MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 plasmid BB1p

Total Repeats: 240

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015727	GCGCG	2	10	7079	7088	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015727	CGCTC	2	10	7600	7609	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_015727	ATGGA	2	10	16796	16805	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015727	AGTGC	2	10	17254	17263	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015727	GGGCG	2	10	41750	41759	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015727	TCAAC	2	10	42987	42996	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_015727	GTGCA	2	10	52102	52111	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015727	CTGAA	2	10	57407	57416	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015727	CAATT	2	10	58097	58106	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015727	AGTGC	2	10	70476	70485	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015727	GCACT	2	10	71875	71884	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015727	ACCTG	2	10	75767	75776	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015727	GCTTG	2	10	78105	78114	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015727	GAGGG	2	10	81672	81681	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015727	GAACG	2	10	88669	88678	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015727	CCGGG	2	10	97903	97912	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015727	GAGGG	2	10	102653	102662	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015727	GCATT	2	10	112245	112254	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015727	TCGCT	2	10	156048	156057	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015727	CTGGG	2	10	157873	157882	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015727	TCACT	2	10	164009	164018	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015727	ATGCG	2	10	167564	167573	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015727	ACGCG	2	10	174997	175006	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015727	GGCAA	2	10	175077	175086	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015727	ACGCA	2	10	178029	178038	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015727	CTGCG	2	10	194791	194800	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015727	CCGCG	2	10	199477	199486	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_015727	TGCGC	2	10	204154	204163	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015727	TCAGG	2	10	207938	207947	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015727	CTTGC	2	10	208179	208188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015727	TTTCA	2	10	209093	209102	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015727	CGTGG	2	10	214004	214013	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015727	GGCCG	2	10	258592	258601	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015727	ACCGA	2	10	258705	258714	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015727	GCAGT	2	10	260761	260770	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015727	GTGAG	2	10	263241	263250	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015727	ATTGC	2	10	280289	280298	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_015727	CTTGG	2	10	288963	288972	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015727	GCGTG	2	10	291280	291289	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015727	ATTTT	2	10	292262	292271	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015727	CGATA	2	10	308402	308411	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015727	AGCGA	2	10	311889	311898	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015727	GCGCG	2	10	312115	312124	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015727	AATCG	2	10	326739	326748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015727	CGGCT	2	10	344810	344819	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015727	CAGGG	2	10	345577	345586	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015727	CGCGC	2	10	357071	357080	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_015727	TGCTG	2	10	359882	359891	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015727	GAGGG	2	10	359908	359917	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015727	GGCAG	2	10	361953	361962	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015727	GCCCG	2	10	368030	368039	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_015727	ACTTG	2	10	368744	368753	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015727	CGGTC	2	10	386294	386303	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015727	AGACG	2	10	389732	389741	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015727	AGGAG	2	10	392122	392131	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015727	CGCAC	2	10	393212	393221	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015727	CGGAC	2	10	401629	401638	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_015727	GAGCA	2	10	419058	419067	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015727	ATGCC	2	10	426398	426407	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015727	GCACA	2	10	433388	433397	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_015727	TGTCG	2	10	438880	438889	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015727	TGAAC	2	10	440267	440276	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015727	CCTCT	2	10	441684	441693	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_015727	AACTA	2	10	441704	441713	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015727	CGTTC	2	10	452499	452508	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015727	CCTTC	2	10	454020	454029	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_015727	CGGGA	2	10	454265	454274	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015727	GGCGA	2	10	465510	465519	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015727	TGCGT	2	10	465745	465754	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015727	CGATG	2	10	469508	469517	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015727	GGCGG	2	10	473162	473171	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015727	GCGAT	2	10	475732	475741	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015727	TGACG	2	10	481773	481782	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015727	CAGGC	2	10	495603	495612	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015727	GGTTG	2	10	496204	496213	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015727	CGACA	2	10	506213	506222	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_015727	TGCGC	2	10	507853	507862	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_015727	GTCAC	2	10	510044	510053	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015727	TGCGC	2	10	511685	511694	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_015727	GCCGG	2	10	511905	511914	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015727	TGATT	2	10	514797	514806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015727	CAGAA	2	10	516105	516114	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015727	GGCCG	2	10	531146	531155	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
