MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Roseobacter litoralis Och 149 plasmid pRLO149_94

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015741	CGCGG	2	10	1478	1487	0 %	0 %	60 %	40 %	339505891
2	NC_015741	TGCGC	2	10	2097	2106	0 %	20 %	40 %	40 %	339505891
3	NC_015741	GCGCG	2	10	2244	2253	0 %	0 %	60 %	40 %	339505891
4	NC_015741	ACGGC	2	10	2849	2858	20 %	0 %	40 %	40 %	339505892
5	NC_015741	CGTTT	2	10	3694	3703	0 %	60 %	20 %	20 %	339505893
6	NC_015741	TTTCA	2	10	5939	5948	20 %	60 %	0 %	20 %	339505894
7	NC_015741	AAGGG	2	10	5971	5980	40 %	0 %	60 %	0 %	339505894
8	NC_015741	GTCAA	2	10	6775	6784	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015741	TCTGG	2	10	9784	9793	0 %	40 %	40 %	20 %	339505898
10	NC_015741	TGATA	2	10	10650	10659	40 %	40 %	20 %	0 %	339505899
11	NC_015741	GGGTC	2	10	10681	10690	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015741	TGCAG	2	10	10782	10791	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015741	CCGAT	2	10	11622	11631	20 %	20 %	20 %	40 %	339505900
14	NC_015741	CCATC	2	10	14089	14098	20 %	20 %	0 %	60 %	339505902
15	NC_015741	CGGTT	2	10	16084	16093	0 %	40 %	40 %	20 %	339505904
16	NC_015741	GCAAG	2	10	16584	16593	40 %	0 %	40 %	20 %	339505905
17	NC_015741	CGATG	2	10	17658	17667	20 %	20 %	40 %	20 %	339505906
18	NC_015741	GACGG	2	10	18475	18484	20 %	0 %	60 %	20 %	339505906
19	NC_015741	ACTTT	2	10	18873	18882	20 %	60 %	0 %	20 %	339505906
20	NC_015741	CTCGA	2	10	20525	20534	20 %	20 %	20 %	40 %	339505907
21	NC_015741	GGCGC	2	10	23978	23987	0 %	0 %	60 %	40 %	339505913
22	NC_015741	ACCGG	2	10	25695	25704	20 %	0 %	40 %	40 %	339505914
23	NC_015741	GGGCC	2	10	27795	27804	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015741	GCTGT	2	10	29372	29381	0 %	40 %	40 %	20 %	339505918
25	NC_015741	GCGCC	2	10	29707	29716	0 %	0 %	40 %	60 %	339505919
26	NC_015741	CGCGC	2	10	30534	30543	0 %	0 %	40 %	60 %	339505919
27	NC_015741	GTTTA	2	10	31320	31329	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015741	GCACG	2	10	32225	32234	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015741	GGAAC	2	10	32356	32365	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015741	TGTGC	2	10	33569	33578	0 %	40 %	40 %	20 %	339505922
31	NC_015741	CCGGC	2	10	33587	33596	0 %	0 %	40 %	60 %	339505922
32	NC_015741	CCGCC	2	10	35735	35744	0 %	0 %	20 %	80 %	339505924
33	NC_015741	AGGGT	2	10	36959	36968	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015741	GACGC	2	10	39581	39590	20 %	0 %	40 %	40 %	339505928
35	NC_015741	GGATG	2	10	40205	40214	20 %	20 %	60 %	0 %	339505929
36	NC_015741	ACGGT	2	10	41260	41269	20 %	20 %	40 %	20 %	339505929
37	NC_015741	TGATC	2	10	42014	42023	20 %	40 %	20 %	20 %	339505930
38	NC_015741	CCCGC	2	10	42031	42040	0 %	0 %	20 %	80 %	339505930
39	NC_015741	TGATC	2	10	42446	42455	20 %	40 %	20 %	20 %	339505930
