MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	CACGG	2	10	1659	1668	20 %	0 %	40 %	40 %	339478131
2	NC_015736	AGCGC	2	10	1910	1919	20 %	0 %	40 %	40 %	339478131
3	NC_015736	CGCTA	2	10	5362	5371	20 %	20 %	20 %	40 %	339478134
4	NC_015736	TATCC	2	10	7534	7543	20 %	40 %	0 %	40 %	339478136
5	NC_015736	ACACC	2	10	8901	8910	40 %	0 %	0 %	60 %	339478138
6	NC_015736	AGCTG	2	10	9361	9370	20 %	20 %	40 %	20 %	339478138
7	NC_015736	AGGAT	2	10	9429	9438	40 %	20 %	40 %	0 %	339478138
8	NC_015736	ACCTT	2	10	12779	12788	20 %	40 %	0 %	40 %	339478141
9	NC_015736	CGGGT	2	10	12926	12935	0 %	20 %	60 %	20 %	339478141
10	NC_015736	TGCGC	2	10	13177	13186	0 %	20 %	40 %	40 %	339478141
11	NC_015736	AGCGC	2	10	13194	13203	20 %	0 %	40 %	40 %	339478141
12	NC_015736	CTTGC	2	10	13219	13228	0 %	40 %	20 %	40 %	339478141
13	NC_015736	CCTCT	2	10	13671	13680	0 %	40 %	0 %	60 %	339478142
14	NC_015736	CACGC	2	10	13950	13959	20 %	0 %	20 %	60 %	339478142
15	NC_015736	CAGTG	2	10	14676	14685	20 %	20 %	40 %	20 %	339478142
16	NC_015736	ACTGC	2	10	16684	16693	20 %	20 %	20 %	40 %	339478143
17	NC_015736	GCGCA	2	10	16726	16735	20 %	0 %	40 %	40 %	339478143
18	NC_015736	TCCAC	2	10	19907	19916	20 %	20 %	0 %	60 %	339478145
19	NC_015736	CACGC	2	10	22295	22304	20 %	0 %	20 %	60 %	339478146
20	NC_015736	GGCTA	2	10	22825	22834	20 %	20 %	40 %	20 %	339478146
21	NC_015736	TGTGC	2	10	23662	23671	0 %	40 %	40 %	20 %	339478147
22	NC_015736	TGCAC	2	10	30364	30373	20 %	20 %	20 %	40 %	339478153
23	NC_015736	GCGCA	2	10	30810	30819	20 %	0 %	40 %	40 %	339478153
24	NC_015736	GACAT	2	10	31816	31825	40 %	20 %	20 %	20 %	339478154
25	NC_015736	GCGAC	2	10	31907	31916	20 %	0 %	40 %	40 %	339478154
26	NC_015736	GCATG	2	10	32192	32201	20 %	20 %	40 %	20 %	339478154
27	NC_015736	GGGCT	2	10	32605	32614	0 %	20 %	60 %	20 %	339478155
28	NC_015736	AAGGC	2	10	32754	32763	40 %	0 %	40 %	20 %	339478155
29	NC_015736	GCGCC	2	10	34357	34366	0 %	0 %	40 %	60 %	339478157
30	NC_015736	TGGCC	2	10	37641	37650	0 %	20 %	40 %	40 %	339478160
31	NC_015736	GGCTG	2	10	38458	38467	0 %	20 %	60 %	20 %	339478160
32	NC_015736	ATGCC	2	10	46169	46178	20 %	20 %	20 %	40 %	339478166
33	NC_015736	TGGCG	2	10	56779	56788	0 %	20 %	60 %	20 %	339478171
34	NC_015736	ATAGC	2	10	56959	56968	40 %	20 %	20 %	20 %	339478171
35	NC_015736	CGAGC	2	10	57057	57066	20 %	0 %	40 %	40 %	339478171
36	NC_015736	CATGC	2	10	60701	60710	20 %	20 %	20 %	40 %	339478173
37	NC_015736	AGCGT	2	10	60801	60810	20 %	20 %	40 %	20 %	339478174
38	NC_015736	CGAGC	2	10	60902	60911	20 %	0 %	40 %	40 %	339478174
39	NC_015736	GCACA	2	10	61742	61751	40 %	0 %	20 %	40 %	339478174
40	NC_015736	ATGGC	2	10	63691	63700	20 %	20 %	40 %	20 %	339478176
41	NC_015736	GCTGT	2	10	64000	64009	0 %	40 %	40 %	20 %	339478177
42	NC_015736	GCACC	2	10	64227	64236	20 %	0 %	20 %	60 %	339478178
43	NC_015736	TCGCA	2	10	66520	66529	20 %	20 %	20 %	40 %	339478179
44	NC_015736	GCATG	2	10	66708	66717	20 %	20 %	40 %	20 %	339478180
45	NC_015736	ACGCT	2	10	67701	67710	20 %	20 %	20 %	40 %	339478180
46	NC_015736	GTTGT	2	10	67839	67848	0 %	60 %	40 %	0 %	339478180
47	NC_015736	ATGCC	2	10	69837	69846	20 %	20 %	20 %	40 %	339478181
48	NC_015736	CCAGG	2	10	71885	71894	20 %	0 %	40 %	40 %	339478184
49	NC_015736	ACGCC	2	10	73001	73010	20 %	0 %	20 %	60 %	339478185
50	NC_015736	ATGCC	2	10	74203	74212	20 %	20 %	20 %	40 %	339478186
