MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 222

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	GC	3	6	401	406	0 %	0 %	50 %	50 %	339478130
2	NC_015736	CT	3	6	691	696	0 %	50 %	0 %	50 %	339478130
3	NC_015736	GC	3	6	758	763	0 %	0 %	50 %	50 %	339478130
4	NC_015736	GC	3	6	828	833	0 %	0 %	50 %	50 %	339478130
5	NC_015736	GA	3	6	1450	1455	50 %	0 %	50 %	0 %	339478131
6	NC_015736	TG	3	6	1645	1650	0 %	50 %	50 %	0 %	339478131
7	NC_015736	GC	3	6	1898	1903	0 %	0 %	50 %	50 %	339478131
8	NC_015736	CG	3	6	5325	5330	0 %	0 %	50 %	50 %	339478134
9	NC_015736	GC	4	8	5346	5353	0 %	0 %	50 %	50 %	339478134
10	NC_015736	GC	3	6	5846	5851	0 %	0 %	50 %	50 %	339478135
11	NC_015736	CT	3	6	6952	6957	0 %	50 %	0 %	50 %	339478136
12	NC_015736	AT	3	6	8109	8114	50 %	50 %	0 %	0 %	339478137
13	NC_015736	TA	3	6	8151	8156	50 %	50 %	0 %	0 %	339478137
14	NC_015736	TC	3	6	8259	8264	0 %	50 %	0 %	50 %	339478137
15	NC_015736	AG	3	6	8794	8799	50 %	0 %	50 %	0 %	339478138
16	NC_015736	GC	3	6	9519	9524	0 %	0 %	50 %	50 %	339478138
17	NC_015736	CA	3	6	9696	9701	50 %	0 %	0 %	50 %	339478138
18	NC_015736	CA	3	6	11841	11846	50 %	0 %	0 %	50 %	339478140
19	NC_015736	GC	3	6	11973	11978	0 %	0 %	50 %	50 %	339478140
20	NC_015736	GC	3	6	12008	12013	0 %	0 %	50 %	50 %	339478140
21	NC_015736	AT	3	6	13109	13114	50 %	50 %	0 %	0 %	339478141
22	NC_015736	GC	3	6	13532	13537	0 %	0 %	50 %	50 %	339478142
23	NC_015736	TC	3	6	13554	13559	0 %	50 %	0 %	50 %	339478142
24	NC_015736	TA	3	6	16399	16404	50 %	50 %	0 %	0 %	339478143
25	NC_015736	GC	3	6	16540	16545	0 %	0 %	50 %	50 %	339478143
26	NC_015736	CA	3	6	16909	16914	50 %	0 %	0 %	50 %	339478143
27	NC_015736	GC	3	6	17085	17090	0 %	0 %	50 %	50 %	339478144
28	NC_015736	GC	3	6	17294	17299	0 %	0 %	50 %	50 %	339478144
29	NC_015736	AG	3	6	17328	17333	50 %	0 %	50 %	0 %	339478144
30	NC_015736	GC	3	6	18307	18312	0 %	0 %	50 %	50 %	339478145
31	NC_015736	CA	3	6	18630	18635	50 %	0 %	0 %	50 %	339478145
32	NC_015736	GC	3	6	18703	18708	0 %	0 %	50 %	50 %	339478145
33	NC_015736	CT	3	6	18723	18728	0 %	50 %	0 %	50 %	339478145
34	NC_015736	CG	3	6	19389	19394	0 %	0 %	50 %	50 %	339478145
35	NC_015736	AG	3	6	19665	19670	50 %	0 %	50 %	0 %	339478145
36	NC_015736	AG	4	8	20312	20319	50 %	0 %	50 %	0 %	339478145
37	NC_015736	GC	3	6	20353	20358	0 %	0 %	50 %	50 %	339478145
38	NC_015736	TG	3	6	20498	20503	0 %	50 %	50 %	0 %	339478145
39	NC_015736	GC	3	6	22303	22308	0 %	0 %	50 %	50 %	339478146
40	NC_015736	AT	3	6	22398	22403	50 %	50 %	0 %	0 %	339478146
41	NC_015736	CG	4	8	25757	25764	0 %	0 %	50 %	50 %	339478148
42	NC_015736	CG	3	6	26745	26750	0 %	0 %	50 %	50 %	339478150
43	NC_015736	CT	3	6	27767	27772	0 %	50 %	0 %	50 %	339478151
44	NC_015736	CT	3	6	28431	28436	0 %	50 %	0 %	50 %	339478151
45	NC_015736	GA	3	6	29349	29354	50 %	0 %	50 %	0 %	339478152
