MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc2

Total Repeats: 222

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015853	GCC	2	6	74	79	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_015853	GCC	2	6	89	94	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_015853	GAT	2	6	170	175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015853	GGA	2	6	190	195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015853	GAA	2	6	266	271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015853	TGG	2	6	282	287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015853	GGC	2	6	295	300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015853	TGG	2	6	312	317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015853	TGC	2	6	333	338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015853	GAG	2	6	535	540	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015853	GCC	2	6	559	564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_015853	GTG	2	6	596	601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015853	AGA	2	6	610	615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015853	CCA	2	6	628	633	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_015853	TCG	2	6	689	694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783923
16	NC_015853	CAG	2	6	754	759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783923
17	NC_015853	ACG	2	6	854	859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783923
18	NC_015853	AGG	2	6	898	903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015853	TAC	2	6	1124	1129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015853	ACC	2	6	1134	1139	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_015853	CGG	2	6	1176	1181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015853	GTG	2	6	1199	1204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015853	TGC	2	6	1224	1229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783924
24	NC_015853	GTT	2	6	1249	1254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783924
25	NC_015853	CTG	2	6	1265	1270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783924
26	NC_015853	GGT	2	6	1300	1305	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783924
27	NC_015853	CAT	2	6	1310	1315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783924
28	NC_015853	GCC	2	6	1323	1328	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783924
29	NC_015853	TGG	2	6	1392	1397	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783924
30	NC_015853	AGT	2	6	1408	1413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783924
31	NC_015853	GGC	2	6	1442	1447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783924
32	NC_015853	CGA	2	6	1468	1473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783924
33	NC_015853	TGC	2	6	1527	1532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783924
34	NC_015853	GGT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783924
35	NC_015853	GGC	2	6	1649	1654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783924
36	NC_015853	TCC	2	6	1711	1716	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_015853	GCT	2	6	1874	1879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015853	CGG	2	6	1942	1947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015853	GGT	2	6	1991	1996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015853	GCT	2	6	1997	2002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015853	CTT	2	6	2030	2035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015853	TGC	2	6	2072	2077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015853	TCT	2	6	2140	2145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015853	GCG	2	6	2220	2225	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015853	CAT	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015853	CTG	2	6	2370	2375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783925
47	NC_015853	GGT	2	6	2378	2383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783925
48	NC_015853	GGA	2	6	2384	2389	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783925
49	NC_015853	CCT	2	6	2535	2540	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783925
50	NC_015853	GAA	2	6	2572	2577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783925
51	NC_015853	CGA	2	6	2583	2588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783925
52	NC_015853	TCC	2	6	2671	2676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_015853	CGA	2	6	2711	2716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015853	GGC	2	6	2748	2753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015853	CTG	2	6	2849	2854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015853	AGG	2	6	2951	2956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783926
57	NC_015853	AGG	2	6	3007	3012	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783926
58	NC_015853	GCT	2	6	3040	3045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783926
59	NC_015853	GCG	2	6	3061	3066	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783926
60	NC_015853	TGC	2	6	3077	3082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783926
61	NC_015853	GGC	2	6	3150	3155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783926
62	NC_015853	ATC	2	6	3294	3299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_015853	AGG	2	6	3392	3397	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015853	TGC	2	6	3478	3483	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
65	NC_015853	CGG	2	6	3529	3534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
66	NC_015853	GCG	2	6	3558	3563	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
67	NC_015853	GGT	2	6	3566	3571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
68	NC_015853	CTT	2	6	3574	3579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783927
69	NC_015853	GCC	2	6	3633	3638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783927
70	NC_015853	GCG	2	6	3710	3715	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
71	NC_015853	GAG	2	6	3766	3771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
72	NC_015853	TCC	2	6	3790	3795	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783927
73	NC_015853	GCT	2	6	3818	3823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
74	NC_015853	ACG	2	6	3856	3861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
75	NC_015853	CGG	2	6	3891	3896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
76	NC_015853	GCG	2	6	3897	3902	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
77	NC_015853	GGT	2	6	3977	3982	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
78	NC_015853	GCG	2	6	4070	4075	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
79	NC_015853	GGC	2	6	4124	4129	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
80	NC_015853	CGG	2	6	4150	4155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
81	NC_015853	TGG	2	6	4261	4266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
82	NC_015853	GGC	2	6	4274	4279	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
83	NC_015853	GGC	2	6	4364	4369	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
84	NC_015853	AGG	2	6	4474	4479	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
85	NC_015853	GCG	3	9	4511	4519	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
86	NC_015853	GGC	2	6	4520	4525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
87	NC_015853	GGC	2	6	4570	4575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
88	NC_015853	GGC	2	6	4586	4591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
89	NC_015853	GGC	2	6	4598	4603	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
90	NC_015853	AGC	2	6	4663	4668	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
91	NC_015853	GGA	2	6	4715	4720	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
92	NC_015853	CGG	2	6	4761	4766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
93	NC_015853	CGT	2	6	4769	4774	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
94	NC_015853	GCG	2	6	4802	4807	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
95	NC_015853	CGG	2	6	4990	4995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783927
96	NC_015853	GAT	2	6	5024	5029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783927
97	NC_015853	GGA	2	6	5147	5152	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783927
98	NC_015853	TGG	2	6	5191	5196	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
99	NC_015853	AGC	2	6	5197	5202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
100	NC_015853	GAC	2	6	5343	5348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
101	NC_015853	AAG	2	6	5373	5378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783927
102	NC_015853	TGA	2	6	5510	5515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783927
103	NC_015853	TCA	2	6	5602	5607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783927
104	NC_015853	CGT	2	6	5619	5624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783927
105	NC_015853	ATC	2	6	5803	5808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783927
106	NC_015853	GGT	2	6	5819	5824	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783927
107	NC_015853	ATC	2	6	5976	5981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783927
108	NC_015853	GCA	2	6	6008	6013	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783927
109	NC_015853	TGT	2	6	6175	6180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015853	CGG	2	6	6306	6311	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
111	NC_015853	CAC	2	6	6319	6324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783928
112	NC_015853	GGC	2	6	6338	6343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
113	NC_015853	TCC	2	6	6368	6373	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783928
114	NC_015853	TGT	2	6	6378	6383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783928
115	NC_015853	GCG	2	6	6431	6436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
116	NC_015853	ACC	2	6	6485	6490	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783928
117	NC_015853	TTG	2	6	6539	6544	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783928
118	NC_015853	GCA	2	6	6585	6590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783928
119	NC_015853	CAG	3	9	6691	6699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783928
120	NC_015853	GCG	2	6	6716	6721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783928
121	NC_015853	CGC	2	6	6822	6827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_015853	TCG	2	6	6915	6920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_015853	ATT	2	6	7085	7090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015853	GAA	2	6	7121	7126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015853	ACC	2	6	7128	7133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_015853	CTG	2	6	7220	7225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015853	TGC	3	9	7248	7256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_015853	CCT	2	6	7418	7423	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783929
129	NC_015853	CCT	2	6	7472	7477	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783929
130	NC_015853	ATG	2	6	7527	7532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015853	CAG	2	6	7728	7733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015853	TAT	2	6	7952	7957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015853	TAA	2	6	7988	7993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015853	ACA	2	6	8023	8028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_015853	ACC	2	6	8082	8087	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_015853	CCG	2	6	8161	8166	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.