MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium sp. SY8519

Total Repeats: 344

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015737	TCACC	2	10	4577	4586	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_015737	TAAAT	2	10	30182	30191	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015737	TGTTC	2	10	36313	36322	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015737	CTGTT	2	10	51102	51111	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015737	CCGTC	2	10	51113	51122	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015737	GGTTT	2	10	66052	66061	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015737	TCGTA	2	10	86425	86434	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015737	CTTCT	2	10	99681	99690	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015737	TTTTG	2	10	106900	106909	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015737	GTCCG	2	10	111064	111073	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015737	TTCCT	2	10	116546	116555	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015737	TATAT	2	10	118308	118317	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015737	TCTGT	2	10	132032	132041	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015737	ATTAT	2	10	148941	148950	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015737	TCAGT	2	10	173440	173449	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015737	ATCTT	2	10	177168	177177	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015737	CCTCT	2	10	178089	178098	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_015737	TACGG	2	10	178315	178324	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015737	CTCCC	2	10	179415	179424	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_015737	CACGA	2	10	181088	181097	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015737	ATTAT	2	10	182448	182457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015737	TGCAA	2	10	193754	193763	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015737	CTCTG	2	10	204857	204866	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015737	CACTG	2	10	213477	213486	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_015737	CCCGG	2	10	228830	228839	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_015737	ATTAA	2	10	239746	239755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015737	CCTTT	2	10	282300	282309	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015737	TCCGG	2	10	284853	284862	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015737	TTCCT	2	10	308679	308688	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015737	AAGGA	2	10	309256	309265	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015737	ATAAC	2	10	311005	311014	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015737	GCAGT	2	10	319152	319161	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015737	CTGAT	2	10	320297	320306	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015737	TTCCG	2	10	361864	361873	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015737	AATAC	2	10	362596	362605	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015737	TTCCT	2	10	366707	366716	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015737	GCGCT	2	10	377967	377976	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015737	AAACA	2	10	401845	401854	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015737	CAGCC	2	10	404812	404821	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_015737	ATAAA	2	10	405756	405765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015737	CTTTT	2	10	408267	408276	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015737	GTTCC	2	10	414287	414296	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015737	TCTGC	2	10	439633	439642	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015737	TCTTT	2	10	453966	453975	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015737	ATCCT	2	10	465242	465251	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015737	AGAGG	2	10	469766	469775	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015737	TGCCC	2	10	477710	477719	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_015737	ATATT	2	10	481984	481993	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015737	CTTTG	2	10	484071	484080	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015737	TTTCT	2	10	486078	486087	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015737	ATTTT	2	10	495338	495347	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015737	CTGCG	2	10	497629	497638	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015737	AAAAT	2	10	498481	498490	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015737	TATAA	2	10	503226	503235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015737	TTGTC	2	10	522754	522763	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015737	GAAAA	2	10	528499	528508	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015737	TATAG	2	10	551070	551079	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015737	AGCAC	2	10	568427	568436	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015737	CCCGG	2	10	568516	568525	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_015737	TTTTC	2	10	570203	570212	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015737	TCCTC	2	10	575375	575384	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_015737	TTTAC	2	10	579932	579941	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015737	TACCG	2	10	592329	592338	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015737	GTTCC	2	10	592356	592365	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015737	AAGGA	2	10	596102	596111	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015737	CTTTT	2	10	600132	600141	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015737	ATTGT	2	10	603182	603191	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015737	CCGGC	2	10	614841	614850	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_015737	TTGTT	2	10	622702	622711	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015737	ATAGT	2	10	630525	630534	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015737	CAGGG	2	10	647243	647252	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015737	CACAG	2	10	647314	647323	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015737	GACCG	2	10	662269	662278	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015737	ATCTT	2	10	671570	671579	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015737	CCTCT	2	10	672491	672500	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_015737	TACGG	2	10	672717	672726	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015737	CTCCC	2	10	673818	673827	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
