MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	CACGG	2	10	1659	1668	20 %	0 %	40 %	40 %	339478131
2	NC_015736	AGCGC	2	10	1910	1919	20 %	0 %	40 %	40 %	339478131
3	NC_015736	CGCTA	2	10	5362	5371	20 %	20 %	20 %	40 %	339478134
4	NC_015736	TATCC	2	10	7534	7543	20 %	40 %	0 %	40 %	339478136
5	NC_015736	ACACC	2	10	8901	8910	40 %	0 %	0 %	60 %	339478138
6	NC_015736	AGCTG	2	10	9361	9370	20 %	20 %	40 %	20 %	339478138
7	NC_015736	AGGAT	2	10	9429	9438	40 %	20 %	40 %	0 %	339478138
8	NC_015736	GCCCA	2	10	11820	11829	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_015736	ACCTT	2	10	12779	12788	20 %	40 %	0 %	40 %	339478141
10	NC_015736	CGGGT	2	10	12926	12935	0 %	20 %	60 %	20 %	339478141
11	NC_015736	TGCGC	2	10	13177	13186	0 %	20 %	40 %	40 %	339478141
12	NC_015736	AGCGC	2	10	13194	13203	20 %	0 %	40 %	40 %	339478141
13	NC_015736	CTTGC	2	10	13219	13228	0 %	40 %	20 %	40 %	339478141
14	NC_015736	CCTCT	2	10	13671	13680	0 %	40 %	0 %	60 %	339478142
15	NC_015736	CACGC	2	10	13950	13959	20 %	0 %	20 %	60 %	339478142
16	NC_015736	CAGTG	2	10	14676	14685	20 %	20 %	40 %	20 %	339478142
17	NC_015736	ACTGC	2	10	16684	16693	20 %	20 %	20 %	40 %	339478143
18	NC_015736	GCGCA	2	10	16726	16735	20 %	0 %	40 %	40 %	339478143
19	NC_015736	CGCAC	2	10	17692	17701	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_015736	TCCAC	2	10	19907	19916	20 %	20 %	0 %	60 %	339478145
21	NC_015736	AGGGA	2	10	20817	20826	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015736	TCACG	2	10	21438	21447	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015736	GGACG	2	10	21971	21980	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015736	CACGC	2	10	22295	22304	20 %	0 %	20 %	60 %	339478146
25	NC_015736	GGCTA	2	10	22825	22834	20 %	20 %	40 %	20 %	339478146
26	NC_015736	TGTGC	2	10	23662	23671	0 %	40 %	40 %	20 %	339478147
27	NC_015736	GCCTG	2	10	24651	24660	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015736	GCTGG	2	10	25175	25184	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015736	GCACA	2	10	25512	25521	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015736	CTGTG	2	10	26508	26517	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015736	TGCAC	2	10	30364	30373	20 %	20 %	20 %	40 %	339478153
32	NC_015736	GCGCA	2	10	30810	30819	20 %	0 %	40 %	40 %	339478153
33	NC_015736	GACAT	2	10	31816	31825	40 %	20 %	20 %	20 %	339478154
34	NC_015736	GCGAC	2	10	31907	31916	20 %	0 %	40 %	40 %	339478154
35	NC_015736	GCATG	2	10	32192	32201	20 %	20 %	40 %	20 %	339478154
36	NC_015736	GCGCC	2	10	32417	32426	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_015736	GGGCT	2	10	32605	32614	0 %	20 %	60 %	20 %	339478155
38	NC_015736	AAGGC	2	10	32754	32763	40 %	0 %	40 %	20 %	339478155
39	NC_015736	GCGCC	2	10	34357	34366	0 %	0 %	40 %	60 %	339478157
40	NC_015736	AATGC	2	10	35971	35980	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015736	CCCTG	2	10	36110	36119	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_015736	GCGTA	2	10	36135	36144	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015736	GCAGT	2	10	36264	36273	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015736	TGGCC	2	10	37641	37650	0 %	20 %	40 %	40 %	339478160
45	NC_015736	GGCTG	2	10	38458	38467	0 %	20 %	60 %	20 %	339478160
46	NC_015736	ATGCC	2	10	46169	46178	20 %	20 %	20 %	40 %	339478166
47	NC_015736	TCGTG	2	10	48331	48340	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015736	TGCTG	2	10	50328	50337	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015736	CTCAT	2	10	51353	51362	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015736	CAAGA	2	10	51650	51659	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015736	AGCGC	2	10	52181	52190	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_015736	CAGTT	2	10	55760	55769	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015736	GGTGG	2	10	56214	56223	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015736	TGGCG	2	10	56779	56788	0 %	20 %	60 %	20 %	339478171
