MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Moranella endobia PCIT chromosome

Total Repeats: 224

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015735	ATTGGA	2	12	3534	3545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339477725
2	NC_015735	TAAAAT	2	12	4313	4324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339477726
3	NC_015735	GTAAAA	2	12	4392	4403	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339477726
4	NC_015735	CTTTTG	2	12	5219	5230	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_015735	ATTTCA	2	12	6191	6202	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015735	ATGCTA	2	12	8409	8420	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015735	GGTGTA	2	12	11401	11412	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	339477728
8	NC_015735	AATTTT	2	12	11769	11780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339477728
9	NC_015735	CTGATG	2	12	21021	21032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477735
10	NC_015735	TTAGCA	2	12	21200	21211	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339477735
11	NC_015735	AATTTT	2	12	22578	22589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015735	GGTTTT	2	12	24410	24421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339477737
13	NC_015735	TAAAAT	2	12	24741	24752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015735	ATTTTT	2	12	25161	25172	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	339477738
15	NC_015735	TTATAT	2	12	26080	26091	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015735	CATACT	2	12	31383	31394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015735	TTTCAT	2	12	35731	35742	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339477744
18	NC_015735	CATCTT	2	12	36670	36681	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477745
19	NC_015735	TAACAA	2	12	43821	43832	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015735	CATTTT	2	12	44270	44281	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339477752
21	NC_015735	TGGCGC	2	12	45377	45388	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339477752
22	NC_015735	TAACTA	2	12	50535	50546	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339477756
23	NC_015735	AGTAGC	2	12	50816	50827	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477756
24	NC_015735	TCAGCC	2	12	51547	51558	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339477757
25	NC_015735	AATCAT	2	12	54417	54428	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339477760
26	NC_015735	CCGCGC	2	12	56262	56273	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	339477762
27	NC_015735	CTTTCA	2	12	56877	56888	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477763
28	NC_015735	CTAGGA	2	12	57660	57671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477763
29	NC_015735	TTAACC	2	12	63667	63678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015735	CGTAGC	2	12	76459	76470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339477778
31	NC_015735	TGACCG	2	12	77593	77604	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339477779
32	NC_015735	TGGCAA	2	12	79051	79062	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477780
33	NC_015735	AGTAGC	2	12	81256	81267	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477782
34	NC_015735	ACCAAT	2	12	81888	81899	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477783
35	NC_015735	TTAACA	2	12	82286	82297	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015735	GGCGCT	2	12	83281	83292	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339477784
37	NC_015735	TTATCA	2	12	87303	87314	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477787
38	NC_015735	CAGGAT	2	12	90125	90136	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477787
39	NC_015735	TATAGG	2	12	92441	92452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015735	ACCAGT	2	12	94830	94841	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339477791
41	NC_015735	CATAAA	2	12	103940	103951	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015735	GTAAAA	2	12	104946	104957	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015735	TACTCT	2	12	106400	106411	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477798
44	NC_015735	GATAAA	2	12	108383	108394	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339477800
45	NC_015735	AACTAA	2	12	111749	111760	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	339477803
46	NC_015735	ATTGCT	2	12	121027	121038	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477808
47	NC_015735	TGTAAT	2	12	122590	122601	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015735	CCATTG	2	12	125271	125282	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339477813
49	NC_015735	CGAGCG	2	12	130978	130989	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339477818
50	NC_015735	CCGCAC	2	12	131062	131073	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339477818
51	NC_015735	GCCACC	2	12	134865	134876	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_015735	CTATCA	2	12	139303	139314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339477824
53	NC_015735	GTTGCC	2	12	139346	139357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339477824
54	NC_015735	CCATAA	2	12	141757	141768	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477827
55	NC_015735	CGGCAG	2	12	141904	141915	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339477827
56	NC_015735	TTCATT	2	12	145631	145642	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339477832
57	NC_015735	GAAAAC	2	12	147262	147273	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015735	TTCAAT	2	12	147647	147658	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477833
59	NC_015735	CCCTGG	2	12	148303	148314	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339477834
