MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Spirochaeta caldaria DSM 7334 chromosome

Total Repeats: 1008

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015732	TGAACA	2	12	3716	3727	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339498648
2	NC_015732	TGGAAC	2	12	3954	3965	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339498649
3	NC_015732	ATAAGG	2	12	5452	5463	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339498652
4	NC_015732	GTACCT	2	12	6000	6011	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339498652
5	NC_015732	AGATGA	2	12	6730	6741	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339498652
6	NC_015732	GTGAAG	2	12	7591	7602	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339498653
7	NC_015732	ATTGAT	2	12	8418	8429	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339498654
8	NC_015732	CCTAAA	2	12	17155	17166	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339498662
9	NC_015732	TTTTAG	2	12	20004	20015	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339498665
10	NC_015732	TTGTGG	2	12	21234	21245	0 %	50 %	50 %	0 %	339498667
11	NC_015732	CAGTTT	2	12	24334	24345	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339498670
12	NC_015732	TCCTAT	2	12	33744	33755	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339498677
13	NC_015732	GTAATT	2	12	36910	36921	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339498680
14	NC_015732	TTGAAA	2	12	37776	37787	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339498681
15	NC_015732	CCAATG	2	12	45431	45442	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339498689
16	NC_015732	TTCGGT	2	12	47112	47123	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339498690
17	NC_015732	ATGCCC	2	12	48927	48938	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339498691
18	NC_015732	TCCATA	2	12	55178	55189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339498695
19	NC_015732	CCTTTG	2	12	60397	60408	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339498700
20	NC_015732	GGTAAC	2	12	63082	63093	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339498702
21	NC_015732	TATTGG	2	12	67421	67432	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339498706
22	NC_015732	TGGGGA	2	12	68011	68022	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339498707
23	NC_015732	TTTTAA	2	12	68281	68292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339498707
24	NC_015732	TACCTT	2	12	69956	69967	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339498708
25	NC_015732	TGTTCC	2	12	72298	72309	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339498708
26	NC_015732	ATAAAG	2	12	75279	75290	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339498709
27	NC_015732	GGTAAT	2	12	76769	76780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339498710
28	NC_015732	GCTCCA	2	12	78009	78020	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339498711
29	NC_015732	CCTGAC	2	12	82198	82209	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339498714
30	NC_015732	CTGAAA	2	12	82805	82816	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339498714
31	NC_015732	GGATGC	2	12	86533	86544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339498717
32	NC_015732	TGAGCT	2	12	87145	87156	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339498717
33	NC_015732	TCATTG	2	12	92816	92827	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339498722
34	NC_015732	AGCAGA	2	12	93170	93181	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339498722
35	NC_015732	GAAGGG	2	12	93840	93851	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	339498722
36	NC_015732	ATTTTT	2	12	95130	95141	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	339498723
37	NC_015732	TAAAAA	2	12	95593	95604	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339498724
38	NC_015732	TTCCTT	2	12	96990	97001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	339498724
39	NC_015732	ATTAAA	2	12	98464	98475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	339498726
40	NC_015732	GATTTA	2	12	109612	109623	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339498733
41	NC_015732	GCTTTA	2	12	111829	111840	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339498734
42	NC_015732	TGGCGT	2	12	125798	125809	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339498745
43	NC_015732	AAGCAC	2	12	128206	128217	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339498746
44	NC_015732	TTAATT	2	12	129656	129667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	339498748
45	NC_015732	ACCATA	2	12	133690	133701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339498752
46	NC_015732	GAACCT	2	12	134503	134514	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339498753
47	NC_015732	CTGGGC	2	12	135795	135806	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339498754
48	NC_015732	CGAGGC	2	12	138002	138013	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339498755
49	NC_015732	ATGGCC	2	12	140256	140267	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339498758
50	NC_015732	TAGGAA	2	12	146065	146076	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339498764
51	NC_015732	GATACC	2	12	147218	147229	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339498765
52	NC_015732	ATCCAG	2	12	155546	155557	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339498772
53	NC_015732	ACCGGT	2	12	157415	157426	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339498774
54	NC_015732	CGGGTG	2	12	157701	157712	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339498774
55	NC_015732	TATTAC	2	12	157911	157922	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	339498774
56	NC_015732	TGTCGG	2	12	159628	159639	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339498776
57	NC_015732	GGTCCT	2	12	162584	162595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339498778
58	NC_015732	CCAATA	2	12	164768	164779	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339498781
59	NC_015732	AAGGTA	2	12	168462	168473	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339498785
60	NC_015732	TGCCCA	2	12	169751	169762	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339498786
61	NC_015732	GCTATG	2	12	171308	171319	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339498788
62	NC_015732	CCATAG	2	12	171512	171523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339498789
63	NC_015732	TCCCGT	2	12	173909	173920	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339498791
64	NC_015732	CTCATC	2	12	174136	174147	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339498791
65	NC_015732	CACGGA	2	12	176386	176397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339498793
66	NC_015732	GGTTTT	2	12	178150	178161	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	339498795
67	NC_015732	GAACTT	2	12	190492	190503	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339498809
68	NC_015732	TGGTTG	2	12	192685	192696	0 %	50 %	50 %	0 %	339498811
69	NC_015732	GGAGCA	2	12	193493	193504	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339498812
