MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2c chromosome

Total Repeats: 343

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015744	TCTT	2	8	109	116	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015744	TTGT	2	8	304	311	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015744	CATG	2	8	467	474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_015744	AAAG	2	8	882	889	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015744	GCTA	2	8	974	981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015744	TTCA	2	8	13641	13648	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_015744	GCAG	2	8	16434	16441	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015744	GAAA	2	8	16837	16844	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015744	TAAT	3	12	20971	20982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015744	CTCC	2	8	24843	24850	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
11	NC_015744	CGAG	2	8	26407	26414	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015744	ATGA	2	8	29770	29777	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015744	AGAA	2	8	29782	29789	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015744	ATTT	2	8	39629	39636	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015744	ATAC	2	8	39802	39809	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015744	AGGG	2	8	40112	40119	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015744	TTTA	2	8	43073	43080	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015744	TTGC	2	8	48685	48692	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_015744	AGGA	2	8	54958	54965	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015744	AGAA	2	8	54998	55005	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015744	ATTT	2	8	55233	55240	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015744	CCGA	2	8	58544	58551	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015744	AAAG	2	8	60373	60380	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015744	TCTT	2	8	64930	64937	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_015744	TAAT	2	8	76059	76066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015744	TCGT	2	8	76080	76087	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015744	TAAA	2	8	81652	81659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015744	TAAA	2	8	81751	81758	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015744	GTAA	2	8	84211	84218	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015744	CTTT	2	8	105697	105704	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015744	AAGT	2	8	111475	111482	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015744	AAGA	2	8	111699	111706	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015744	AGGG	2	8	114392	114399	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015744	GAAG	2	8	117734	117741	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015744	ATTT	2	8	126616	126623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015744	CTTT	2	8	133708	133715	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015744	CGAA	2	8	133716	133723	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015744	GAAG	2	8	133728	133735	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015744	AGTT	2	8	134496	134503	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015744	AGCA	2	8	135507	135514	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_015744	GATG	2	8	136038	136045	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015744	GACC	2	8	136083	136090	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015744	CCTC	2	8	138508	138515	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
44	NC_015744	ATGT	2	8	139166	139173	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015744	GAAA	2	8	139300	139307	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015744	AAAG	2	8	142470	142477	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015744	GTTT	2	8	143084	143091	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015744	CTTT	2	8	155752	155759	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015744	CGAA	2	8	155760	155767	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015744	GAAG	2	8	155772	155779	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015744	AGTT	2	8	156540	156547	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015744	AGCA	2	8	157550	157557	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_015744	GATG	2	8	158081	158088	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015744	GACC	2	8	158126	158133	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015744	CCTC	2	8	160551	160558	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
56	NC_015744	ATTT	2	8	161097	161104	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015744	ATGG	2	8	164238	164245	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015744	TAGT	2	8	166071	166078	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015744	GAAA	2	8	167960	167967	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015744	CTTT	2	8	186242	186249	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015744	TCAC	2	8	188442	188449	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_015744	GAAG	2	8	191134	191141	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015744	ATCT	2	8	191400	191407	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015744	ATCT	2	8	191463	191470	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_015744	TTGC	2	8	192158	192165	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015744	AAGA	2	8	195799	195806	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015744	AAGC	2	8	195842	195849	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015744	AAAG	2	8	201054	201061	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015744	AGCA	2	8	202719	202726	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015744	CTTT	2	8	211046	211053	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015744	TATT	2	8	214322	214329	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015744	TAAA	2	8	216607	216614	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015744	GCTT	2	8	217015	217022	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015744	TGTT	2	8	219532	219539	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015744	TAGC	2	8	222178	222185	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015744	TGTC	2	8	228775	228782	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_015744	TTTG	2	8	236717	236724	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015744	AGTT	2	8	236841	236848	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015744	TCGA	2	8	243525	243532	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015744	TTGA	2	8	244487	244494	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015744	AGAA	2	8	248306	248313	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015744	TCTT	2	8	248352	248359	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015744	CAAA	2	8	253544	253551	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015744	TCTT	2	8	253617	253624	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015744	GGAA	2	8	261527	261534	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015744	TTTA	2	8	264229	264236	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015744	ATTT	2	8	264267	264274	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015744	GAAA	2	8	269589	269596	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015744	CTAA	2	8	272525	272532	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_015744	TAAG	2	8	272540	272547	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015744	CCTT	2	8	276763	276770	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015744	CTTT	2	8	278475	278482	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_015744	GGAA	2	8	278577	278584	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015744	GAAG	2	8	284222	284229	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015744	CGCC	2	8	285662	285669	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
96	NC_015744	CTGT	2	8	288058	288065	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015744	TGTT	2	8	288201	288208	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015744	GAAA	2	8	299390	299397	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015744	TGTT	2	8	303378	303385	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015744	TTGC	2	8	303481	303488	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_015744	AAAC	2	8	303774	303781	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015744	TTAA	2	8	305141	305148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015744	AAAG	2	8	305155	305162	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015744	TAAT	2	8	311438	311445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015744	CAAA	2	8	317720	317727	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_015744	TATT	2	8	321498	321505	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015744	GGTT	2	8	321562	321569	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015744	AAGG	2	8	323479	323486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015744	GGAG	2	8	328476	328483	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015744	TATG	2	8	329125	329132	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015744	TATT	2	8	331481	331488	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015744	AGAA	2	8	333375	333382	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015744	AAGG	2	8	335611	335618	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015744	CAAA	2	8	338245	338252	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_015744	GCCA	2	8	343193	343200	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015744	CGCT	2	8	343441	343448	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015744	TTAA	2	8	343462	343469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015744	GTTA	2	8	343499	343506	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015744	GATC	2	8	343554	343561	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015744	ATTG	2	8	350110	350117	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015744	TGTT	2	8	365917	365924	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015744	AATA	2	8	366155	366162	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015744	AAGT	2	8	370076	370083	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015744	TATT	2	8	374126	374133	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015744	GTTT	2	8	375986	375993	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015744	TGTT	2	8	375994	376001	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015744	TAAT	2	8	376038	376045	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015744	ACAA	2	8	389346	389353	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_015744	AAGG	2	8	389444	389451	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015744	GATA	2	8	393913	393920	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015744	TCTA	2	8	398572	398579	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015744	GTTT	2	8	401346	401353	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015744	GGTT	2	8	401701	401708	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015744	ACTT	2	8	409375	409382	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015744	GTTT	2	8	410008	410015	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015744	TTTA	2	8	410031	410038	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015744	GTTT	2	8	410043	410050	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015744	GTTT	2	8	410094	410101	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015744	AACA	2	8	410107	410114	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_015744	GAAT	2	8	412361	412368	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015744	AAGT	2	8	412393	412400	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015744	AAAT	2	8	415639	415646	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015744	CATT	2	8	416286	416293	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_015744	TATT	2	8	419669	419676	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015744	GATA	2	8	421558	421565	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015744	GGTT	2	8	438002	438009	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015744	CTGG	2	8	442365	442372	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_015744	TTCC	2	8	444562	444569	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_015744	ACCG	2	8	455412	455419	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_015744	GCGA	2	8	455424	455431	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_015744	GTTT	2	8	456939	456946	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015744	ATGT	2	8	460130	460137	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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341	NC_015744	TAGA	2	8	1030479	1030486	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
342	NC_015744	TTTG	2	8	1034436	1034443	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
343	NC_015744	ATAA	2	8	1035812	1035819	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.