MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015851	GTGAC	2	10	71	80	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015851	TGGTA	2	10	347	356	20 %	40 %	40 %	0 %	340783626
3	NC_015851	TACGG	2	10	686	695	20 %	20 %	40 %	20 %	340783626
4	NC_015851	CGAGG	2	10	698	707	20 %	0 %	60 %	20 %	340783626
5	NC_015851	GGTCG	2	10	1166	1175	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015851	GTGGA	2	10	1343	1352	20 %	20 %	60 %	0 %	340783627
7	NC_015851	TCGGG	2	10	2164	2173	0 %	20 %	60 %	20 %	340783628
8	NC_015851	GTATC	2	10	2843	2852	20 %	40 %	20 %	20 %	340783629
9	NC_015851	CAGCT	2	10	3267	3276	20 %	20 %	20 %	40 %	340783629
10	NC_015851	TATTT	2	10	3366	3375	20 %	80 %	0 %	0 %	340783629
11	NC_015851	TATTT	2	10	3552	3561	20 %	80 %	0 %	0 %	340783629
12	NC_015851	GGATT	2	10	5489	5498	20 %	40 %	40 %	0 %	340783631
13	NC_015851	TCTTT	2	10	6064	6073	0 %	80 %	0 %	20 %	340783632
14	NC_015851	ATGCC	2	10	9436	9445	20 %	20 %	20 %	40 %	340783635
15	NC_015851	ATCGG	2	10	10581	10590	20 %	20 %	40 %	20 %	340783637
16	NC_015851	GGTAT	2	10	18081	18090	20 %	40 %	40 %	0 %	340783643
17	NC_015851	TGTTA	2	10	19416	19425	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015851	CCTGC	2	10	22810	22819	0 %	20 %	20 %	60 %	340783647
19	NC_015851	GGTTT	2	10	25357	25366	0 %	60 %	40 %	0 %	340783650
20	NC_015851	GGTAT	2	10	27655	27664	20 %	40 %	40 %	0 %	340783653
21	NC_015851	GCGCG	2	10	28134	28143	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015851	AGATG	2	10	29152	29161	40 %	20 %	40 %	0 %	340783654
23	NC_015851	TGTCT	2	10	29163	29172	0 %	60 %	20 %	20 %	340783654
24	NC_015851	TCTGT	2	10	30334	30343	0 %	60 %	20 %	20 %	340783655
25	NC_015851	ATCGG	2	10	31562	31571	20 %	20 %	40 %	20 %	340783656
26	NC_015851	GGGAT	2	10	32753	32762	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015851	GCATC	2	10	33355	33364	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015851	CAGAG	2	10	35293	35302	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015851	CGCCC	2	10	35867	35876	0 %	0 %	20 %	80 %	340783660
30	NC_015851	CGGCC	2	10	39429	39438	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
31	NC_015851	GCGCT	2	10	39616	39625	0 %	20 %	40 %	40 %	340783669
32	NC_015851	GCGCG	2	10	43924	43933	0 %	0 %	60 %	40 %	340783673
33	NC_015851	GCCGC	2	10	46722	46731	0 %	0 %	40 %	60 %	340783675
34	NC_015851	CGCGC	2	10	47426	47435	0 %	0 %	40 %	60 %	340783675
35	NC_015851	CCGGC	2	10	47624	47633	0 %	0 %	40 %	60 %	340783676
36	NC_015851	TGCCG	2	10	49916	49925	0 %	20 %	40 %	40 %	340783677
37	NC_015851	TTTCC	2	10	51778	51787	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015851	CGGGC	2	10	53966	53975	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015851	CCGCG	2	10	54870	54879	0 %	0 %	40 %	60 %	340783684
40	NC_015851	GGTGA	2	10	56205	56214	20 %	20 %	60 %	0 %	340783684
41	NC_015851	GCGGG	2	10	56602	56611	0 %	0 %	80 %	20 %	340783684
42	NC_015851	CTGGC	2	10	58830	58839	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015851	TTGAG	2	10	59600	59609	20 %	40 %	40 %	0 %	340783687
44	NC_015851	TGCCA	2	10	59938	59947	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_015851	CCCCA	2	10	60101	60110	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_015851	CAGGG	2	10	61920	61929	20 %	0 %	60 %	20 %	340783688
