MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Roseobacter litoralis Och 149 plasmid pRLO149_83

Total Repeats: 83

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015728	AGGCG	2	10	86	95	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015728	CACCG	2	10	437	446	20 %	0 %	20 %	60 %	339501484
3	NC_015728	ATGCG	2	10	1468	1477	20 %	20 %	40 %	20 %	339501485
4	NC_015728	GGCCA	2	10	1893	1902	20 %	0 %	40 %	40 %	339501485
5	NC_015728	GGGCA	2	10	2165	2174	20 %	0 %	60 %	20 %	339501485
6	NC_015728	AAAAG	2	10	2396	2405	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015728	ACGCC	2	10	2830	2839	20 %	0 %	20 %	60 %	339501486
8	NC_015728	TCGCT	2	10	3202	3211	0 %	40 %	20 %	40 %	339501486
9	NC_015728	GCCGG	2	10	4162	4171	0 %	0 %	60 %	40 %	339501487
10	NC_015728	GCACC	2	10	4172	4181	20 %	0 %	20 %	60 %	339501487
11	NC_015728	GCGGA	2	10	4938	4947	20 %	0 %	60 %	20 %	339501487
12	NC_015728	GCGGG	2	10	5420	5429	0 %	0 %	80 %	20 %	339501488
13	NC_015728	GACAG	2	10	6915	6924	40 %	0 %	40 %	20 %	339501489
14	NC_015728	CTTTG	2	10	8259	8268	0 %	60 %	20 %	20 %	339501491
15	NC_015728	AATGC	2	10	9957	9966	40 %	20 %	20 %	20 %	339501495
16	NC_015728	CCCGA	2	10	12364	12373	20 %	0 %	20 %	60 %	339501499
17	NC_015728	CCGAG	2	10	13330	13339	20 %	0 %	40 %	40 %	339501501
18	NC_015728	CGGAA	2	10	13668	13677	40 %	0 %	40 %	20 %	339501501
19	NC_015728	TCGCA	2	10	14383	14392	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015728	GAAGG	2	10	15827	15836	40 %	0 %	60 %	0 %	339501505
21	NC_015728	TGCCT	2	10	15904	15913	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015728	GAAGA	2	10	16139	16148	60 %	0 %	40 %	0 %	339501506
23	NC_015728	TCCAA	2	10	16354	16363	40 %	20 %	0 %	40 %	339501506
24	NC_015728	CGACC	2	10	17217	17226	20 %	0 %	20 %	60 %	339501507
25	NC_015728	TATGA	2	10	17561	17570	40 %	40 %	20 %	0 %	339501508
26	NC_015728	TCCGA	2	10	18101	18110	20 %	20 %	20 %	40 %	339501508
27	NC_015728	TGCTG	2	10	19640	19649	0 %	40 %	40 %	20 %	339501511
28	NC_015728	CCCGG	2	10	20031	20040	0 %	0 %	40 %	60 %	339501512
29	NC_015728	GCCTG	2	10	20375	20384	0 %	20 %	40 %	40 %	339501512
30	NC_015728	GGCGG	2	10	22747	22756	0 %	0 %	80 %	20 %	339501515
31	NC_015728	TCCCG	2	10	23665	23674	0 %	20 %	20 %	60 %	339501517
32	NC_015728	GATCA	2	10	24418	24427	40 %	20 %	20 %	20 %	339501518
33	NC_015728	CGGCG	2	10	25632	25641	0 %	0 %	60 %	40 %	339501519
34	NC_015728	ACGGC	2	10	26872	26881	20 %	0 %	40 %	40 %	339501520
35	NC_015728	TCCAG	2	10	27859	27868	20 %	20 %	20 %	40 %	339501521
36	NC_015728	TGAAA	2	10	30418	30427	60 %	20 %	20 %	0 %	339501523
37	NC_015728	CTTTC	2	10	31171	31180	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015728	TCCCC	2	10	36202	36211	0 %	20 %	0 %	80 %	339501527
39	NC_015728	ATCAG	2	10	37834	37843	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015728	AGGTC	2	10	38549	38558	20 %	20 %	40 %	20 %	339501529
