MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc3

Total Repeats: 381

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015854	AGC	2	6	515	520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
2	NC_015854	GCG	2	6	638	643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
3	NC_015854	TCG	2	6	653	658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
4	NC_015854	CGG	2	6	714	719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
5	NC_015854	GCG	2	6	725	730	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
6	NC_015854	TTC	2	6	740	745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
7	NC_015854	CGG	3	9	750	758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
8	NC_015854	CTT	2	6	760	765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
9	NC_015854	GGC	2	6	784	789	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
10	NC_015854	TGC	2	6	860	865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
11	NC_015854	GCA	2	6	870	875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
12	NC_015854	GCC	2	6	896	901	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
13	NC_015854	TCG	2	6	905	910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
14	NC_015854	GCA	2	6	962	967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
15	NC_015854	TCG	2	6	974	979	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
16	NC_015854	GCT	2	6	981	986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
17	NC_015854	CAG	2	6	1141	1146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
18	NC_015854	GCG	2	6	1168	1173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
19	NC_015854	TTG	2	6	1193	1198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783893
20	NC_015854	GCA	2	6	1212	1217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
21	NC_015854	CCG	2	6	1232	1237	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
22	NC_015854	GAG	2	6	1243	1248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783893
23	NC_015854	GGC	2	6	1336	1341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
24	NC_015854	GCG	3	9	1343	1351	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
25	NC_015854	TTC	2	6	1369	1374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
26	NC_015854	GCC	2	6	1390	1395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
27	NC_015854	GCC	2	6	1450	1455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
28	NC_015854	CGG	2	6	1489	1494	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
29	NC_015854	CAC	2	6	1504	1509	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783893
30	NC_015854	CGT	2	6	1551	1556	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
31	NC_015854	TTG	2	6	1691	1696	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783893
32	NC_015854	TCG	2	6	1697	1702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
33	NC_015854	AGC	2	6	1709	1714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
34	NC_015854	TTC	2	6	1753	1758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
35	NC_015854	CTC	3	9	1759	1767	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783893
36	NC_015854	CCG	2	6	1871	1876	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
37	NC_015854	CCA	2	6	1941	1946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783893
38	NC_015854	GGT	2	6	1987	1992	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783893
39	NC_015854	GTC	2	6	2026	2031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
40	NC_015854	GCG	2	6	2074	2079	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
41	NC_015854	TCC	2	6	2087	2092	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783893
42	NC_015854	GTA	2	6	2137	2142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783893
43	NC_015854	CGT	2	6	2166	2171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
44	NC_015854	CCG	2	6	2175	2180	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
45	NC_015854	GGT	2	6	2224	2229	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783893
46	NC_015854	TGA	2	6	2268	2273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783893
47	NC_015854	CGG	2	6	2414	2419	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
48	NC_015854	CGA	2	6	2460	2465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
49	NC_015854	TGG	2	6	2517	2522	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783893
50	NC_015854	GAA	2	6	2527	2532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783893
51	NC_015854	GTA	2	6	2569	2574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783893
52	NC_015854	CGA	2	6	2613	2618	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
53	NC_015854	TGC	2	6	2699	2704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
54	NC_015854	CCA	2	6	2751	2756	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783893
55	NC_015854	TTG	2	6	2795	2800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783893
56	NC_015854	ACG	2	6	2880	2885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
57	NC_015854	GGC	2	6	4163	4168	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783894
58	NC_015854	TCT	2	6	4180	4185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
59	NC_015854	GCC	2	6	4276	4281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
60	NC_015854	CTG	2	6	4343	4348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783894
61	NC_015854	CTG	2	6	4355	4360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783894
62	NC_015854	CCT	2	6	4378	4383	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783894
63	NC_015854	GTC	2	6	4425	4430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783894
64	NC_015854	ACC	3	9	4454	4462	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
65	NC_015854	ACC	2	6	4526	4531	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
66	NC_015854	GCC	2	6	4622	4627	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
67	NC_015854	CCG	2	6	4947	4952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
