MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015851	TGGG	2	8	7618	7625	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015851	TTTG	2	8	9188	9195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015851	CCAA	2	8	13059	13066	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015851	GGGT	2	8	15633	15640	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015851	AAGC	2	8	15745	15752	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015851	TATT	2	8	19428	19435	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015851	GGGA	2	8	19467	19474	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015851	CCAT	2	8	34008	34015	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015851	CAGA	2	8	35147	35154	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015851	ATCC	2	8	35665	35672	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015851	TGCC	2	8	37734	37741	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015851	GACC	2	8	42277	42284	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_015851	TGCG	2	8	42499	42506	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015851	TCAA	2	8	42636	42643	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015851	ATTC	2	8	50645	50652	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015851	GATG	2	8	50686	50693	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015851	ATAC	2	8	53632	53639	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015851	TGAG	2	8	53821	53828	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015851	TTGG	2	8	54245	54252	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015851	AGTC	2	8	54372	54379	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015851	CAAA	2	8	54414	54421	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015851	AACG	2	8	57352	57359	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015851	AGTT	2	8	57370	57377	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015851	GGTA	2	8	57841	57848	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015851	CCAG	2	8	58810	58817	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015851	AGAA	2	8	66052	66059	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015851	ATTC	2	8	66254	66261	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015851	AATC	2	8	66841	66848	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_015851	TAGC	2	8	69300	69307	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015851	TGCG	2	8	69607	69614	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015851	TGCG	2	8	70096	70103	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015851	CCCG	2	8	70199	70206	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_015851	GACA	2	8	70439	70446	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015851	AGGG	2	8	70550	70557	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015851	TGCC	2	8	71457	71464	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015851	TTTC	2	8	74821	74828	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015851	GAAT	2	8	76950	76957	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015851	TTCA	2	8	77492	77499	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_015851	TTTC	2	8	77718	77725	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015851	GCAT	2	8	78347	78354	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_015851	CCCG	2	8	78419	78426	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
42	NC_015851	ATTT	2	8	88144	88151	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015851	CGAA	2	8	88638	88645	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015851	CGCT	2	8	88724	88731	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015851	CGGA	2	8	88916	88923	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_015851	ACCG	2	8	92297	92304	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015851	ATGA	2	8	92582	92589	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015851	CCAG	2	8	99272	99279	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_015851	TTGA	2	8	99465	99472	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015851	CAAA	2	8	99794	99801	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015851	TGAT	2	8	99803	99810	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015851	ACCG	2	8	99872	99879	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015851	TGGA	2	8	100483	100490	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015851	TTTA	2	8	108751	108758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015851	AATG	2	8	108945	108952	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015851	TTTC	2	8	111142	111149	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015851	CATG	2	8	111265	111272	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_015851	CCAA	2	8	113605	113612	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015851	CATA	2	8	115535	115542	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015851	ATTT	2	8	118224	118231	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015851	TGAT	2	8	118401	118408	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015851	CGCT	2	8	119618	119625	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015851	CGCC	2	8	124362	124369	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
64	NC_015851	TTCC	2	8	124415	124422	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_015851	GTTT	2	8	125453	125460	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015851	GATC	2	8	125482	125489	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015851	TTGC	2	8	134657	134664	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015851	CGGG	2	8	140131	140138	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015851	TTGG	2	8	141706	141713	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015851	TACA	2	8	142653	142660	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015851	CTTT	2	8	142806	142813	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015851	CCGG	2	8	143127	143134	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015851	GTGC	2	8	143141	143148	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015851	CGGG	2	8	144476	144483	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015851	GCCC	2	8	144490	144497	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
76	NC_015851	CTGC	2	8	152274	152281	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015851	GTCC	2	8	152555	152562	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015851	TGCG	2	8	152709	152716	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015851	CGCC	2	8	152724	152731	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
80	NC_015851	GGCT	2	8	160570	160577	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015851	CAGG	2	8	160684	160691	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015851	CATG	2	8	171678	171685	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015851	GATC	2	8	171943	171950	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015851	GGAC	2	8	171997	172004	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015851	CTGC	2	8	177054	177061	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_015851	CGTG	2	8	178903	178910	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015851	TCCC	2	8	182402	182409	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_015851	CTTC	2	8	182448	182455	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015851	CATC	2	8	182972	182979	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015851	TGGG	2	8	184433	184440	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015851	CTTC	2	8	184708	184715	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015851	AGGC	2	8	185079	185086	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_015851	GATG	2	8	190323	190330	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015851	GCAT	2	8	191765	191772	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_015851	TCGC	2	8	196857	196864	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015851	TGCG	2	8	197027	197034	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015851	CCAA	2	8	199278	199285	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015851	AGCG	2	8	199699	199706	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015851	TGTA	2	8	204187	204194	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015851	ACCC	2	8	210292	210299	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_015851	TGCC	2	8	215061	215068	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_015851	GCGG	2	8	215821	215828	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015851	CCAA	2	8	218803	218810	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015851	CGCT	2	8	221369	221376	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015851	CCGC	2	8	221586	221593	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_015851	TTGG	2	8	222026	222033	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015851	CTGC	2	8	222630	222637	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_015851	GCTG	2	8	223471	223478	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015851	GGCT	2	8	223532	223539	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015851	TGCT	2	8	223671	223678	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015851	CTGC	2	8	223697	223704	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015851	GCTC	2	8	223713	223720	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015851	ATGC	2	8	224018	224025	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_015851	TGGC	2	8	224309	224316	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015851	CCCT	2	8	224661	224668	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
116	NC_015851	TGCG	2	8	224770	224777	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_015851	CAAG	2	8	224920	224927	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_015851	CTCG	2	8	228691	228698	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015851	TCTT	2	8	228787	228794	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015851	AGAA	2	8	229095	229102	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015851	GGCG	2	8	230063	230070	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_015851	ATTT	2	8	230788	230795	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015851	AAAT	2	8	230835	230842	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015851	CTAA	2	8	238209	238216	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015851	TTAA	2	8	238471	238478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015851	GACC	2	8	244083	244090	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_015851	CTGC	2	8	245821	245828	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_015851	TGCG	2	8	248215	248222	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_015851	TCAA	2	8	248352	248359	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_015851	GGCA	2	8	248398	248405	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_015851	GCTG	2	8	248475	248482	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015851	CGCC	2	8	249488	249495	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.