MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosomonas sp. Is79A3 chromosome

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015731	CGTGTG	2	12	29469	29480	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015731	AAATTA	2	12	63619	63630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015731	CTGATG	2	12	75224	75235	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015731	CCAATG	2	12	97004	97015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015731	TAAGTT	2	12	107744	107755	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015731	GAAAAT	2	12	142688	142699	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015731	TAAAGC	4	24	152741	152764	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015731	CTGTGT	2	12	176546	176557	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015731	GGTAAT	2	12	191009	191020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015731	TGAATC	2	12	223448	223459	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015731	TTTCTT	2	12	259938	259949	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015731	GCCATG	2	12	313673	313684	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015731	GTTTTT	2	12	317651	317662	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015731	ACAAAC	2	12	329472	329483	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015731	GGCAAG	2	12	329519	329530	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015731	ATATGG	2	12	344705	344716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015731	CGCAAC	2	12	367244	367255	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015731	ATTGTT	2	12	371891	371902	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015731	AATCTA	2	12	376424	376435	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015731	AAAAAT	2	12	416530	416541	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015731	TTAAGT	2	12	417472	417483	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015731	CACCGC	2	12	427572	427583	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015731	TAAAAA	2	12	443703	443714	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015731	TGAATA	2	12	464935	464946	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015731	AACAGA	2	12	495781	495792	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015731	TCATTC	2	12	495867	495878	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015731	TCAAGA	2	12	496193	496204	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015731	AAAATG	2	12	518051	518062	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015731	AGAAAC	2	12	523405	523416	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015731	TACAAA	2	12	527004	527015	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015731	ATCTGT	2	12	544055	544066	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015731	TTTTTG	2	12	613445	613456	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015731	TTGTAT	2	12	637863	637874	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015731	TGAATT	2	12	659410	659421	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015731	TACAGA	2	12	661020	661031	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015731	TTTCAT	2	12	668241	668252	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015731	GTAATC	2	12	750328	750339	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015731	TTCCAT	2	12	819220	819231	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015731	TTAACA	2	12	826365	826376	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015731	TGAGTA	2	12	860470	860481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015731	GGTTGT	2	12	891011	891022	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015731	TTTGCA	2	12	916948	916959	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015731	GTTTGA	2	12	965088	965099	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015731	CAAGCA	2	12	1026101	1026112	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015731	CCGTCC	2	12	1043028	1043039	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_015731	AATAAA	2	12	1049855	1049866	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015731	ATAAGA	3	18	1060800	1060817	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015731	TTAATA	2	12	1061212	1061223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015731	GATTTT	2	12	1070258	1070269	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015731	AAATAA	2	12	1072061	1072072	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015731	GTTTCT	2	12	1073185	1073196	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015731	GTCTTT	2	12	1091783	1091794	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015731	TGCAAG	2	12	1135113	1135124	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015731	CAATCA	2	12	1152855	1152866	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015731	AAAATA	2	12	1155145	1155156	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015731	CCAGAA	2	12	1155788	1155799	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015731	GGATTG	2	12	1155827	1155838	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015731	TAAAAG	2	12	1208632	1208643	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015731	ATGTCG	2	12	1238242	1238253	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015731	TTATTT	2	12	1267401	1267412	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015731	TGGGTT	2	12	1273985	1273996	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015731	CTTTAT	2	12	1303780	1303791	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015731	TTGATA	2	12	1315325	1315336	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015731	TTTCCC	2	12	1380085	1380096	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_015731	CAAGCA	2	12	1401556	1401567	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015731	ATATTT	2	12	1403398	1403409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015731	TAAAGG	2	12	1403505	1403516	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015731	AGTTGA	2	12	1459680	1459691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015731	TTGCAT	2	12	1518697	1518708	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015731	GAAAAA	2	12	1521957	1521968	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015731	ATGTAT	2	12	1591907	1591918	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015731	ATATAA	2	12	1599520	1599531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015731	ATTCAT	2	12	1599541	1599552	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015731	AATAAG	2	12	1621186	1621197	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015731	GATTTT	2	12	1621351	1621362	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015731	GAGCCG	2	12	1633540	1633551	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015731	ATTTTG	2	12	1635068	1635079	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015731	GTATCC	2	12	1677352	1677363	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015731	ATCTTT	2	12	1698708	1698719	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015731	TATTTA	2	