55	NC_015736	ATAGC	2	10	56959	56968	40 %	20 %	20 %	20 %	339478171
56	NC_015736	CGAGC	2	10	57057	57066	20 %	0 %	40 %	40 %	339478171
57	NC_015736	GCGCA	2	10	57679	57688	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_015736	ATGGC	2	10	58954	58963	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015736	CATGC	2	10	60701	60710	20 %	20 %	20 %	40 %	339478173
60	NC_015736	AGCGT	2	10	60801	60810	20 %	20 %	40 %	20 %	339478174
61	NC_015736	CGAGC	2	10	60902	60911	20 %	0 %	40 %	40 %	339478174
62	NC_015736	GCACA	2	10	61742	61751	40 %	0 %	20 %	40 %	339478174
63	NC_015736	ATGGC	2	10	63691	63700	20 %	20 %	40 %	20 %	339478176
64	NC_015736	GCTGT	2	10	64000	64009	0 %	40 %	40 %	20 %	339478177
65	NC_015736	GCACC	2	10	64227	64236	20 %	0 %	20 %	60 %	339478178
66	NC_015736	GCTGC	2	10	64598	64607	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015736	CATGG	2	10	65769	65778	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015736	GCGCC	2	10	66146	66155	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_015736	TCGCA	2	10	66520	66529	20 %	20 %	20 %	40 %	339478179
70	NC_015736	GCATG	2	10	66708	66717	20 %	20 %	40 %	20 %	339478180
71	NC_015736	ACGCT	2	10	67701	67710	20 %	20 %	20 %	40 %	339478180
72	NC_015736	GTTGT	2	10	67839	67848	0 %	60 %	40 %	0 %	339478180
73	NC_015736	ACTGG	2	10	68487	68496	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015736	GCTTA	2	10	68879	68888	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015736	GAAAG	2	10	69048	69057	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015736	ATGCC	2	10	69837	69846	20 %	20 %	20 %	40 %	339478181
77	NC_015736	CCAGG	2	10	71885	71894	20 %	0 %	40 %	40 %	339478184
78	NC_015736	ACGCC	2	10	73001	73010	20 %	0 %	20 %	60 %	339478185
79	NC_015736	ATGCC	2	10	74203	74212	20 %	20 %	20 %	40 %	339478186
80	NC_015736	GCTCT	2	10	74471	74480	0 %	40 %	20 %	40 %	339478187
81	NC_015736	ACAGC	2	10	75676	75685	40 %	0 %	20 %	40 %	339478188
82	NC_015736	GCGTA	2	10	75787	75796	20 %	20 %	40 %	20 %	339478188
83	NC_015736	CTGCG	2	10	76184	76193	0 %	20 %	40 %	40 %	339478188
84	NC_015736	GCCAT	2	10	76926	76935	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015736	AGCGA	2	10	78223	78232	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015736	GGCGA	2	10	79541	79550	20 %	0 %	60 %	20 %	339478190
87	NC_015736	GGCCT	2	10	79792	79801	0 %	20 %	40 %	40 %	339478190
88	NC_015736	ATGTA	2	10	80624	80633	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015736	GCTCG	2	10	82351	82360	0 %	20 %	40 %	40 %	339478194
90	NC_015736	ACCAT	2	10	84443	84452	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_015736	ACCTC	2	10	84830	84839	20 %	20 %	0 %	60 %	339478196
92	NC_015736	CACTG	2	10	86158	86167	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_015736	CAGCT	2	10	86214	86223	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_015736	CCAGC	2	10	86418	86427	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_015736	TGCAT	2	10	86673	86682	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015736	GCAGA	2	10	86693	86702	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015736	GCAAC	2	10	87419	87428	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_015736	CGGCG	2	10	87550	87559	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
99	NC_015736	CCCTG	2	10	89411	89420	0 %	20 %	20 %	60 %	339478198
100	NC_015736	CGCTG	2	10	89649	89658	0 %	20 %	40 %	40 %	339478198
101	NC_015736	ACCCC	2	10	91001	91010	20 %	0 %	0 %	80 %	339478199
102	NC_015736	CCTGC	2	10	91494	91503	0 %	20 %	20 %	60 %	339478199
103	NC_015736	CCCAT	2	10	91614	91623	20 %	20 %	0 %	60 %	339478199
