MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 317

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	TATCCA	2	12	1305	1316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625374
2	NC_015744	TATTGA	2	12	17199	17210	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339625384
3	NC_015744	TCTGCA	2	12	24856	24867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015744	TGTGAT	2	12	25498	25509	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625391
5	NC_015744	TATTTT	2	12	34333	34344	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015744	GGGAAG	2	12	38455	38466	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339625406
7	NC_015744	GGAAGA	2	12	42113	42124	50 %	0 %	50 %	0 %	339625409
8	NC_015744	ATGCAA	2	12	44425	44436	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625413
9	NC_015744	GAGAAA	2	12	44654	44665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625413
10	NC_015744	TATATT	2	12	50094	50105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339625418
11	NC_015744	TTTCCA	2	12	56917	56928	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339625424
12	NC_015744	ATGAAG	2	12	63530	63541	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339625427
13	NC_015744	ATTAGG	2	12	69314	69325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625433
14	NC_015744	CCCTGA	2	12	72310	72321	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339625436
15	NC_015744	AGAATT	2	12	75243	75254	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339625439
16	NC_015744	AAGCTC	2	12	75482	75493	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339625439
17	NC_015744	TTTCTT	2	12	78345	78356	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625441
18	NC_015744	AGAAAT	2	12	81535	81546	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339625444
19	NC_015744	GAGAAA	2	12	81806	81817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015744	GAAATT	2	12	83149	83160	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339625446
21	NC_015744	TTTTCT	2	12	84264	84275	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015744	TAGCCT	2	12	86778	86789	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625447
23	NC_015744	ATTTTT	2	12	88043	88054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015744	CACCTA	2	12	101339	101350	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339625458
25	NC_015744	AGCTAC	2	12	105307	105318	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339625460
26	NC_015744	AAGAGG	2	12	107178	107189	50 %	0 %	50 %	0 %	339625462
27	NC_015744	GAAAGG	2	12	112055	112066	50 %	0 %	50 %	0 %	339625468
28	NC_015744	AGCTTC	2	12	113509	113520	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625469
29	NC_015744	TTTTTA	2	12	114483	114494	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015744	ATCACA	2	12	117615	117626	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339625474
31	NC_015744	GATCCG	2	12	122224	122235	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339625478
32	NC_015744	TTATGC	2	12	129162	129173	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625484
33	NC_015744	ATGGGG	2	12	132196	132207	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339625487
34	NC_015744	AAAGAA	2	12	132675	132686	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339625487
35	NC_015744	GGCTAG	2	12	133058	133069	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339625487
36	NC_015744	GAGAAA	2	12	133105	133116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625487
37	NC_015744	TAAGGA	2	12	135445	135456	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015744	CCGGAG	2	12	136363	136374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015744	CTTTTT	2	12	140971	140982	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625490
40	NC_015744	GACCTG	2	12	145933	145944	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339625494
41	NC_015744	CCTCTA	2	12	149508	149519	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_015744	TAAGGA	2	12	157488	157499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015744	CCGGAG	2	12	158406	158417	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015744	GAAGAG	2	12	166397	166408	50 %	0 %	50 %	0 %	339625506
45	NC_015744	TTTTCT	2	12	168787	168798	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625507
46	NC_015744	CTGTTC	2	12	169100	169111	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625507
47	NC_015744	GTTTTT	2	12	169754	169765	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	339625508
48	NC_015744	GTGTAT	2	12	170666	170677	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625509
49	NC_015744	TATTGG	2	12	174745	174756	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625513
50	NC_015744	CCAACG	2	12	177073	177084	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	339625513
51	NC_015744	TCCAGA	2	12	179711	179722	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339625517
52	NC_015744	TTTTGG	2	12	184908	184919	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339625521
53	NC_015744	CAATTT	2	12	185575	185586	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339625524
54	NC_015744	ATCGCC	2	12	185846	185857	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339625524
55	NC_015744	GACATA	2	12	198326	198337	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625533
56	NC_015744	GACGGC	2	12	200825	200836	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339625537
57	NC_015744	CTTCTC	2	12	201734	201745	0 %	50 %	0 %	50 %	339625540
58	NC_015744	AAACAA	2	12	202513	202524	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015744	GAGCAA	2	12	204337	204348	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339625544
60	NC_015744	ATAGGG	2	12	225087	225098	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339625561
61	NC_015744	CGGAGG	2	12	225409	225420	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339625562
62	NC_015744	GGATTA	2	12	235277	235288	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625569
63	NC_015744	GAAAAA	2	12	235823	235834	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339625569
