MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia heilongjiangensis 054 chromosome

Total Repeats: 331

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015866	AATTA	2	10	9714	9723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015866	TAGCT	2	10	11227	11236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015866	AGAAT	2	10	11402	11411	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015866	GAATT	2	10	11757	11766	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015866	CGCTC	2	10	12852	12861	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015866	TAACT	2	10	15245	15254	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015866	TTTAA	2	10	20252	20261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015866	TATAA	2	10	26142	26151	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015866	AGTTC	2	10	26251	26260	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015866	ATGTT	2	10	29195	29204	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015866	CTATA	2	10	32837	32846	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015866	ATTTT	2	10	35384	35393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015866	TGTAA	2	10	37130	37139	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015866	TTAGT	2	10	39501	39510	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015866	TTATT	2	10	41979	41988	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015866	TAAGT	2	10	44870	44879	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015866	AAAGC	2	10	45327	45336	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015866	CAAAC	2	10	45606	45615	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015866	ACGTA	2	10	45777	45786	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015866	CTAAC	2	10	46546	46555	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015866	AGTAC	2	10	51074	51083	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015866	GACAT	2	10	58791	58800	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015866	ATCTT	2	10	60108	60117	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015866	ATTAT	2	10	60119	60128	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015866	GATAA	2	10	66925	66934	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015866	TAAAT	2	10	72002	72011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015866	AAAGC	2	10	72062	72071	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015866	ACATA	2	10	74725	74734	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015866	ATACA	2	10	86214	86223	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015866	TAAAT	2	10	89988	89997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015866	TTGTA	2	10	99712	99721	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015866	AATTA	2	10	101021	101030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015866	TTTAT	2	10	108828	108837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015866	TAATA	2	10	109743	109752	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015866	GCAAG	2	10	128118	128127	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015866	TTAAA	2	10	130052	130061	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015866	ATTTC	2	10	133057	133066	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015866	CGCTC	2	10	134361	134370	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_015866	TCAAT	2	10	135205	135214	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015866	AAATC	2	10	184024	184033	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015866	TTTAA	2	10	184092	184101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015866	GAGAG	2	10	184303	184312	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015866	CGCTC	2	10	193015	193024	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_015866	TTGCA	2	10	196199	196208	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015866	AATTA	2	10	212516	212525	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015866	TAAAT	2	10	212533	212542	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015866	TAAAA	2	10	212568	212577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015866	AGACA	2	10	212622	212631	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015866	GTTTT	2	10	213104	213113	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015866	ATTAT	2	10	214682	214691	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015866	ATTTA	2	10	217168	217177	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015866	AAATT	2	10	218708	218717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015866	TTTCT	2	10	218723	218732	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015866	GTCAA	2	10	221202	221211	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015866	TAATA	2	10	227671	227680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015866	ATTTA	2	10	229256	229265	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015866	TAAAT	2	10	229325	229334	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015866	ATTAA	2	10	233216	233225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015866	TGGGC	2	10	234873	234882	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015866	AAATA	2	10	236263	236272	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015866	TCGCT	2	10	248683	248692	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015866	TTTGA	2	10	250637	250646	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015866	CTACA	2	10	259374	259383	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015866	GTATT	2	10	260154	260163	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015866	AAGGA	2	10	266712	266721	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015866	TAAAA	2	10	285160	285169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015866	CGAAG	2	10	289470	289479	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015866	GATAT	2	10	290412	290421	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015866	ATCCC	2	10	290534	290543	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_015866	TGCAA	2	10	290619	290628	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015866	TAATA	2	10	294083	294092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015866	TAATT	2	10	297317	297326	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015866	TATGA	2	10	308386	308395	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015866	AAAGA	2	10	311037	311046	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015866	ATTTT	2	10	312639	312648	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015866	TAAAA	2	10	312687	312696	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015866	GATTT	2	10	326460	326469	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015866	ATCTA	2	10	328117	328126	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015866	TAAAA	2	10	351154	351163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015866	TTTAA	2	10	356582	356591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015866	ATAAA	2	10	361362	361371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015866	ATAAA	2	10	365132	365141	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015866	TTACT	2	10	368941	368950	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015866	TATCA	2	10	369100	369109	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015866	AGTTG	2	10	369161	369170	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015866	TCTGC	2	10	369266	369275	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_015866	TTGGT	2	10	370266	370275	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015866	ATTAA	2	10	371034	371043	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015866	ATTTA	2	10	371051	371060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015866	TTAAT	2	10	375121	375130	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015866	ACAAA	2	10	375175	375184	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015866	GTTTG	2	10	376929	376938	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015866	GCTAA	2	10	377561	377570	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015866	AAAGC	2	10	378070	378079	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015866	TATTT	2	10	380362	380371	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015866	TTAAT	2	10	392446	392455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015866	AATTT	2	10	401135	401144	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015866	AATCC	2	10	410364	410373	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_015866	TAATT	2	10	415757	415766	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015866	CCTCT	2	10	418524	418533	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_015866	TTATG	2	10	419933	419942	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015866	AGAAA	2	10	421003	421012	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015866	ATATA	2	10	422088	422097	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015866	TCTCT	2	10	424918	424927	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015866	ATTAA	2	10	425178	425187	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015866	AATAA	2	10	428498	428507	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015866	TAAGG	2	10	438204	438213	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015866	TAATT	2	10	438747	438756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015866	AAGCT	2	10	438803	438812	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015866	GATTT	2	10	439426	439435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015866	CGCTC	2	10	443959	443968	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_015866	TGATA	2	10	453704	453713	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015866	GAATA	2	10	468854	468863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015866	TGCAA	2	10	470081	470090	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015866	TATAT	2	10	474858	474867	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015866	TTTTA	2	10	484478	484487	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015866	TTAAT	2	10	493211	493220	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015866	CTTTA	2	10	498663	498672	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015866	CTTCA	2	10	501465	501474	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015866	TCTTT	2	10	501879	501888	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015866	TATGT	2	10	503080	503089	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015866	TCGCT	2	10	505519	505528	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015866	TAAAA	2	10	505543	505552	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015866	ATTAA	2	10	510866	510875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015866	TTTCT	2	10	512859	512868	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015866	ATGTT	2	10	519382	519391	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015866	ACATC	2	10	528051	528060	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_015866	ATTTA	2	10	537781	537790	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015866	ATTTT	2	10	539216	539225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015866	ATTAA	2	10	541988	541997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015866	TTTTA	2	10	545463	545472	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015866	TTTAT	2	10	557312	557321	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015866	CGCTC	2	10	558478	558487	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_015866	AGACA	2	10	563867	563876	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015866	CGCTC	2	10	581929	581938	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_015866	TAATT	2	10	582799	582808	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015866	TTTTA	2	10	592223	592232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015866	TTATT	2	10	602204	602213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015866	ATTTA	2	10	602444	602453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015866	CAAGC	2	10	606153	606162	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_015866	TTGTA	2	10	609827	609836	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015866	TTAAT	2	10	611034	611043	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015866	TATAT	2	10	620605	620614	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015866	AGTAA	2	10	623035	623044	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015866	CAGTT	2	10	625186	625195	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015866	AAAAT	2	10	626100	626109	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015866	AATAG	2	10	630797	630806	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015866	ATGGG	2	10	632933	632942	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_015866	TAATA	2	10	1078245	1078254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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293	NC_015866	TAATT	2	10	1095806	1095815	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_015866	TAAAT	2	10	1098216	1098225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_015866	AGATA	2	10	1102063	1102072	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_015866	CTTTC	2	10	1275843	1275852	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.