MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Midichloria mitochondrii IricVA chromosome

Total Repeats: 305

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015722	ATTTT	2	10	3864	3873	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015722	TTAAA	2	10	7088	7097	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015722	GAAGG	2	10	8202	8211	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015722	GTTTT	2	10	14471	14480	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015722	ACAAT	2	10	28341	28350	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015722	GTTTT	2	10	30573	30582	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015722	AGGTT	2	10	33544	33553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015722	TATAA	2	10	33583	33592	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015722	GTTTT	2	10	36801	36810	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015722	TTTGT	2	10	37652	37661	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015722	AGGTT	2	10	38049	38058	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015722	AATAG	2	10	38300	38309	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015722	AACTT	2	10	40412	40421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015722	GTTTT	2	10	41713	41722	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015722	TCAAG	2	10	42788	42797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015722	TTTAG	2	10	49696	49705	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015722	GTTTT	2	10	55979	55988	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015722	TTTTA	2	10	57138	57147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015722	GAGAT	2	10	61461	61470	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015722	GTTTT	2	10	62465	62474	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015722	AAAAT	2	10	65429	65438	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015722	AATTA	2	10	65611	65620	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015722	GTAAA	2	10	66010	66019	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015722	TTGGT	2	10	66191	66200	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015722	TGAAT	2	10	66206	66215	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015722	AAGGC	2	10	66224	66233	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015722	GTCCT	2	10	67915	67924	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015722	ATAAA	2	10	69615	69624	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015722	GTTTT	2	10	72198	72207	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015722	TACAA	2	10	75419	75428	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015722	GTAGA	2	10	75429	75438	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015722	TCTAC	2	10	78572	78581	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_015722	ATTTT	2	10	79200	79209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015722	TAATA	2	10	79213	79222	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015722	TCTAA	2	10	81094	81103	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015722	TTATA	2	10	85860	85869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015722	GAGGT	2	10	98940	98949	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015722	CTTTA	2	10	99023	99032	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015722	GTGTA	2	10	99786	99795	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015722	AGCTA	2	10	103529	103538	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015722	GTCAA	2	10	116773	116782	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015722	AACCT	2	10	120557	120566	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015722	AGGGT	2	10	120763	120772	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015722	AAAAC	2	10	123624	123633	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015722	AATTC	2	10	124809	124818	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015722	TTGTT	2	10	125309	125318	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015722	ATGGC	2	10	125570	125579	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015722	TTTTG	2	10	125751	125760	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015722	AATTA	2	10	126072	126081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015722	TTAAC	2	10	126460	126469	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015722	TCTTG	2	10	130114	130123	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015722	GAAAT	2	10	132372	132381	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015722	AAATA	2	10	132683	132692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015722	GTTTT	2	10	132922	132931	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015722	AGTAT	2	10	133225	133234	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015722	TAATA	2	10	136078	136087	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015722	AAGAT	2	10	136164	136173	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015722	GTTTT	2	10	137892	137901	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015722	AAAAC	2	10	138655	138664	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015722	TGCAC	2	10	138930	138939	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_015722	TGTTT	2	10	141701	141710	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015722	GGGGT	2	10	146675	146684	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015722	AACCT	2	10	156834	156843	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015722	TTTAA	2	10	171354	171363	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015722	AGGAG	2	10	173976	173985	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015722	CTCTT	2	10	174410	174419	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015722	GCTTT	2	10	192009	192018	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015722	CTAGC	2	10	195777	195786	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015722	TCGTG	2	10	198350	198359	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015722	GTTTT	2	10	199440	199449	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015722	CTCAA	2	10	206245	206254	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015722	AAATG	2	10	207317	207326	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015722	TTCTT	2	10	212399	212408	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015722	AGCTA	2	10	212531	212540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015722	TATTT	2	10	215827	215836	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015722	TTATC	2	10	222169	222178	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015722	AGACA	2	10	225156	225165	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015722	CTTGG	2	10	234821	234830	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015722	GAGTA	2	10	246836	246845	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015722	TAAAA	2	10	248454	248463	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015722	AAAAC	2	10	251864	251873	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015722	TTTTC	2	10	260664	260673	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015722	TTATA	2	10	262343	262352	