64	NC_015744	TTAAAA	2	12	239711	239722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625573
65	NC_015744	GCTATT	2	12	247332	247343	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625581
66	NC_015744	CAAATG	2	12	249866	249877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625582
67	NC_015744	GGCTGG	2	12	260976	260987	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339625591
68	NC_015744	ACAGGA	2	12	261088	261099	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339625591
69	NC_015744	TTAAGC	2	12	262137	262148	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625592
70	NC_015744	CCAGAA	2	12	265738	265749	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339625595
71	NC_015744	CAGGGA	2	12	271110	271121	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339625600
72	NC_015744	CTCCAT	2	12	273635	273646	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339625601
73	NC_015744	TCAGTA	2	12	274823	274834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625602
74	NC_015744	CAGAAT	2	12	276096	276107	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625605
75	NC_015744	TACTAG	2	12	276609	276620	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625605
76	NC_015744	AGAATA	2	12	283588	283599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339625614
77	NC_015744	AATTAA	2	12	286334	286345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339625618
78	NC_015744	GCAATA	2	12	287280	287291	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625618
79	NC_015744	CTTTAT	2	12	290668	290679	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339625621
80	NC_015744	AGCTGG	2	12	291096	291107	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339625621
81	NC_015744	TTGTAA	2	12	293965	293976	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339625624
82	NC_015744	CGTTGA	2	12	303274	303285	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015744	TTTCTT	2	12	308843	308854	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625635
84	NC_015744	TTTGCG	2	12	311063	311074	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339625635
85	NC_015744	GCGGAG	2	12	315261	315272	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339625637
86	NC_015744	ACCATC	2	12	315892	315903	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339625637
87	NC_015744	AATTTT	2	12	321518	321529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015744	TAAAAT	2	12	321530	321541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015744	GAAGGA	2	12	322930	322941	50 %	0 %	50 %	0 %	339625642
90	NC_015744	AAAGCT	2	12	327111	327122	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625646
91	NC_015744	CAAAAA	2	12	328422	328433	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015744	TAGCAA	2	12	333001	333012	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625654
93	NC_015744	AAAGCT	2	12	333132	333143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339625654
94	NC_015744	TAGTGA	2	12	334278	334289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339625655
95	NC_015744	ATATAC	2	12	338145	338156	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339625658
96	NC_015744	GTTCCT	2	12	341563	341574	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625661
97	NC_015744	CTTTTT	2	12	343717	343728	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625664
98	NC_015744	GTGAGG	2	12	347646	347657	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339625665
99	NC_015744	GGATTT	2	12	358123	358134	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625677
100	NC_015744	AATTAG	2	12	359543	359554	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339625678
101	NC_015744	TTCCTG	2	12	359842	359853	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625678
102	NC_015744	TTTTGA	2	12	367079	367090	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339625686
103	NC_015744	TGAACG	2	12	374275	374286	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339625694
104	NC_015744	GTGATT	2	12	374294	374305	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625694
105	NC_015744	GGTTCA	2	12	377064	377075	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625696
106	NC_015744	GAAAAG	2	12	378320	378331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339625697
107	NC_015744	AGTTGT	2	12	379516	379527	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625698
108	NC_015744	AGTTGT	2	12	379660	379671	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625698
109	NC_015744	CTTGTT	2	12	380573	380584	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625698
110	NC_015744	TCCTAA	2	12	381384	381395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339625699
111	NC_015744	AAAAAT	2	12	382879	382890	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015744	GTTCTT	2	12	385298	385309	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625702
113	NC_015744	CTATTT	2	12	393608	393619	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339625713
114	NC_015744	ACTCTT	2	12	394737	394748	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339625714
115	NC_015744	TTTCTG	2	12	395287	395298	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339625715
116	NC_015744	GATCAT	2	12	395417	395428	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625715
117	NC_015744	TAGTAC	2	12	398411	398422	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339625716
118	NC_015744	ATCTAG	2	12	398590	398601	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015744	GGTTTA	2	12	402064	402075	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625719
120	NC_015744	GTCTGT	2	12	405108	405119	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339625722
121	NC_015744	TTCTGA	2	12	410722	410733	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625726
122	NC_015744	AAAAGA	2	12	415786	415797	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339625732
123	NC_015744	AGCTGT	2	12	417879	417890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625733
124	NC_015744	TCTTTT	2	12	418544	418555	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	339625735
125	NC_015744	GGGGCT	2	12	419492	419503	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339625735
