MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	TGCC	2	8	993	1000	0 %	25 %	25 %	50 %	339478130
2	NC_015736	GAGG	2	8	1161	1168	25 %	0 %	75 %	0 %	339478130
3	NC_015736	GGCT	2	8	1191	1198	0 %	25 %	50 %	25 %	339478130
4	NC_015736	GCAG	2	8	1301	1308	25 %	0 %	50 %	25 %	339478130
5	NC_015736	CGCT	2	8	1352	1359	0 %	25 %	25 %	50 %	339478130
6	NC_015736	AGGC	2	8	1412	1419	25 %	0 %	50 %	25 %	339478131
7	NC_015736	CATC	2	8	1753	1760	25 %	25 %	0 %	50 %	339478131
8	NC_015736	TGTC	2	8	2561	2568	0 %	50 %	25 %	25 %	339478132
9	NC_015736	CTTC	2	8	2788	2795	0 %	50 %	0 %	50 %	339478132
10	NC_015736	CCAT	2	8	2851	2858	25 %	25 %	0 %	50 %	339478132
11	NC_015736	CACC	2	8	3941	3948	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_015736	ATGC	2	8	4060	4067	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015736	AGCA	2	8	4370	4377	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015736	CTGG	2	8	4669	4676	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015736	GGAG	2	8	5197	5204	25 %	0 %	75 %	0 %	339478134
16	NC_015736	GTGC	2	8	5523	5530	0 %	25 %	50 %	25 %	339478135
17	NC_015736	GTGG	2	8	5758	5765	0 %	25 %	75 %	0 %	339478135
18	NC_015736	GCAT	2	8	5869	5876	25 %	25 %	25 %	25 %	339478135
19	NC_015736	GGCT	2	8	5936	5943	0 %	25 %	50 %	25 %	339478135
20	NC_015736	TGCA	2	8	6312	6319	25 %	25 %	25 %	25 %	339478135
21	NC_015736	ACGA	2	8	6595	6602	50 %	0 %	25 %	25 %	339478136
22	NC_015736	AGGC	2	8	6767	6774	25 %	0 %	50 %	25 %	339478136
23	NC_015736	AGCC	2	8	7326	7333	25 %	0 %	25 %	50 %	339478136
24	NC_015736	GCCT	2	8	7642	7649	0 %	25 %	25 %	50 %	339478136
25	NC_015736	TGCC	2	8	7944	7951	0 %	25 %	25 %	50 %	339478137
26	NC_015736	GCAA	2	8	8464	8471	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015736	CGGT	2	8	9589	9596	0 %	25 %	50 %	25 %	339478138
28	NC_015736	TTCG	2	8	10037	10044	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_015736	GCAC	2	8	10247	10254	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_015736	TGCA	2	8	10564	10571	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015736	CTGG	2	8	10709	10716	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015736	CAGC	2	8	10742	10749	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_015736	TCAG	2	8	10836	10843	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015736	GTCG	2	8	11213	11220	0 %	25 %	50 %	25 %	339478139
35	NC_015736	GGGC	2	8	11441	11448	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015736	GTGA	2	8	11495	11502	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015736	GCCT	2	8	11650	11657	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_015736	AGGG	2	8	11915	11922	25 %	0 %	75 %	0 %	339478140
39	NC_015736	CTGC	2	8	13016	13023	0 %	25 %	25 %	50 %	339478141
40	NC_015736	CTGG	2	8	13087	13094	0 %	25 %	50 %	25 %	339478141
41	NC_015736	GCCG	2	8	13100	13107	0 %	0 %	50 %	50 %	339478141
42	NC_015736	GGTA	2	8	14097	14104	25 %	25 %	50 %	0 %	339478142
43	NC_015736	TCCT	2	8	14194	14201	0 %	50 %	0 %	50 %	339478142
44	NC_015736	GTCT	2	8	14805	14812	0 %	50 %	25 %	25 %	339478142
45	NC_015736	CCTG	2	8	14883	14890	0 %	25 %	25 %	50 %	339478142
46	NC_015736	GCCT	2	8	14902	14909	0 %	25 %	25 %	50 %	339478142
47	NC_015736	CTCC	2	8	15621	15628	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
48	NC_015736	CATG	2	8	15631	15638	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015736	TCCT	2	8	15809	15816	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015736	TGCG	2	8	15963	15970	0 %	25 %	50 %	25 %	339478143