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015722	TGATG	2	10	262487	262496	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015722	GTTTT	2	10	264606	264615	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015722	TAATG	2	10	277419	277428	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015722	GAGCA	2	10	284937	284946	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015722	TAGCT	2	10	288507	288516	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015722	GTTAA	2	10	301488	301497	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015722	GTTTT	2	10	307892	307901	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015722	GTTTT	2	10	314001	314010	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015722	AATAA	2	10	319928	319937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015722	GTTTT	2	10	320657	320666	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015722	AAGAT	2	10	321198	321207	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015722	AAAAC	2	10	328689	328698	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015722	AAAAT	2	10	333410	333419	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015722	AAAAC	2	10	340565	340574	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015722	TTAGT	2	10	347005	347014	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015722	AGGTT	2	10	347598	347607	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015722	AGGTT	2	10	353173	353182	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015722	GTTTA	2	10	354758	354767	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015722	CTTGC	2	10	355150	355159	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015722	CTTCT	2	10	360401	360410	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015722	AAAAC	2	10	363944	363953	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015722	TATCA	2	10	365439	365448	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015722	AGGTT	2	10	373642	373651	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015722	TGGCT	2	10	374000	374009	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015722	GGGCC	2	10	377885	377894	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_015722	TGAAA	2	10	386601	386610	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015722	GGATT	2	10	393200	393209	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015722	TTTGT	2	10	395077	395086	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015722	TGCTG	2	10	395928	395937	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015722	TAAAA	2	10	397238	397247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015722	GCTAT	2	10	412241	412250	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_015722	GAGGT	2	10	413600	413609	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015722	TTGTT	2	10	421476	421485	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015722	AGGTT	2	10	428513	428522	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015722	ATTTT	2	10	434923	434932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015722	GTTTT	2	10	438614	438623	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015722	TTTTA	2	10	452162	452171	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015722	ATACA	2	10	452191	452200	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015722	TTCCA	2	10	461265	461274	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015722	ATGCG	2	10	461707	461716	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015722	TTTGT	2	10	462791	462800	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015722	AGTTG	2	10	469528	469537	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015722	ATATT	2	10	472625	472634	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015722	CTTTG	2	10	472675	472684	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015722	TTTAA	2	10	481364	481373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015722	ATTAT	2	10	486607	486616	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015722	TGGCA	2	10	487201	487210	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015722	GCTAT	2	10	487866	487875	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015722	CTATA	2	10	488391	488400	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015722	GTTTT	2	10	489058	489067	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015722	ACCGG	2	10	495910	495919	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_015722	ACTAT	2	10	501203	501212	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_015722	AACCT	2	10	501712	501721	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_015722	TTTTG	2	10	514043	514052	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015722	AAAAC	2	10	515312	515321	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015722	ATCAA	2	10	518786	518795	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015722	TTCTG	2	10	527610	527619	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015722	GAATA	2	10	528902	528911	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015722	CAATA	2	10	537970	537979	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015722	ATAAG	2	10	558366	558375	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015722	AATTA	2	10	562323	562332	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015722	AATTA	2	10	567358	567367	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015722	GTTTT	2	10	568849	568858	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015722	ATTGA	2	10	573223	573232	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015722	AAGAG	2	10	584077	584086	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_015722	GTTTT	2	10	1139960	1139969	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
290	NC_015722	AAATT	2	10	1145033	1145042	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_015722	TATAA	2	10	1148490	1148499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_015722	ATGAG	2	10	1150862	1150871	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
293	NC_015722	GAAAA	2	10	1151345	1151354	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_015722	GTTTT	2	10	1158423	1158432	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
295	NC_015722	TAAGG	2	10	1164127	1164136	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
296	NC_015722	GTTTT	2	10	1168392	1168401	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
297	NC_015722	AAAAC	2	10	1169327	1169336	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_015722	TTAAA	2	10	1169957	1169966	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_015722	AAAAC	2	10	1174176	1174185	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_015722	CCACT	2	10	1175753	1175762	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
301	NC_015722	CCATT	2	10	1176384	1176393	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
302	NC_015722	TATAT	2	10	1181035	1181044	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_015722	AAAAC	2	10	1181874	1181883	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_015722	TGAAA	2	10	1182473	1182482	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
305	NC_015722	CTCAT	2	10	1182505	1182514	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.