MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 chromosome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015850	ACGCTG	2	12	124704	124715	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015850	TTGGGG	2	12	129441	129452	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015850	GCGATC	2	12	141177	141188	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015850	CTCACC	3	18	154665	154682	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_015850	CACGAC	5	30	154685	154714	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015850	GCCTTG	2	12	177762	177773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015850	CATCCG	2	12	179671	179682	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015850	TCCCGT	2	12	183297	183308	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015850	TCATGC	2	12	192586	192597	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015850	CCGCGC	2	12	247586	247597	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_015850	AGGCGG	2	12	247618	247629	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015850	CTGCCT	2	12	267909	267920	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_015850	GGGCGC	2	12	299498	299509	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015850	GCTGGG	2	12	407740	407751	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015850	GATGAG	2	12	423545	423556	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015850	TGCAGA	2	12	462215	462226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015850	GGCGCG	2	12	494650	494661	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015850	AACCTG	2	12	522348	522359	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015850	CTTGTC	2	12	531292	531303	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015850	GCCTCC	2	12	554424	554435	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_015850	GTCGCG	2	12	555679	555690	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015850	GCCCCG	2	12	577628	577639	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015850	TTATAT	2	12	641259	641270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015850	CAGTTC	2	12	641491	641502	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015850	AACCCA	2	12	656311	656322	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015850	CATGGC	2	12	665526	665537	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015850	ATAGTA	2	12	679037	679048	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015850	GTTGTA	2	12	679121	679132	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015850	ACTCTG	2	12	702894	702905	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015850	GGCGGA	2	12	754343	754354	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015850	GTTTTC	2	12	756462	756473	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015850	GGCGGT	2	12	762658	762669	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015850	AACGGT	2	12	762937	762948	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015850	GCGGCA	2	12	781545	781556	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015850	TATCCC	2	12	807460	807471	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015850	TGGGCC	2	12	917806	917817	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015850	CCCTGT	2	12	979783	979794	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_015850	AATTTG	2	12	1008527	1008538	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015850	GGTTGG	2	12	1012516	1012527	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015850	ACAGTC	2	12	1026634	1026645	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015850	TTTAGA	2	12	1026663	1026674	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015850	AGGGGG	2	12	1037774	1037785	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015850	TTTGAT	2	12	1042004	1042015	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015850	TCGCAC	2	12	1081808	1081819	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015850	GCCTGC	2	12	1083865	1083876	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015850	GGCACC	2	12	1089093	1089104	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015850	GGCCCC	2	12	1116576	1116587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_015850	GAGGCG	2	12	1117394	1117405	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015850	TGGGCA	2	12	1123691	1123702	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015850	GTTCCC	2	12	1149702	1149713	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015850	CGTGGC	2	12	1155220	1155231	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015850	TGCATC	2	12	1172864	1172875	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015850	CGGTGG	2	12	1192163	1192174	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015850	TCCCTT	2	12	1207898	1207909	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015850	CCGTTC	2	12	1208531	1208542	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015850	CGGGAA	2	12	1210096	1210107	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015850	CACCTC	2	12	1217553	1217564	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_015850	TTTCCC	2	12	1217927	1217938	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015850	GCCTTT	2	12	1267972	1267983	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015850	ACTGGA	2	12	1299762	1299773	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015850	GCCATG	2	12	1302936	1302947	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015850	GGAGGC	2	12	1329347	1329358	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015850	GGCAGG	2	12	1362025	1362036	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015850	CGGGTG	2	12	1362145	1362156	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015850	ACGCGC	2	12	1370992	1371003	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015850	ATGGCA	2	12	1385503	1385514	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015850	TGGCGC	2	12	1391891	1391902	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015850	CGCCAT	2	12	1426638	1426649	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_015850	CCTGGG	2	12	1426650	1426661	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015850	TGCTTT	2	12	1483837	1483848	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015850	CTGCTC	2	12	1491326	1491337	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015850	CATCGT	2	12	1493143	1493154	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015850	TCTGGT	2	12	1530586	1530597	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015850	CATCGA	2	12	1594965	1594976	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015850	CGGGTT	2	12	1629600	1629611	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015850	TTTTGC	2	12	1649288	1649299	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_015850	ACGGTT	2	12	1674301	1674312	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015850	GCATCC	2	12	1701649	1701660	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015850	CCGGAT	2	12	1728773	1728784	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015850	ACGCAA	2	12	1736414	1736425	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015850	GGTGCA	2	12	1842397	1842408	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015850	CACGTC	2	12	1861292	1861303	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015850	TCAGCC	2	12	1864598	1864609	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
84	NC_015850	ATGTCG	2	12	1895588	1895599	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015850	CGGGAT	2	12	1911341	1911352	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015850	AGCCTA	2	12	1943298	1943309	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015850	CACGTC	2	12	1943619	1943630	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_015850	CCAGAG	2	12	2040834	2040845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015850	GTCGGT	2	12	2044500	2044511	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015850	TTACGA	2	12	2055801	2055812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015850	CAAGAA	2	12	2127114	2127125	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015850	GCGCTG	2	12	2130848	2130859	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015850	TGCGGA	2	12	2161076	2161087	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015850	TCCTGC	2	12	2286521	2286532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015850	AGCCGC	2	12	2330143	2330154	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015850	TCTGGC	2	12	2379413	2379424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015850	CCATCG	2	12	2457716	2457727	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015850	GCAGGA	2	12	2503294	2503305	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015850	CCGCCA	2	12	2543668	2543679	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_015850	ACGGCG	2	12	2555235	2555246	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015850	CCGGGC	2	12	2789287	2789298	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_015850	AGCCCC	2	12	2814994	2815005	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_015850	GGGCCG	2	12	2816945	2816956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015850	CGGAGC	2	12	2861023	2861034	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015850	AATGAT	2	12	2880752	2880763	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015850	ACCGCG	2	12	2899106	2899117	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015850	GCCACC	2	12	2907071	2907082	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_015850	CGGGGT	2	12	2932191	2932202	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.