MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Simkania negevensis Z plasmid pSn

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015710	CTTTT	2	10	1344	1353	0 %	80 %	0 %	20 %	338731761
2	NC_015710	GTTTG	2	10	5407	5416	0 %	60 %	40 %	0 %	338731765
3	NC_015710	CAAGA	2	10	6333	6342	60 %	0 %	20 %	20 %	338731766
4	NC_015710	ATCAC	2	10	6437	6446	40 %	20 %	0 %	40 %	338731766
5	NC_015710	AAGAA	2	10	6552	6561	80 %	0 %	20 %	0 %	338731766
6	NC_015710	AATCC	2	10	7174	7183	40 %	20 %	0 %	40 %	338731767
7	NC_015710	CTCTT	2	10	10365	10374	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015710	AAGGG	2	10	11075	11084	40 %	0 %	60 %	0 %	338731773
9	NC_015710	ATATT	2	10	11504	11513	40 %	60 %	0 %	0 %	338731773
10	NC_015710	TTTGG	2	10	11760	11769	0 %	60 %	40 %	0 %	338731775
11	NC_015710	CAAAT	2	10	13326	13335	60 %	20 %	0 %	20 %	338731777
12	NC_015710	GCTTT	2	10	15192	15201	0 %	60 %	20 %	20 %	338731780
13	NC_015710	TCAAA	2	10	16570	16579	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015710	GACAA	2	10	18308	18317	60 %	0 %	20 %	20 %	338731782
15	NC_015710	TCCCA	2	10	20347	20356	20 %	20 %	0 %	60 %	338731784
16	NC_015710	CTATT	2	10	20566	20575	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015710	CTTCT	2	10	23577	23586	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015710	GCAAT	2	10	24077	24086	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015710	ATGGA	2	10	24420	24429	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015710	ATTAA	2	10	24863	24872	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015710	GAAGG	2	10	25113	25122	40 %	0 %	60 %	0 %	338731790
22	NC_015710	CAGAG	2	10	25548	25557	40 %	0 %	40 %	20 %	338731790
23	NC_015710	ACCTT	2	10	27254	27263	20 %	40 %	0 %	40 %	338731790
24	NC_015710	GAATT	2	10	27838	27847	40 %	40 %	20 %	0 %	338731790
25	NC_015710	TCAAA	2	10	28274	28283	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015710	GCTTC	2	10	29050	29059	0 %	40 %	20 %	40 %	338731794
27	NC_015710	GGCTG	2	10	30198	30207	0 %	20 %	60 %	20 %	338731796
28	NC_015710	CAAGG	2	10	30295	30304	40 %	0 %	40 %	20 %	338731796
29	NC_015710	ACTCG	2	10	32705	32714	20 %	20 %	20 %	40 %	338731800
30	NC_015710	AAATC	2	10	32903	32912	60 %	20 %	0 %	20 %	338731800
31	NC_015710	TTTCT	2	10	33187	33196	0 %	80 %	0 %	20 %	338731800
32	NC_015710	TAGAA	2	10	33669	33678	60 %	20 %	20 %	0 %	338731800
33	NC_015710	AGGGG	2	10	37348	37357	20 %	0 %	80 %	0 %	338731804
34	NC_015710	TCATT	2	10	39898	39907	20 %	60 %	0 %	20 %	338731804
35	NC_015710	CAAAA	2	10	40508	40517	80 %	0 %	0 %	20 %	338731804
36	NC_015710	TGAAA	2	10	40731	40740	60 %	20 %	20 %	0 %	338731805
37	NC_015710	AAGGG	2	10	41812	41821	40 %	0 %	60 %	0 %	338731807
38	NC_015710	GTCTA	2	10	43582	43591	20 %	40 %	20 %	20 %	338731810
39	NC_015710	CAAAA	2	10	45846	45855	80 %	0 %	0 %	20 %	338731811
40	NC_015710	GTGTT	2	10	48242	48251	0 %	60 %	40 %	0 %	338731813
41	NC_015710	ATCGC	2	10	48924	48933	20 %	20 %	20 %	40 %	338731813
42	NC_015710	TATCA	2	10	49945	49954	40 %	40 %	0 %	20 %	338731813
43	NC_015710	GAATC	2	10	50896	50905	40 %	20 %	20 %	20 %	338731814
44	NC_015710	ACTCG	2	10	52486	52495	20 %	20 %	20 %	40 %	338731815
45	NC_015710	AGTGG	2	10	57040	57049	20 %	20 %	60 %	0 %	338731817
46	NC_015710	GTAAA	2	10	57892	57901	60 %	20 %	20 %	0 %	338731819
47	NC_015710	ATCAC	2	10	59007	59016	40 %	20 %	0 %	40 %	338731819
48	NC_015710	CTTGA	2	10	60228	60237	20 %	40 %	20 %	20 %	338731820
49	NC_015710	TTTGA	2	10	62216	62225	20 %	60 %	20 %	0 %	338731823
50	NC_015710	AAATA	2	10	62751	62760	80 %	20 %	0 %	0 %	338731824
51	NC_015710	GCAGA	2	10	63580	63589	40 %	0 %	40 %	20 %	338731826
52	NC_015710	TTAGC	2	10	64034	64043	20 %	40 %	20 %	20 %	338731826
53	NC_015710	ACTCT	2	10	64241	64250	20 %	40 %	0 %	40 %	338731826
54	NC_015710	GGATT	2	10	65356	65365	20 %	40 %	40 %	0 %	338731827
55	NC_015710	ATTTA	2	10	65770	65779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015710	TCTCT	2	10	67649	67658	0 %	60 %	0 %	40 %	338731829