51	NC_015736	GCTCT	2	10	74471	74480	0 %	40 %	20 %	40 %	339478187
52	NC_015736	ACAGC	2	10	75676	75685	40 %	0 %	20 %	40 %	339478188
53	NC_015736	GCGTA	2	10	75787	75796	20 %	20 %	40 %	20 %	339478188
54	NC_015736	CTGCG	2	10	76184	76193	0 %	20 %	40 %	40 %	339478188
55	NC_015736	GGCGA	2	10	79541	79550	20 %	0 %	60 %	20 %	339478190
56	NC_015736	GGCCT	2	10	79792	79801	0 %	20 %	40 %	40 %	339478190
57	NC_015736	GCTCG	2	10	82351	82360	0 %	20 %	40 %	40 %	339478194
58	NC_015736	ACCTC	2	10	84830	84839	20 %	20 %	0 %	60 %	339478196
59	NC_015736	CCCTG	2	10	89411	89420	0 %	20 %	20 %	60 %	339478198
60	NC_015736	CGCTG	2	10	89649	89658	0 %	20 %	40 %	40 %	339478198
61	NC_015736	ACCCC	2	10	91001	91010	20 %	0 %	0 %	80 %	339478199
62	NC_015736	CCTGC	2	10	91494	91503	0 %	20 %	20 %	60 %	339478199
63	NC_015736	CCCAT	2	10	91614	91623	20 %	20 %	0 %	60 %	339478199
64	NC_015736	ACACG	2	10	91705	91714	40 %	0 %	20 %	40 %	339478199
65	NC_015736	GCTGC	2	10	92385	92394	0 %	20 %	40 %	40 %	339478200
66	NC_015736	CCATG	2	10	95153	95162	20 %	20 %	20 %	40 %	339478203
67	NC_015736	GCTGC	2	10	95631	95640	0 %	20 %	40 %	40 %	339478204
68	NC_015736	GCCAT	2	10	96329	96338	20 %	20 %	20 %	40 %	339478205
69	NC_015736	CCTGG	2	10	97588	97597	0 %	20 %	40 %	40 %	339478207
70	NC_015736	CGCAA	2	10	98195	98204	40 %	0 %	20 %	40 %	339478208
71	NC_015736	GCGAG	2	10	98326	98335	20 %	0 %	60 %	20 %	339478208
72	NC_015736	CCAGC	2	10	99112	99121	20 %	0 %	20 %	60 %	339478208
73	NC_015736	TGCGC	2	10	100025	100034	0 %	20 %	40 %	40 %	339478210
74	NC_015736	GCCTG	2	10	100247	100256	0 %	20 %	40 %	40 %	339478211
75	NC_015736	CTCTA	2	10	100699	100708	20 %	40 %	0 %	40 %	339478212
76	NC_015736	CTGCG	2	10	101489	101498	0 %	20 %	40 %	40 %	339478213
77	NC_015736	GCCCC	2	10	102389	102398	0 %	0 %	20 %	80 %	339478216
78	NC_015736	CGAGC	2	10	102520	102529	20 %	0 %	40 %	40 %	339478217
79	NC_015736	TGTGC	2	10	102634	102643	0 %	40 %	40 %	20 %	339478217
80	NC_015736	ACCTC	2	10	103093	103102	20 %	20 %	0 %	60 %	339478219
81	NC_015736	GCCCT	2	10	103244	103253	0 %	20 %	20 %	60 %	339478219
82	NC_015736	CTGCT	2	10	103839	103848	0 %	40 %	20 %	40 %	339478220
83	NC_015736	CCTGC	2	10	107331	107340	0 %	20 %	20 %	60 %	339478228
84	NC_015736	GCCAT	2	10	110111	110120	20 %	20 %	20 %	40 %	339478233
85	NC_015736	CTGCG	2	10	111576	111585	0 %	20 %	40 %	40 %	339478235
86	NC_015736	TATCC	2	10	112380	112389	20 %	40 %	0 %	40 %	339478236
87	NC_015736	TTATG	2	10	114252	114261	20 %	60 %	20 %	0 %	339478237
88	NC_015736	TAGAG	2	10	116500	116509	40 %	20 %	40 %	0 %	339478239
89	NC_015736	CTGTG	2	10	118364	118373	0 %	40 %	40 %	20 %	339478239
90	NC_015736	AACGG	2	10	119379	119388	40 %	0 %	40 %	20 %	339478240
91	NC_015736	AGGAA	2	10	120514	120523	60 %	0 %	40 %	0 %	339478240
92	NC_015736	TCCAA	2	10	121096	121105	40 %	20 %	0 %	40 %	339478240
93	NC_015736	GTGCT	2	10	122365	122374	0 %	40 %	40 %	20 %	339478240
94	NC_015736	CTCTG	2	10	122854	122863	0 %	40 %	20 %	40 %	339478242
95	NC_015736	TCCAT	2	10	123005	123014	20 %	40 %	0 %	40 %	339478242
96	NC_015736	CTTGC	2	10	123748	123757	0 %	40 %	20 %	40 %	339478243
97	NC_015736	TATCC	2	10	133021	133030	20 %	40 %	0 %	40 %	339478247
98	NC_015736	TGGTA	2	10	136857	136866	20 %	40 %	40 %	0 %	339478249
99	NC_015736	GCACC	2	10	137910	137919	20 %	0 %	20 %	60 %	339478250

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.