MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 chromosome

Total Repeats: 278

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015850	AGCGC	2	10	17031	17040	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015850	CCAGA	2	10	37357	37366	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_015850	GACCA	2	10	73436	73445	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015850	TGGTA	2	10	91573	91582	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015850	GAACT	2	10	99681	99690	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015850	ACTCC	2	10	107376	107385	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_015850	TAGGG	2	10	110826	110835	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015850	CCCAA	2	10	114538	114547	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_015850	ACAGC	2	10	119416	119425	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015850	TGGGA	2	10	135965	135974	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015850	TTATT	2	10	146301	146310	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015850	CACGT	2	10	147972	147981	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015850	GTTTG	2	10	148901	148910	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015850	CGGTG	2	10	149927	149936	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015850	GGGTT	2	10	156699	156708	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015850	TTTGG	2	10	157387	157396	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015850	CGGTC	2	10	169128	169137	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015850	CGGTC	2	10	185299	185308	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015850	ACCGG	2	10	186035	186044	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015850	ATCCG	2	10	186206	186215	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015850	TGGGG	2	10	248727	248736	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015850	TCTTA	2	10	267889	267898	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015850	CTGCG	2	10	317199	317208	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015850	ACACC	2	10	317735	317744	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_015850	CTCGC	2	10	342117	342126	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_015850	GCACG	2	10	347695	347704	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015850	GGTGG	2	10	351552	351561	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015850	GCGAC	2	10	358629	358638	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015850	CGGGG	2	10	360584	360593	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015850	TGCCG	2	10	370698	370707	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015850	GCGGG	2	10	401004	401013	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015850	ACGTG	2	10	435731	435740	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015850	GGGAA	2	10	438528	438537	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015850	CCCCT	2	10	439732	439741	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
35	NC_015850	TAGTG	2	10	450573	450582	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015850	GATTT	2	10	450749	450758	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015850	CCATG	2	10	453614	453623	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015850	CGGCG	2	10	497114	497123	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015850	TCGAC	2	10	517442	517451	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_015850	CCTTG	2	10	518324	518333	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015850	CACTG	2	10	520627	520636	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015850	TAGCA	2	10	547015	547024	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015850	GTGGC	2	10	554314	554323	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015850	GGCGT	2	10	554374	554383	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015850	CAGAG	2	10	558652	558661	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015850	AGAAA	2	10	567446	567455	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015850	CGGTT	2	10	569277	569286	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015850	CGGAT	2	10	572071	572080	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015850	TGCCC	2	10	574091	574100	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_015850	GCGGG	2	10	577577	577586	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015850	CCTGC	2	10	598923	598932	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_015850	TGCGG	2	10	633252	633261	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015850	GCTTG	2	10	641560	641569	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015850	TGGGC	2	10	641636	641645	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015850	TCCAG	2	10	665494	665503	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_015850	TGGCC	2	10	684156	684165	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015850	GTCAA	2	10	701876	701885	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015850	AGACG	2	10	710137	710146	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015850	CCGGC	2	10	710357	710366	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_015850	TATGG	2	10	710904	710913	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015850	ACGCC	2	10	747622	747631	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_015850	AGTAG	2	10	748632	748641	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015850	GGCAA	2	10	748658	748667	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015850	ACCTG	2	10	752164	752173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015850	CGGCT	2	10	754426	754435	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015850	GCCCT	2	10	756324	756333	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_015850	AGCGA	2	10	757464	757473	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015850	TGGAT	2	10	768056	768065	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015850	GGGTT	2	10	772947	772956	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015850	AGTCT	2	10	777568	777577	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015850	AAATA	2	10	779950	779959	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015850	ATTTT	2	10	792938	792947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015850	CTGCT	2	10	793116	793125	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015850	AGAGC	2	10	798150	798159	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015850	CGGTG	2	10	799439	799448	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015850	GCGTT	2	10	804465	804474	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015850	GAGCG	2	10	807596	807605	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015850	GCGGG	2	10	810329	810338	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015850	GCGAT	2	10	826525	826534	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015850	GGCGG	2	10	858754	858763	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015850	ACAGG	2	10	890674	890683	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015850	CGGCA	2	10	896025	896034	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015850	TCGAC	2	10	898433	898442	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_015850	TTTAC	2	10	922351	922360	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015850	GATTG	2	10	922411	922420	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015850	CAGGG	2	10	929373	929382	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015850	GCGTT	2	10	929502	929511	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015850	TCAAA	2	10	943032	943041	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015850	ATGGA	2	10	962221	962230	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015850	CGCGC	2	10	967160	967169	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
