MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Megasphaera elsdenii DSM 20460

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015873	TTCGT	2	10	77	86	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015873	TCTAT	2	10	19155	19164	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015873	AGGCC	2	10	21078	21087	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015873	CTTTT	2	10	38393	38402	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015873	CCTGC	2	10	41066	41075	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015873	ATTTT	2	10	51548	51557	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015873	AATTT	2	10	61695	61704	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015873	AATAT	2	10	69356	69365	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015873	GCATG	2	10	80085	80094	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015873	ATACT	2	10	83638	83647	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015873	ATTAT	2	10	97274	97283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015873	AGTAT	2	10	116557	116566	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015873	CTTTA	2	10	123186	123195	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015873	ATTCA	2	10	147308	147317	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015873	TTATT	2	10	149670	149679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015873	TATTT	2	10	149717	149726	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015873	TTCAA	2	10	156380	156389	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015873	ATTTA	2	10	158515	158524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015873	CAGGG	2	10	163732	163741	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015873	ATTAA	2	10	204579	204588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015873	CACGA	2	10	211238	211247	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015873	TATTT	2	10	213673	213682	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015873	TGGTA	2	10	227299	227308	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015873	AAAAT	2	10	230373	230382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015873	CATAC	2	10	238162	238171	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015873	CCATA	2	10	248069	248078	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015873	TTATT	2	10	255877	255886	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015873	GATAA	2	10	266206	266215	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015873	TGTTT	2	10	270686	270695	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015873	AAAAG	2	10	311375	311384	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015873	CCTTT	2	10	323163	323172	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015873	CCGGC	2	10	324146	324155	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
33	NC_015873	CTTTT	2	10	336363	336372	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015873	TATAG	2	10	338719	338728	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015873	TCCTT	2	10	373607	373616	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015873	ATATT	2	10	373648	373657	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015873	ATATA	2	10	385920	385929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015873	TTTTA	2	10	392824	392833	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015873	AAAAT	2	10	408415	408424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015873	CTATA	2	10	420300	420309	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015873	CCCTT	2	10	426045	426054	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_015873	CGACA	2	10	439301	439310	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015873	ATGAA	2	10	459066	459075	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015873	ATTTA	2	10	466753	466762	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015873	TTTAT	2	10	466802	466811	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015873	TAAAA	2	10	467116	467125	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015873	ATTAA	2	10	467264	467273	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015873	AAGTC	2	10	471296	471305	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015873	CACGA	2	10	474834	474843	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015873	ATTAT	2	10	480024	480033	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015873	ATTAT	2	10	499439	499448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015873	CACGA	2	10	533103	533112	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015873	TACTA	2	10	536278	536287	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015873	GCCTT	2	10	538425	538434	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015873	TATCA	2	10	559203	559212	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015873	GGCAA	2	10	561321	561330	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015873	CTTTT	2	10	563378	563387	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015873	AAAAT	2	10	570371	570380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015873	GAGAA	2	10	597113	597122	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015873	ATCAT	2	10	640799	640808	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015873	ACATG	2	10	640822	640831	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015873	ATAAA	2	10	649014	649023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015873	TCTAA	2	10	652195	652204	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015873	TATAG	2	10	656156	656165	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015873	ATTTT	2	10	670685	670694	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015873	TTATA	2	10	682989	682998	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015873	TCGTG	2	10	684570	684579	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015873	CGGAG	2	10	687059	687068	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015873	AAATT	2	10	688944	688953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015873	TATAA	2	10	710048	710057	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015873	ATATT	2	10	724373	724382	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015873	TGAAT	2	10	724396	724405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015873	TCCAA	2	10	726066	726075	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015873	GATGT	2	10	732735	732744	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015873	TGTGA	2	10	752791	752800	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015873	TATAA	2	10	753313	753322	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015873	TACTT	2	10	753606	753615	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015873	AATAA	2	10	774150	774159	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015873	TACAT	2	10	801120	801129	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015873	AAAGG	2	10	806665	806674	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015873	AATTA	2	10	817710	817719	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015873	TAATC	2	10	824616	824625	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015873	AAAAG	2	10	832063	832072	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015873	TTATA	2	10	845792	845801	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015873	GTATA	2	10	857195	857204	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015873	ATTTT	2	10	863122	863131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015873	AGAAC	2	10	875748	875757	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015873	CATAT	2	10	899943	899952	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015873	CATAG	2	10	900758	900767	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015873	TAATT	2	10	903367	903376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015873	AAATT	2	10	904789	904798	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015873	GCCTC	2	10	906119	906128	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_015873	ACATG	2	10	921409	921418	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015873	AAATT	2	10	921812	921821	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015873	GAAAC	2	10	939164	939173	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015873	AAGAT	2	10	941261	941270	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015873	AAATT	2	10	941974	941983	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015873	TGGAA	2	10	943136	943145	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015873	TAGAT	2	10	943502	943511	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015873	TTCAT	2	10	943653	943662	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015873	GAATT	2	10	952507	952516	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015873	GATAC	2	10	952852	952861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015873	TTATG	2	10	965138	965147	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015873	ATTTT	2	10	969956	969965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015873	AACGA	2	10	992582	992591	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015873	TTTAA	2	10	999004	999013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015873	TATAC	2	10	1024798	1024807	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015873	TCGTG	2	10	1030520	1030529	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015873	CGGAG	2	10	1033009	1033018	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015873	AATTT	2	10	1035914	1035923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015873	ATATA	2	10	1139012	1139021	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015873	AATTT	2	10	1152896	1152905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015873	GATAA	2	10	1198991	1199000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015873	ATATA	2	10	1205740	1205749	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015873	CGAAG	2	10	1219795	1219804	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015873	TATTT	2	10	1224322	1224331	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015873	TCCGC	2	10	1249924	1249933	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
118	NC_015873	CTATA	2	10	1252613	1252622	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015873	TATAA	2	10	1253929	1253938	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015873	TGTTT	2	10	1255255	1255264	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015873	TATCA	2	10	1262412	1262421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015873	CCTAT	2	10	1269744	1269753	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015873	GGAGT	2	10	1305706	1305715	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015873	GGGAC	2	10	1318617	1318626	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015873	TCAAG	2	10	1328006	1328015	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015873	CTTTC	2	10	1333949	1333958	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_015873	CCTTT	2	10	1346899	1346908	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_015873	ATAAA	2	10	1346945	1346954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015873	AGAGG	2	10	1350238	1350247	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015873	AAATT	2	10	1354494	1354503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015873	ATAGT	2	10	1358906	1358915	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015873	GAAGG	2	10	1359731	1359740	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015873	TAAGA	2	10	1360769	1360778	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015873	ATGAA	2	10	1360781	1360790	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015873	CATTT	2	10	1364695	1364704	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015873	TAAGA	2	10	1365366	1365375	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015873	TCATA	2	10	1370232	1370241	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015873	TAACG	2	10	1373092	1373101	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015873	CTATA	2	10	1373985	1373994	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015873	ATATA	2	10	1373996	1374005	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015873	AAAGG	2	10	1389028	1389037	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015873	TCGTG	2	10	1393030	1393039	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015873	CGGAG	2	10	1395701	1395710	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015873	CCTCC	2	10	1405901	1405910	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
145	NC_015873	AATGA	2	10	1408951	1408960	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015873	TATAA	2	10	1412281	1412290	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_015873	TCTGC	2	10	2432556	2432565	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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276	NC_015873	AAGTC	2	10	2469952	2469961	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
277	NC_015873	CACGA	2	10	2473490	2473499	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.