MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015851	CCGCAT	2	12	1301	1312	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	340783627
2	NC_015851	TCATTG	2	12	3950	3961	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	340783630
3	NC_015851	AGCTAT	2	12	17093	17104	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	340783643
4	NC_015851	AGGCGA	2	12	20219	20230	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	340783645
5	NC_015851	ATCGAT	2	12	20631	20642	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	340783645
6	NC_015851	GCCCGC	2	12	37837	37848	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783665
7	NC_015851	GCGGTA	2	12	38976	38987	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	340783667
8	NC_015851	AGCACC	2	12	39095	39106	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	340783667
9	NC_015851	CTCCGG	2	12	41282	41293	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783671
10	NC_015851	ACCATT	2	12	43892	43903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783673
11	NC_015851	GCCGGC	2	12	45149	45160	0 %	0 %	50 %	50 %	340783673
12	NC_015851	CCGGCC	2	12	46031	46042	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783674
13	NC_015851	TCCCGG	2	12	46749	46760	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783675
14	NC_015851	CGACAG	2	12	49132	49143	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783676
15	NC_015851	AAGGCC	2	12	49208	49219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783676
16	NC_015851	TCAGCC	2	12	51243	51254	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	340783679
17	NC_015851	AGAGGG	2	12	52721	52732	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783682
18	NC_015851	CACCAT	2	12	56147	56158	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	340783684
19	NC_015851	GATGGC	2	12	62295	62306	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	340783688
20	NC_015851	GCCTGC	2	12	64320	64331	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783689
21	NC_015851	GCCTTG	2	12	71627	71638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783696
22	NC_015851	GAGCCA	2	12	71947	71958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783696
23	NC_015851	CGATCA	2	12	76291	76302	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	340783700
24	NC_015851	CAAGCA	2	12	77884	77895	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	340783702
25	NC_015851	ACCGTG	2	12	80464	80475	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340783706
26	NC_015851	GTCCAA	2	12	80836	80847	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	340783706
27	NC_015851	CGATGG	2	12	82928	82939	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	340783707
28	NC_015851	GTCCTG	2	12	85887	85898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783709
29	NC_015851	ACGGCC	2	12	86626	86637	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	340783709
30	NC_015851	ACTGGC	2	12	86736	86747	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340783709
31	NC_015851	GCCAAG	2	12	88028	88039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783710
32	NC_015851	GTGTTG	2	12	89846	89857	0 %	50 %	50 %	0 %	340783711
33	NC_015851	CGGTAC	2	12	107396	107407	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340783725
34	NC_015851	GCCAAG	2	12	110398	110409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783727
35	NC_015851	TTTCTT	2	12	120202	120213	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	340783740
36	NC_015851	CGATTC	2	12	120861	120872	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	340783741
37	NC_015851	GGTTGG	2	12	121148	121159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783742
38	NC_015851	AGCACC	2	12	121799	121810	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	340783743
39	NC_015851	GCAGGA	2	12	121827	121838	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	340783743
40	NC_015851	CGAGAT	2	12	126934	126945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	340783751
41	NC_015851	ACGCCG	2	12	127035	127046	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	340783751
42	NC_015851	CGGTTC	2	12	130042	130053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783754
43	NC_015851	GGTTGT	2	12	130392	130403	0 %	50 %	50 %	0 %	340783755
44	NC_015851	TGCATG	2	12	131849	131860	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	340783756
45	NC_015851	GGCACC	2	12	132493	132504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	340783757
46	NC_015851	CCCAGC	2	12	134832	134843	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	340783761
47	NC_015851	CGTCGG	2	12	135807	135818	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	340783762
48	NC_015851	CTTCGC	2	12	137756	137767	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	340783764
49	NC_015851	CCCACC	2	12	140550	140561	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	340783766
50	NC_015851	TCGGCG	2	12	140617	140628	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	340783766
51	NC_015851	GCGTGA	2	12	146895	146906	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	340783778
52	NC_015851	GGCCAG	2	12	147391	147402	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	340783778
53	NC_015851	TGGGCT	2	12	149594	149605	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	340783781
54	NC_015851	GTTCTT	2	12	153991	154002	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	340783785
55	NC_015851	CTTGAG	2	12	154147	154158	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	340783785
56	NC_015851	CGCCAG	2	12	159377	159388	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	340783787
57	NC_015851	GGGCAC	2	12	161730	161741	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	340783789
58	NC_015851	CAGGCG	2	12	161773	161784	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	340783789
59	NC_015851	GCCTCG	2	12	161915	161926	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783789
60	NC_015851	GTCCCG	2	12	162283	162294	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783789
61	NC_015851	CCTCCG	2	12	163646	163657	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	340783790
62	NC_015851	GCTGCG	2	12	165306	165317	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	340783790
63	NC_015851	CTCAAG	2	12	166697	166708	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	340783793
64	NC_015851	GGGTGG	2	12	169968	169979	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	340783793
65	NC_015851	CGGCGC	2	12	174300	174311	0 %	0 %	50 %	50 %	340783797
66	NC_015851	GCAGAG	2	12	175292	175303	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	340783799
67	NC_015851	GCTTGG	2	12	179939	179950	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	340783806
68	NC_015851	CTGGAA	2	12	183531	183542	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	340783809
69	NC_015851	GATACG	2	12	185792	185803	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	340783812
70	NC_015851	CCGCAT	2	12	186122	186133	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	340783813
71	NC_015851	GCCTTG	2	12	187869	187880	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783815
72	NC_015851	ATCCAG	2	12	191232	191243	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	340783819
73	NC_015851	AAATTA	2	12	192079	192090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783821
74	NC_015851	ACTGGG	2	12	193912	193923	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	340783822
75	NC_015851	GTTGGG	2	12	201654	201665	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783829
76	NC_015851	GCGTTG	2	12	202310	202321	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	340783830
77	NC_015851	GGTCCT	2	12	202474	202485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783830
78	NC_015851	GCCAAG	2	12	206639	206650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783834
79	NC_015851	CCTGGA	2	12	207252	207263	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340783835
80	NC_015851	AGGTGC	2	12	209060	209071	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	340783836
81	NC_015851	AGAACC	2	12	211463	211474	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	340783837
82	NC_015851	GCCAAG	2	12	211714	211725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783837
83	NC_015851	TCCAGG	2	12	215682	215693	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340783840
84	NC_015851	CCTTTT	2	12	227230	227241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783852
85	NC_015851	CGCGGG	2	12	227637	227648	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783854
86	NC_015851	CGGTCT	2	12	228504	228515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783854
87	NC_015851	TCGACG	2	12	236098	236109	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	340783864
88	NC_015851	AGCGGC	2	12	239667	239678	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	340783866
89	NC_015851	CAGTAC	2	12	240753	240764	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	340783867
90	NC_015851	GTATCG	2	12	241995	242006	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	340783869
91	NC_015851	CTCCGG	2	12	243088	243099	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783871
92	NC_015851	AATGAT	2	12	249652	249663	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	340783879
93	NC_015851	CTGGAT	2	12	250820	250831	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	340783880
94	NC_015851	GGATCT	2	12	251473	251484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	340783880

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.