47	NC_015851	TGCGC	2	10	68475	68484	0 %	20 %	40 %	40 %	340783693
48	NC_015851	CGACG	2	10	70051	70060	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_015851	GGCCC	2	10	70757	70766	0 %	0 %	40 %	60 %	340783695
50	NC_015851	TTTAT	2	10	71425	71434	20 %	80 %	0 %	0 %	340783695
51	NC_015851	GGTGG	2	10	76031	76040	0 %	20 %	80 %	0 %	340783700
52	NC_015851	TGCCC	2	10	79168	79177	0 %	20 %	20 %	60 %	340783704
53	NC_015851	AACCA	2	10	80477	80486	60 %	0 %	0 %	40 %	340783706
54	NC_015851	GCGGG	2	10	80613	80622	0 %	0 %	80 %	20 %	340783706
55	NC_015851	TGCCG	2	10	84909	84918	0 %	20 %	40 %	40 %	340783708
56	NC_015851	GGCGC	2	10	86397	86406	0 %	0 %	60 %	40 %	340783709
57	NC_015851	CAGGC	2	10	89758	89767	20 %	0 %	40 %	40 %	340783711
58	NC_015851	ACGTG	2	10	92402	92411	20 %	20 %	40 %	20 %	340783714
59	NC_015851	GTCAA	2	10	93275	93284	40 %	20 %	20 %	20 %	340783715
60	NC_015851	GGGTG	2	10	93767	93776	0 %	20 %	80 %	0 %	340783716
61	NC_015851	TAAAA	2	10	94361	94370	80 %	20 %	0 %	0 %	340783716
62	NC_015851	GGTGG	2	10	95520	95529	0 %	20 %	80 %	0 %	340783717
63	NC_015851	CTGCT	2	10	95655	95664	0 %	40 %	20 %	40 %	340783717
64	NC_015851	TGATT	2	10	96366	96375	20 %	60 %	20 %	0 %	340783718
65	NC_015851	CGCAG	2	10	98050	98059	20 %	0 %	40 %	40 %	340783719
66	NC_015851	CTCTG	2	10	98478	98487	0 %	40 %	20 %	40 %	340783719
67	NC_015851	CCCTG	2	10	99242	99251	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_015851	CTGGC	2	10	103630	103639	0 %	20 %	40 %	40 %	340783723
69	NC_015851	AAAGA	2	10	104161	104170	80 %	0 %	20 %	0 %	340783724
70	NC_015851	TTTAT	2	10	108731	108740	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015851	GCCCT	2	10	114195	114204	0 %	20 %	20 %	60 %	340783732
72	NC_015851	CGCTG	2	10	117156	117165	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015851	GTGCG	2	10	122307	122316	0 %	20 %	60 %	20 %	340783744
74	NC_015851	GTTGT	2	10	122798	122807	0 %	60 %	40 %	0 %	340783745
75	NC_015851	AGCAT	2	10	123426	123435	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015851	CCCTC	2	10	124337	124346	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
77	NC_015851	CAGCG	2	10	125269	125278	20 %	0 %	40 %	40 %	340783749
78	NC_015851	AGCGC	2	10	125574	125583	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015851	CGCCA	2	10	127508	127517	20 %	0 %	20 %	60 %	340783751
80	NC_015851	CCAGG	2	10	133858	133867	20 %	0 %	40 %	40 %	340783759
81	NC_015851	CCGGG	2	10	139451	139460	0 %	0 %	60 %	40 %	340783764
82	NC_015851	TGCCC	2	10	139775	139784	0 %	20 %	20 %	60 %	340783764
83	NC_015851	GTGAT	2	10	142926	142935	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015851	TCCGG	2	10	144206	144215	0 %	20 %	40 %	40 %	340783770
85	NC_015851	GGCCC	2	10	146208	146217	0 %	0 %	40 %	60 %	340783777
86	NC_015851	CGCCC	2	10	146568	146577	0 %	0 %	20 %	80 %	340783777
87	NC_015851	CCGGT	2	10	147695	147704	0 %	20 %	40 %	40 %	340783779
88	NC_015851	TCTGG	2	10	147819	147828	0 %	40 %	40 %	20 %	340783779
89	NC_015851	TCACG	2	10	151146	151155	20 %	20 %	20 %	40 %	340783783
90	NC_015851	CCTTG	2	10	153972	153981	0 %	40 %	20 %	40 %	340783785