12	1710949	1710960	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015731	CATGTT	2	12	1738819	1738830	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015731	CCGGAA	2	12	1763197	1763208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015731	TGTCAG	2	12	1805432	1805443	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015731	TCATTT	2	12	1809326	1809337	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015731	ATAGTT	2	12	1825837	1825848	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015731	ATAGAA	2	12	1852293	1852304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015731	AAATCC	2	12	1863372	1863383	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015731	CAAATA	2	12	1891928	1891939	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_015731	TTTTAA	2	12	1896456	1896467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015731	ATTGCG	2	12	1900556	1900567	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015731	TCATGA	2	12	1935162	1935173	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015731	TTTTTA	2	12	1953750	1953761	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015731	ACTATG	2	12	1977724	1977735	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015731	ATTTTA	2	12	1978412	1978423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015731	AGAAAA	2	12	1996945	1996956	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015731	TAGTGA	2	12	2010242	2010253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015731	TTTTAT	2	12	2063182	2063193	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015731	AATTGA	2	12	2078513	2078524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015731	AATAGC	2	12	2080402	2080413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_015731	ACAAAA	2	12	2094095	2094106	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015731	TTTCAT	2	12	2098097	2098108	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015731	AATTCA	2	12	2132293	2132304	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_015731	GCCAAC	2	12	2135496	2135507	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015731	AAATGC	2	12	2148353	2148364	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_015731	GCGTAT	2	12	2210287	2210298	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015731	CAAAAG	2	12	2213117	2213128	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015731	TCTAAT	2	12	2218428	2218439	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015731	ATTTCA	2	12	2231807	2231818	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_015731	TGTTTT	2	12	2317243	2317254	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015731	AATAAC	2	12	2427606	2427617	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015731	GAGATT	2	12	2427715	2427726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015731	AATTTT	2	12	2440372	2440383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015731	ATATAA	2	12	2483781	2483792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015731	AAATCA	2	12	2517662	2517673	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015731	ATCAAA	2	12	2533823	2533834	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015731	TTAAAA	2	12	2598655	2598666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015731	GATTCT	2	12	2634456	2634467	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015731	GGGTTA	2	12	2646827	2646838	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015731	TTGGAT	2	12	2650126	2650137	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015731	CATGAA	2	12	2650504	2650515	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_015731	ACTAGG	2	12	2686067	2686078	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_015731	GAGTTG	2	12	2713866	2713877	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015731	CAAATT	2	12	2716892	2716903	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_015731	CTAATT	2	12	2724531	2724542	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015731	GACCAG	2	12	2726207	2726218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015731	TCTAAC	3	18	2726290	2726307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015731	CCGTCC	2	12	2729036	2729047	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_015731	CACGCG	2	12	2776151	2776162	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
129	NC_015731	AGTATT	2	12	2798442	2798453	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015731	ACTTAC	2	12	2863845	2863856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015731	ATATTT	2	12	2881472	2881483	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015731	TCATAA	2	12	2907575	2907586	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_015731	TTAATT	2	12	2982677	2982688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015731	TCAGTT	2	12	3000190	3000201	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_015731	CTATCA	2	12	3025705	3025716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015731	GAAGCC	2	12	3065135	3065146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_015731	ACTATT	2	12	3086718	3086729	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_015731	GATTAG	2	12	3104416	3104427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015731	TTTGAT	2	12	3110127	3110138	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015731	TTTCAT	2	12	3120624	3120635	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_015731	ATAAGA	2	12	3127962	3127973	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015731	GTGCCG	2	12	3158301	3158312	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_015731	CTATTG	5	30	3177386	3177415	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_015731	TAAAAA	2	12	3240659	3240670	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015731	CCGTCC	2	12	3243220	3243231	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_015731	CATCCA	2	12	3265196	3265207	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_015731	AGAGGA	2	12	3289126	3289137	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015731	ACCATA	2	12	3298586	3298597	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_015731	TGGTAT	2	12	3307325	3307336	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_015731	ATTTCT	2	12	3355577	3355588	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_015731	GAAATC	2	12	3442119	3442130	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_015731	GGCACA	2	12	3512052	3512063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_015731	TCGATG	2	12	3515070	3515081	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_015731	ATAAAG	2	12	3548600	3548611	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015731	TTTCCT	2	12	3564897	3564908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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163	NC_015731	AAATTT	2	12	3691347	3691358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_015731	TTTAAC	2	12	3698277	3698288	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_015731	GCAACG	2	12	3705020	3705031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.