78	NC_015737	CACGA	2	10	675517	675526	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015737	AAGAA	2	10	682091	682100	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015737	TCTTT	2	10	690189	690198	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015737	TTAAT	2	10	694218	694227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015737	GTCCG	2	10	694325	694334	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015737	AAGGA	2	10	695535	695544	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015737	CAGGA	2	10	696259	696268	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015737	GTTCT	2	10	698652	698661	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015737	TTATC	2	10	699118	699127	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015737	TTTCC	2	10	709370	709379	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_015737	TCCGG	2	10	711306	711315	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015737	AACGA	2	10	719112	719121	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015737	TCCCG	2	10	725361	725370	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_015737	TCCGC	2	10	726704	726713	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_015737	TAAAA	2	10	736624	736633	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015737	TCTTT	2	10	740972	740981	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015737	TCTCT	2	10	741177	741186	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_015737	GGCGG	2	10	770286	770295	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015737	CATGC	2	10	770703	770712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_015737	GAAAG	2	10	771925	771934	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015737	GGCAG	2	10	773537	773546	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015737	TTTTC	2	10	776128	776137	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015737	GGAAA	2	10	778564	778573	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015737	TTTCT	2	10	788753	788762	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015737	AAAGC	2	10	800247	800256	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015737	ATTTT	2	10	801964	801973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015737	GTTCC	2	10	804973	804982	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015737	GTGCT	2	10	806721	806730	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015737	CTGCT	2	10	806763	806772	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015737	TGTGC	2	10	823087	823096	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015737	CTGTA	2	10	835958	835967	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015737	TATCG	2	10	836098	836107	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015737	AAAAG	2	10	846407	846416	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015737	GATAA	2	10	852198	852207	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015737	CATAT	2	10	865802	865811	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015737	TCCTT	2	10	878599	878608	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015737	TCTTT	2	10	878694	878703	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015737	CATGT	2	10	892103	892112	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015737	AAAAG	2	10	895046	895055	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015737	GTATA	2	10	924115	924124	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015737	TTTCC	2	10	924504	924513	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015737	GCAGG	2	10	925092	925101	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015737	CCGGA	2	10	926302	926311	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_015737	ACAAA	2	10	926343	926352	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015737	GTTCC	2	10	936048	936057	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015737	TTTTC	2	10	937777	937786	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015737	CTGTT	2	10	945767	945776	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_015737	AAATT	2	10	947990	947999	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015737	GATCT	2	10	977528	977537	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015737	TAACA	2	10	978515	978524	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015737	TTATA	2	10	978543	978552	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015737	AAAAT	2	10	978622	978631	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015737	ATCTT	2	10	986021	986030	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015737	CCTCT	2	10	986942	986951	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_015737	TACGG	2	10	987168	987177	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015737	CTCCC	2	10	988268	988277	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
134	NC_015737	CACGA	2	10	989809	989818	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_015737	CCTGA	2	10	1002768	1002777	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_015737	TATAC	2	10	1024961	1024970	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_015737	TGGAA	2	10	1044185	1044194	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015737	CTATA	2	10	1046236	1046245	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015737	GGAAA	2	10	1046257	1046266	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015737	GAAAA	2	10	1049874	1049883	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015737	CCCGC	2	10	1050715	1050724	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
142	NC_015737	ACCGC	2	10	1059800	1059809	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
143	NC_015737	TTTTG	2	10	1062165	1062174	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015737	GGATG	2	10	1071942	1071951	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015737	CACTA	2	10	1073494	1073503	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_015737	GCTCC	2	10	1077715	1077724	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_015737	CCATA	2	10	1082771	1082780	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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332	NC_015737	TTTAC	2	10	2791426	2791435	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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336	NC_015737	TACCA	2	10	2803903	2803912	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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342	NC_015737	TACGG	2	10	2831735	2831744	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
343	NC_015737	CTCCC	2	10	2832836	2832845	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
344	NC_015737	CACGA	2	10	2834417	2834426	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.