MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc3

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015854	GCAC	2	8	71	78	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015854	GCAC	2	8	132	139	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015854	GCAC	2	8	193	200	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015854	ACCC	2	8	272	279	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_015854	CTGC	2	8	284	291	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015854	AGGC	2	8	843	850	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
7	NC_015854	GCGT	2	8	876	883	0 %	25 %	50 %	25 %	340783893
8	NC_015854	GCGA	2	8	1181	1188	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
9	NC_015854	CATG	2	8	1584	1591	25 %	25 %	25 %	25 %	340783893
10	NC_015854	GCGG	2	8	1612	1619	0 %	0 %	75 %	25 %	340783893
11	NC_015854	ACGG	2	8	2194	2201	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
12	NC_015854	GACA	2	8	2343	2350	50 %	0 %	25 %	25 %	340783893
13	NC_015854	GCGT	2	8	2628	2635	0 %	25 %	50 %	25 %	340783893
14	NC_015854	AACC	2	8	3095	3102	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_015854	TCAG	2	8	4212	4219	25 %	25 %	25 %	25 %	340783894
16	NC_015854	GGCT	2	8	4466	4473	0 %	25 %	50 %	25 %	340783894
17	NC_015854	GCAA	2	8	5109	5116	50 %	0 %	25 %	25 %	340783894
18	NC_015854	CTGA	2	8	5285	5292	25 %	25 %	25 %	25 %	340783894
19	NC_015854	CCGA	2	8	5367	5374	25 %	0 %	25 %	50 %	340783894
20	NC_015854	AGGC	2	8	5655	5662	25 %	0 %	50 %	25 %	340783894
21	NC_015854	ATGG	2	8	6009	6016	25 %	25 %	50 %	0 %	340783894
22	NC_015854	CCGT	2	8	7473	7480	0 %	25 %	25 %	50 %	340783896
23	NC_015854	CCGA	2	8	7517	7524	25 %	0 %	25 %	50 %	340783896
24	NC_015854	CCCG	2	8	7804	7811	0 %	0 %	25 %	75 %	340783896
25	NC_015854	GGAC	2	8	8150	8157	25 %	0 %	50 %	25 %	340783896
26	NC_015854	GATG	2	8	9533	9540	25 %	25 %	50 %	0 %	340783897
27	NC_015854	CGTG	3	12	9635	9646	0 %	25 %	50 %	25 %	340783897
28	NC_015854	CAGG	2	8	9774	9781	25 %	0 %	50 %	25 %	340783897
29	NC_015854	CTGC	2	8	10049	10056	0 %	25 %	25 %	50 %	340783897
30	NC_015854	GGGT	2	8	10269	10276	0 %	25 %	75 %	0 %	340783897
31	NC_015854	GGGC	2	8	11247	11254	0 %	0 %	75 %	25 %	340783899
32	NC_015854	GCTT	2	8	11579	11586	0 %	50 %	25 %	25 %	340783900
33	NC_015854	CGAG	2	8	12129	12136	25 %	0 %	50 %	25 %	340783901
34	NC_015854	ATCC	2	8	13650	13657	25 %	25 %	0 %	50 %	340783903
35	NC_015854	CAGG	2	8	13725	13732	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015854	TGGT	2	8	13736	13743	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015854	AAAG	2	8	14200	14207	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015854	CTGG	2	8	14377	14384	0 %	25 %	50 %	25 %	340783904
39	NC_015854	GCGG	2	8	14404	14411	0 %	0 %	75 %	25 %	340783904
40	NC_015854	CCTG	2	8	15555	15562	0 %	25 %	25 %	50 %	340783906
41	NC_015854	CCTG	2	8	15654	15661	0 %	25 %	25 %	50 %	340783906
42	NC_015854	CTGG	2	8	15930	15937	0 %	25 %	50 %	25 %	340783906
43	NC_015854	CCGG	2	8	16128	16135	0 %	0 %	50 %	50 %	340783906
44	NC_015854	ATGG	2	8	16361	16368	25 %	25 %	50 %	0 %	340783906
45	NC_015854	GCGG	2	8	17112	17119	0 %	0 %	75 %	25 %	340783906
46	NC_015854	GAGC	2	8	17218	17225	25 %	0 %	50 %	25 %	340783906
47	NC_015854	GCGG	2	8	17688	17695	0 %	0 %	75 %	25 %	340783906
48	NC_015854	AGGA	2	8	18108	18115	50 %	0 %	50 %	0 %	340783906
49	NC_015854	ATGA	2	8	18437	18444	50 %	25 %	25 %	0 %	340783907
50	NC_015854	TGAT	2	8	19002	19009	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015854	CATC	2	8	19268	19275	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015854	TGCT	2	8	19423	19430	0 %	50 %	25 %	25 %	340783909
53	NC_015854	AACA	2	8	19630	19637	75 %	0 %	0 %	25 %	340783909
54	NC_015854	CAAA	2	8	19712	19719	75 %	0 %	0 %	25 %	340783909
55	NC_015854	GCAA	2	8	20186	20193	50 %	0 %	25 %	25 %	340783909
56	NC_015854	TGCG	2	8	20417	20424	0 %	25 %	50 %	25 %	340783910
57	NC_015854	TTTC	2	8	20718	20725	0 %	75 %	0 %	25 %	340783910
58	NC_015854	AGCA	2	8	21432	21439	50 %	0 %	25 %	25 %	340783910
59	NC_015854	TGTT	2	8	21641	21648	0 %	75 %	25 %	0 %	340783911
60	NC_015854	CTTT	2	8	21743	21750	0 %	75 %	0 %	25 %	340783911
61	NC_015854	TCTA	2	8	21795	21802	25 %	50 %	0 %	25 %	340783911
62	NC_015854	TGAT	2	8	21849	21856	25 %	50 %	25 %	0 %	340783911
63	NC_015854	ATAA	2	8	22344	22351	75 %	25 %	0 %	0 %	340783912
64	NC_015854	AACT	2	8	22499	22506	50 %	25 %	0 %	25 %	340783912
65	NC_015854	CGTT	2	8	23576	23583	0 %	50 %	25 %	25 %	340783913
66	NC_015854	CCTC	2	8	23892	23899	0 %	25 %	0 %	75 %	340783913
67	NC_015854	ACCT	2	8	24908	24915	25 %	25 %	0 %	50 %	340783916
68	NC_015854	CTAT	2	8	25062	25069	25 %	50 %	0 %	25 %	340783917
69	NC_015854	GTCA	2	8	25615	25622	25 %	25 %	25 %	25 %	340783918
70	NC_015854	TAGA	2	8	26072	26079	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015854	CGTG	2	8	26437	26444	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015854	CCCA	2	8	26471	26478	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
73	NC_015854	TGCC	2	8	26969	26976	0 %	25 %	25 %	50 %	340783919
74	NC_015854	GGTC	2	8	28259	28266	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015854	CTTT	2	8	28275	28282	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015854	AGGC	2	8	28828	28835	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_015854	AGGC	2	8	28863	28870	25 %	0 %	50 %	25 %	340783920
78	NC_015854	CGGA	2	8	28961	28968	25 %	0 %	50 %	25 %	340783920
79	NC_015854	AGGT	2	8	29474	29481	25 %	25 %	50 %	0 %	340783920

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.