MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 plasmid BB2p

Total Repeats: 70

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015724	GGCCG	2	10	2758	2767	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015724	CGCCA	2	10	5019	5028	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_015724	CAGGG	2	10	7004	7013	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015724	CCCGC	2	10	49253	49262	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
5	NC_015724	ACGCC	2	10	49317	49326	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015724	TACGG	2	10	50398	50407	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015724	GGCGG	2	10	63628	63637	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015724	GCGAA	2	10	66575	66584	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015724	CGGCA	2	10	69909	69918	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015724	TTGAA	2	10	76454	76463	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015724	AAGCA	2	10	79825	79834	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015724	GCTGG	2	10	81629	81638	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015724	GATGC	2	10	83096	83105	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015724	AGGCG	2	10	94282	94291	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015724	GCCGA	2	10	103977	103986	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015724	GTTTT	2	10	104216	104225	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015724	CCGAT	2	10	107360	107369	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015724	TGGGC	2	10	107712	107721	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015724	CGGGC	2	10	108385	108394	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015724	ACGGG	2	10	119225	119234	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015724	TGCGC	2	10	138794	138803	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015724	GCCTG	2	10	152034	152043	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015724	CCTTG	2	10	163136	163145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015724	ATCCG	2	10	170854	170863	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_015724	CCGTT	2	10	180670	180679	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015724	AGAGG	2	10	181314	181323	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015724	GCAAC	2	10	183403	183412	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015724	CGCGA	2	10	183515	183524	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015724	GACGG	2	10	186190	186199	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015724	GTGCC	2	10	191070	191079	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015724	AGCCG	2	10	197841	197850	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015724	GAAAA	2	10	201984	201993	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015724	AGGGA	2	10	227206	227215	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015724	CGCTC	2	10	229417	229426	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_015724	GTACT	2	10	236880	236889	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015724	CAATA	2	10	251006	251015	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015724	GCCGC	2	10	255933	255942	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_015724	GAAAA	2	10	257288	257297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015724	AAGAA	2	10	261815	261824	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015724	GTCAG	2	10	265131	265140	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015724	GGCCG	2	10	277014	277023	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015724	GCGCG	2	10	277185	277194	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015724	CGAGC	2	10	277368	277377	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015724	ACGAA	2	10	279844	279853	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015724	GCGTC	2	10	280858	280867	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015724	CTTCA	2	10	284707	284716	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015724	CTTCC	2	10	290174	290183	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_015724	CCGAC	2	10	299200	299209	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_015724	GCGAC	2	10	313167	313176	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015724	TCCAG	2	10	335789	335798	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015724	CTGCC	2	10	343512	343521	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_015724	TGTAT	2	10	344577	344586	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015724	CTAGC	2	10	349353	349362	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015724	GCGCC	2	10	356374	356383	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015724	CCTCA	2	10	356487	356496	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_015724	ATCGC	2	10	356833	356842	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015724	CTTCA	2	10	357916	357925	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_015724	TCCAG	2	10	363821	363830	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015724	AGGCG	2	10	364305	364314	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015724	CCGCG	2	10	365519	365528	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_015724	TCGGC	2	10	369140	369149	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015724	CTCCC	2	10	369300	369309	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
63	NC_015724	GCCGC	2	10	372858	372867	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_015724	GACTT	2	10	373612	373621	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015724	ACGCT	2	10	373632	373641	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015724	CGCTG	2	10	374729	374738	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015724	GTTCA	2	10	376829	376838	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015724	CGTTG	2	10	378661	378670	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015724	CGATG	2	10	381130	381139	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015724	AGCCA	2	10	423449	423458	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.