46	NC_015736	GC	3	6	29761	29766	0 %	0 %	50 %	50 %	339478152
47	NC_015736	GC	3	6	30230	30235	0 %	0 %	50 %	50 %	339478153
48	NC_015736	GC	3	6	30238	30243	0 %	0 %	50 %	50 %	339478153
49	NC_015736	CA	4	8	30388	30395	50 %	0 %	0 %	50 %	339478153
50	NC_015736	GC	3	6	30863	30868	0 %	0 %	50 %	50 %	339478153
51	NC_015736	CG	3	6	30897	30902	0 %	0 %	50 %	50 %	339478153
52	NC_015736	GC	3	6	30996	31001	0 %	0 %	50 %	50 %	339478153
53	NC_015736	GC	3	6	31047	31052	0 %	0 %	50 %	50 %	339478153
54	NC_015736	TG	3	6	31733	31738	0 %	50 %	50 %	0 %	339478154
55	NC_015736	CG	3	6	32626	32631	0 %	0 %	50 %	50 %	339478155
56	NC_015736	CA	3	6	34173	34178	50 %	0 %	0 %	50 %	339478156
57	NC_015736	TG	3	6	34510	34515	0 %	50 %	50 %	0 %	339478157
58	NC_015736	CG	3	6	34683	34688	0 %	0 %	50 %	50 %	339478158
59	NC_015736	TA	3	6	35044	35049	50 %	50 %	0 %	0 %	339478158
60	NC_015736	GA	3	6	35330	35335	50 %	0 %	50 %	0 %	339478158
61	NC_015736	AG	3	6	35649	35654	50 %	0 %	50 %	0 %	339478159
62	NC_015736	GC	3	6	37333	37338	0 %	0 %	50 %	50 %	339478160
63	NC_015736	GC	3	6	37388	37393	0 %	0 %	50 %	50 %	339478160
64	NC_015736	TC	3	6	38476	38481	0 %	50 %	0 %	50 %	339478160
65	NC_015736	TG	3	6	38601	38606	0 %	50 %	50 %	0 %	339478160
66	NC_015736	CG	3	6	39134	39139	0 %	0 %	50 %	50 %	339478162
67	NC_015736	GC	3	6	39159	39164	0 %	0 %	50 %	50 %	339478162
68	NC_015736	AG	3	6	39752	39757	50 %	0 %	50 %	0 %	339478162
69	NC_015736	GC	3	6	40771	40776	0 %	0 %	50 %	50 %	339478162
70	NC_015736	GC	3	6	41424	41429	0 %	0 %	50 %	50 %	339478162
71	NC_015736	CG	4	8	41954	41961	0 %	0 %	50 %	50 %	339478162
72	NC_015736	AT	3	6	42264	42269	50 %	50 %	0 %	0 %	339478163
73	NC_015736	GC	3	6	42543	42548	0 %	0 %	50 %	50 %	339478163
74	NC_015736	CG	4	8	42795	42802	0 %	0 %	50 %	50 %	339478164
75	NC_015736	TG	3	6	43168	43173	0 %	50 %	50 %	0 %	339478164
76	NC_015736	TA	3	6	43217	43222	50 %	50 %	0 %	0 %	339478164
77	NC_015736	GC	3	6	43272	43277	0 %	0 %	50 %	50 %	339478164
78	NC_015736	CA	3	6	43551	43556	50 %	0 %	0 %	50 %	339478164
79	NC_015736	CT	3	6	43604	43609	0 %	50 %	0 %	50 %	339478164
80	NC_015736	GC	3	6	43617	43622	0 %	0 %	50 %	50 %	339478164
81	NC_015736	GC	3	6	43726	43731	0 %	0 %	50 %	50 %	339478164
82	NC_015736	TG	3	6	44898	44903	0 %	50 %	50 %	0 %	339478165
83	NC_015736	GA	3	6	46000	46005	50 %	0 %	50 %	0 %	339478166
84	NC_015736	TC	3	6	46693	46698	0 %	50 %	0 %	50 %	339478167
85	NC_015736	GA	3	6	54543	54548	50 %	0 %	50 %	0 %	339478170
86	NC_015736	GT	3	6	56767	56772	0 %	50 %	50 %	0 %	339478171
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88	NC_015736	GC	3	6	57028	57033	0 %	0 %	50 %	50 %	339478171
89	NC_015736	GT	3	6	57158	57163	0 %	50 %	50 %	0 %	339478171
90	NC_015736	CG	3	6	59534	59539	0 %	0 %	50 %	50 %	339478173
91	NC_015736	AT	3	6	59838	59843	50 %	50 %	0 %	0 %	339478173