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130	NC_015744	ACTTCG	2	12	437436	437447	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625750
131	NC_015744	TTTTAG	2	12	437871	437882	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015744	TTGCCA	2	12	440977	440988	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339625755
133	NC_015744	TAAAAA	2	12	442543	442554	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015744	TTGGTA	2	12	442591	442602	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339625757
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138	NC_015744	TTGCAT	2	12	446022	446033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625759
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147	NC_015744	GAAAGG	2	12	471219	471230	50 %	0 %	50 %	0 %	339625786
148	NC_015744	GCTTTG	2	12	471462	471473	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339625786
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153	NC_015744	TCCTTG	2	12	480306	480317	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339625795
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157	NC_015744	AGAAAA	2	12	504750	504761	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015744	ATTTGC	2	12	510662	510673	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339625822
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161	NC_015744	TATGAA	3	18	513684	513701	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_015744	TCTGGA	2	12	517362	517373	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625832
163	NC_015744	CTGGAT	2	12	532953	532964	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339625845
164	NC_015744	GAAATA	2	12	533276	533287	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339625845
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166	NC_015744	GATGCA	2	12	540169	540180	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339625853
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175	NC_015744	TTTTTA	2	12	573538	573549	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_015744	CCTGCA	2	12	573698	573709	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339625886
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185	NC_015744	CACGCG	2	12	599199	599210	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339625909
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204	NC_015744	ATTCAA	2	12	667229	667240	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339625976
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207	NC_015744	TTCTTA	2	12	679206	679217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339625984
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215	NC_015744	AGGGAA	2	12	715177	715188	50 %	0 %	50 %	0 %	339626017
216	NC_015744	CTGAAG	2	12	716012	716023	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339626018
217	NC_015744	TAATCT	2	12	721432	721443	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339626021
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219	NC_015744	CTAAAG	2	12	722317	722328	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339626023
220	NC_015744	CCTTTC	2	12	723481	723492	0 %	50 %	0 %	50 %	339626024
221	NC_015744	TTTTAA	2	12	727345	727356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
222	NC_015744	ACATGC	2	12	733022	733033	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339626034
223	NC_015744	GGCTCT	2	12	733757	733768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339626035
224	NC_015744	ATCTTG	2	12	735351	735362	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339626036
225	NC_015744	CCCCCA	2	12	736685	736696	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	339626037
226	NC_015744	TTCCTC	2	12	740750	740761	0 %	50 %	0 %	50 %	339626041
227	NC_015744	CTCTAC	2	12	744004	744015	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339626043
228	NC_015744	ACATCA	2	12	744649	744660	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339626045
229	NC_015744	CGGAAT	2	12	744911	744922	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339626046
230	NC_015744	TGATAA	2	12	746816	746827	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339626047
231	NC_015744	AGCTAA	2	12	749189	749200	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339626049
232	NC_015744	TTCTCC	2	12	761225	761236	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
233	NC_015744	ATGAAG	2	12	770276	770287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339626069
234	NC_015744	TAACTC	2	12	770793	770804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339626069
235	NC_015744	ATCCGC	2	12	771718	771729	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339626069
236	NC_015744	CTAAAG	2	12	774136	774147	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339626071
237	NC_015744	CCAATA	2	12	779121	779132	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339626075
238	NC_015744	ATCGGC	2	12	784968	784979	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339626083
239	NC_015744	TATTGG	2	12	785561	785572	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339626083
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241	NC_015744	TCTTCA	2	12	798333	798344	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339626088
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253	NC_015744	GGTTGT	2	12	828832	828843	0 %	50 %	50 %	0 %	339626119
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256	NC_015744	CTCTAT	2	12	834683	834694	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339626124
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263	NC_015744	ACTGTA	2	12	849425	849436	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339626134
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272	NC_015744	ATTACA	2	12	868565	868576	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339626154
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280	NC_015744	TTTTGC	2	12	891223	891234	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339626177
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.