MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema paraluiscuniculi Cuniculi A chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015714	AGGGA	2	10	12446	12455	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015714	GTTTT	2	10	18426	18435	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015714	ACATA	2	10	45730	45739	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_015714	ATGCT	2	10	55572	55581	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015714	ACCCA	2	10	58776	58785	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015714	TCGTG	2	10	59600	59609	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015714	CCGCG	2	10	61797	61806	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_015714	TAGCG	2	10	71174	71183	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015714	TGGTG	2	10	80964	80973	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015714	GCACA	2	10	94862	94871	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015714	CTGCG	2	10	112689	112698	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_015714	TTCGT	2	10	112771	112780	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015714	GGACG	2	10	113287	113296	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015714	GATGT	2	10	113468	113477	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015714	TGTTT	2	10	135887	135896	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015714	GGTGC	2	10	139612	139621	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015714	TCCGT	2	10	146629	146638	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015714	TGTTT	2	10	151841	151850	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015714	TTTTC	2	10	156690	156699	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015714	GCAAG	2	10	157003	157012	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015714	AGAGG	2	10	187561	187570	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015714	GCATG	2	10	230245	230254	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015714	CCCTT	2	10	230321	230330	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_015714	TTTGT	2	10	230432	230441	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015714	GGGTG	2	10	230486	230495	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015714	TGAAC	2	10	230712	230721	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015714	AGGTT	2	10	232171	232180	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015714	AGAGG	2	10	232420	232429	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015714	TTGAA	2	10	232449	232458	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015714	GAGGG	2	10	239673	239682	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015714	TCGGT	2	10	244135	244144	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015714	TGCGG	2	10	261761	261770	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015714	GCGCG	2	10	265714	265723	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015714	GCATG	2	10	278632	278641	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015714	CCCTT	2	10	278708	278717	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_015714	TTTGT	2	10	278829	278838	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015714	GGGTG	2	10	278883	278892	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015714	TGAAC	2	10	279109	279118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015714	AGGTT	2	10	280568	280577	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015714	AGAGG	2	10	280817	280826	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015714	TTGAA	2	10	280846	280855	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015714	TTTCC	2	10	292636	292645	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015714	GTGCG	2	10	296376	296385	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015714	GAAAT	2	10	368801	368810	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015714	GTGTC	2	10	379473	379482	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015714	TTGGT	2	10	386339	386348	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015714	GTTCG	2	10	386357	386366	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015714	GACTG	2	10	406592	406601	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015714	CTGTG	2	10	419582	419591	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015714	GAGGG	2	10	420081	420090	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015714	AGGAA	2	10	435327	435336	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015714	GGAAG	2	10	459727	459736	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015714	CGGAG	2	10	480709	480718	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015714	TTTCT	2	10	480837	480846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015714	GCGGG	2	10	489969	489978	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015714	ACGGC	2	10	528306	528315	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_015714	AAGGA	2	10	535013	535022	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015714	TGGTG	2	10	541836	541845	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015714	ACTTT	2	10	541868	541877	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015714	CCCAA	2	10	577465	577474	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_015714	CACCG	2	10	582440	582449	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
62	NC_015714	GTGCT	2	10	605972	605981	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015714	CGCAC	2	10	639820	639829	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_015714	CAGGG	2	10	655769	655778	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015714	GCACG	2	10	656731	656740	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015714	GTCTT	2	10	691520	691529	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015714	AGCCA	2	10	701926	701935	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_015714	ACAGC	2	10	729024	729033	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015714	GGCAC	2	10	742901	742910	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_015714	ACCCC	2	10	759982	759991	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_015714	GCGCT	2	10	856807	856816	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015714	ACTGT	2	10	858032	858041	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015714	ATCGC	2	10	874449	874458	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015714	CCTCA	2	10	894102	894111	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_015714	TCCTT	2	10	910568	910577	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_015714	ATGTC	2	10	915186	915195	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015714	TCCCT	2	10	939736	939745	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
78	NC_015714	CTTTT	2	10	944147	944156	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015714	AACAA	2	10	994146	994155	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015714	GCGCG	2	10	1003871	1003880	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015714	GAGAC	2	10	1073705	1073714	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015714	CATGC	2	10	1077866	1077875	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015714	CCCCT	2	10	1097057	1097066	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
84	NC_015714	GCCCG	2	10	1110319	1110328	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_015714	CCGCA	2	10	1118387	1118396	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_015714	GTGCG	2	10	1119178	1119187	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015714	GGGGC	2	10	1119283	1119292	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.