40	NC_015741	GGGCG	2	10	44625	44634	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015741	TTTTG	2	10	44712	44721	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015741	CGGGC	2	10	46897	46906	0 %	0 %	60 %	40 %	339505934
43	NC_015741	TGATC	2	10	47505	47514	20 %	40 %	20 %	20 %	339505935
44	NC_015741	GATCG	2	10	49445	49454	20 %	20 %	40 %	20 %	339505937
45	NC_015741	TGCGG	2	10	49811	49820	0 %	20 %	60 %	20 %	339505937
46	NC_015741	CAGTG	2	10	52978	52987	20 %	20 %	40 %	20 %	339505939
47	NC_015741	CATAA	2	10	53850	53859	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015741	CGGAC	2	10	54706	54715	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_015741	TGCGC	2	10	59360	59369	0 %	20 %	40 %	40 %	339505944
50	NC_015741	TGTCG	2	10	61043	61052	0 %	40 %	40 %	20 %	339505946
51	NC_015741	ATCGG	2	10	61080	61089	20 %	20 %	40 %	20 %	339505946
52	NC_015741	GATCC	2	10	61328	61337	20 %	20 %	20 %	40 %	339505946
53	NC_015741	CCCGG	2	10	61816	61825	0 %	0 %	40 %	60 %	339505946
54	NC_015741	CAGCG	2	10	62466	62475	20 %	0 %	40 %	40 %	339505946
55	NC_015741	GCCAA	2	10	65957	65966	40 %	0 %	20 %	40 %	339505949
56	NC_015741	CCCGG	2	10	66130	66139	0 %	0 %	40 %	60 %	339505949
57	NC_015741	AGATC	2	10	66586	66595	40 %	20 %	20 %	20 %	339505949
58	NC_015741	AAGGG	2	10	67444	67453	40 %	0 %	60 %	0 %	339505950
59	NC_015741	GCACA	2	10	69711	69720	40 %	0 %	20 %	40 %	339505953
60	NC_015741	CATCA	2	10	71269	71278	40 %	20 %	0 %	40 %	339505955
61	NC_015741	CTGCG	2	10	72651	72660	0 %	20 %	40 %	40 %	339505956
62	NC_015741	GCCGA	2	10	73546	73555	20 %	0 %	40 %	40 %	339505957
63	NC_015741	AACGC	2	10	74201	74210	40 %	0 %	20 %	40 %	339505957
64	NC_015741	TGTAT	2	10	74964	74973	20 %	60 %	20 %	0 %	339505958
65	NC_015741	GTCGG	2	10	75524	75533	0 %	20 %	60 %	20 %	339505958
66	NC_015741	TCAAA	2	10	75674	75683	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015741	GCCAA	2	10	78113	78122	40 %	0 %	20 %	40 %	339505961
68	NC_015741	GGCGC	2	10	79129	79138	0 %	0 %	60 %	40 %	339505961
69	NC_015741	TGTTC	2	10	80534	80543	0 %	60 %	20 %	20 %	339505962
70	NC_015741	TGCGC	2	10	80669	80678	0 %	20 %	40 %	40 %	339505962
71	NC_015741	TGATC	2	10	81581	81590	20 %	40 %	20 %	20 %	339505962
72	NC_015741	CAGGT	2	10	82555	82564	20 %	20 %	40 %	20 %	339505962
73	NC_015741	GCGCC	2	10	86274	86283	0 %	0 %	40 %	60 %	339505966
74	NC_015741	ACCTG	2	10	87245	87254	20 %	20 %	20 %	40 %	339505967
75	NC_015741	CCTGC	2	10	87295	87304	0 %	20 %	20 %	60 %	339505967
76	NC_015741	AACCC	2	10	87443	87452	40 %	0 %	0 %	60 %	339505968
77	NC_015741	TTTGC	2	10	91932	91941	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015741	GTCAG	2	10	93226	93235	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015741	CAGTT	2	10	93308	93317	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.