MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	GAAGA	2	10	16686	16695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015744	GATAC	2	10	20843	20852	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015744	AGAAT	2	10	39497	39506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015744	AGGGG	2	10	39728	39737	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015744	AAAAG	2	10	60303	60312	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015744	AGGTA	2	10	63702	63711	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015744	TCCTT	2	10	64885	64894	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015744	CTCCA	2	10	65039	65048	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_015744	TTTCT	2	10	84310	84319	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015744	AGAAA	2	10	92842	92851	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015744	CTTTT	2	10	138933	138942	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015744	AGAAA	2	10	143284	143293	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015744	GAAGA	2	10	155458	155467	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015744	CTTTT	2	10	160976	160985	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015744	TAGAA	2	10	169445	169454	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015744	TTTTA	2	10	186224	186233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015744	AGAGC	2	10	188512	188521	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015744	TCTGT	2	10	191580	191589	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015744	AAGAG	2	10	208182	208191	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015744	GCTAG	2	10	208208	208217	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015744	TCGTT	2	10	216594	216603	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015744	TTCTT	2	10	219551	219560	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015744	GCCTG	2	10	235910	235919	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015744	CTTCA	2	10	241391	241400	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_015744	CTAGT	2	10	248249	248258	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015744	TAAAA	2	10	264244	264253	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015744	ATAAA	2	10	264275	264284	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015744	TATTT	2	10	287843	287852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015744	TAGAA	2	10	299266	299275	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015744	TTAGA	2	10	303906	303915	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015744	TTTTC	2	10	317565	317574	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015744	TTTTA	2	10	321546	321555	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015744	TATTT	2	10	329204	329213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015744	GGTGT	2	10	335479	335488	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015744	AAAGA	2	10	355264	355273	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015744	TGCAA	2	10	364497	364506	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015744	GAAGA	2	10	370109	370118	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015744	AATTT	2	10	376002	376011	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015744	AAAAG	2	10	390946	390955	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015744	CTTGC	2	10	393889	393898	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015744	AAAAG	2	10	398639	398648	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015744	ATCAA	2	10	400337	400346	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015744	TTTGT	2	10	407076	407085	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015744	AATAA	2	10	410075	410084	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015744	CTTTT	2	10	416147	416156	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015744	ACAAA	2	10	419692	419701	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015744	GCTCT	2	10	435972	435981	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015744	TTGCA	2	10	459025	459034	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015744	AAGAG	2	10	460277	460286	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015744	AAAAG	2	10	463498	463507	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015744	CAAAA	2	10	483752	483761	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015744	AGAAA	2	10	504687	504696	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015744	CGATA	2	10	509930	509939	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015744	CTAAG	2	10	520623	520632	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015744	ATTTC	2	10	539151	539160	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015744	CAATA	2	10	542274	542283	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015744	TACAA	2	10	565985	565994	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015744	TTTCA	2	10	582114	582123	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015744	AAAGC	2	10	616940	616949	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015744	TGTTT	2	10	619819	619828	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015744	GCAAC	2	10	651846	651855	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015744	CTTGT	2	10	651906	651915	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015744	CCTTT	2	10	652365	652374	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015744	AAGGC	2	10	680119	680128	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015744	GCTTC	2	10	682230	682239	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015744	AGTAG	2	10	682307	682316	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015744	TCTCT	2	10	685878	685887	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015744	AACAA	2	10	686261	686270	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015744	AAAAC	2	10	686585	686594	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015744	AAGCG	2	10	722100	722109	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015744	GTATA	2	10	734347	734356	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015744	AGCAA	2	10	734383	734392	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015744	AAAAT	2	10	736232	736241	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015744	CTCTT	2	10	746301	746310	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015744	TAAAA	2	10	748843	748852	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015744	AGAAA	2	10	754517	754526	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015744	CTCTT	2	10	754556	754565	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015744	GAAGA	2	10	754566	754575	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015744	AAATT	2	10	754845	754854	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015744	AATTT	2	10	754866	754875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015744	ATAGA	2	10	768141	768150	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015744	TAAAA	2	10	783078	783087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015744	CAAAA	2	10	803484	803493	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015744	CATTC	2	10	805612	805621	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015744	CTTCT	2	10	821039	821048	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_015744	TTTCT	2	10	826426	826435	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015744	CCTTT	2	10	827435	827444	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_015744	TAAAA	2	10	832450	832459	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015744	AGGAA	2	10	834434	834443	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015744	ATGAA	2	10	834457	834466	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015744	TCCTC	2	10	835556	835565	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_015744	TTGGA	2	10	841897	841906	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015744	CAAAA	2	10	842663	842672	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015744	TTTTC	2	10	854449	854458	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015744	AAAAG	2	10	875716	875725	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015744	GAAAA	2	10	882898	882907	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015744	ATTTT	2	10	884335	884344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015744	ATACT	2	10	890408	890417	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015744	AAAGG	2	10	899364	899373	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015744	AAAAT	2	10	955973	955982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015744	TTATT	2	10	966711	966720	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015744	TCGTC	2	10	967814	967823	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015744	AGAAA	2	10	1000380	1000389	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015744	TTTAT	2	10	1015377	1015386	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015744	TCATG	2	10	1015572	1015581	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015744	AAAAC	2	10	1019684	1019693	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015744	GAAAA	2	10	1025035	1025044	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015744	TTATT	2	10	1032097	1032106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.