70	NC_015732	TGGAAC	2	12	195289	195300	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339498814
71	NC_015732	GAAGCG	2	12	197560	197571	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339498816
72	NC_015732	ATGGCC	2	12	207570	207581	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339498824
73	NC_015732	TAATAC	2	12	208717	208728	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339498826
74	NC_015732	GAGCCG	2	12	209946	209957	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339498827
75	NC_015732	TGGCTC	2	12	212334	212345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339498829
76	NC_015732	TATTTT	2	12	221497	221508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	339498836
77	NC_015732	TAAAAA	2	12	224014	224025	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339498839
78	NC_015732	CTGGAG	2	12	227572	227583	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339498841
79	NC_015732	GTAGAA	2	12	228073	228084	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339498841
80	NC_015732	GGTAAG	2	12	229060	229071	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339498841
81	NC_015732	GCTCCT	2	12	236775	236786	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339498848
82	NC_015732	TTAAAT	2	12	240103	240114	50 %	50 %	0 %	0 %	339498851
83	NC_015732	ACTGCA	2	12	241498	241509	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339498853
84	NC_015732	CCACAA	2	12	244629	244640	50 %	0 %	0 %	50 %	339498855
85	NC_015732	AGTCAG	2	12	247987	247998	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339498860
86	NC_015732	AAATCC	2	12	248891	248902	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	339498860
87	NC_015732	GATAAG	2	12	249623	249634	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	339498862
88	NC_015732	TGCCGC	2	12	250847	250858	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339498863
89	NC_015732	ATATCA	2	12	251119	251130	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339498863
90	NC_015732	ATTCCA	2	12	258187	258198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339498868
91	NC_015732	TAAGAA	2	12	259444	259455	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339498869
92	NC_015732	GCTTCG	2	12	261265	261276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339498871
93	NC_015732	TCGGTC	2	12	263138	263149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339498874
94	NC_015732	GATCTG	2	12	269821	269832	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339498882
95	NC_015732	TATGCC	2	12	271382	271393	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339498883
96	NC_015732	TTATCT	2	12	279147	279158	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339498887
97	NC_015732	GATGCA	2	12	283969	283980	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339498891
98	NC_015732	GTAGGG	2	12	286825	286836	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	339498893
99	NC_015732	CAGGCC	2	12	289586	289597	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339498896
100	NC_015732	CTGGTT	2	12	296536	296547	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339498905
101	NC_015732	TATTGT	2	12	297995	298006	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339498908
102	NC_015732	AGGCCC	2	12	303691	303702	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339498914
103	NC_015732	TGACCG	2	12	304475	304486	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339498914
104	NC_015732	ATAGGT	2	12	306995	307006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339498916
105	NC_015732	AAGGAA	2	12	311094	311105	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339498922
106	NC_015732	TTTTTA	2	12	312491	312502	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	339498922
107	NC_015732	TAAAAA	2	12	312962	312973	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339498923
108	NC_015732	TGATAT	2	12	322174	322185	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339498929
109	NC_015732	ATATTG	2	12	323392	323403	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	339498930
110	NC_015732	CCTGGG	2	12	324844	324855	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339498930
111	NC_015732	CCTATT	2	12	324958	324969	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339498930
112	NC_015732	AAATAA	2	12	329546	329557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339498933
113	NC_015732	CAGAAA	2	12	332324	332335	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	339498935
114	NC_015732	TATCCT	2	12	336322	336333	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339498937
115	NC_015732	CAGGTT	2	12	338512	338523	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339498938
116	NC_015732	TGTCCG	2	12	340121	340132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339498938
117	NC_015732	CAGATG	2	12	341682	341693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339498940
118	NC_015732	GGGCGG	2	12	341738	341749	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	339498940
119	NC_015732	TCTTAT	2	12	346978	346989	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339498944
120	NC_015732	GGAAAA	2	12	354472	354483	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	339498949
121	NC_015732	CAAAAA	2	12	362029	362040	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	339498956
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125	NC_015732	TCCTGC	2	12	367263	367274	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339498960
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135	NC_015732	GTTGGT	2	12	397264	397275	0 %	50 %	50 %	0 %	339498989
136	NC_015732	CTGCTA	2	12	399559	399570	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339498991
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140	NC_015732	TCTGAA	2	12	403027	403038	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339498993
141	NC_015732	TTCTGC	2	12	404174	404185	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339498994
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147	NC_015732	TGAATA	2	12	428906	428917	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339499016
148	NC_015732	GAAACC	2	12	431241	431252	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339499016
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152	NC_015732	TTTGCT	2	12	453296	453307	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339499050
153	NC_015732	CTGAAG	2	12	453734	453745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339499050
154	NC_015732	AAGATA	2	12	454991	455002	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339499051
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220	NC_015732	TAGCTC	2	12	686058	686069	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339499255
221	NC_015732	TGTTTT	2	12	687046	687057	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	339499256
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226	NC_015732	GCAGCC	2	12	698406	698417	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339499264
