MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Runella slithyformis DSM 19594 plasmid pRUNSL04

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015705	ATTG	2	8	26	33	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015705	TTTG	2	8	1446	1453	0 %	75 %	25 %	0 %	338215038
3	NC_015705	TCAA	2	8	1574	1581	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_015705	TCCA	2	8	1606	1613	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015705	TTTC	2	8	1696	1703	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015705	GTTT	2	8	1760	1767	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015705	CGGT	2	8	2349	2356	0 %	25 %	50 %	25 %	338215039
8	NC_015705	GTTT	2	8	2702	2709	0 %	75 %	25 %	0 %	338215039
9	NC_015705	GCAG	2	8	2723	2730	25 %	0 %	50 %	25 %	338215039
10	NC_015705	GTTT	2	8	3186	3193	0 %	75 %	25 %	0 %	338215040
11	NC_015705	TATT	2	8	3345	3352	25 %	75 %	0 %	0 %	338215040
12	NC_015705	GGAA	2	8	3472	3479	50 %	0 %	50 %	0 %	338215040
13	NC_015705	CGTG	2	8	4453	4460	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015705	TTTC	2	8	4607	4614	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015705	ATTC	2	8	5112	5119	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015705	CCAA	2	8	5411	5418	50 %	0 %	0 %	50 %	338215042
17	NC_015705	AATA	2	8	6051	6058	75 %	25 %	0 %	0 %	338215043
18	NC_015705	CAAC	2	8	6199	6206	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015705	ACTG	2	8	6373	6380	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_015705	TAAG	2	8	6903	6910	50 %	25 %	25 %	0 %	338215044
21	NC_015705	GGAT	2	8	6988	6995	25 %	25 %	50 %	0 %	338215044
22	NC_015705	AGGA	2	8	7482	7489	50 %	0 %	50 %	0 %	338215044
23	NC_015705	TACG	2	8	7567	7574	25 %	25 %	25 %	25 %	338215044
24	NC_015705	AGAA	2	8	7898	7905	75 %	0 %	25 %	0 %	338215044
25	NC_015705	AGAA	2	8	8013	8020	75 %	0 %	25 %	0 %	338215044
26	NC_015705	CGTA	2	8	8229	8236	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015705	CAGG	2	8	8384	8391	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015705	ACTT	2	8	9592	9599	25 %	50 %	0 %	25 %	338215046
29	NC_015705	CCAC	2	8	9812	9819	25 %	0 %	0 %	75 %	338215047
30	NC_015705	GGCA	2	8	9874	9881	25 %	0 %	50 %	25 %	338215047
31	NC_015705	GATT	2	8	10391	10398	25 %	50 %	25 %	0 %	338215048
32	NC_015705	TATT	2	8	10420	10427	25 %	75 %	0 %	0 %	338215048
33	NC_015705	ATCC	2	8	11010	11017	25 %	25 %	0 %	50 %	338215048
34	NC_015705	AACG	2	8	11018	11025	50 %	0 %	25 %	25 %	338215048
35	NC_015705	TTGA	2	8	11451	11458	25 %	50 %	25 %	0 %	338215048
36	NC_015705	AGGC	2	8	11661	11668	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015705	AAAC	2	8	11732	11739	75 %	0 %	0 %	25 %	338215049
38	NC_015705	GCCG	2	8	12231	12238	0 %	0 %	50 %	50 %	338215049
39	NC_015705	GCCC	2	8	12950	12957	0 %	0 %	25 %	75 %	338215049
40	NC_015705	TATC	2	8	13103	13110	25 %	50 %	0 %	25 %	338215049
41	NC_015705	TTTC	2	8	13130	13137	0 %	75 %	0 %	25 %	338215049
42	NC_015705	CCGC	2	8	13174	13181	0 %	0 %	25 %	75 %	338215049
43	NC_015705	ATGT	2	8	13405	13412	25 %	50 %	25 %	0 %	338215049
44	NC_015705	AGGA	2	8	13803	13810	50 %	0 %	50 %	0 %	338215050
