MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 chromosome 1

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015726	CGCCTG	2	12	103915	103926	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015726	AACAAG	2	12	113341	113352	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015726	TGCCGG	2	12	144704	144715	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015726	CTGACA	2	12	144846	144857	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015726	GCCCGC	2	12	144858	144869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_015726	GGCAAT	2	12	182925	182936	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015726	GGCGCC	2	12	237095	237106	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015726	GGGAGA	2	12	255945	255956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015726	ATTTCC	2	12	272525	272536	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015726	AGAGGG	2	12	301380	301391	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015726	CAACAC	2	12	301419	301430	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015726	CACCCC	2	12	316804	316815	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
13	NC_015726	GCCAGC	2	12	324228	324239	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015726	TGCACT	2	12	353484	353495	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015726	CGGGCG	2	12	378833	378844	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015726	GCCCGC	2	12	400584	400595	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_015726	GCGTTC	2	12	558206	558217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015726	GCCGGC	2	12	571369	571380	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015726	CAACCC	2	12	649409	649420	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_015726	CCCGCG	2	12	655550	655561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_015726	CAGCGC	2	12	702820	702831	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015726	GCGCCG	2	12	714956	714967	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015726	TGTCGT	2	12	721146	721157	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015726	GTACCG	2	12	725582	725593	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015726	CGGGCA	2	12	738592	738603	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015726	ACGGGC	2	12	738609	738620	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015726	TGCCCG	2	12	783093	783104	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_015726	GCCGAA	2	12	813411	813422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015726	ACCGAT	2	12	813481	813492	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015726	AATGAT	2	12	833414	833425	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015726	GGATTG	2	12	864555	864566	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015726	GCGCCG	2	12	867616	867627	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_015726	GGGAGA	2	12	908893	908904	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015726	TTCTTG	2	12	932451	932462	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015726	CTTTTT	2	12	942339	942350	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015726	TACAGA	2	12	943948	943959	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015726	CGGCAT	2	12	965092	965103	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015726	CTGCGA	2	12	1012459	1012470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015726	GCGCCC	2	12	1052536	1052547	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_015726	GCGCCC	2	12	1058741	1058752	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_015726	AGGGGA	2	12	1078005	1078016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015726	GTAAAA	2	12	1089593	1089604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015726	CCGGCT	2	12	1126186	1126197	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015726	GTGCGC	2	12	1150825	1150836	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015726	CGGCGC	2	12	1159280	1159291	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015726	GCGCCG	2	12	1178036	1178047	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015726	GCGGTG	2	12	1205737	1205748	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_015726	GCAGGC	2	12	1254246	1254257	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015726	CAGGGT	2	12	1291005	1291016	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015726	CCAGCC	2	12	1295983	1295994	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_015726	GCGCCG	2	12	1307554	1307565	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015726	CGGCTA	2	12	1319027	1319038	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015726	ACGAAA	2	12	1357727	1357738	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015726	TGTGCC	2	12	1397608	1397619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015726	GAGGTG	2	12	1404792	1404803	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015726	GCGCGG	2	12	1409480	1409491	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015726	TATTCC	2	12	1421843	1421854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015726	GAAAAA	2	12	1427750	1427761	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015726	CCGCAT	2	12	1460336	1460347	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015726	CAGGCA	2	12	1463284	1463295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015726	GAAAAA	2	12	1474458	1474469	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015726	TAATGA	2	12	1491660	1491671	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015726	GGCACT	2	12	1535077	1535088	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015726	GCGGGG	2	12	1570378	1570389	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015726	GTGTTT	2	12	1580861	1580872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015726	ATTGAA	2	12	1585207	1585218	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015726	GGCCTC	2	12	1592486	1592497	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015726	GGGGGA	2	12	1626527	1626538	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015726	GGCGGG	2	12	1644282	1644293	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015726	TGGCGC	2	12	1707437	1707448	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015726	ACCTCA	2	12	1745823	1745834	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_015726	GACGTC	2	12	1820624	1820635	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015726	