MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus necator N-1 chromosome 2

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015723	CCGGCG	2	12	9510	9521	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015723	CCATCA	2	12	22185	22196	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015723	GGCGAT	2	12	56166	56177	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015723	GGCGCG	2	12	70906	70917	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015723	CGCACG	2	12	104766	104777	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015723	GGGCGC	2	12	121997	122008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015723	GCCGTT	2	12	127484	127495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015723	GCCGGC	2	12	141069	141080	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_015723	GACAAC	2	12	148361	148372	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015723	ACCTCA	2	12	161370	161381	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015723	CCGGGC	2	12	218179	218190	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015723	CACCGA	2	12	227616	227627	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_015723	GTTCCG	2	12	237018	237029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015723	ACCTCC	2	12	261975	261986	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_015723	TGCGCT	2	12	375396	375407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_015723	ACCGGG	2	12	425410	425421	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015723	CGGCGC	2	12	427074	427085	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015723	CGCCCC	2	12	448832	448843	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
19	NC_015723	GGTGGC	2	12	464806	464817	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015723	TGCCGG	2	12	464920	464931	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015723	ATCGGC	2	12	469684	469695	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015723	CTTGGC	2	12	508612	508623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015723	CAGCCT	2	12	574096	574107	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015723	AAAAAG	2	12	601282	601293	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015723	CCGGCC	2	12	634948	634959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_015723	TGCCTG	3	18	658903	658920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015723	TGGGGG	2	12	664420	664431	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015723	GCACCC	2	12	674277	674288	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_015723	CCGGCC	2	12	677882	677893	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_015723	AGTCCA	2	12	721347	721358	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015723	ACCTCA	2	12	774297	774308	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015723	TTGTCG	2	12	853489	853500	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015723	CATTTG	2	12	881961	881972	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015723	TCCCTG	2	12	896106	896117	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015723	AGCGGC	2	12	941400	941411	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015723	ACAAGC	3	18	958642	958659	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015723	TTGCTC	2	12	1020196	1020207	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015723	CCGCGC	2	12	1036490	1036501	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_015723	CGGATC	2	12	1048460	1048471	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_015723	GCCGTC	2	12	1100773	1100784	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015723	CCAGCC	2	12	1114745	1114756	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_015723	CGATGG	2	12	1115573	1115584	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015723	CGGCGC	2	12	1115776	1115787	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015723	CTGAGG	2	12	1129152	1129163	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015723	TGCCAC	2	12	1182249	1182260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015723	GCAGAT	2	12	1237062	1237073	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015723	TGCGCC	2	12	1271013	1271024	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015723	CGGCTG	2	12	1345604	1345615	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015723	CGTCAT	2	12	1364894	1364905	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015723	ACCGCG	2	12	1390525	1390536	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015723	CTTTCG	2	12	1405285	1405296	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015723	ACCGAC	2	12	1409078	1409089	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015723	GGGAGA	2	12	1415251	1415262	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015723	GGCCGC	2	12	1419980	1419991	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015723	CACCCC	2	12	1425589	1425600	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
56	NC_015723	GGCAGC	2	12	1439558	1439569	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015723	GCACGA	2	12	1442788	1442799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015723	AGCGCA	2	12	1457536	1457547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015723	CCGCAG	2	12	1490361	1490372	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015723	ATGCGC	2	12	1528233	1528244	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015723	ATTACT	2	12	1586718	1586729	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015723	CCGGCA	2	12	1605022	1605033	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015723	GCGTCG	2	12	1641131	1641142	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015723	CGCGCT	2	12	1644921	1644932	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_015723	GCCGGG	2	12	1686886	1686897	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015723	ACCGCC	2	12	1721896	1721907	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_015723	GCCTGC	2	12	1766647	1766658	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015723	ACAGGC	2	12	1782279	1782290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015723	TGCCGG	2	12	1794638	1794649	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_015723	GTTCAA	2	12	1851284	1851295	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015723	CACAAT	2	12	1877489	1877500	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015723	GTGTTG	2	12	1904985	1904996	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015723	CACGCG	2	12	2073510	2073521	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015723	CCCGGC	2	12	2087696	2087707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_015723	CGGCAT	2	12	2088345	2088356	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015723	CAGCGT	2	12	2088483	2088494	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015723	TGCCGC	2	12	2088536	2088547	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015723	AGACCA	2	12	2180177	2180188	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015723	CGTCGC	2	12	2191516	2191527	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015723	CATCAG	2	12	2192989	2193000	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015723	CGGAAA	2	12	2194053	2194064	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015723	CTATAC	2	12	2208631	2208642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015723	GCGGCA	2	12	2210231	2210242	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015723	GCCATA	2	12	2228500	2228511	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015723	GGGAGA	2	12	2245676	2245687	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015723	GCTGCC	2	12	2254380	2254391	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015723	GAACCG	2	12	2261159	2261170	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015723	CCGCGC	2	12	2293616	2293627	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_015723	GACTGC	2	12	2301620	2301631	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015723	TGCCCG	2	12	2308353	2308364	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_015723	CCGCAA	2	12	2363571	2363582	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_015723	AACCCG	2	12	2375775	2375786	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_015723	CTCAAG	2	12	2392976	2392987	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015723	CGGCCG	2	12	2441146	2441157	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015723	TGCGCC	2	12	2454226	2454237	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015723	GCACGC	2	12	2487132	2487143	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015723	CGCCCG	2	12	2488713	2488724	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_015723	CCCGAC	2	12	2509163	2509174	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_015723	TCTCCC	2	12	2510366	2510377	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_015723	CATGGC	2	12	2572599	2572610	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015723	TATCGT	2	12	2581998	2582009	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_015723	CGCGCC	3	18	2603808	2603825	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_015723	TGCTTC	2	12	2616281	2616292	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015723	CAGCGC	2	12	2616865	2616876	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015723	CTGGCG	2	12	2617194	2617205	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_015723	TGTCCG	2	12	2676018	2676029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015723	GTATCG	2	12	2684501	2684512	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.