45	NC_015705	TTTC	2	8	13878	13885	0 %	75 %	0 %	25 %	338215051
46	NC_015705	CGGG	2	8	14014	14021	0 %	0 %	75 %	25 %	338215051
47	NC_015705	TTTC	2	8	14472	14479	0 %	75 %	0 %	25 %	338215051
48	NC_015705	AAAC	2	8	14817	14824	75 %	0 %	0 %	25 %	338215051
49	NC_015705	GAAT	2	8	15851	15858	50 %	25 %	25 %	0 %	338215054
50	NC_015705	GGCA	2	8	16497	16504	25 %	0 %	50 %	25 %	338215055
51	NC_015705	TGAC	2	8	16629	16636	25 %	25 %	25 %	25 %	338215056
52	NC_015705	CAAC	2	8	16867	16874	50 %	0 %	0 %	50 %	338215056
53	NC_015705	TCAG	2	8	18631	18638	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015705	GGCA	2	8	18754	18761	25 %	0 %	50 %	25 %	338215058
55	NC_015705	AAAC	2	8	18831	18838	75 %	0 %	0 %	25 %	338215058
56	NC_015705	ACCG	2	8	19089	19096	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015705	TAAT	2	8	19685	19692	50 %	50 %	0 %	0 %	338215059
58	NC_015705	AACC	2	8	19694	19701	50 %	0 %	0 %	50 %	338215059
59	NC_015705	TGGA	2	8	20108	20115	25 %	25 %	50 %	0 %	338215059
60	NC_015705	TTTG	2	8	20502	20509	0 %	75 %	25 %	0 %	338215059
61	NC_015705	ATGA	2	8	20660	20667	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015705	AACC	2	8	20788	20795	50 %	0 %	0 %	50 %	338215060
63	NC_015705	AGGA	2	8	21296	21303	50 %	0 %	50 %	0 %	338215060
64	NC_015705	CTTT	2	8	22590	22597	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_015705	TCTT	2	8	23270	23277	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015705	TCAA	2	8	23380	23387	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015705	TGAT	2	8	23685	23692	25 %	50 %	25 %	0 %	338215062
68	NC_015705	GTTG	2	8	23845	23852	0 %	50 %	50 %	0 %	338215062
69	NC_015705	TGCC	2	8	24582	24589	0 %	25 %	25 %	50 %	338215063
70	NC_015705	TGCG	2	8	24701	24708	0 %	25 %	50 %	25 %	338215063
71	NC_015705	CCTT	2	8	24841	24848	0 %	50 %	0 %	50 %	338215063
72	NC_015705	GTAG	2	8	25246	25253	25 %	25 %	50 %	0 %	338215063
73	NC_015705	TCCC	2	8	25254	25261	0 %	25 %	0 %	75 %	338215063
74	NC_015705	TGAT	2	8	25516	25523	25 %	50 %	25 %	0 %	338215063
75	NC_015705	CAAT	2	8	25652	25659	50 %	25 %	0 %	25 %	338215063
76	NC_015705	ATAC	2	8	25707	25714	50 %	25 %	0 %	25 %	338215063
77	NC_015705	CGCC	2	8	25973	25980	0 %	0 %	25 %	75 %	338215063
78	NC_015705	CAAT	2	8	26342	26349	50 %	25 %	0 %	25 %	338215063
79	NC_015705	TTTC	2	8	26487	26494	0 %	75 %	0 %	25 %	338215063
80	NC_015705	TTTG	2	8	26892	26899	0 %	75 %	25 %	0 %	338215064
81	NC_015705	AAAC	2	8	27240	27247	75 %	0 %	0 %	25 %	338215064
82	NC_015705	GATA	2	8	27326	27333	50 %	25 %	25 %	0 %	338215064
83	NC_015705	CGCC	2	8	27434	27441	0 %	0 %	25 %	75 %	338215064
84	NC_015705	GATA	2	8	27861	27868	50 %	25 %	25 %	0 %	338215064
85	NC_015705	CTGA	2	8	28124	28131	25 %	25 %	25 %	25 %	338215064
86	NC_015705	ATTA	2	8	28149	28156	50 %	50 %	0 %	0 %	338215064
87	NC_015705	CTTG	2	8	28226	28233	0 %	50 %	25 %	25 %	338215064
88	NC_015705	CGAA	2	8	28467	28474	50 %	0 %	25 %	25 %	338215064
89	NC_015705	CAAC	2	8	28955	28962	50 %	0 %	0 %	50 %	338215064
90	NC_015705	TCTT	2	8	29191	29198	0 %	75 %	0 %	25 %	338215064
91	NC_015705	ATCA	2	8	29202	29209	50 %	25 %	0 %	25 %	338215064
92	NC_015705	TTGA	2	8	29379	29386	25 %	50 %	25 %	0 %	338215064
