MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Moranella endobia PCIT chromosome

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015735	ATTGGA	2	12	3534	3545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339477725
2	NC_015735	TAAAAT	2	12	4313	4324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339477726
3	NC_015735	GTAAAA	2	12	4392	4403	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339477726
4	NC_015735	GGTGTA	2	12	11401	11412	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	339477728
5	NC_015735	AATTTT	2	12	11769	11780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339477728
6	NC_015735	CTGATG	2	12	21021	21032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477735
7	NC_015735	TTAGCA	2	12	21200	21211	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339477735
8	NC_015735	GGTTTT	2	12	24410	24421	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339477737
9	NC_015735	ATTTTT	2	12	25161	25172	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	339477738
10	NC_015735	TTTCAT	2	12	35731	35742	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339477744
11	NC_015735	CATCTT	2	12	36670	36681	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477745
12	NC_015735	CATTTT	2	12	44270	44281	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339477752
13	NC_015735	TGGCGC	2	12	45377	45388	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339477752
14	NC_015735	TAACTA	2	12	50535	50546	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339477756
15	NC_015735	AGTAGC	2	12	50816	50827	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477756
16	NC_015735	TCAGCC	2	12	51547	51558	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339477757
17	NC_015735	AATCAT	2	12	54417	54428	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339477760
18	NC_015735	CCGCGC	2	12	56262	56273	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	339477762
19	NC_015735	CTTTCA	2	12	56877	56888	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477763
20	NC_015735	CTAGGA	2	12	57660	57671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477763
21	NC_015735	CGTAGC	2	12	76459	76470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339477778
22	NC_015735	TGACCG	2	12	77593	77604	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339477779
23	NC_015735	TGGCAA	2	12	79051	79062	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477780
24	NC_015735	AGTAGC	2	12	81256	81267	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477782
25	NC_015735	ACCAAT	2	12	81888	81899	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477783
26	NC_015735	GGCGCT	2	12	83281	83292	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339477784
27	NC_015735	TTATCA	2	12	87303	87314	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477787
28	NC_015735	CAGGAT	2	12	90125	90136	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477787
29	NC_015735	ACCAGT	2	12	94830	94841	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339477791
30	NC_015735	TACTCT	2	12	106400	106411	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477798
31	NC_015735	GATAAA	2	12	108383	108394	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339477800
32	NC_015735	AACTAA	2	12	111749	111760	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	339477803
33	NC_015735	ATTGCT	2	12	121027	121038	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477808
34	NC_015735	CCATTG	2	12	125271	125282	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339477813
35	NC_015735	CGAGCG	2	12	130978	130989	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339477818
36	NC_015735	CCGCAC	2	12	131062	131073	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339477818
37	NC_015735	CTATCA	2	12	139303	139314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339477824
38	NC_015735	GTTGCC	2	12	139346	139357	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339477824
39	NC_015735	CCATAA	2	12	141757	141768	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477827
40	NC_015735	CGGCAG	2	12	141904	141915	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339477827
41	NC_015735	TTCATT	2	12	145631	145642	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339477832
42	NC_015735	TTCAAT	2	12	147647	147658	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477833
43	NC_015735	CCCTGG	2	12	148303	148314	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339477834
44	NC_015735	GCGTTG	2	12	149737	149748	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339477835
45	NC_015735	ATAGCA	2	12	157016	157027	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339477838
46	NC_015735	CTTCAT	2	12	157055	157066	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477838
47	NC_015735	TATGGT	2	12	157995	158006	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339477839
48	NC_015735	TAGCCA	2	12	161538	161549	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339477841
49	NC_015735	CAGGCC	2	12	169401	169412	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339477850
50	NC_015735	AATTAA	2	12	175691	175702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339477855
51	NC_015735	CGCCGT	2	12	181675	181686	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339477858
52	NC_015735	GCAGAT	2	12	189211	189222	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477867
53	NC_015735	ACTTTA	2	12	193076	193087	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477870
54	NC_015735	TCCCTA	2	12	196128	196139	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339477872
55	NC_015735	ATAACC	2	12	197754	197765	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477872
56	NC_015735	GCAGAA	2	12	198019	198030	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339477872
57	NC_015735	TAAGCA	2	12	204428	204439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339477876
58	NC_015735	GCGGTA	2	12	212725	212736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339477881
59	NC_015735	TGGCAG	2	12	218939	218950	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339477885
60	NC_015735	TTTATG	2	12	224111	224122	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339477889
61	NC_015735	GCCTAT	2	12	228189	228200	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339477892
62	NC_015735	TGAAGT	2	12	228923	228934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339477893
63	NC_015735	AGCTCT	2	12	232866	232877	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339477896
64	NC_015735	ATGGTC	2	12	237255	237266	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477899
65	NC_015735	ATCCCC	2	12	237561	237572	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	339477899
66	NC_015735	TTTACC	2	12	240147	240158	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477901
67	NC_015735	GTAGCA	2	12	246638	246649	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339477904
68	NC_015735	TTACGG	2	12	256192	256203	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477911
69	NC_015735	ATCGTA	2	12	265936	265947	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339477918
70	NC_015735	ACTGGC	2	12	265955	265966	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339477918
71	NC_015735	TGAAAA	2	12	267705	267716	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339477919
72	NC_015735	GATCTT	2	12	273191	273202	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477921
73	NC_015735	GCTTAT	2	12	275024	275035	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477922