51	NC_015736	CAGC	2	8	16204	16211	25 %	0 %	25 %	50 %	339478143
52	NC_015736	TGGA	2	8	16313	16320	25 %	25 %	50 %	0 %	339478143
53	NC_015736	GCAC	2	8	16497	16504	25 %	0 %	25 %	50 %	339478143
54	NC_015736	TGGG	2	8	16979	16986	0 %	25 %	75 %	0 %	339478143
55	NC_015736	GAGC	2	8	17398	17405	25 %	0 %	50 %	25 %	339478144
56	NC_015736	GGCA	2	8	17620	17627	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015736	GCCT	2	8	18250	18257	0 %	25 %	25 %	50 %	339478145
58	NC_015736	GCCA	2	8	18426	18433	25 %	0 %	25 %	50 %	339478145
59	NC_015736	GTAT	2	8	18619	18626	25 %	50 %	25 %	0 %	339478145
60	NC_015736	ACGA	2	8	18948	18955	50 %	0 %	25 %	25 %	339478145
61	NC_015736	CCAT	2	8	19039	19046	25 %	25 %	0 %	50 %	339478145
62	NC_015736	GCCT	2	8	19120	19127	0 %	25 %	25 %	50 %	339478145
63	NC_015736	CTGC	2	8	19317	19324	0 %	25 %	25 %	50 %	339478145
64	NC_015736	CTGA	2	8	19486	19493	25 %	25 %	25 %	25 %	339478145
65	NC_015736	TGCA	2	8	19842	19849	25 %	25 %	25 %	25 %	339478145
66	NC_015736	AGCC	2	8	20095	20102	25 %	0 %	25 %	50 %	339478145
67	NC_015736	GCAT	2	8	20270	20277	25 %	25 %	25 %	25 %	339478145
68	NC_015736	GAAA	2	8	20563	20570	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015736	TGCT	2	8	20866	20873	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015736	GTCG	2	8	20995	21002	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015736	AGGG	2	8	21288	21295	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015736	GGTG	2	8	22105	22112	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015736	TAGT	2	8	22431	22438	25 %	50 %	25 %	0 %	339478146
74	NC_015736	CAAG	2	8	22723	22730	50 %	0 %	25 %	25 %	339478146
75	NC_015736	GTCT	2	8	22813	22820	0 %	50 %	25 %	25 %	339478146
76	NC_015736	GCCT	2	8	23477	23484	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015736	AACT	2	8	23508	23515	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015736	CCTT	2	8	23530	23537	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015736	GCGG	2	8	23672	23679	0 %	0 %	75 %	25 %	339478147
80	NC_015736	TTGC	2	8	23737	23744	0 %	50 %	25 %	25 %	339478147
81	NC_015736	GCTG	2	8	24195	24202	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015736	GCTG	2	8	24242	24249	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015736	CTGG	2	8	24379	24386	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015736	GCTG	2	8	24620	24627	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015736	TCTT	2	8	24957	24964	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_015736	GCAG	2	8	25142	25149	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015736	GCGA	2	8	25374	25381	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015736	AGGC	2	8	25426	25433	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_015736	ATGC	2	8	25494	25501	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_015736	GGAT	2	8	26045	26052	25 %	25 %	50 %	0 %	339478148
91	NC_015736	TCTG	2	8	26615	26622	0 %	50 %	25 %	25 %	339478150
92	NC_015736	CTCG	2	8	27183	27190	0 %	25 %	25 %	50 %	339478151
93	NC_015736	CCTG	2	8	27282	27289	0 %	25 %	25 %	50 %	339478151
94	NC_015736	CTAC	2	8	28003	28010	25 %	25 %	0 %	50 %	339478151
95	NC_015736	AGGG	2	8	28220	28227	25 %	0 %	75 %	0 %	339478151
96	NC_015736	GCAC	2	8	28630	28637	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015736	TTCG	2	8	28784	28791	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015736	GTGC	2	8	29647	29654	0 %	25 %	50 %	25 %	339478152