93	NC_015705	TGAA	2	8	29591	29598	50 %	25 %	25 %	0 %	338215064
94	NC_015705	TTTA	2	8	29997	30004	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015705	TGTC	2	8	30141	30148	0 %	50 %	25 %	25 %	338215065
96	NC_015705	TCCC	2	8	30273	30280	0 %	25 %	0 %	75 %	338215065
97	NC_015705	CAAT	2	8	30780	30787	50 %	25 %	0 %	25 %	338215065
98	NC_015705	ATTT	2	8	31402	31409	25 %	75 %	0 %	0 %	338215066
99	NC_015705	GTTT	2	8	31620	31627	0 %	75 %	25 %	0 %	338215066
100	NC_015705	TTGA	2	8	31868	31875	25 %	50 %	25 %	0 %	338215066
101	NC_015705	CTGC	2	8	31936	31943	0 %	25 %	25 %	50 %	338215066
102	NC_015705	TTTC	2	8	32668	32675	0 %	75 %	0 %	25 %	338215067
103	NC_015705	AACA	2	8	33132	33139	75 %	0 %	0 %	25 %	338215067
104	NC_015705	ATTC	2	8	33229	33236	25 %	50 %	0 %	25 %	338215067
105	NC_015705	TCTT	2	8	33897	33904	0 %	75 %	0 %	25 %	338215068
106	NC_015705	CGAC	2	8	34148	34155	25 %	0 %	25 %	50 %	338215068
107	NC_015705	CGTG	2	8	34200	34207	0 %	25 %	50 %	25 %	338215068
108	NC_015705	CATA	2	8	34555	34562	50 %	25 %	0 %	25 %	338215069
109	NC_015705	AATG	2	8	35433	35440	50 %	25 %	25 %	0 %	338215070
110	NC_015705	AACT	2	8	35568	35575	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015705	AAAG	2	8	35868	35875	75 %	0 %	25 %	0 %	338215072
112	NC_015705	GTTT	2	8	35940	35947	0 %	75 %	25 %	0 %	338215072
113	NC_015705	GAAA	2	8	36248	36255	75 %	0 %	25 %	0 %	338215072
114	NC_015705	TTTG	2	8	37187	37194	0 %	75 %	25 %	0 %	338215072
115	NC_015705	ACTT	2	8	37307	37314	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015705	TTTC	2	8	37714	37721	0 %	75 %	0 %	25 %	338215074
117	NC_015705	AACC	2	8	37768	37775	50 %	0 %	0 %	50 %	338215074
118	NC_015705	CATT	2	8	38180	38187	25 %	50 %	0 %	25 %	338215075
119	NC_015705	TCCA	2	8	39000	39007	25 %	25 %	0 %	50 %	338215075
120	NC_015705	TGGA	2	8	39116	39123	25 %	25 %	50 %	0 %	338215075
121	NC_015705	CCAT	2	8	39208	39215	25 %	25 %	0 %	50 %	338215075
122	NC_015705	CAAA	2	8	40610	40617	75 %	0 %	0 %	25 %	338215075
123	NC_015705	TCGG	2	8	40662	40669	0 %	25 %	50 %	25 %	338215075
124	NC_015705	CAGG	2	8	40871	40878	25 %	0 %	50 %	25 %	338215075
125	NC_015705	TCCA	3	12	41158	41169	25 %	25 %	0 %	50 %	338215075
126	NC_015705	TTGG	2	8	41232	41239	0 %	50 %	50 %	0 %	338215075
127	NC_015705	TGTC	2	8	41258	41265	0 %	50 %	25 %	25 %	338215075
128	NC_015705	GTTT	2	8	41287	41294	0 %	75 %	25 %	0 %	338215075
129	NC_015705	TGAT	2	8	41299	41306	25 %	50 %	25 %	0 %	338215075
130	NC_015705	CCTG	2	8	41422	41429	0 %	25 %	25 %	50 %	338215075
131	NC_015705	GCCT	2	8	41604	41611	0 %	25 %	25 %	50 %	338215075
132	NC_015705	CTGC	2	8	41748	41755	0 %	25 %	25 %	50 %	338215075
133	NC_015705	TAAT	2	8	43816	43823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015705	AGGC	2	8	44223	44230	25 %	0 %	50 %	25 %	338215078
135	NC_015705	AAAG	2	8	44296	44303	75 %	0 %	25 %	0 %	338215078
136	NC_015705	AATA	2	8	44468	44475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015705	TTTC	2	8	44550	44557	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_015705	ATAA	2	8	44746	44753	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.