41	NC_015728	CTGGG	2	10	39188	39197	0 %	20 %	60 %	20 %	339501531
42	NC_015728	TTGGC	2	10	39406	39415	0 %	40 %	40 %	20 %	339501531
43	NC_015728	TCAGG	2	10	39519	39528	20 %	20 %	40 %	20 %	339501531
44	NC_015728	TGCCA	2	10	43218	43227	20 %	20 %	20 %	40 %	339501533
45	NC_015728	CGCGC	2	10	43868	43877	0 %	0 %	40 %	60 %	339501535
46	NC_015728	CCGCA	2	10	46335	46344	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_015728	GCCCA	2	10	46765	46774	20 %	0 %	20 %	60 %	339501536
48	NC_015728	TCCAT	2	10	49122	49131	20 %	40 %	0 %	40 %	339501540
49	NC_015728	CATCG	2	10	49415	49424	20 %	20 %	20 %	40 %	339501541
50	NC_015728	TGCTG	2	10	51238	51247	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015728	ATTGA	2	10	52148	52157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015728	CAGCA	2	10	53541	53550	40 %	0 %	20 %	40 %	339501545
53	NC_015728	CAGCG	2	10	53871	53880	20 %	0 %	40 %	40 %	339501545
54	NC_015728	CGAGG	2	10	55220	55229	20 %	0 %	60 %	20 %	339501546
55	NC_015728	TGAGT	2	10	55272	55281	20 %	40 %	40 %	0 %	339501547
56	NC_015728	TGGTG	2	10	56408	56417	0 %	40 %	60 %	0 %	339501548
57	NC_015728	TCATC	2	10	56849	56858	20 %	40 %	0 %	40 %	339501548
58	NC_015728	CGGAC	2	10	57711	57720	20 %	0 %	40 %	40 %	339501549
59	NC_015728	CCGTA	2	10	59933	59942	20 %	20 %	20 %	40 %	339501551
60	NC_015728	GAGCG	2	10	60758	60767	20 %	0 %	60 %	20 %	339501552
61	NC_015728	GCGTC	2	10	62506	62515	0 %	20 %	40 %	40 %	339501555
62	NC_015728	CGCTG	2	10	63727	63736	0 %	20 %	40 %	40 %	339501556
63	NC_015728	GTCCG	2	10	65018	65027	0 %	20 %	40 %	40 %	339501557
64	NC_015728	CCGAC	2	10	65176	65185	20 %	0 %	20 %	60 %	339501557
65	NC_015728	TTTTC	2	10	66647	66656	0 %	80 %	0 %	20 %	339501558
66	NC_015728	GCAAC	2	10	66791	66800	40 %	0 %	20 %	40 %	339501558
67	NC_015728	CAATC	2	10	67358	67367	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015728	CGGCC	2	10	68379	68388	0 %	0 %	40 %	60 %	339501560
69	NC_015728	GCATG	2	10	69549	69558	20 %	20 %	40 %	20 %	339501562
70	NC_015728	GCATG	2	10	69789	69798	20 %	20 %	40 %	20 %	339501562
71	NC_015728	CGCGC	2	10	69828	69837	0 %	0 %	40 %	60 %	339501562
72	NC_015728	TGCAT	2	10	71486	71495	20 %	40 %	20 %	20 %	339501563
73	NC_015728	ATCAA	2	10	72417	72426	60 %	20 %	0 %	20 %	339501566
74	NC_015728	GAGAA	2	10	72917	72926	60 %	0 %	40 %	0 %	339501566
75	NC_015728	GCCCA	2	10	73301	73310	20 %	0 %	20 %	60 %	339501567
76	NC_015728	CGTCC	2	10	73627	73636	0 %	20 %	20 %	60 %	339501567
77	NC_015728	TCCGA	2	10	73801	73810	20 %	20 %	20 %	40 %	339501567
78	NC_015728	GCATC	2	10	75962	75971	20 %	20 %	20 %	40 %	339501569
79	NC_015728	TCGGT	2	10	76286	76295	0 %	40 %	40 %	20 %	339501569
80	NC_015728	AAGGA	2	10	79177	79186	60 %	0 %	40 %	0 %	339501574
81	NC_015728	CCAAG	2	10	80569	80578	40 %	0 %	20 %	40 %	339501575
82	NC_015728	CGACC	2	10	81112	81121	20 %	0 %	20 %	60 %	339501575
83	NC_015728	CGCTG	2	10	82294	82303	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.