99	NC_015736	CTGC	2	8	30144	30151	0 %	25 %	25 %	50 %	339478153
100	NC_015736	GCTG	2	8	30482	30489	0 %	25 %	50 %	25 %	339478153
101	NC_015736	ATGC	2	8	30596	30603	25 %	25 %	25 %	25 %	339478153
102	NC_015736	CCAT	2	8	30734	30741	25 %	25 %	0 %	50 %	339478153
103	NC_015736	AGAT	2	8	31317	31324	50 %	25 %	25 %	0 %	339478154
104	NC_015736	CCAG	2	8	31598	31605	25 %	0 %	25 %	50 %	339478154
105	NC_015736	GCTG	2	8	32293	32300	0 %	25 %	50 %	25 %	339478154
106	NC_015736	CTAC	2	8	32349	32356	25 %	25 %	0 %	50 %	339478154
107	NC_015736	TTGC	2	8	32393	32400	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015736	GCTG	2	8	32429	32436	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015736	GGCA	2	8	33022	33029	25 %	0 %	50 %	25 %	339478155
110	NC_015736	TAAC	2	8	33343	33350	50 %	25 %	0 %	25 %	339478155
111	NC_015736	AGGC	2	8	34072	34079	25 %	0 %	50 %	25 %	339478156
112	NC_015736	CGCA	2	8	34279	34286	25 %	0 %	25 %	50 %	339478156
113	NC_015736	CATC	2	8	34475	34482	25 %	25 %	0 %	50 %	339478157
114	NC_015736	GAAC	2	8	35624	35631	50 %	0 %	25 %	25 %	339478159
115	NC_015736	GTAG	2	8	36023	36030	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015736	GCCT	2	8	36090	36097	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015736	GCAT	2	8	36122	36129	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_015736	GCAG	2	8	36210	36217	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015736	AAGT	2	8	36503	36510	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015736	GATG	2	8	36811	36818	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015736	AACT	2	8	37237	37244	50 %	25 %	0 %	25 %	339478160
122	NC_015736	CCTG	2	8	37968	37975	0 %	25 %	25 %	50 %	339478160
123	NC_015736	CCAT	2	8	38546	38553	25 %	25 %	0 %	50 %	339478160
124	NC_015736	GGAG	2	8	40504	40511	25 %	0 %	75 %	0 %	339478162
125	NC_015736	ACGC	2	8	41022	41029	25 %	0 %	25 %	50 %	339478162
126	NC_015736	CTGC	2	8	41735	41742	0 %	25 %	25 %	50 %	339478162
127	NC_015736	TATC	2	8	42241	42248	25 %	50 %	0 %	25 %	339478162
128	NC_015736	TGCA	2	8	42298	42305	25 %	25 %	25 %	25 %	339478163
129	NC_015736	CTAT	2	8	42489	42496	25 %	50 %	0 %	25 %	339478163
130	NC_015736	TAAC	2	8	43050	43057	50 %	25 %	0 %	25 %	339478164
131	NC_015736	CTGC	2	8	43302	43309	0 %	25 %	25 %	50 %	339478164
132	NC_015736	CGAG	2	8	44326	44333	25 %	0 %	50 %	25 %	339478165
133	NC_015736	TCGT	2	8	44849	44856	0 %	50 %	25 %	25 %	339478165
134	NC_015736	ATGC	2	8	44983	44990	25 %	25 %	25 %	25 %	339478165
135	NC_015736	GGCT	2	8	45925	45932	0 %	25 %	50 %	25 %	339478166
136	NC_015736	TGCA	2	8	46144	46151	25 %	25 %	25 %	25 %	339478166
137	NC_015736	GCAT	2	8	46304	46311	25 %	25 %	25 %	25 %	339478166
138	NC_015736	GGCT	2	8	46366	46373	0 %	25 %	50 %	25 %	339478166
139	NC_015736	AGCA	2	8	46613	46620	50 %	0 %	25 %	25 %	339478167
140	NC_015736	CAGA	2	8	47246	47253	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_015736	TACC	2	8	48241	48248	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_015736	TGGG	2	8	48469	48476	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015736	GCGA	2	8	49109	49116	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_015736	ACCG	2	8	49304	49311	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_015736	GAGG	2	8	49481	49488	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.