191290	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015873	CATCAG	2	12	2232750	2232761	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015873	TTTAAA	2	12	2259222	2259233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015873	GCAGCT	2	12	2406674	2406685	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015873	TCGCTT	2	12	2472211	2472222	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.