57	NC_015710	GGATT	2	10	69193	69202	20 %	40 %	40 %	0 %	338731829
58	NC_015710	AGGAA	2	10	71653	71662	60 %	0 %	40 %	0 %	338731831
59	NC_015710	GCTTT	2	10	71738	71747	0 %	60 %	20 %	20 %	338731831
60	NC_015710	TTCAG	2	10	72077	72086	20 %	40 %	20 %	20 %	338731831
61	NC_015710	ATTTC	2	10	72305	72314	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015710	TCCAT	2	10	72493	72502	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015710	ATTGC	2	10	72836	72845	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015710	GATAT	2	10	74916	74925	40 %	40 %	20 %	0 %	338731835
65	NC_015710	ATCTA	2	10	75331	75340	40 %	40 %	0 %	20 %	338731835
66	NC_015710	TCTCC	2	10	78635	78644	0 %	40 %	0 %	60 %	338731837
67	NC_015710	TTTCT	2	10	78828	78837	0 %	80 %	0 %	20 %	338731837
68	NC_015710	AGGTA	2	10	79428	79437	40 %	20 %	40 %	0 %	338731838
69	NC_015710	CCTTC	2	10	79462	79471	0 %	40 %	0 %	60 %	338731838
70	NC_015710	TTTGT	2	10	80372	80381	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015710	TTTTC	2	10	80438	80447	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015710	CCAGT	2	10	83035	83044	20 %	20 %	20 %	40 %	338731840
73	NC_015710	ATTTT	2	10	87519	87528	20 %	80 %	0 %	0 %	338731843
74	NC_015710	AAAGA	2	10	90591	90600	80 %	0 %	20 %	0 %	338731849
75	NC_015710	TGTAG	2	10	91753	91762	20 %	40 %	40 %	0 %	338731850
76	NC_015710	TCTTT	2	10	91857	91866	0 %	80 %	0 %	20 %	338731850
77	NC_015710	AGAAA	2	10	91991	92000	80 %	0 %	20 %	0 %	338731850
78	NC_015710	CTCGA	2	10	92259	92268	20 %	20 %	20 %	40 %	338731850
79	NC_015710	TTCTT	2	10	94597	94606	0 %	80 %	0 %	20 %	338731853
80	NC_015710	TAAGT	2	10	94906	94915	40 %	40 %	20 %	0 %	338731853
81	NC_015710	TGCAC	2	10	94965	94974	20 %	20 %	20 %	40 %	338731853
82	NC_015710	CCAAA	2	10	97426	97435	60 %	0 %	0 %	40 %	338731857
83	NC_015710	AAAGA	2	10	97548	97557	80 %	0 %	20 %	0 %	338731857
84	NC_015710	GTTAA	2	10	97670	97679	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015710	TCGGC	2	10	98033	98042	0 %	20 %	40 %	40 %	338731858
86	NC_015710	CTGTA	2	10	103480	103489	20 %	40 %	20 %	20 %	338731867
87	NC_015710	GATGA	2	10	104964	104973	40 %	20 %	40 %	0 %	338731868
88	NC_015710	CTTTT	2	10	105960	105969	0 %	80 %	0 %	20 %	338731869
89	NC_015710	TCCAT	2	10	106336	106345	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_015710	ATTGC	2	10	106679	106688	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015710	TAAGT	2	10	108504	108513	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015710	TTGAT	2	10	110207	110216	20 %	60 %	20 %	0 %	338731871
93	NC_015710	GCTTA	2	10	111148	111157	20 %	40 %	20 %	20 %	338731871
94	NC_015710	TCTCT	2	10	111975	111984	0 %	60 %	0 %	40 %	338731872
95	NC_015710	GGCTT	2	10	112397	112406	0 %	40 %	40 %	20 %	338731872
96	NC_015710	TGCTT	2	10	115364	115373	0 %	60 %	20 %	20 %	338731876
97	NC_015710	AAGAC	2	10	115464	115473	60 %	0 %	20 %	20 %	338731876
98	NC_015710	AGAGA	2	10	117488	117497	60 %	0 %	40 %	0 %	338731879
99	NC_015710	ATTTT	2	10	119081	119090	20 %	80 %	0 %	0 %	338731881
100	NC_015710	TTCAT	2	10	119397	119406	20 %	60 %	0 %	20 %	338731881
101	NC_015710	CATGT	2	10	120052	120061	20 %	40 %	20 %	20 %	338731882
102	NC_015710	GGTGA	2	10	120566	120575	20 %	20 %	60 %	0 %	338731882
103	NC_015710	CAAGT	2	10	126329	126338	40 %	20 %	20 %	20 %	338731887
104	NC_015710	TTTAT	2	10	127056	127065	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015710	TAAAT	2	10	127081	127090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015710	ACGAT	2	10	127397	127406	40 %	20 %	20 %	20 %	338731888
107	NC_015710	AATAA	2	10	128850	128859	80 %	20 %	0 %	0 %	338731889
108	NC_015710	CTTTT	2	10	129855	129864	0 %	80 %	0 %	20 %	338731892
109	NC_015710	CATCC	2	10	130121	130130	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
110	NC_015710	CATCC	2	10	130579	130588	20 %	20 %	0 %	60 %	338731894
111	NC_015710	ATTGA	2	10	131747	131756	40 %	40 %	20 %	0 %	338731894

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.