91	NC_015851	CGCGC	2	10	156291	156300	0 %	0 %	40 %	60 %	340783787
92	NC_015851	GATCA	2	10	157247	157256	40 %	20 %	20 %	20 %	340783787
93	NC_015851	GCGCG	2	10	158622	158631	0 %	0 %	60 %	40 %	340783787
94	NC_015851	CCGTG	2	10	161673	161682	0 %	20 %	40 %	40 %	340783789
95	NC_015851	ACCCG	2	10	164774	164783	20 %	0 %	20 %	60 %	340783790
96	NC_015851	ATCAG	2	10	165518	165527	40 %	20 %	20 %	20 %	340783790
97	NC_015851	CCGCA	2	10	165693	165702	20 %	0 %	20 %	60 %	340783790
98	NC_015851	GCCTC	2	10	170749	170758	0 %	20 %	20 %	60 %	340783795
99	NC_015851	TTTTA	2	10	171850	171859	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015851	TCCGT	2	10	175009	175018	0 %	40 %	20 %	40 %	340783799
101	NC_015851	CGCCC	2	10	175400	175409	0 %	0 %	20 %	80 %	340783799
102	NC_015851	GATCA	2	10	176580	176589	40 %	20 %	20 %	20 %	340783802
103	NC_015851	CAGGT	2	10	178995	179004	20 %	20 %	40 %	20 %	340783805
104	NC_015851	TGCCT	2	10	185090	185099	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015851	AGCGG	2	10	186673	186682	20 %	0 %	60 %	20 %	340783814
106	NC_015851	GGGGC	2	10	186932	186941	0 %	0 %	80 %	20 %	340783814
107	NC_015851	ATTTT	2	10	187095	187104	20 %	80 %	0 %	0 %	340783814
108	NC_015851	TGGTA	2	10	189144	189153	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015851	TGGCC	2	10	191564	191573	0 %	20 %	40 %	40 %	340783820
110	NC_015851	AAAAC	2	10	192597	192606	80 %	0 %	0 %	20 %	340783821
111	NC_015851	AGAAA	2	10	194305	194314	80 %	0 %	20 %	0 %	340783823
112	NC_015851	CTTTA	2	10	194454	194463	20 %	60 %	0 %	20 %	340783823
113	NC_015851	ATCCG	2	10	196915	196924	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015851	ATCGG	2	10	200401	200410	20 %	20 %	40 %	20 %	340783827
115	NC_015851	TGAGC	2	10	202240	202249	20 %	20 %	40 %	20 %	340783830
116	NC_015851	GAACC	2	10	206744	206753	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015851	TTCCA	2	10	206981	206990	20 %	40 %	0 %	40 %	340783835
118	NC_015851	GTTGG	2	10	207022	207031	0 %	40 %	60 %	0 %	340783835
119	NC_015851	CGGTT	2	10	210656	210665	0 %	40 %	40 %	20 %	340783837
120	NC_015851	AGGCA	2	10	215049	215058	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015851	GCCGA	2	10	215594	215603	20 %	0 %	40 %	40 %	340783840
122	NC_015851	TTTTC	2	10	223963	223972	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015851	CGGCT	2	10	227558	227567	0 %	20 %	40 %	40 %	340783854
124	NC_015851	ATCGG	2	10	231884	231893	20 %	20 %	40 %	20 %	340783859
125	NC_015851	TTCGC	2	10	233089	233098	0 %	40 %	20 %	40 %	340783860
126	NC_015851	TATAA	2	10	235590	235599	60 %	40 %	0 %	0 %	340783863
127	NC_015851	ATAAA	2	10	236990	236999	80 %	20 %	0 %	0 %	340783865
128	NC_015851	AACCA	2	10	237794	237803	60 %	0 %	0 %	40 %	340783865
129	NC_015851	CACCG	2	10	238256	238265	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_015851	ATTAT	2	10	238496	238505	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015851	GGCCG	2	10	240165	240174	0 %	0 %	60 %	40 %	340783867
132	NC_015851	GATCA	2	10	245347	245356	40 %	20 %	20 %	20 %	340783874
133	NC_015851	TATTG	2	10	249832	249841	20 %	60 %	20 %	0 %	340783879
134	NC_015851	ACGGA	2	10	251312	251321	40 %	0 %	40 %	20 %	340783880

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.