104	NC_015736	ACACG	2	10	91705	91714	40 %	0 %	20 %	40 %	339478199
105	NC_015736	TGCAT	2	10	92029	92038	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015736	GCTGC	2	10	92385	92394	0 %	20 %	40 %	40 %	339478200
107	NC_015736	CCATG	2	10	95153	95162	20 %	20 %	20 %	40 %	339478203
108	NC_015736	GCTGC	2	10	95631	95640	0 %	20 %	40 %	40 %	339478204
109	NC_015736	GCCAT	2	10	96329	96338	20 %	20 %	20 %	40 %	339478205
110	NC_015736	CCTGG	2	10	97588	97597	0 %	20 %	40 %	40 %	339478207
111	NC_015736	CGCAA	2	10	98195	98204	40 %	0 %	20 %	40 %	339478208
112	NC_015736	GCGAG	2	10	98326	98335	20 %	0 %	60 %	20 %	339478208
113	NC_015736	CCAGC	2	10	99112	99121	20 %	0 %	20 %	60 %	339478208
114	NC_015736	TGCGC	2	10	100025	100034	0 %	20 %	40 %	40 %	339478210
115	NC_015736	GCCTG	2	10	100247	100256	0 %	20 %	40 %	40 %	339478211
116	NC_015736	CTCTA	2	10	100699	100708	20 %	40 %	0 %	40 %	339478212
117	NC_015736	CTGCG	2	10	101489	101498	0 %	20 %	40 %	40 %	339478213
118	NC_015736	GCCCC	2	10	102389	102398	0 %	0 %	20 %	80 %	339478216
119	NC_015736	CGAGC	2	10	102520	102529	20 %	0 %	40 %	40 %	339478217
120	NC_015736	TGTGC	2	10	102634	102643	0 %	40 %	40 %	20 %	339478217
121	NC_015736	ACCTC	2	10	103093	103102	20 %	20 %	0 %	60 %	339478219
122	NC_015736	GCCCT	2	10	103244	103253	0 %	20 %	20 %	60 %	339478219
123	NC_015736	CTGCT	2	10	103839	103848	0 %	40 %	20 %	40 %	339478220
124	NC_015736	CCTGC	2	10	107331	107340	0 %	20 %	20 %	60 %	339478228
125	NC_015736	TACTG	2	10	107894	107903	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015736	GCCAT	2	10	110111	110120	20 %	20 %	20 %	40 %	339478233
127	NC_015736	CTGCG	2	10	111576	111585	0 %	20 %	40 %	40 %	339478235
128	NC_015736	TATCC	2	10	112380	112389	20 %	40 %	0 %	40 %	339478236
129	NC_015736	TTATG	2	10	114252	114261	20 %	60 %	20 %	0 %	339478237
130	NC_015736	TAGAG	2	10	116500	116509	40 %	20 %	40 %	0 %	339478239
131	NC_015736	CTGTG	2	10	118364	118373	0 %	40 %	40 %	20 %	339478239
132	NC_015736	AACGG	2	10	119379	119388	40 %	0 %	40 %	20 %	339478240
133	NC_015736	AGGAA	2	10	120514	120523	60 %	0 %	40 %	0 %	339478240
134	NC_015736	TCCAA	2	10	121096	121105	40 %	20 %	0 %	40 %	339478240
135	NC_015736	GTGCT	2	10	122365	122374	0 %	40 %	40 %	20 %	339478240
136	NC_015736	CTCTG	2	10	122854	122863	0 %	40 %	20 %	40 %	339478242
137	NC_015736	TCCAT	2	10	123005	123014	20 %	40 %	0 %	40 %	339478242
138	NC_015736	CTTGC	2	10	123748	123757	0 %	40 %	20 %	40 %	339478243
139	NC_015736	TCTTG	2	10	124496	124505	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015736	GATGA	2	10	124792	124801	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015736	CACAG	2	10	125816	125825	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_015736	CACGA	2	10	127815	127824	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_015736	CGGCG	2	10	131756	131765	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
144	NC_015736	TACCA	2	10	132127	132136	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_015736	CGGCG	2	10	132319	132328	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
146	NC_015736	TATCC	2	10	133021	133030	20 %	40 %	0 %	40 %	339478247
147	NC_015736	CGCAC	2	10	133944	133953	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
148	NC_015736	TATGC	2	10	134587	134596	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_015736	GACGC	2	10	135186	135195	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
150	NC_015736	GCGCC	2	10	135409	135418	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
151	NC_015736	TGGTA	2	10	136857	136866	20 %	40 %	40 %	0 %	339478249
152	NC_015736	CGTGC	2	10	137592	137601	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
153	NC_015736	GCACC	2	10	137910	137919	20 %	0 %	20 %	60 %	339478250

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.