92	NC_015736	GT	3	6	59853	59858	0 %	50 %	50 %	0 %	339478173
93	NC_015736	CG	4	8	60588	60595	0 %	0 %	50 %	50 %	339478173
94	NC_015736	CG	3	6	61021	61026	0 %	0 %	50 %	50 %	339478174
95	NC_015736	GC	3	6	61486	61491	0 %	0 %	50 %	50 %	339478174
96	NC_015736	TG	3	6	61838	61843	0 %	50 %	50 %	0 %	339478174
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99	NC_015736	CG	3	6	62283	62288	0 %	0 %	50 %	50 %	339478175
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101	NC_015736	GC	3	6	63214	63219	0 %	0 %	50 %	50 %	339478175
102	NC_015736	CA	3	6	63315	63320	50 %	0 %	0 %	50 %	339478175
103	NC_015736	CG	3	6	63443	63448	0 %	0 %	50 %	50 %	339478176
104	NC_015736	GC	3	6	64160	64165	0 %	0 %	50 %	50 %	339478178
105	NC_015736	TA	3	6	66236	66241	50 %	50 %	0 %	0 %	339478179
106	NC_015736	CA	3	6	66382	66387	50 %	0 %	0 %	50 %	339478179
107	NC_015736	GC	3	6	66395	66400	0 %	0 %	50 %	50 %	339478179
108	NC_015736	GT	3	6	67031	67036	0 %	50 %	50 %	0 %	339478180
109	NC_015736	CG	3	6	69850	69855	0 %	0 %	50 %	50 %	339478181
110	NC_015736	CA	3	6	70123	70128	50 %	0 %	0 %	50 %	339478182
111	NC_015736	GC	3	6	70131	70136	0 %	0 %	50 %	50 %	339478182
112	NC_015736	AC	3	6	70524	70529	50 %	0 %	0 %	50 %	339478183
113	NC_015736	GC	3	6	70726	70731	0 %	0 %	50 %	50 %	339478183
114	NC_015736	CG	4	8	71829	71836	0 %	0 %	50 %	50 %	339478184
115	NC_015736	GC	3	6	72088	72093	0 %	0 %	50 %	50 %	339478184
116	NC_015736	GA	3	6	74462	74467	50 %	0 %	50 %	0 %	339478187
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119	NC_015736	GC	3	6	76027	76032	0 %	0 %	50 %	50 %	339478188
120	NC_015736	CG	3	6	76285	76290	0 %	0 %	50 %	50 %	339478188
121	NC_015736	AC	3	6	76317	76322	50 %	0 %	0 %	50 %	339478188
122	NC_015736	GC	3	6	78927	78932	0 %	0 %	50 %	50 %	339478189
123	NC_015736	GC	3	6	79149	79154	0 %	0 %	50 %	50 %	339478189
124	NC_015736	GC	3	6	79394	79399	0 %	0 %	50 %	50 %	339478190
125	NC_015736	GC	3	6	79423	79428	0 %	0 %	50 %	50 %	339478190
126	NC_015736	AT	3	6	79466	79471	50 %	50 %	0 %	0 %	339478190
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129	NC_015736	CA	3	6	81024	81029	50 %	0 %	0 %	50 %	339478191
130	NC_015736	CA	3	6	81033	81038	50 %	0 %	0 %	50 %	339478191
131	NC_015736	GC	3	6	82305	82310	0 %	0 %	50 %	50 %	339478194
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133	NC_015736	CT	3	6	85041	85046	0 %	50 %	0 %	50 %	339478197
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135	NC_015736	AT	3	6	86141	86146	50 %	50 %	0 %	0 %	339478197
136	NC_015736	CG	3	6	89320	89325	0 %	0 %	50 %	50 %	339478198
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139	NC_015736	GC	3	6	90502	90507	0 %	0 %	50 %	50 %	339478198
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142	NC_015736	GC	4	8	92244	92251	0 %	0 %	50 %	50 %	339478200
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.