MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 plasmid BB2p

Total Repeats: 128

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015724	GTCCCG	2	12	6176	6187	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323778
2	NC_015724	GGCACA	2	12	6456	6467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323778
3	NC_015724	GCGCAA	2	12	12236	12247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323782
4	NC_015724	GCCGAC	2	12	16978	16989	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323785
5	NC_015724	GCGCCT	2	12	19668	19679	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323787
6	NC_015724	GCTACA	2	12	24633	24644	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339323793
7	NC_015724	TCCCAG	2	12	25294	25305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323794
8	NC_015724	GGCATG	2	12	26998	27009	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323795
9	NC_015724	GCCGGC	2	12	27759	27770	0 %	0 %	50 %	50 %	339323796
10	NC_015724	GGCGTG	2	12	28902	28913	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339323797
11	NC_015724	TTCACG	2	12	32720	32731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339323800
12	NC_015724	AGGTCG	2	12	35645	35656	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323804
13	NC_015724	GCGATG	2	12	36960	36971	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323805
14	NC_015724	AACAGC	2	12	37980	37991	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339323805
15	NC_015724	GCTGGC	2	12	41908	41919	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323809
16	NC_015724	GCAGGA	2	12	47471	47482	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339323812
17	NC_015724	ACCCGG	2	12	52829	52840	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323818
18	NC_015724	GCCGCG	2	12	55306	55317	0 %	0 %	50 %	50 %	339323821
19	NC_015724	CATGCG	2	12	57813	57824	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323823
20	NC_015724	ACCTGG	2	12	57974	57985	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323823
21	NC_015724	TCGGCA	2	12	58883	58894	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323824
22	NC_015724	AGGCCG	2	12	59615	59626	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339323824
23	NC_015724	CGGCAG	2	12	61078	61089	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339323826
24	NC_015724	CCTGCA	2	12	65044	65055	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323831
25	NC_015724	TTGCTG	2	12	67505	67516	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	339323835
26	NC_015724	GCGCTG	2	12	75860	75871	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323844
27	NC_015724	TGACAT	2	12	75885	75896	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339323844
28	NC_015724	CTCGAC	2	12	77766	77777	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323846
29	NC_015724	GCGCAA	2	12	80144	80155	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323847
30	NC_015724	GAGCTC	2	12	82060	82071	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323850
31	NC_015724	CTCGGC	2	12	82560	82571	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323851
32	NC_015724	GAAGCG	2	12	82938	82949	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339323851
33	NC_015724	CTGGAG	2	12	88025	88036	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323857
34	NC_015724	GCCTGC	2	12	90295	90306	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323859
35	NC_015724	TGCCGG	2	12	94612	94623	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323864
36	NC_015724	CAACGA	2	12	95886	95897	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	339323865
37	NC_015724	TGCCTT	2	12	95991	96002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	339323865
38	NC_015724	ATTGGC	2	12	96937	96948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339323865
39	NC_015724	GGCTCG	2	12	99784	99795	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323868
40	NC_015724	GCGGTC	2	12	111305	111316	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323877
41	NC_015724	GGGGCA	2	12	113572	113583	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339323879
42	NC_015724	GAAGTC	2	12	118149	118160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339323884
43	NC_015724	CGCCGG	2	12	118499	118510	0 %	0 %	50 %	50 %	339323884
44	NC_015724	AGGTGC	2	12	125596	125607	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323894
45	NC_015724	ATGCTG	2	12	126743	126754	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339323895
46	NC_015724	CTCGAG	2	12	126944	126955	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323895
47	NC_015724	CGGTCA	2	12	132791	132802	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323901
48	NC_015724	GGTGAT	2	12	133953	133964	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	339323904
49	NC_015724	GCGGTG	2	12	133986	133997	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339323904
50	NC_015724	CCACCG	2	12	136408	136419	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	339323908
51	NC_015724	GGTTGC	2	12	139668	139679	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339323911
52	NC_015724	GCCGCT	2	12	139782	139793	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339323911
53	NC_015724	TCATCG	2	12	149067	149078	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339323920
54	NC_015724	CGGCGC	2	12	152173	152184	0 %	0 %	50 %	50 %	339323924
55	NC_015724	GGCATC	2	12	152603	152614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323924
56	NC_015724	GAACTC	2	12	154553	154564	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339323924
57	NC_015724	GCAGCC	2	12	160221	160232	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323928
58	NC_015724	CTGTCG	2	12	162315	162326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339323930
59	NC_015724	CTGTCG	2	12	167151	167162	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339323933
60	NC_015724	GCCGAA	2	12	169220	169231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323934
61	NC_015724	TGGCGG	7	42	169294	169335	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	339323934
62	NC_015724	GTCGCT	2	12	182652	182663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339323947
63	NC_015724	CGAGTC	4	24	184009	184032	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323948
64	NC_015724	TCGGCG	2	12	185608	185619	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323950
65	NC_015724	GCGTGC	2	12	195736	195747	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323958
