MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 35

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	TCTGCA	2	12	24856	24867	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015744	TATTTT	2	12	34333	34344	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015744	GAGAAA	2	12	81806	81817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015744	TTTTCT	2	12	84264	84275	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_015744	ATTTTT	2	12	88043	88054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015744	TTTTTA	2	12	114483	114494	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015744	TAAGGA	2	12	135445	135456	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015744	CCGGAG	2	12	136363	136374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015744	CCTCTA	2	12	149508	149519	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015744	TAAGGA	2	12	157488	157499	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015744	CCGGAG	2	12	158406	158417	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015744	AAACAA	2	12	202513	202524	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015744	CGTTGA	2	12	303274	303285	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015744	AATTTT	2	12	321518	321529	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015744	TAAAAT	2	12	321530	321541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015744	CAAAAA	2	12	328422	328433	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015744	AAAAAT	2	12	382879	382890	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015744	ATCTAG	2	12	398590	398601	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015744	TTTTAG	2	12	437871	437882	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015744	TAAAAA	2	12	442543	442554	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015744	AGAAAA	2	12	504750	504761	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015744	TATGAA	3	18	513684	513701	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015744	TTTTAC	2	12	539006	539017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015744	TTTTTA	2	12	573538	573549	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015744	ATATTA	2	12	597534	597545	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015744	AAAAAG	2	12	641705	641716	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015744	AGAATA	2	12	679186	679197	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015744	TTTTAA	2	12	727345	727356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015744	TTCTCC	2	12	761225	761236	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_015744	AGAATA	2	12	826869	826880	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015744	AACTAA	2	12	832601	832612	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015744	TCCCTC	2	12	866385	866396	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_015744	AAAAAT	2	12	884355	884366	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015744	TAGGGG	2	12	923523	923534	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015744	TCTTTT	2	12	935518	935529	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.