MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanococcus maripaludis X1 chromosome

Total Repeats: 306

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015847	TAAAA	2	10	55	64	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015847	GGGAT	2	10	142	151	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015847	TTAAA	2	10	190	199	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015847	CATAC	2	10	2665	2674	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015847	CCAAG	2	10	3165	3174	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015847	TAGAT	2	10	21529	21538	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015847	TTAAA	2	10	23879	23888	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015847	TAAAA	2	10	23939	23948	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015847	ATGAA	2	10	32064	32073	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015847	GGGAT	2	10	32159	32168	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015847	TTAAA	2	10	32207	32216	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015847	CATAC	2	10	34682	34691	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015847	CCAAG	2	10	35182	35191	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_015847	TAATG	2	10	37088	37097	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015847	TTATA	2	10	39189	39198	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015847	TAAAT	2	10	39477	39486	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015847	TAAAT	2	10	39671	39680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015847	ATTTT	2	10	43996	44005	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015847	ATTAT	2	10	44164	44173	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015847	CAAAA	2	10	44238	44247	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015847	CAAAG	2	10	56325	56334	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015847	AAATT	2	10	61565	61574	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015847	ATTTA	2	10	62888	62897	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015847	TTTTA	2	10	68384	68393	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015847	TTTTA	2	10	77371	77380	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015847	ATTTT	2	10	79614	79623	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015847	TGAAT	2	10	82015	82024	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015847	GAAAA	2	10	82165	82174	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015847	ATCTA	2	10	101962	101971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015847	TTTTA	2	10	107539	107548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015847	ATCCC	2	10	108112	108121	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_015847	TTTTA	2	10	111071	111080	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015847	AAAGA	2	10	139287	139296	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015847	TTGAT	2	10	140507	140516	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015847	CTTTT	2	10	156572	156581	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015847	TGAAC	2	10	162289	162298	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015847	AGAAT	2	10	185367	185376	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015847	ATTTT	2	10	187779	187788	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015847	GATCC	2	10	191710	191719	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_015847	TAATA	2	10	193275	193284	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015847	TACAT	2	10	196057	196066	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015847	ATTTA	2	10	202272	202281	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015847	TTAAT	2	10	202494	202503	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015847	ATTAA	2	10	204860	204869	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015847	CGTAT	2	10	209748	209757	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015847	AAAAC	2	10	217791	217800	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015847	TAAAT	2	10	226811	226820	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015847	TAAAA	2	10	226852	226861	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015847	TTTAA	2	10	249383	249392	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015847	ATTTT	2	10	259483	259492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015847	AATTT	2	10	262332	262341	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015847	TTTTG	2	10	262342	262351	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015847	AATTT	2	10	266713	266722	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015847	TATTT	2	10	271956	271965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015847	ATTTA	2	10	275093	275102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015847	TAACT	2	10	280195	280204	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015847	TTAAA	2	10	289820	289829	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015847	TTTTA	2	10	292266	292275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015847	ATTTT	2	10	292358	292367	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015847	ATTAA	2	10	293445	293454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015847	TTTTA	2	10	294577	294586	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015847	ACTTA	2	10	300287	300296	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015847	TAAAA	2	10	302534	302543	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015847	GATTT	2	10	306554	306563	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015847	TTTTA	2	10	319006	319015	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015847	AATTG	2	10	324123	324132	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015847	TACTT	2	10	327396	327405	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015847	TAAAA	2	10	333172	333181	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015847	TATTT	2	10	350424	350433	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015847	ATTTA	2	10	365628	365637	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015847	TTATA	2	10	366505	366514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015847	ATTTT	2	10	370847	370856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015847	ATCAT	2	10	371289	371298	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015847	TTTCT	2	10	371366	371375	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015847	AATAT	2	10	371513	371522	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015847	TTTTA	2	10	374386	374395	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015847	CTACC	2	10	379116	379125	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