CAGCAC	2	12	1850472	1850483	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015726	CCTCGC	2	12	1877833	1877844	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_015726	GCCACA	2	12	1877873	1877884	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_015726	CGGTCA	2	12	1882646	1882657	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015726	AACAAG	2	12	1908626	1908637	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015726	AACGAC	2	12	1936439	1936450	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015726	GGCCAG	2	12	1969519	1969530	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015726	AAGCCG	2	12	1993113	1993124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015726	CACTCC	2	12	2013738	2013749	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_015726	CACTCC	2	12	2023042	2023053	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_015726	ACTGAT	2	12	2027267	2027278	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015726	ATTCAA	2	12	2057402	2057413	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015726	CGAGGG	2	12	2161607	2161618	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015726	GGCCGC	2	12	2171359	2171370	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015726	TGCCAG	2	12	2191880	2191891	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015726	CTTTTA	2	12	2200521	2200532	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_015726	CGGCGC	2	12	2237382	2237393	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015726	GTTTGT	2	12	2238634	2238645	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015726	GCAAAG	2	12	2273614	2273625	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015726	CCCGCC	2	12	2293169	2293180	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
93	NC_015726	AGCGCC	2	12	2332894	2332905	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015726	GAAAAA	2	12	2399328	2399339	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015726	TCGCCC	2	12	2467079	2467090	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_015726	CGCGGG	2	12	2479314	2479325	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015726	TTGTCA	2	12	2481228	2481239	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015726	CGGCGC	2	12	2491842	2491853	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015726	ACGGTA	2	12	2498290	2498301	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_015726	GCCGGC	2	12	2572790	2572801	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015726	GAAAAG	2	12	2591427	2591438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015726	ACGGCA	2	12	2603476	2603487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015726	TGCAGT	2	12	2607761	2607772	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015726	CCCGGC	2	12	2646900	2646911	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_015726	CCGCGT	2	12	2648231	2648242	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_015726	GGCCGG	2	12	2680512	2680523	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015726	GGCTGG	2	12	2747792	2747803	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015726	GCAAAG	2	12	2755477	2755488	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_015726	CGGCAG	2	12	2764463	2764474	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_015726	GAGACC	2	12	2774806	2774817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015726	CGGCCC	2	12	2783941	2783952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_015726	GCCCCC	2	12	2787936	2787947	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
113	NC_015726	GAAATG	2	12	2826455	2826466	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015726	ATCAGC	2	12	2827061	2827072	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015726	GGCGCC	2	12	2852438	2852449	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015726	GGCGCC	2	12	2852558	2852569	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015726	GAGACC	2	12	2867900	2867911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015726	CAGAAC	2	12	2869219	2869230	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_015726	ACGGAA	2	12	2893023	2893034	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015726	CCGCGC	2	12	2909917	2909928	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_015726	GGGGTG	2	12	3101424	3101435	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015726	GGGAGA	2	12	3102797	3102808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015726	GCAGCG	2	12	3209700	3209711	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_015726	ATTGTT	2	12	3218808	3218819	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015726	GCGCGG	2	12	3239388	3239399	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015726	CCATAA	2	12	3239430	3239441	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015726	CCAGCG	2	12	3330655	3330666	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_015726	GATGCC	2	12	3330893	3330904	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_015726	CCAGCG	2	12	3331942	3331953	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
130	NC_015726	TGAGGT	2	12	3380629	3380640	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015726	ACCGTT	2	12	3455516	3455527	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015726	CCCAGG	2	12	3476377	3476388	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_015726	CCCCGG	2	12	3545635	3545646	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_015726	TCGGTA	2	12	3589910	3589921	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_015726	TGAGGT	2	12	3595357	3595368	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015726	TGCCCA	2	12	3671815	3671826	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015726	TTTCCC	2	12	3677602	3677613	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_015726	GTCATG	2	12	3695790	3695801	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_015726	GCTGAC	2	12	3766963	3766974	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015726	GCGCGG	2	12	3789760	3789771	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_015726	GCGCCT	2	12	3789816	3789827	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
142	NC_015726	CCGGTT	2	12	3819443	3819454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_015726	GCTGGC	2	12	3842453	3842464	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_015726	GGCGCA	2	12	3872805	3872816	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.