84	NC_015727	AGCAC	2	10	532015	532024	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015727	TCGGC	2	10	537398	537407	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_015727	CTCGC	2	10	547466	547475	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_015727	GTGAC	2	10	550826	550835	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015727	CCGGG	2	10	555947	555956	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015727	CTCCA	2	10	570119	570128	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_015727	GGCCG	2	10	571589	571598	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_015727	CATTG	2	10	571925	571934	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015727	TCGAT	2	10	593065	593074	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015727	CTGGC	2	10	628760	628769	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_015727	CTCCG	2	10	639850	639859	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_015727	TCATC	2	10	644510	644519	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_015727	CAGTG	2	10	644547	644556	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015727	GATTG	2	10	649018	649027	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015727	CCAAC	2	10	662694	662703	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_015727	AATGC	2	10	680806	680815	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_015727	GTCCG	2	10	683866	683875	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015727	GGGAC	2	10	687930	687939	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015727	GTGAC	2	10	689919	689928	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015727	CCTCC	2	10	694990	694999	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
104	NC_015727	TGGCA	2	10	695218	695227	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015727	GAACC	2	10	696019	696028	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015727	GTCCC	2	10	698078	698087	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_015727	CGGAC	2	10	703170	703179	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015727	GCGCG	2	10	703839	703848	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015727	GGCGC	2	10	710631	710640	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015727	CGGCC	2	10	711837	711846	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
111	NC_015727	GCCGA	2	10	719289	719298	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_015727	TTTCG	2	10	724811	724820	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015727	CTGGC	2	10	724847	724856	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015727	TGCTG	2	10	724911	724920	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015727	TGGCG	2	10	728242	728251	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015727	GGCGC	2	10	729303	729312	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015727	TCTCC	2	10	731072	731081	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_015727	GCCGA	2	10	737972	737981	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015727	CGAAA	2	10	743109	743118	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015727	CCGGC	2	10	744381	744390	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_015727	TGGGG	2	10	745689	745698	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015727	TCGAG	2	10	746354	746363	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015727	TGGAC	2	10	749003	749012	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015727	CGATC	2	10	752807	752816	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_015727	GGGCG	2	10	761616	761625	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015727	GATCG	2	10	765246	765255	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_015727	CGACG	2	10	765371	765380	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_015727	CGCAC	2	10	765420	765429	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_015727	TCCCA	2	10	768908	768917	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_015727	TCCAG	2	10	773303	773312	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_015727	GAGCG	2	10	773562	773571	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015727	GCCAA	2	10	789327	789336	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_015727	GGTGT	2	10	789673	789682	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015727	AGCGA	2	10	800681	800690	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015727	GCAAT	2	10	800968	800977	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015727	TCAGC	2	10	802125	802134	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_015727	GCCTC	2	10	802654	802663	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_015727	GCGAT	2	10	806120	806129	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015727	TCCGC	2	10	808690	808699	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_015727	AGCAA	2	10	810331	810340	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015727	AAAAG	2	10	820309	820318	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015727	AAGCA	2	10	820325	820334	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015727	GAATC	2	10	822127	822136	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_015727	GAGCA	2	10	826891	826900	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_015727	ACGAA	2	10	828241	828250	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_015727	CTTCC	2	10	838201	838210	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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182	NC_015727	AGCGT	2	10	1127432	1127441	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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187	NC_015727	TGGCC	2	10	1163733	1163742	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
188	NC_015727	GCCCC	2	10	1167710	1167719	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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192	NC_015727	GTGAT	2	10	1197087	1197096	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
193	NC_015727	TCGCC	2	10	1198988	1198997	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
194	NC_015727	CAGCC	2	10	1200310	1200319	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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198	NC_015727	CTTGC	2	10	1208673	1208682	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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234	NC_015727	AAGCG	2	10	1450852	1450861	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
235	NC_015727	GCCGG	2	10	1450881	1450890	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
236	NC_015727	GTTGC	2	10	1454121	1454130	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
237	NC_015727	ACCCC	2	10	1456205	1456214	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
238	NC_015727	AGCGC	2	10	1496028	1496037	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
239	NC_015727	CGCGC	2	10	1496453	1496462	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
240	NC_015727	CAACA	2	10	1497974	1497983	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.