60	NC_015735	GCGTTG	2	12	149737	149748	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339477835
61	NC_015735	AAAAAT	2	12	156427	156438	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015735	ATAGCA	2	12	157016	157027	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339477838
63	NC_015735	CTTCAT	2	12	157055	157066	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477838
64	NC_015735	TATGGT	2	12	157995	158006	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339477839
65	NC_015735	TAGCCA	2	12	161538	161549	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339477841
66	NC_015735	CAGGCC	2	12	169401	169412	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339477850
67	NC_015735	AATTAA	2	12	175691	175702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339477855
68	NC_015735	CGCACC	2	12	176572	176583	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_015735	CGCCGT	2	12	181675	181686	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339477858
70	NC_015735	GCAGAT	2	12	189211	189222	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477867
71	NC_015735	ACTTTA	2	12	193076	193087	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477870
72	NC_015735	TCCCTA	2	12	196128	196139	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339477872
73	NC_015735	ATAACC	2	12	197754	197765	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477872
74	NC_015735	GCAGAA	2	12	198019	198030	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339477872
75	NC_015735	TAAGCA	2	12	204428	204439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339477876
76	NC_015735	TATTTA	2	12	211501	211512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015735	GGCAAT	2	12	212144	212155	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015735	GCGGTA	2	12	212725	212736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339477881
79	NC_015735	AATACT	2	12	217742	217753	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015735	TGGCAG	2	12	218939	218950	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339477885
81	NC_015735	AGCTTC	2	12	222796	222807	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015735	CTAAAA	2	12	222814	222825	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015735	TTTATG	2	12	224111	224122	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339477889
84	NC_015735	GCCTAT	2	12	228189	228200	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339477892
85	NC_015735	TGAAGT	2	12	228923	228934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339477893
86	NC_015735	AGCTCT	2	12	232866	232877	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339477896
87	NC_015735	ATGGTC	2	12	237255	237266	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477899
88	NC_015735	ATCCCC	2	12	237561	237572	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	339477899
89	NC_015735	TTTACC	2	12	240147	240158	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477901
90	NC_015735	GTAGCA	2	12	246638	246649	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477904
91	NC_015735	AGTCGC	2	12	254751	254762	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015735	TTACGG	2	12	256192	256203	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477911
93	NC_015735	AGCTAG	2	12	256776	256787	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015735	AATATC	2	12	258757	258768	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015735	GCATAA	2	12	261802	261813	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015735	TTTATG	2	12	265624	265635	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015735	ATCGTA	2	12	265936	265947	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339477918
98	NC_015735	ACTGGC	2	12	265955	265966	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339477918
99	NC_015735	GGCGGA	2	12	266321	266332	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_015735	TGAAAA	2	12	267705	267716	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339477919
101	NC_015735	AGTGCA	2	12	269098	269109	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015735	GATCTT	2	12	273191	273202	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477921
103	NC_015735	GCTTAT	2	12	275024	275035	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477922
104	NC_015735	TGATAC	2	12	275278	275289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339477922
105	NC_015735	GCGCCA	2	12	279411	279422	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339477925
106	NC_015735	TTTTGT	2	12	292097	292108	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	339477937
107	NC_015735	TTTAAT	2	12	293054	293065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015735	CACTCC	2	12	297484	297495	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	339477941
109	NC_015735	TGTATC	2	12	299397	299408	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477942
110	NC_015735	GCTCGT	2	12	302181	302192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339477945
111	NC_015735	GTTAAT	2	12	307398	307409	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339477949
112	NC_015735	TTAGCA	2	12	308121	308132	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_015735	GTATGC	2	12	308206	308217	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015735	TGAAAT	2	12	310340	310351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015735	AGCAAA	2	12	311310	311321	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015735	TACCAA	2	12	311950	311961	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477950
117	NC_015735	CTTCAT	2	12	316149	316160	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477953
118	NC_015735	TAAATC	2	12	317455	317466	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339477954
119	NC_015735	ATTAGC	2	12	319319	319330	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015735	CTTGAG	2	12	321095	321106	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477957