74	NC_015735	TGATAC	2	12	275278	275289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339477922
75	NC_015735	GCGCCA	2	12	279411	279422	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339477925
76	NC_015735	TTTTGT	2	12	292097	292108	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	339477937
77	NC_015735	CACTCC	2	12	297484	297495	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	339477941
78	NC_015735	TGTATC	2	12	299397	299408	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477942
79	NC_015735	GCTCGT	2	12	302181	302192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339477945
80	NC_015735	GTTAAT	2	12	307398	307409	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339477949
81	NC_015735	TACCAA	2	12	311950	311961	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339477950
82	NC_015735	CTTCAT	2	12	316149	316160	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339477953
83	NC_015735	TAAATC	2	12	317455	317466	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339477954
84	NC_015735	CTTGAG	2	12	321095	321106	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477957
85	NC_015735	AGCTAC	2	12	322394	322405	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339477959
86	NC_015735	CGGCGC	2	12	331001	331012	0 %	0 %	50 %	50 %	339477965
87	NC_015735	AGCAAT	2	12	333575	333586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339477967
88	NC_015735	ATTGGA	2	12	339418	339429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339477971
89	NC_015735	ATGCTG	2	12	348278	348289	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339477976
90	NC_015735	TAAAAA	2	12	349961	349972	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339477977
91	NC_015735	AGCGTG	2	12	350422	350433	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339477977
92	NC_015735	AGCAAC	2	12	350554	350565	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339477977
93	NC_015735	GAAGCA	2	12	350955	350966	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339477977
94	NC_015735	TAATCT	2	12	355321	355332	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339477980
95	NC_015735	AGCTTT	2	12	356373	356384	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339477982
96	NC_015735	GCAAAA	2	12	362263	362274	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	339477986
97	NC_015735	AGGTAA	2	12	367028	367039	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339477988
98	NC_015735	TACACT	2	12	368545	368556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339477990
99	NC_015735	AAAAGA	2	12	371052	371063	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	339477992
100	NC_015735	TAGAAG	2	12	372923	372934	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339477993
101	NC_015735	TATAGA	2	12	374921	374932	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339477995
102	NC_015735	AGAATG	2	12	379890	379901	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339478000
103	NC_015735	TGCTGT	2	12	380388	380399	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339478000
104	NC_015735	AGATAC	2	12	384733	384744	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339478005
105	NC_015735	GTTTTG	2	12	387657	387668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339478007
106	NC_015735	GAACAC	2	12	389766	389777	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339478009
107	NC_015735	TAAACT	2	12	389979	389990	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339478009
108	NC_015735	TGAAGA	2	12	391633	391644	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339478011
109	NC_015735	TCGCGC	2	12	399887	399898	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339478017
110	NC_015735	ATGGTA	2	12	408222	408233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339478021
111	NC_015735	TACATG	2	12	413139	413150	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339478024
112	NC_015735	AACGAC	2	12	416847	416858	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339478028
113	NC_015735	CATTAT	2	12	418494	418505	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339478029
114	NC_015735	GCCAAT	2	12	419376	419387	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339478030
115	NC_015735	TGGTGT	2	12	424153	424164	0 %	50 %	50 %	0 %	339478033
116	NC_015735	GCACAG	2	12	427895	427906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339478035
117	NC_015735	TTGGTA	2	12	432001	432012	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339478039
118	NC_015735	AGGCTG	2	12	432425	432436	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339478039
119	NC_015735	GCACCG	2	12	433517	433528	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339478039
120	NC_015735	TGCTGG	2	12	433577	433588	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339478039
121	NC_015735	CTTTGC	2	12	436342	436353	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339478041
122	NC_015735	GCCGCG	2	12	446542	446553	0 %	0 %	50 %	50 %	339478047
123	NC_015735	ATTTAA	2	12	448609	448620	50 %	50 %	0 %	0 %	339478049
124	NC_015735	TGGTAT	2	12	452971	452982	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339478053
125	NC_015735	CCGGAG	2	12	456621	456632	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339478057
126	NC_015735	TCGCCA	2	12	459065	459076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339478059
127	NC_015735	CACCGG	2	12	463458	463469	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339478061
128	NC_015735	GCGGTG	2	12	464463	464474	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339478061
129	NC_015735	CTGCTA	2	12	469880	469891	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339478068
130	NC_015735	TAAAGG	2	12	474313	474324	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339478078
131	NC_015735	TTGGCT	2	12	474901	474912	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339478080
132	NC_015735	ATAAAA	2	12	480314	480325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339478089
133	NC_015735	TCAGGC	2	12	483271	483282	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339478092
134	NC_015735	CACGCG	2	12	504938	504949	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339478104
135	NC_015735	CGCTTG	2	12	505137	505148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339478104
136	NC_015735	CCCAGC	2	12	509469	509480	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339478109
137	NC_015735	CAGCCA	2	12	509806	509817	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	339478110
138	NC_015735	GGCGAA	2	12	516679	516690	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339478114
139	NC_015735	AAAGGG	2	12	523533	523544	50 %	0 %	50 %	0 %	339478117
140	NC_015735	CTACTT	2	12	523966	523977	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339478117
141	NC_015735	TCGATC	2	12	524920	524931	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339478118
142	NC_015735	AAACCT	2	12	526835	526846	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339478119
143	NC_015735	GATGCT	2	12	527217	527228	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339478119
144	NC_015735	GTGATA	2	12	530210	530221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339478121
145	NC_015735	GCTCCT	2	12	530226	530237	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339478121
146	NC_015735	GAGGCA	2	12	533989	534000	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339478127

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.