MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 plasmid BB1p

Total Repeats: 70

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015727	GCGGCT	2	12	6077	6088	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015727	TCATGA	2	12	16592	16603	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015727	GCTGGC	2	12	74228	74239	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015727	ACATGG	2	12	75653	75664	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_015727	ACTGAG	2	12	79847	79858	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015727	TAGAAA	2	12	92611	92622	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015727	TTCCGC	2	12	92659	92670	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015727	TTCGGT	2	12	102402	102413	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015727	CAACGA	2	12	110462	110473	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015727	CGGGCC	2	12	155427	155438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015727	GACATG	2	12	157664	157675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015727	TGCGCT	2	12	159148	159159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015727	ATGCGC	2	12	189497	189508	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015727	AGCCGG	2	12	204070	204081	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015727	TGCATG	2	12	207373	207384	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015727	AAGGAC	2	12	217829	217840	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015727	TGACAG	2	12	220909	220920	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015727	CATCCA	2	12	244585	244596	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015727	GAAAAA	2	12	246529	246540	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015727	CGATGG	2	12	279821	279832	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015727	AGCTTG	2	12	284104	284115	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015727	CCTGTC	2	12	286956	286967	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015727	TCATCG	2	12	326475	326486	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015727	GATGGG	2	12	364856	364867	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015727	ATTTTC	2	12	365474	365485	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015727	ATCGTC	2	12	403395	403406	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015727	TGGAAT	2	12	419271	419282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015727	TGCGCC	2	12	441729	441740	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015727	GCTTTG	2	12	448297	448308	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015727	TGCCGC	2	12	451606	451617	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015727	GTTAGC	2	12	454206	454217	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_015727	ATGGAC	2	12	465612	465623	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015727	TCCGAC	2	12	473338	473349	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_015727	AGCGGC	2	12	507399	507410	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015727	GGCGAC	2	12	509052	509063	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015727	TCGCGG	2	12	549011	549022	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015727	AAGGTT	2	12	656337	656348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015727	CGGCCC	2	12	664611	664622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_015727	TTTGAT	2	12	665493	665504	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015727	TCGCGG	2	12	695870	695881	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015727	CTTGAC	2	12	698298	698309	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015727	GAGCTC	2	12	710655	710666	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015727	GGCAAT	2	12	711436	711447	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015727	TTGTCT	2	12	752900	752911	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015727	CCTTCA	2	12	752918	752929	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015727	TGCACC	2	12	772245	772256	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015727	TGCGCC	2	12	773745	773756	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015727	ACCAGC	2	12	808746	808757	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_015727	CCGTGG	2	12	814293	814304	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015727	AGCCAC	2	12	831669	831680	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015727	CGCGGC	2	12	863021	863032	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015727	TGTCAA	2	12	1030442	1030453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015727	AATCGG	2	12	1035258	1035269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015727	AACGTG	2	12	1039975	1039986	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015727	CATTAT	2	12	1117917	1117928	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015727	CGAGGT	2	12	1133080	1133091	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015727	TGCATG	2	12	1207801	1207812	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015727	CGGCAT	2	12	1207970	1207981	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015727	TCGATT	2	12	1211056	1211067	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015727	TGATGC	2	12	1261781	1261792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015727	CGACAG	2	12	1293371	1293382	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015727	CCCGCA	2	12	1300888	1300899	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_015727	CCTTCG	2	12	1338742	1338753	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_015727	TGAAGA	2	12	1354655	1354666	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015727	CATGCG	2	12	1430346	1430357	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015727	CTCGGC	2	12	1433718	1433729	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_015727	ATATGC	2	12	1434070	1434081	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015727	GCGCCA	2	12	1441890	1441901	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_015727	GACGCG	2	12	1445885	1445896	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015727	ACGGCC	2	12	1495912	1495923	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.