66	NC_015724	TGCGGC	2	12	195818	195829	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339323958
67	NC_015724	GGCGTA	2	12	196064	196075	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	339323958
68	NC_015724	TCCCAG	2	12	198654	198665	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323960
69	NC_015724	GCCATG	2	12	199467	199478	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323960
70	NC_015724	CGGCAT	2	12	200120	200131	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323961
71	NC_015724	AGGCAG	2	12	200311	200322	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	339323962
72	NC_015724	GGGCAG	2	12	200582	200593	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	339323962
73	NC_015724	ATCGAC	2	12	202966	202977	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339323963
74	NC_015724	CCGAGG	2	12	212015	212026	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339323973
75	NC_015724	CAGCCG	2	12	214472	214483	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323975
76	NC_015724	CCAGCT	2	12	219147	219158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339323981
77	NC_015724	ATCGGC	2	12	219916	219927	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323981
78	NC_015724	TTCCCA	2	12	220669	220680	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339323982
79	NC_015724	GCACTG	2	12	224092	224103	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323984
80	NC_015724	GTTCAT	2	12	225081	225092	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	339323984
81	NC_015724	CATGGC	2	12	225722	225733	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323985
82	NC_015724	CGGTCA	2	12	226935	226946	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339323986
83	NC_015724	GCCAAG	2	12	231591	231602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339323988
84	NC_015724	TCATGA	2	12	238266	238277	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	339323993
85	NC_015724	CACCGG	2	12	243527	243538	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339323999
86	NC_015724	CGGCAG	2	12	243593	243604	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324000
87	NC_015724	GACGTT	2	12	243851	243862	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339324000
88	NC_015724	GCACGC	2	12	243925	243936	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324000
89	NC_015724	TGCCGA	2	12	245653	245664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324002
90	NC_015724	GTTCAG	2	12	249319	249330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339324005
91	NC_015724	CGGTGC	2	12	253512	253523	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	339324008
92	NC_015724	CGCCTA	2	12	254080	254091	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339324008
93	NC_015724	GCCCTG	2	12	261891	261902	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339324016
94	NC_015724	GCAGGC	2	12	266139	266150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324019
95	NC_015724	ACCTTG	2	12	269413	269424	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339324023
96	NC_015724	AAGGTC	2	12	284169	284180	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339324033
97	NC_015724	CGCGTT	2	12	286311	286322	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	339324035
98	NC_015724	CAATCT	2	12	295775	295786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	339324041
99	NC_015724	GTCGAA	2	12	300678	300689	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339324044
100	NC_015724	GTGAAG	2	12	302732	302743	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	339324047
101	NC_015724	GCATAG	2	12	303728	303739	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	339324048
102	NC_015724	CAGTGC	2	12	304456	304467	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324048
103	NC_015724	GAACGC	2	12	307619	307630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339324052
104	NC_015724	GGTTGG	2	12	315067	315078	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	339324058
105	NC_015724	GCGGTT	2	12	315101	315112	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	339324058
106	NC_015724	CTGACG	2	12	316138	316149	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324059
107	NC_015724	CGCCAG	2	12	318907	318918	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324061
108	NC_015724	GCGCAC	2	12	322058	322069	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324066
109	NC_015724	CACTAC	2	12	325082	325093	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	339324071
110	NC_015724	GAGGCC	2	12	334845	334856	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324082
111	NC_015724	ATGCCG	2	12	338618	338629	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324086
112	NC_015724	AAGGCC	2	12	341236	341247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	339324088
113	NC_015724	GCGCAG	2	12	342222	342233	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324089
114	NC_015724	GGCCGA	2	12	342446	342457	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	339324089
115	NC_015724	GAATCC	2	12	344120	344131	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	339324091
116	NC_015724	CTGGTA	2	12	368216	368227	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	339324109
117	NC_015724	GCATCT	2	12	383702	383713	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	339324121
118	NC_015724	TCGCCG	2	12	387028	387039	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	339324125
119	NC_015724	CTCCAC	2	12	387849	387860	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	339324126
120	NC_015724	GCTACG	2	12	389955	389966	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	339324128
121	NC_015724	GCCGGC	2	12	394262	394273	0 %	0 %	50 %	50 %	339324132
122	NC_015724	CCGGCC	2	12	395201	395212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	339324132
123	NC_015724	CCACGG	2	12	402120	402131	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	339324139
124	NC_015724	GCGCCG	2	12	402532	402543	0 %	0 %	50 %	50 %	339324139
125	NC_015724	TCGCCA	2	12	407338	407349	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	339324145
126	NC_015724	GCCTTC	2	12	408065	408076	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	339324146
127	NC_015724	TAAGAC	2	12	417627	417638	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	339324155
128	NC_015724	CACCTT	2	12	421998	422009	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	339324157

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.