MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanococcus maripaludis X1 chromosome

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015847	CCTACG	2	12	2515	2526	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015847	AAGGCC	2	12	3438	3449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015847	CCTACG	2	12	34532	34543	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015847	AAGGCC	2	12	35536	35547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015847	AACGAA	2	12	38087	38098	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015847	TTGATT	2	12	43903	43914	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015847	AATTTA	2	12	55046	55057	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015847	TTAAAT	2	12	55079	55090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015847	ACTTTT	2	12	75371	75382	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015847	TAAATA	2	12	129611	129622	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015847	AAATGC	2	12	141726	141737	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015847	AATTTA	2	12	150209	150220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015847	ATTTAT	2	12	150221	150232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015847	AAAATT	2	12	163933	163944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015847	ATTTAA	2	12	165351	165362	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015847	ATTTAA	2	12	180932	180943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015847	TAAAAT	2	12	186018	186029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015847	TAAAAA	3	18	187289	187306	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015847	GTATAG	2	12	191638	191649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015847	TTTTAA	2	12	202068	202079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015847	TTTGAT	2	12	204918	204929	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015847	ATAAAT	2	12	219846	219857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015847	AATTAA	2	12	225014	225025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015847	CATAAT	2	12	249336	249347	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015847	AACATA	2	12	262385	262396	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015847	AAAATT	4	24	277681	277704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015847	ATTTGA	2	12	298737	298748	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015847	TAAAAT	2	12	307787	307798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015847	TTTTAA	2	12	322925	322936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015847	AAAAAT	2	12	337518	337529	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015847	TCATTT	2	12	370575	370586	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015847	ATTTAA	2	12	371402	371413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015847	CTTTTT	2	12	378817	378828	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015847	CCTATA	2	12	380978	380989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015847	ATTTTA	2	12	388303	388314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015847	ATTTTG	2	12	413956	413967	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015847	TATAAA	2	12	426451	426462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015847	TTTAAA	2	12	429078	429089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015847	TTTAAT	2	12	436134	436145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015847	TATAAT	2	12	437816	437827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015847	TAAGTT	2	12	445030	445041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015847	TAATTT	2	12	445370	445381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015847	TCATGA	2	12	450490	450501	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015847	TTATAA	2	12	457007	457018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015847	ATTTGT	2	12	480533	480544	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015847	AAAATT	2	12	495296	495307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015847	AAATAG	2	12	498106	498117	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015847	ATGCAT	2	12	522829	522840	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015847	TAAAAA	2	12	550641	550652	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015847	TTCAAA	2	12	553922	553933	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_015847	AATAAA	2	12	559833	559844	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015847	TTTAAT	2	12	574562	574573	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015847	TTTAAT	2	12	586749	586760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015847	ATTTTA	2	12	594784	594795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015847	ATATTA	2	12	604012	604023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015847	TTAGAT	2	12	630670	630681	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015847	ATTTTA	2	12	650121	650132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015847	ATTAAA	2	12	673482	673493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015847	AAAATT	2	12	678700	678711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015847	TAAAAA	2	12	699918	699929	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015847	AAAATA	2	12	701055	701066	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015847	TAAAAT	2	12	737075	737086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015847	AAATAT	2	12	766917	766928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015847	TAAAAA	2	12	777265	777276	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015847	TTTAAA	2	12	780754	780765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015847	TTTAAA	2	12	781026	781037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015847	TTTTAA	2	12	787014	787025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015847	GAAAAA	2	12	802036	802047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015847	TTAAAA	2	12	818098	818109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015847	TAAAAA	2	12	847054	847065	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015847	AGAAAT	2	12	865495	865506	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015847	TTTTAA	2	12	872508	872519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015847	ATTTAT	2	12	877883	877894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015847	TGTATT	2	12	889505	889516	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015847	AAATTT	2	12	890965	890976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015847	AAAGTT	2	12	909519	909530	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015847	TTAAAA	2	12	926840	926851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015847	CCAAAA	2	12	947402	947413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015847	TTTATC	2	12	954633	954644	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015847	TTTTAA	2	12	955977	955988	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015847	ATTACA	2	12	957201	957212	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015847	TTAAAA	2	12	959678	959689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015847	TTCTTT	2	12	960290	960301	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015847	TAAATA	2	12	973522	973533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015847	TATTAA	2	12	983806	983817	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015847	ATTATA	2	12	998700	998711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015847	TTTTAA	2	12	1015615	1015626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015847	AAATAA	2	12	1030111	1030122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015847	AGCAAG	2	12	1034395	1034406	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015847	TAAAAA	2	12	1055611	1055622	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015847	TAAAAA	2	12	1076477	1076488	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015847	AATAAA	2	12	1117479	1117490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015847	ATCTAA	2	12	1117519	1117530	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015847	ATTCTT	2	12	1124568	1124579	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015847	AAAATT	2	12	1137793	1137804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015847	TAAAAA	2	12	1153369	1153380	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015847	AATTAA	2	12	1168376	1168387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015847	ATATTT	2	12	1168527	1168538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015847	AAATTA	2	12	1174525	1174536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015847	AAAATT	5	30	1180551	1180580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015847	TAAAAA	2	12	1191855	1191866	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015847	ATTTTT	2	12	1216483	1216494	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015847	AAATAC	2	12	1228793	1228804	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015847	CTAATT	2	12	1231778	1231789	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_015847	TTTAAA	2	12	1259385	1259396	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015847	TATAAA	2	12	1262262	1262273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015847	AAAATT	2	12	1262331	1262342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015847	TGAAGA	2	12	1265961	1265972	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015847	AATTGA	2	12	1268156	1268167	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015847	AAAATT	2	12	1268623	1268634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015847	ATTAAA	2	12	1299225	1299236	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015847	AATTTT	2	12	1300853	1300864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015847	TTATTT	2	12	1301850	1301861	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015847	ATTGGA	2	12	1307083	1307094	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015847	ATTTTT	2	12	1323227	1323238	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015847	ATAATT	2	12	1347876	1347887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015847	TTTAAA	2	12	1357991	1358002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015847	TTATAA	2	12	1373153	1373164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015847	TAGGTT	2	12	1375400	1375411	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015847	ATTTTT	2	12	1377752	1377763	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015847	AAAATA	2	12	1413253	1413264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015847	ATATTA	2	12	1423292	1423303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015847	TAATTA	2	12	1431048	1431059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015847	TTTTAA	2	12	1443163	1443174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015847	TTAAAA	2	12	1461931	1461942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015847	TAAAAA	2	12	1478915	1478926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015847	CTTATT	2	12	1489990	1490001	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_015847	AATAAA	2	12	1555864	1555875	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015847	TAAAAA	2	12	1558705	1558716	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015847	GGTAAT	2	12	1563769	1563780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015847	TAAATT	2	12	1587284	1587295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015847	TAAATT	2	12	1591840	1591851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015847	TAAATT	2	12	1606320	1606331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015847	AAAATT	2	12	1651733	1651744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015847	AATTAA	2	12	1662996	1663007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015847	TTATTT	2	12	1674555	1674566	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015847	GCAGGG	2	12	1686552	1686563	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_015847	AAAATT	2	12	1688425	1688436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015847	AATTGA	2	12	1711886	1711897	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015847	ATCTAC	2	12	1724092	1724103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.