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229	NC_015732	AATGCA	2	12	702084	702095	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339499266
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231	NC_015732	GCCACC	2	12	728954	728965	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339499290
232	NC_015732	TGCTCC	2	12	729346	729357	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339499291
233	NC_015732	TACATA	2	12	730450	730461	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	339499291
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331	NC_015732	TTGGAT	2	12	1058706	1058717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339499585
332	NC_015732	ATACTG	2	12	1063173	1063184	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339499589
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337	NC_015732	TCGTAA	2	12	1081496	1081507	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339499606
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339	NC_015732	CGTTCC	2	12	1107738	1107749	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339499629
340	NC_015732	TCTATG	2	12	1131448	1131459	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339499648
341	NC_015732	TCGGTT	2	12	1134040	1134051	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339499651
342	NC_015732	TGAATA	2	12	1137470	1137481	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339499654
343	NC_015732	TTGCCT	2	12	1137527	1137538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339499654
344	NC_015732	GGTTCT	2	12	1139736	1139747	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339499656
345	NC_015732	TATGGA	2	12	1152493	1152504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	339499666
346	NC_015732	TCCTAA	2	12	1160076	1160087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339499673
347	NC_015732	TCCTTA	2	12	1163877	1163888	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339499675
348	NC_015732	ACAGGA	2	12	1176276	1176287	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339499683
349	NC_015732	AGCGGA	2	12	1177156	1177167	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339499684
350	NC_015732	TACCGG	2	12	1183464	1183475	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339499687
351	NC_015732	TTCTAT	2	12	1185504	1185515	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	339499687
352	NC_015732	CACTGG	2	12	1186028	1186039	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339499687
353	NC_015732	AGCGAA	2	12	1186941	1186952	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339499688
354	NC_015732	CGGGCC	2	12	1187400	1187411	0 %	0 %	50 %	50 %	339499688
355	NC_015732	TAAAAA	2	12	1192888	1192899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	339499688
356	NC_015732	GCGAAG	2	12	1194438	1194449	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339499688
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359	NC_015732	TGGACA	2	12	1208705	1208716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339499695
360	NC_015732	CTGTTC	2	12	1210727	1210738	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339499697
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362	NC_015732	CGTTTG	2	12	1222724	1222735	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339499703
363	NC_015732	GATTTG	2	12	1226687	1226698	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	339499705
364	NC_015732	TCACAT	2	12	1226885	1226896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339499705
365	NC_015732	TAGTAA	2	12	1235624	1235635	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339499713
366	NC_015732	CCCGTT	2	12	1240575	1240586	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339499717
367	NC_015732	GTTTTA	2	12	1241643	1241654	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339499718
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369	NC_015732	TACCGG	2	12	1257521	1257532	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339499729
370	NC_015732	AGATAT	2	12	1257785	1257796	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339499729
371	NC_015732	TTGTTT	2	12	1266208	1266219	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	339499738
372	NC_015732	TAGTGG	2	12	1266811	1266822	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	339499739
373	NC_015732	AAAGCC	2	12	1267022	1267033	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339499739
374	NC_015732	GGTCAT	2	12	1268141	1268152	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339499742
375	NC_015732	GTTTCT	2	12	1268737	1268748	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	339499742
376	NC_015732	GGGAAT	2	12	1271095	1271106	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339499744
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379	NC_015732	CATCTG	2	12	1286486	1286497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339499759
380	NC_015732	ATGATA	2	12	1291118	1291129	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339499763
381	NC_015732	GCATCC	2	12	1296405	1296416	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339499766
382	NC_015732	TTAATA	2	12	1303370	1303381	50 %	50 %	0 %	0 %	339499774
383	NC_015732	CCTGTT	2	12	1307602	1307613	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339499779
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401	NC_015732	CTTTGC	2	12	1363564	1363575	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339499832
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440	NC_015732	GGGCAG	2	12	1510436	1510447	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339499953
441	NC_015732	AGCTAG	2	12	1513890	1513901	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339499957
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443	NC_015732	CCATGG	2	12	1515192	1515203	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339499959
444	NC_015732	GAAGCG	2	12	1517672	1517683	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339499962
445	NC_015732	AATGAA	2	12	1523349	1523360	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	339499965
446	NC_015732	TTGGTG	2	12	1525756	1525767	0 %	50 %	50 %	0 %	339499966
447	NC_015732	CCTTTA	2	12	1526053	1526064	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	339499966
448	NC_015732	GTTTAT	2	12	1527273	1527284	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	339499968
449	NC_015732	GATCCG	2	12	1532676	1532687	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339499972
450	NC_015732	GAACAG	2	12	1533409	1533420	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339499973
451	NC_015732	TACCGA	2	12	1537107	1537118	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339499975
452	NC_015732	CAAGGA	2	12	1538421	1538432	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	339499977
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454	NC_015732	ATATGA	2	12	1544827	1544838	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	339499981
455	NC_015732	AACTTC	2	12	1549100	1549111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339499984
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