78	NC_015847	CTACC	2	10	379365	379374	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_015847	ATAAG	2	10	380586	380595	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015847	TAAAT	2	10	381069	381078	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015847	AATAA	2	10	387222	387231	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015847	TTTCT	2	10	392695	392704	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015847	TAAAT	2	10	401989	401998	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015847	TATAA	2	10	404251	404260	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015847	TAAAA	2	10	405213	405222	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015847	TCTTT	2	10	420134	420143	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015847	ATTTA	2	10	424104	424113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015847	TTAAT	2	10	426869	426878	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015847	TAGAA	2	10	429016	429025	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015847	ATTTT	2	10	436342	436351	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015847	TTTAA	2	10	437426	437435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015847	ATTTA	2	10	438388	438397	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015847	TAATT	2	10	448122	448131	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015847	AGTGT	2	10	454190	454199	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015847	ATTTA	2	10	459392	459401	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015847	ATTAA	2	10	459405	459414	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015847	ATATT	2	10	462664	462673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015847	CTAAA	2	10	478906	478915	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015847	ATTTT	2	10	485197	485206	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015847	TTTTA	2	10	485297	485306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015847	TATCA	2	10	491768	491777	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015847	GTATT	2	10	497108	497117	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015847	GCATT	2	10	498056	498065	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015847	TAAAT	2	10	498374	498383	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015847	TAAAA	2	10	503149	503158	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015847	ACTAT	2	10	510198	510207	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015847	ATTTA	2	10	517422	517431	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015847	GAATA	2	10	517447	517456	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015847	ATTTT	2	10	534808	534817	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015847	ATATA	2	10	538096	538105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015847	TAAAA	2	10	538108	538117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015847	ATTTA	2	10	550590	550599	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015847	ATAAA	2	10	553868	553877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015847	AATAT	2	10	554154	554163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015847	TTAAA	2	10	561870	561879	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015847	TAAAA	2	10	563256	563265	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015847	TTAAT	2	10	568418	568427	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015847	TCTTA	2	10	588297	588306	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015847	GGCGA	2	10	596381	596390	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015847	ATTTA	2	10	598315	598324	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015847	TTAAA	2	10	609162	609171	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015847	ACTAA	2	10	617614	617623	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015847	GAATT	2	10	621857	621866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015847	ATTTT	2	10	637645	637654	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015847	TTAAT	2	10	659724	659733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015847	AGATG	2	10	668199	668208	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015847	TTTAA	2	10	668334	668343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015847	ATGAA	2	10	668644	668653	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015847	TATAT	2	10	692037	692046	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015847	AAAAG	2	10	699100	699109	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015847	TATAA	2	10	699881	699890	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015847	AATAT	2	10	708098	708107	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015847	CAGAA	2	10	709421	709430	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_015847	ATTTA	2	10	709531	709540	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015847	ATTGT	2	10	713255	713264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015847	AGTAT	2	10	713328	713337	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015847	AAAAT	2	10	714612	714621	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015847	TAATA	2	10	721180	721189	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015847	TAATT	2	10	723101	723110	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015847	ATTGG	2	10	728323	728332	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015847	CATAT	2	10	732493	732502	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_015847	TTTCT	2	10	732685	732694	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015847	CTAAA	2	10	738489	738498	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015847	GAATT	2	10	740190	740199	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015847	GTTAT	2	10	766772	766781	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015847	ATTTA	2	10	770304	770313	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015847	AAAAT	2	10	780872	780881	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015847	TAAAA	2	10	783787	783796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015847	GTAAT	2	10	784298	784307	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_015847	AACCA	2	10	1675914	1675923	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
293	NC_015847	TCTTT	2	10	1676335	1676344	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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295	NC_015847	CTACC	2	10	1686507	1686516	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
296	NC_015847	TAAAA	2	10	1686639	1686648	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_015847	TAAAT	2	10	1689951	1689960	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_015847	ATTAT	2	10	1706665	1706674	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_015847	TTTAT	2	10	1711929	1711938	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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306	NC_015847	ATTAA	2	10	1735739	1735748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.