MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia heilongjiangensis 054 chromosome

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015866	AAAACA	2	12	18290	18301	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015866	CAAATA	2	12	27483	27494	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015866	AAGAAA	2	12	39094	39105	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015866	TTTTAT	2	12	39353	39364	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015866	ATCTTT	2	12	41534	41545	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015866	TACTAA	2	12	45536	45547	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015866	ATTAAT	2	12	45895	45906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015866	ATAAAA	2	12	70732	70743	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015866	ATTTAT	2	12	70765	70776	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015866	TTTTAA	2	12	95382	95393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015866	TTTAAT	2	12	99629	99640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015866	ACTAGT	2	12	119754	119765	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015866	TATTTT	2	12	133082	133093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015866	TCATTG	2	12	160145	160156	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015866	TTTTAA	2	12	172815	172826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015866	AATTTA	2	12	176564	176575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015866	TATTTA	2	12	212651	212662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015866	AAATGA	2	12	213968	213979	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015866	CACTAC	2	12	231133	231144	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_015866	AGCTTC	2	12	233076	233087	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015866	TATTTT	2	12	257373	257384	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015866	AAATAA	2	12	265868	265879	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015866	TAAAAA	2	12	265920	265931	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015866	TGTAAT	2	12	278985	278996	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015866	TAAAAT	2	12	287246	287257	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015866	CCTGAA	2	12	288864	288875	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015866	GCCTTT	2	12	291159	291170	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015866	TATTGT	2	12	297816	297827	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015866	TCAATA	2	12	310524	310535	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015866	GATATA	2	12	312784	312795	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015866	AATATT	2	12	346929	346940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015866	ATAGAA	2	12	370703	370714	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015866	TTCAGC	2	12	372699	372710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015866	AAGATA	2	12	376593	376604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015866	ATAAAA	2	12	377064	377075	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015866	CAGTTT	2	12	378044	378055	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015866	TTTTAC	2	12	379107	379118	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015866	ATATAA	2	12	381430	381441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015866	TATTGT	2	12	390846	390857	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015866	TAAAAT	2	12	392513	392524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015866	AAATTA	2	12	392536	392547	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015866	TTCTAA	2	12	451731	451742	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015866	TGTAGG	2	12	471197	471208	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015866	AATATC	2	12	490209	490220	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015866	TTGGCG	2	12	498731	498742	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015866	AAATTT	2	12	498779	498790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015866	AATTTA	2	12	515231	515242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015866	ATACCG	2	12	522957	522968	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015866	TTAATT	2	12	528931	528942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015866	AATTTA	2	12	550512	550523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015866	AATCCC	2	12	553555	553566	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015866	TAGTTT	2	12	553895	553906	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015866	TATTAA	2	12	557338	557349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015866	ATATTA	2	12	566597	566608	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015866	TAGTAT	2	12	566676	566687	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015866	CTATAT	2	12	567800	567811	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015866	CATATT	2	12	568331	568342	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015866	TGCTTG	2	12	568457	568468	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015866	ATCTTC	2	12	571022	571033	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015866	CAAAAA	2	12	573711	573722	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015866	AATATA	2	12	587816	587827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015866	GATTTT	2	12	601862	601873	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015866	GCTTGT	2	12	602086	602097	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015866	ACAAAA	2	12	611089	611100	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015866	AAAGCT	2	12	632963	632974	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015866	TTTAAA	2	12	663945	663956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015866	TGCTTC	2	12	676288	676299	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015866	TAAAAC	2	12	677216	677227	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_015866	CTTCAA	2	12	692081	692092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015866	ATTTAA	2	12	692187	692198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015866	TGATGG	2	12	708735	708746	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015866	TCAAAT	2	12	715982	715993	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015866	TACAAA	2	12	716092	716103	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015866	ATTATA	2	12	718240	718251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015866	TATTTT	2	12	739637	739648	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015866	TAAAGC	2	12	756915	756926	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015866	AAGTAA	2	12	763041	763052	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015866	TAATTA	2	12	786861	786872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015866	ATCGAT	2	12	822909	822920	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015866	TATTTT	2	12	850441	850452	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015866	TTAATA	2	12	857364	857375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015866	TTAAAA	2	12	860498	860509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015866	CTAAAC	2	12	860800	860811	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015866	ATTTAA	2	12	866894	866905	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015866	CTCAAG	2	12	897686	897697	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015866	ATTAAT	2	12	921135	921146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015866	TTCAAA	2	12	925008	925019	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015866	TAGCAC	2	12	932491	932502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015866	AAATAC	2	12	934188	934199	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015866	TTTTAT	2	12	934624	934635	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015866	ACTTCC	2	12	935535	935546	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015866	CTATAA	2	12	936318	936329	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015866	AAATTT	2	12	955802	955813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015866	TTTATC	2	12	957711	957722	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015866	ACAAAA	2	12	963204	963215	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015866	TTTTTA	2	12	971017	971028	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015866	TAATTT	2	12	976008	976019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015866	TGCTCT	2	12	977497	977508	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015866	TGTTAA	2	12	977575	977586	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015866	TTAAAT	2	12	991968	991979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015866	ATATCC	2	12	993004	993015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015866	ATTAGG	2	12	998308	998319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015866	AATTAT	2	12	1001161	1001172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015866	ATCAAT	2	12	1002112	1002123	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_015866	CATTGT	2	12	1002955	1002966	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015866	CATATT	2	12	1007942	1007953	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015866	AATTTA	2	12	1022354	1022365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015866	TTAATA	2	12	1041213	1041224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015866	CAAGAA	2	12	1041315	1041326	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015866	TACACC	2	12	1044657	1044668	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015866	CTTTAT	2	12	1044752	1044763	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015866	ATTTAA	2	12	1053365	1053376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015866	TTAAAT	2	12	1053387	1053398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015866	TTATAT	2	12	1053595	1053606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015866	TTCAAT	2	12	1053856	1053867	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015866	TTAGTT	2	12	1055263	1055274	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015866	AGCATT	2	12	1057473	1057484	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015866	AATTTC	2	12	1080485	1080496	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015866	AGCTTA	2	12	1093753	1093764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015866	AGTTTA	2	12	1093856	1093867	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015866	AAGAAA	2	12	1101954	1101965	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015866	GGAAAA	2	12	1102084	1102095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015866	ATACTA	2	12	1102671	1102682	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_015866	AACACC	2	12	1112096	1112107	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_015866	TCTAGT	2	12	1116158	1116169	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_015866	AAGCAA	2	12	1117377	1117388	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015866	ATATTT	2	12	1182517	1182528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015866	TATAAA	2	12	1194872	1194883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015866	CCTAAT	2	12	1218435	1218446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015866	TCATTG	2	12	1219877	1219888	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_015866	CTAAAT	2	12	1254912	1254923	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_015866	TTTATC	2	12	1254944	1254955	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_015866	AAAAGA	2	12	1270364	1270375	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.