121	NC_015735	AGCTAC	2	12	322394	322405	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339477959
122	NC_015735	TAACTA	2	12	323618	323629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015735	TTTAGT	2	12	323780	323791	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015735	TGTAGA	2	12	324182	324193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015735	CTAGGA	2	12	327765	327776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_015735	TATATG	2	12	329744	329755	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015735	CGGCGC	2	12	331001	331012	0 %	0 %	50 %	50 %	339477965
128	NC_015735	CTGCGG	2	12	331995	332006	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_015735	CAGTAA	2	12	332114	332125	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_015735	AGCAAT	2	12	333575	333586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339477967
131	NC_015735	GCAAAC	2	12	334267	334278	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015735	ATTAAT	2	12	339169	339180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015735	ATTGGA	2	12	339418	339429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339477971
134	NC_015735	GTACCA	2	12	339948	339959	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_015735	AATATT	2	12	343396	343407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015735	ATGCTG	2	12	348278	348289	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477976
137	NC_015735	AGGTAA	2	12	349818	349829	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015735	TAAAAA	2	12	349961	349972	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339477977
139	NC_015735	AGCGTG	2	12	350422	350433	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339477977
140	NC_015735	AGCAAC	2	12	350554	350565	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339477977
141	NC_015735	GAAGCA	2	12	350955	350966	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339477977
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143	NC_015735	GTTACT	2	12	355073	355084	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_015735	TAATCT	2	12	355321	355332	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477980
145	NC_015735	CAGCTA	2	12	356244	356255	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_015735	AGCTTT	2	12	356373	356384	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477982
147	NC_015735	TTGCTG	2	12	358078	358089	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_015735	GCAAAA	2	12	362263	362274	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	339477986
149	NC_015735	AGGTAA	2	12	367028	367039	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339477988
150	NC_015735	TACACT	2	12	368545	368556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339477990
151	NC_015735	GAAGCT	2	12	369568	369579	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_015735	AAAAGA	2	12	371052	371063	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339477992
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158	NC_015735	AGATAC	2	12	384733	384744	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339478005
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164	NC_015735	TCGCGC	2	12	399887	399898	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339478017
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168	NC_015735	TAGTGG	2	12	408883	408894	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
169	NC_015735	ATTTTT	2	12	408990	409001	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_015735	GTAATA	2	12	409025	409036	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
171	NC_015735	TACATG	2	12	413139	413150	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339478024
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174	NC_015735	CATTAT	2	12	418494	418505	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339478029
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202	NC_015735	GTCAGT	2	12	482396	482407	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
203	NC_015735	TCAGGC	2	12	483271	483282	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339478092
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207	NC_015735	ACAGTA	2	12	503142	503153	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
208	NC_015735	CACGCG	2	12	504938	504949	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339478104
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210	NC_015735	CTTTTA	2	12	505602	505613	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
211	NC_015735	CCCAGC	2	12	509469	509480	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339478109
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213	NC_015735	GGCGAA	2	12	516679	516690	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339478114
214	NC_015735	AAAGGG	2	12	523533	523544	50 %	0 %	50 %	0 %	339478117
215	NC_015735	CTACTT	2	12	523966	523977	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339478117
216	NC_015735	TCGATC	2	12	524920	524931	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339478118
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218	NC_015735	GATGCT	2	12	527217	527228	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339478119
219	NC_015735	GTGATA	2	12	530210	530221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339478121
220	NC_015735	GCTCCT	2	12	530226	530237	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339478121
221	NC_015735	AATGGT	2	12	531607	531618	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
222	NC_015735	CAAGAA	2	12	531661	531672	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
223	NC_015735	ATCGTA	2	12	531981	531992	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
224	NC_015735	GAGGCA	2	12	533989	534000	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339478127

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.