MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc3

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015854	AGGC	2	8	843	850	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
2	NC_015854	GCGT	2	8	876	883	0 %	25 %	50 %	25 %	340783893
3	NC_015854	GCGA	2	8	1181	1188	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
4	NC_015854	CATG	2	8	1584	1591	25 %	25 %	25 %	25 %	340783893
5	NC_015854	GCGG	2	8	1612	1619	0 %	0 %	75 %	25 %	340783893
6	NC_015854	ACGG	2	8	2194	2201	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
7	NC_015854	GACA	2	8	2343	2350	50 %	0 %	25 %	25 %	340783893
8	NC_015854	GCGT	2	8	2628	2635	0 %	25 %	50 %	25 %	340783893
9	NC_015854	TCAG	2	8	4212	4219	25 %	25 %	25 %	25 %	340783894
10	NC_015854	GGCT	2	8	4466	4473	0 %	25 %	50 %	25 %	340783894
11	NC_015854	GCAA	2	8	5109	5116	50 %	0 %	25 %	25 %	340783894
12	NC_015854	CTGA	2	8	5285	5292	25 %	25 %	25 %	25 %	340783894
13	NC_015854	CCGA	2	8	5367	5374	25 %	0 %	25 %	50 %	340783894
14	NC_015854	AGGC	2	8	5655	5662	25 %	0 %	50 %	25 %	340783894
15	NC_015854	ATGG	2	8	6009	6016	25 %	25 %	50 %	0 %	340783894
16	NC_015854	CCGT	2	8	7473	7480	0 %	25 %	25 %	50 %	340783896
17	NC_015854	CCGA	2	8	7517	7524	25 %	0 %	25 %	50 %	340783896
18	NC_015854	CCCG	2	8	7804	7811	0 %	0 %	25 %	75 %	340783896
19	NC_015854	GGAC	2	8	8150	8157	25 %	0 %	50 %	25 %	340783896
20	NC_015854	GATG	2	8	9533	9540	25 %	25 %	50 %	0 %	340783897
21	NC_015854	CGTG	3	12	9635	9646	0 %	25 %	50 %	25 %	340783897
22	NC_015854	CAGG	2	8	9774	9781	25 %	0 %	50 %	25 %	340783897
23	NC_015854	CTGC	2	8	10049	10056	0 %	25 %	25 %	50 %	340783897
24	NC_015854	GGGT	2	8	10269	10276	0 %	25 %	75 %	0 %	340783897
25	NC_015854	GGGC	2	8	11247	11254	0 %	0 %	75 %	25 %	340783899
26	NC_015854	GCTT	2	8	11579	11586	0 %	50 %	25 %	25 %	340783900
27	NC_015854	CGAG	2	8	12129	12136	25 %	0 %	50 %	25 %	340783901
28	NC_015854	ATCC	2	8	13650	13657	25 %	25 %	0 %	50 %	340783903
29	NC_015854	CTGG	2	8	14377	14384	0 %	25 %	50 %	25 %	340783904
30	NC_015854	GCGG	2	8	14404	14411	0 %	0 %	75 %	25 %	340783904
31	NC_015854	CCTG	2	8	15555	15562	0 %	25 %	25 %	50 %	340783906
32	NC_015854	CCTG	2	8	15654	15661	0 %	25 %	25 %	50 %	340783906
33	NC_015854	CTGG	2	8	15930	15937	0 %	25 %	50 %	25 %	340783906
34	NC_015854	CCGG	2	8	16128	16135	0 %	0 %	50 %	50 %	340783906
35	NC_015854	ATGG	2	8	16361	16368	25 %	25 %	50 %	0 %	340783906
36	NC_015854	GCGG	2	8	17112	17119	0 %	0 %	75 %	25 %	340783906
37	NC_015854	GAGC	2	8	17218	17225	25 %	0 %	50 %	25 %	340783906
38	NC_015854	GCGG	2	8	17688	17695	0 %	0 %	75 %	25 %	340783906
39	NC_015854	AGGA	2	8	18108	18115	50 %	0 %	50 %	0 %	340783906
40	NC_015854	ATGA	2	8	18437	18444	50 %	25 %	25 %	0 %	340783907
41	NC_015854	TGCT	2	8	19423	19430	0 %	50 %	25 %	25 %	340783909
42	NC_015854	AACA	2	8	19630	19637	75 %	0 %	0 %	25 %	340783909
43	NC_015854	CAAA	2	8	19712	19719	75 %	0 %	0 %	25 %	340783909
44	NC_015854	GCAA	2	8	20186	20193	50 %	0 %	25 %	25 %	340783909
45	NC_015854	TGCG	2	8	20417	20424	0 %	25 %	50 %	25 %	340783910
46	NC_015854	TTTC	2	8	20718	20725	0 %	75 %	0 %	25 %	340783910
47	NC_015854	AGCA	2	8	21432	21439	50 %	0 %	25 %	25 %	340783910
48	NC_015854	TGTT	2	8	21641	21648	0 %	75 %	25 %	0 %	340783911
49	NC_015854	CTTT	2	8	21743	21750	0 %	75 %	0 %	25 %	340783911
50	NC_015854	TCTA	2	8	21795	21802	25 %	50 %	0 %	25 %	340783911
51	NC_015854	TGAT	2	8	21849	21856	25 %	50 %	25 %	0 %	340783911
52	NC_015854	ATAA	2	8	22344	22351	75 %	25 %	0 %	0 %	340783912
53	NC_015854	AACT	2	8	22499	22506	50 %	25 %	0 %	25 %	340783912
54	NC_015854	CGTT	2	8	23576	23583	0 %	50 %	25 %	25 %	340783913
55	NC_015854	CCTC	2	8	23892	23899	0 %	25 %	0 %	75 %	340783913
56	NC_015854	ACCT	2	8	24908	24915	25 %	25 %	0 %	50 %	340783916
57	NC_015854	CTAT	2	8	25062	25069	25 %	50 %	0 %	25 %	340783917
58	NC_015854	GTCA	2	8	25615	25622	25 %	25 %	25 %	25 %	340783918
59	NC_015854	TGCC	2	8	26969	26976	0 %	25 %	25 %	50 %	340783919
60	NC_015854	AGGC	2	8	28863	28870	25 %	0 %	50 %	25 %	340783920
61	NC_015854	CGGA	2	8	28961	28968	25 %	0 %	50 %	25 %	340783920
62	NC_015854	AGGT	2	8	29474	29481	25 %	25 %	50 %	0 %	340783920

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.