68	NC_015854	GCA	2	6	4998	5003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783894
69	NC_015854	GGC	2	6	5015	5020	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783894
70	NC_015854	CAC	2	6	5044	5049	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
71	NC_015854	GCC	2	6	5100	5105	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
72	NC_015854	CCG	2	6	5133	5138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
73	NC_015854	ATG	2	6	5160	5165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783894
74	NC_015854	CTT	2	6	5186	5191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
75	NC_015854	AGC	2	6	5208	5213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783894
76	NC_015854	ATC	2	6	5508	5513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783894
77	NC_015854	ACC	2	6	5535	5540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
78	NC_015854	CCA	2	6	5545	5550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
79	NC_015854	ACA	2	6	5698	5703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783894
80	NC_015854	AGA	2	6	5797	5802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783894
81	NC_015854	TCA	2	6	5812	5817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783894
82	NC_015854	TCT	2	6	5818	5823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
83	NC_015854	TGA	2	6	5824	5829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783894
84	NC_015854	CCA	2	6	5859	5864	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
85	NC_015854	TTC	2	6	5921	5926	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
86	NC_015854	GCC	2	6	6024	6029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
87	NC_015854	TTC	2	6	6087	6092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
88	NC_015854	CTG	2	6	6326	6331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
89	NC_015854	CTG	2	6	6401	6406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
90	NC_015854	CCG	2	6	6445	6450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783895
91	NC_015854	GTT	2	6	6473	6478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783895
92	NC_015854	GCT	2	6	6506	6511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
93	NC_015854	CCG	2	6	6517	6522	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783895
94	NC_015854	CTG	2	6	6560	6565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
95	NC_015854	GTC	2	6	6585	6590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
96	NC_015854	TCA	2	6	6649	6654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783895
97	NC_015854	CTG	2	6	6698	6703	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
98	NC_015854	CCA	2	6	6712	6717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783895
99	NC_015854	CCT	2	6	6757	6762	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783895
100	NC_015854	CAC	2	6	6787	6792	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783895
101	NC_015854	CCG	2	6	6804	6809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783895
102	NC_015854	ACG	2	6	6863	6868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783895
103	NC_015854	AAC	2	6	7125	7130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783896
104	NC_015854	TCA	2	6	7146	7151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783896
105	NC_015854	GTA	2	6	7390	7395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783896
106	NC_015854	GTC	2	6	7589	7594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783896
107	NC_015854	CGG	2	6	7653	7658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783896
108	NC_015854	GCG	2	6	7736	7741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783896
109	NC_015854	GTG	2	6	7748	7753	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783896
110	NC_015854	CGG	2	6	7842	7847	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783896
111	NC_015854	ACG	2	6	7877	7882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783896
112	NC_015854	CTC	2	6	7903	7908	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783896
113	NC_015854	ACG	2	6	7926	7931	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783896
114	NC_015854	AAT	2	6	8035	8040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783896
115	NC_015854	CGC	2	6	8058	8063	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783896
116	NC_015854	GGT	2	6	8184	8189	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783896
117	NC_015854	CGC	2	6	8340	8345	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783896
118	NC_015854	TCG	2	6	8387	8392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783896
119	NC_015854	GCC	2	6	8467	8472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783896
120	NC_015854	GAT	2	6	8473	8478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783896
121	NC_015854	CGC	2	6	8516	8521	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783897
122	NC_015854	TTC	2	6	8580	8585	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783897
123	NC_015854	CGC	2	6	8665	8670	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783897
124	NC_015854	GCG	2	6	8695	8700	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783897
125	NC_015854	TGT	2	6	8708	8713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783897
126	NC_015854	GCG	2	6	8745	8750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783897
127	NC_015854	GCT	2	6	8770	8775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783897
128	NC_015854	ATC	2	6	8809	8814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783897
129	NC_015854	CAT	2	6	8844	8849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783897
130	NC_015854	GTG	2	6	8854	8859	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783897
131	NC_015854	CAC	2	6	8958	8963	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783897
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381	NC_015854	AAG	2	6	29557	29562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783920

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.