MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	AGCCTC	2	12	3576	3587	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015736	CTGCGC	2	12	4432	4443	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015736	CGTGCT	2	12	5131	5142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339478134
4	NC_015736	ACGCTA	2	12	9302	9313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339478138
5	NC_015736	GCTAGC	2	12	11405	11416	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015736	CGCACG	2	12	16743	16754	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339478143
7	NC_015736	GCGCTC	2	12	31459	31470	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339478154
8	NC_015736	GCATGG	2	12	31853	31864	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339478154
9	NC_015736	CTAGCC	2	12	32065	32076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339478154
10	NC_015736	CACTAT	2	12	41971	41982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339478162
11	NC_015736	CGAAGG	2	12	47977	47988	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015736	CACTGA	2	12	48005	48016	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015736	ATACGC	2	12	59889	59900	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339478173
14	NC_015736	CTAGCG	2	12	61295	61306	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339478174
15	NC_015736	CTGTGG	2	12	64501	64512	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015736	ACGGCT	2	12	68340	68351	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015736	AGGCTC	2	12	76662	76673	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339478188
18	NC_015736	CGCACC	2	12	78980	78991	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339478189
19	NC_015736	TGGCAC	2	12	83475	83486	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339478195
20	NC_015736	CCGCAT	2	12	84323	84334	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_015736	GACACG	2	12	85199	85210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339478197
22	NC_015736	GACAGG	2	12	85559	85570	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339478197
23	NC_015736	AGAAGT	2	12	98629	98640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339478208
24	NC_015736	GTGCCA	2	12	99183	99194	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339478208
25	NC_015736	GTCAGT	2	12	99607	99618	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339478209
26	NC_015736	CCCTTG	2	12	104217	104228	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339478221
27	NC_015736	CCTCTC	2	12	105101	105112	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	339478223
28	NC_015736	AGGGGT	2	12	111874	111885	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339478236
29	NC_015736	TGGCGT	2	12	112877	112888	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339478236
30	NC_015736	CCTCAT	2	12	113418	113429	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339478236
31	NC_015736	GCACCA	2	12	114593	114604	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	339478238
32	NC_015736	TAACCC	2	12	115209	115220	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339478239
33	NC_015736	GCCCTC	2	12	117422	117433	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	339478239
34	NC_015736	CCTGCT	3	18	118616	118633	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339478240
35	NC_015736	CCATGC	2	12	119149	119160	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339478240
36	NC_015736	AGCGTT	2	12	122182	122193	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339478240
37	NC_015736	TGCGCC	2	12	122498	122509	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339478241
38	NC_015736	TCAGTG	2	12	128139	128150	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015736	GCCTTC	2	12	128166	128177	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015736	TTACGC	2	12	132642	132653	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339478246
41	NC_015736	AGGGAC	2	12	133586	133597	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339478247
42	NC_015736	GTTCAG	2	12	136242	136253	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339478249
43	NC_015736	GCTGCC	2	12	136573	136584	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339478249

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.