91	NC_015850	CGACT	2	10	972553	972562	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_015850	CCGCT	2	10	978046	978055	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_015850	TTCTA	2	10	1031123	1031132	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015850	GGAAA	2	10	1032736	1032745	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015850	GGATC	2	10	1039229	1039238	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015850	TGCAT	2	10	1044837	1044846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015850	CTTGG	2	10	1045211	1045220	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015850	TGTAA	2	10	1052551	1052560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015850	GTCGC	2	10	1069605	1069614	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_015850	CTGTT	2	10	1096501	1096510	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015850	TCGCT	2	10	1110096	1110105	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015850	TCGCT	2	10	1116753	1116762	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015850	GGCGG	2	10	1117192	1117201	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015850	ACCGA	2	10	1119878	1119887	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015850	AGCAC	2	10	1123746	1123755	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015850	GGTCC	2	10	1125333	1125342	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015850	GCGAC	2	10	1125653	1125662	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015850	AAGCA	2	10	1131311	1131320	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015850	ACAAA	2	10	1141516	1141525	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015850	AAGGA	2	10	1143661	1143670	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015850	TATGG	2	10	1150277	1150286	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015850	GCCCT	2	10	1156599	1156608	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_015850	GGCAA	2	10	1159650	1159659	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_015850	CGTAG	2	10	1160979	1160988	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015850	CTTTT	2	10	1162696	1162705	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015850	TACGG	2	10	1164387	1164396	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015850	CAACT	2	10	1177305	1177314	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_015850	CTTTG	2	10	1205181	1205190	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015850	ATCGT	2	10	1207937	1207946	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015850	TGCCC	2	10	1207958	1207967	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_015850	TCCGC	2	10	1210006	1210015	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_015850	TCCAC	2	10	1211410	1211419	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_015850	AAAAT	2	10	1241331	1241340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015850	CAGGG	2	10	1250794	1250803	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015850	CAGGG	2	10	1254329	1254338	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015850	AAAAG	2	10	1254532	1254541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015850	TCCAT	2	10	1268684	1268693	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_015850	GATCA	2	10	1274908	1274917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_015850	ACAAA	2	10	1282824	1282833	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_015850	TCCCC	2	10	1294542	1294551	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
131	NC_015850	TGGTG	2	10	1294640	1294649	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015850	GCACG	2	10	1296772	1296781	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_015850	CATTT	2	10	1299121	1299130	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015850	GCTTG	2	10	1299509	1299518	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015850	GTGGA	2	10	1302852	1302861	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015850	CGTTC	2	10	1302910	1302919	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_015850	GGGGC	2	10	1329330	1329339	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015850	AGGCC	2	10	1329909	1329918	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_015850	CTGTC	2	10	1338007	1338016	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015850	GCTGC	2	10	1346756	1346765	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_015850	GGCCT	2	10	1397822	1397831	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_015850	TGTCC	2	10	1437585	1437594	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_015850	TGCTT	2	10	1449447	1449456	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015850	CAAAG	2	10	1461374	1461383	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015850	GAGGG	2	10	1476187	1476196	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015850	GATGG	2	10	1551675	1551684	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015850	TAGGC	2	10	1572350	1572359	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_015850	CTTAA	2	10	1575090	1575099	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_015850	AGGGC	2	10	1592756	1592765	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_015850	GAGCA	2	10	1622736	1622745	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
152	NC_015850	GCCAA	2	10	1622762	1622771	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
153	NC_015850	TTTAT	2	10	1622798	1622807	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015850	GGCAC	2	10	1629401	1629410	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_015850	GACAC	2	10	1629502	1629511	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_015850	CTGGT	2	10	1645601	1645610	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_015850	GACCA	2	10	1646024	1646033	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_015850	ATCCC	2	10	1667474	1667483	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
159	NC_015850	ATCGC	2	10	1667608	1667617	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
160	NC_015850	TTCCC	2	10	1670706	1670715	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
161	NC_015850	CGCGG	2	10	1682592	1682601	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
162	NC_015850	TAAAA	2	10	1686775	1686784	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015850	TTCTG	2	10	1708230	1708239	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_015850	GCCCT	2	10	1866335	1866344	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
172	NC_015850	GGTAG	2	10	1891844	1891853	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_015850	TGGCC	2	10	1915051	1915060	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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182	NC_015850	CCGAA	2	10	1946676	1946685	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
183	NC_015850	CTCTG	2	10	1957304	1957313	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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196	NC_015850	GAGGC	2	10	2100842	2100851	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
197	NC_015850	TATCA	2	10	2113939	2113948	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
198	NC_015850	CTGTC	2	10	2114213	2114222	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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221	NC_015850	GCCTG	2	10	2332866	2332875	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
222	NC_015850	CTGCA	2	10	2364749	2364758	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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259	NC_015850	AGGGG	2	10	2771430	2771439	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_015850	GCTAC	2	10	2838488	2838497	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
264	NC_015850	TTGAC	2	10	2838606	2838615	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
265	NC_015850	CGACT	2	10	2838818	2838827	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
266	NC_015850	GGGTT	2	10	2839795	2839804	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
267	NC_015850	CCTTC	2	10	2839985	2839994	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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272	NC_015850	GCGCC	2	10	2849023	2849032	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
273	NC_015850	GTGAG	2	10	2868786	2868795	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
274	NC_015850	CTTTG	2	10	2884570	2884579	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
275	NC_015850	GGTGA	2	10	2898801	2898810	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
276	NC_015850	TACGG	2	10	2898867	2898876	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
277	NC_015850	GGCGG	2	10	2923800	2923809	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
278	NC_015850	CGCGC	2	10	2932173	2932182	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.